京海黄鸡GH基因与生长、屠体性状的关联分析

试验将生长激素(GH)基因作为影响鸡生长、屠体性状的候选基因,以京海黄鸡为材料,采用PCR-SSCP技术对京海黄鸡的GH基因的5个外显子进行SNPs检测和基因型分析,探讨GH基因的多态性与鸡生长、屠体性状之间的关系.在GH基因外显子4上发现突变位点,表现为3种基因型,分别为AA、AB和BB基因型.统计结果显示,公鸡的活重、脾重、肝重、头重、脚重、腺胃重、肌胃重、腿肌重和半净膛重在不同基因型间呈现差异显著(P<0.05),AA基因型最高.母鸡的脾重、肝重、脚重在不同基因型间差异显著,其余性状在各基因型间差异均不显著(P>0.05).这表明该基因可能调控鸡生长、屠体性状的主效基因或与控制生长、屠体性状的主基因连锁,可以将该突变位点作为京海黄鸡进行生长、屠体性状筛选的候选分子辅助标记.     

京海黄鸡IGF-Ⅰ基因与生长和屠体性状的关联分析

实验将类胰岛素生长因子Ⅰ(IGF-Ⅰ)作为研究鸡生长、屠体性状的候选基因,以京海黄鸡为材料,采用PCR-SSCP技术对京海黄鸡的IGF-Ⅰ基因5′非编码区和第1外显子进行SNPs检测和基因型分析,探讨IGF-Ⅰ基因的多态性与鸡生长、屠体性状之间的关系。在IGF-Ⅰ基因5′端非编码区上发现1个突变,统计结果显示:活重、腿肌重、半净膛重和全净膛重在不同基因型之间均存在显著差异(P<0.05),AA基因型显著高于BB基因型个体。结果表明:该基因可能调控鸡生长、屠体性状或与控制生长、屠体性状的主基因连锁。由此推测,可以将IGF-Ⅰ基因作为鸡生长、屠体性状的辅助标记。     

京海黄鸡IGF-I基因与生长和屠体性状的关联分析

实验将类胰岛素生长因子I(IGF-I)作为研究鸡生长、屠体性状的候选基因,以京海黄鸡为材料,采用PCR-SSCP技术对京海黄鸡的,IGF-I基因5'非编码区和第1外显子进行SNPs检测和基因型分析,探讨IGF-I基因的多态性与鸡生长、屠体性状之间的关系.在IGF-I基因5'端非编码区上发现1个突变,统计结果显示:活重、腿肌重、半净膛重和全净膛重在不同基因型之间均存在显著差异(P<0.05),AA基因型显著高于BB基因型个体.结果表明:该基因可能调控鸡生长、屠体性状或与控制生长、屠体性状的主基因连锁.由此推测,可以将IGF-I基因作为鸡生长、屠体性状的辅助标记.     

MC3R基因对京海黄鸡屠体性状的遗传效应分析

本研究以MC3R基因为鸡屠体性状的候选基因,旨在探讨其对京海黄鸡屠体性状的影响。运用PCR-SSCP方法结合测序技术,检测了MC3R基因在京海黄鸡群体中的多态性,并采用一般线性模型(GLM)分析基因型与屠体性状的遗传效应。结果显示,MC3R基因CDS序列检测区内,引物MR2、MR3和MR8扩增的片段具有多态性,其中引物MR2和MR3扩增片段均存在2个SNP位点,分别形成AA、AB、AC 3种基因型和EE、EF、FF、EH 4种基因型,引物MR8扩增片段只存在1个SNP位点,形成了KK、KL和LL 3种基因型;检测到的5个SNPs位点分别为CDS区C160A、G192T、C273T、G310A、G762A突变。关联分析结果显示,MR2位点对京海黄鸡各屠体性状(除腹脂质量)均有极显著影响(P0.01);MR3位点各基因型(排除个体数少于3的基因型)屠体性状间差异均不显著(P0.05),推断MR3位点对京海黄鸡屠体性状影响不显著(P0.05);MR8位点对京海黄鸡屠体质量、胸肌质量、腿肌质量、全净膛质量、半净膛质量有极显著影响(P0.01),对活体质量和腹脂质量有显著影响(P0.05)。对MR2和MR8 2个位点的效应进行联合分析,结果显示,2个位点组合基因型对所有屠体性状均有显著或极显著影响(P0.05或P0.01),其中AB/KK基因型组合为有利基因型组合,AA/LL基因型组合为不利基因型组合。因此,本研究可为京海黄鸡分子标记辅助育种提供依据,有利于加快对京海黄鸡屠体性状选择的育种进程,同时通过本研究可推测MC3R基因对家禽的屠体性状具有很大的遗传效应,为家禽育种工作提供理论依据。     

线粒体DNA COX3基因多态性与瓢鸡生长和屠体性状的相关性分析

采用DNA测序和PCR-RFLP方法,分析了瓢鸡线粒体DNA COX3基因(mt DNA COX3)变异,并与生长和屠体性状进行了关联分析。在瓢鸡线粒体DNA COX3基因发现C10669T多态位点,建立了Eco RV PCR-RFLP分子标记,利用该标记对300日龄具有生长和屠体性状记录的82只瓢鸡进行了基因分型。结果表明,线粒体DNA COX3基因C10669T多态位点在瓢鸡群体中C基因为优势基因,基因频率为69.5%,多态信息含量和杂合度分别为0.3341与0.4240。C10669T位点基因型在体重、龙骨长、跖长、屠体重与胸肌率5个性状差异显著,C基因型个体普遍高于T基因型。线粒体DNA COX3基因对瓢鸡生长和屠体性状的作用机理有待进一步深入分析。     

鸡CACNA1S基因SNPs及其与部分屠体性状的关联性研究

为了研究L型钙离子通道α1亚单位(CACNA1S)编码基因与动物肌肉收缩和发育的关系,试验采用PCR-SSCP技术,首次对萧山鸡、仙居鸡、灵昆鸡、萧山鸡×仙居鸡杂交F1代、爱拔益加鸡(AA鸡)CACNA1S基因5’-调控区(5’-UTR)和外显子1进行多态性检测,同时结合屠体性状进行关联分析。结果表明:试验群体CACNA1S基因5’-UTR和外显子1存在2个单核苷酸多态性(SNPs)位点与屠体性状关联;SNPs716位点JJ基因型的胸肌率极显著大于KK基因型(P<0.01),SNPs1711位点YY基因型的胸肌率极显著大于XY和XX基因型(P<0.01),YY基因型的半净膛率极显著大于XX基因型(P<0.01)。初步推断CACNA1S基因可能是影响鸡部分屠体性状(全净膛率、半净膛率、胸肌率、腿肌率)的主效基因或与主效基因连锁,并且这些突变位点可能作为分子遗传标记用来选择鸡的屠体性状。     

京海黄鸡IGF-1R基因AluⅠ和Hin1Ⅰ位点与屠宰性状的关联分析

研究采用PCR-RFLP法检测类胰岛素生长因子Ⅰ型受体(IGF-1R)基因AluⅠ和Hin1Ⅰ位点的遗传多态性,并分析多态位点与京海黄鸡屠宰性状的相关性。结果表明:对于AluⅠ位点共检测到AA、AB和BB三种基因型。关联分析表明该位点仅对腿肌率有显著的影响(P0.05),而对其余屠宰性状的影响均不显著(P0.05)。对于Hin1Ⅰ位点检测到CC、CD和DD三种基因型。关联分析表明该突变位点对所测定的屠宰性状的影响均不显著(P0.05)。研究结果提示,AluⅠ和Hin1Ⅰ位点对京海黄鸡屠宰性状的影响较小,不适合作为京海黄鸡140日龄屠体性状的遗传标记。     

鸡PIK3C2A基因第6内含子多态性及其与体尺和屠体性状的关联分析

本研究采用直接测序法检测了无量山乌骨鸡磷脂酰肌醇-4-磷酸3-激酶催化亚基2型α(PIK3C2A)基因内含子的单核苷酸多态性(SNPs),并分析其与体尺和屠体性状的关联性。研究发现,在鸡PIK3C2A基因内含子上共检测到5个SNPs。关联分析表明,g.38511TA位点与龙骨长和胫围相关(P0.05),g.38573CT位点与盆骨宽和胫围相关(P0.05),g.38632TC和g.38662AG位点与胸角和胫围相关(P0.05),g.38729CT位点与胸角和盆骨宽相关(P0.05或P0.01);g.38511TA位点与屠体率相关(P0.05),g.38632TC位点与活重、屠体重、半净膛重、全净膛重、腹脂重和腹脂率相关(P0.05或P0.01),g.38662AG和g.38729CT位点与活重、屠体重、半净膛重、全净膛重和胸肌率相关(P0.05或P0.01)。本研究结果表明,PIK3C2A基因的5个SNPs位点与无量山乌骨鸡的体尺和屠体性状相关(P0.01),可作为鸡体尺和屠体性状的分子标记辅助选种。     

肉鸭Six1基因第2外显子单核苷酸多态与屠体性状的相关性分析

Six1基因是调控肌肉形成过程中的重要基因。为研究Six1作为肉鸭生长发育候选基因的可行性,本实验以42日龄大型肉鸭为研究对象,采用PCR-SSCP技术检测肉鸭Six1基因第2外显子的多态性,并对所检测到的多位点组成的基因型与肉鸭屠体性状进行关联性分析。结果表明:在鸭Six1基因的编码区第729 bp处存在C→T突变,属同义突变,该突变位点在大型肉鸭群体中表现为AA与AB 2种基因型。肉鸭AA和AB基因型间,胸肌重、腿肌重和其他屠体性状差异不显著(P>0.05)。以上结果表明,鸭Six1基因第2外显子区没有适用于遗传标记的多态位点。     

黄羽肉鸡ACSL1基因多态性与腹脂性状的相关性研究

长链酯酰辅酶A合成酶(ACSLs)是长链脂肪酸通过硫代酯化进而合成酰基辅酶A衍生物所必需的酶,也是脂肪酸代谢的第一步。哺乳动物ACSL家族由ACSL1、ACSL3、ACSL4、ACSL5和ACSL65个不同的成员组成,ACSL1是主要的异构体之一。为探讨黄羽肉鸡ACSL1基因作为腹脂性状分子标记的可行性,本实验采用PCR-直接测序技术对黄羽肉鸡ACSL1基因进行遗传多态性分析。结果显示:黄羽肉鸡ACSL1基因第17到第18外显子区域(1295 bp)SNPs位点较丰富,T32126C、C32013T、A31958G这3个位点的等位基因频率符合哈代-温伯格平衡,且A31958G突变位点、T32126C突变位点与腹脂重、腹脂率不相关,C32013T突变位点对鸡的腹脂重与腹脂率有显著影响,提示能够利用C32013T突变位点对黄羽肉鸡腹脂重进行分子标记辅助选择。     

鸡的微卫星DNA标记与胴体性状的相关分析

测定了青脚麻鸡与隐性白鸡杂交后自交的F2代个体的全净堂重、全净堂率、脂肪宽带、腹脂重和腹脂率6个胴体性状,检测10个微卫星DNA标记,对标记基因型胴体性状值进行方差分析和多重比较,结果表明:MCW328对于10周龄体重和全净膛重两性状各基因型均有显著的差异(P<0.05);ADL292对于腹脂重性状各基因型有极显著的差异(P<0.01),对于腹脂率有显著的差异(P<0.05)。MCW328标记基因与控制10周龄体重和全净膛重QTL连锁,ADL292标记基因与控制腹脂重和腹脂率QTL连锁。     

京海黄鸡斑联蛋白基因外显子9 SNP位点及其与屠宰性能的相关性研究

以京海黄鸡为试验材料,采用PCR-SSCP技术检测斑联蛋白(zyxin)基因外显子9的SNP,探讨zyxin基因该位点多态性与京海黄鸡屠宰性状之间的关系。结果发现该位点存在1个SNP突变位点,表现为3种基因型:AA、AB和BB。统计分析表明,公鸡的胸肌重AA基因型显著高于AB基因型(P＜0.05),活体重和屠体重AA基因型显著高于BB基因型(P＜0.05);母鸡的活体重、头重、爪重和屠体重AA基因型显著高于BB基因型(P＜0.05),全净膛重AA基因型显著高于AB基因型(P＜0.05)。     

Genetic Effects of IGF-Ⅰ Gene on the Growth and Reproductive Traits in Jinghai Yellow Chicken

The aim of this study was to analyze the association of SNPs in insulin like factor-Ⅰ（IGF-Ⅰ） gene with chicken growth and reproductive traits. PCR-SSCP approach was applied to assess the single nucleotide polymorphisms(SNPs) and the general linear model was used to analyze genetic effects between genotypes and growth traits of the Jinghai Yellow chicken. For the IGF-Ⅰ gene, three genotypes(AA, AB and BB) were detected in Jinghai Yellow chicken population, the frequency of A and B alleles were 0.613 and 0.387. Sequencing revealed one mutation(A60G) of IGF-Ⅰ gene in BB genotype in comparison to AA genotype. The results showed that BB genotype of the IGF-Ⅰ gene had higher bodyweight at 4 weeks compared to AA and AB genotypes(P<0.05);AA genotype of the IGF-Ⅰ gene had significantly higher bodyweight at 300 day-age-weight compared to BB genotype(P<0.05). Polymorphisms in exon 3 of IGF-Ⅰ gene had certain effect on growth and reproductive traits in Jinghai Yellow chicken. However, whether these polymorphisms were important genetic markers, which related with IGF-Ⅰ gene and reproduction traits in Jinghai Yellow chicken, were needed to be further studied.     

肌细胞生成素基因多态性对京海黄鸡繁殖性状的遗传效应研究

本研究旨在探讨肌细胞生成素(myogenin,MyoG)基因多态性与鸡繁殖性状间的相关性。以378只京海黄鸡为研究对象,采用PCR-SSCP技术研究MyoG基因外显子的多态性。运用最小二乘法分析这些突变位点形成的基因型与京海黄鸡繁殖性状间的相关性。结果表明,MyoG基因外显子1上存在1个G102A突变,外显子3上存在1个T36C突变,分别形成基因型AA、AB、BB和CC、CD、DD。关联分析结果显示,基因型AA、AB和BB在京海黄鸡繁殖性状上无显著差异（P＞0.05）;基因型CC和DD在京海黄鸡开产体重上存在显著差异（P＜0.05）,在其余性状上各基因型差异均不显著（P＞0.05）。因此,推测MyoG基因对京海黄鸡的繁殖性状无显著影响,为探索鸡育种过程中的标记辅助选择提供参考资料。     

巢湖鸭屠宰性能测定与性状分析

作者旨在对初步进行本品种选育的巢湖鸭体组成性状进行测定分析,为进一步选育优质肉用巢湖鸭新品系奠定基础。选择60只（公母各30只）经本品种选育一代的10周龄的巢湖鸭,屠宰并测定胴体、半净膛、全净膛、胸肌、腿肌、皮脂、腹脂等性状指标,对巢湖鸭公母鸭间的屠体性状指标进行统计分析。结果表明,公母鸭屠宰率、全净膛率、腿肌率、皮脂率、胸肌剪切力、腿肌剪切力差异不显著（P>0.05);母鸭的半净膛率、胸肌率、瘦肉率显著高于公鸭(P<0.05);公鸭的骨肉比显著高于母鸭 (P<0.05)。相关分析显示,各屠宰重量指标间有极显著的正相关(P<0.01),屠宰率指标与体重相关不显著（P>0.05),半净膛率、腿肌重、胸肌率、心脏重与性别显著相关(P<0.05)。说明初步选育的巢湖鸭具有较好的屠宰性能和产肉性能,肉质较好。     

肉鸡品种对胴体性状和肉质的影响

本研究将清远麻鸡的两个纯系（A和B）与快速生长型AA肉鸡（C）杂交,在3个月的生长时间中测定了杂交品对肉鸡胴体性状、肌肉成分及氨基酸组成的影响。结果：杂交品系肉鸡的体重、屠体重、半净膛重、全净膛重、胸肌和腹脂重量均显著高于纯种品系（P＜0.05）。杂交品系肉鸡的肌纤维密度和剪切力较纯种品系显著提高了6.94%和7.98%（P＜0.05）。肉鸡品系对胸肌粗脂肪、肌苷酸、干物质、水分和粗蛋白质含量的影响均无统计学意义（P＞0.05）。结论：杂交后代的大多数胴体性状高于纯种,各品系的剪切力、肌纤维密度和肉质性状均相似。     

康县太平鸡体尺性状与屠宰性状的测定及相关性分析

为探究康县太平鸡的体尺性状、屠宰性状及两者间的相关性,以40周龄的健康太平鸡为研究对象,测定其体尺性状与屠宰性状,并对所有测定性状指标间的相关性进行分析。结果表明：40周龄太平鸡体斜长为21.87 cm、龙骨长为10.70 cm、胫长为9.01 cm、胫围为4.32 cm、胸围为28.05 cm、胸深为10.65 cm、胸宽为6.82 cm、骨盆宽为7.65 cm;宰前活重为1 920.7 g、屠体重为1 712.5 g、半净膛重为1 533.4 g、全净膛重为1 314.3 g、胸肌重为277.6 g、腿肌重为395.5 g、屠宰率为89.1%、半净膛率为79.3%、全净膛率为67.8%、胸肌率为20.8%、腿肌率为27.1%、心重率12.2%、腹脂率3.0%。太平鸡体斜长、胸围、胫长、胫围与屠体重、全净膛重、半净膛重、腿肌重之间呈极显著正相关（P＜0.01）。结论：太平鸡产肉性能好、低脂,体斜长、胸围、胫长、胫围可以作为太平鸡屠宰性能选育的指标。     

STAT5b基因2个SNPs位点与京海黄鸡生长和繁殖性状的关联分析

采用PCR-SSCP方法检测京海黄鸡、AA鸡、尤溪麻鸡、边鸡4个鸡品种STAT5b基因5′调控区部分序列的多态性,并分析其对京海黄鸡生长和繁殖性状的遗传效应,利用PHASE软件对2个多态位点进行单倍型分析。在5′调控区检测到C-1591T、G-250A 2个SNPs;单倍型分析产生4种单倍型H1(CG)、H2(TG)、H3(CA)、H4(TA),单倍型组合H1H4对初生重有极显著影响(P0.01);单倍型组合H3H4与8、16周龄体重存在正相关(P0.05),单倍型组合H1H2对开产蛋重有极显著影响(P0.01);单倍型组合H3H4的开产体重极显著高于其他单倍型组合(P0.01);在300日龄体重上,单倍型组合H1H1和H1H3显著高于H4H4(P0.05)。京海黄鸡STAT5b基因5′调控区的多态性对其生长和繁殖性状有一定影响,但是否可以作为影响京海黄鸡生产性状的遗传标记需进一步研究。     

Genome-wide Association Study on Abdominal Fat Weight in Jinghai Yellow Chicken

The study was conducted to reveal the genetic basis of abdominal fat weight trait and scan molecular markers which could be used to improve the abdominal fat weight.The abdominal fat weight of female Jinghai Yellow chicken in core group were measured after being slaughtered.Genome-wide association study was carried out using specific-locus amplified fragment sequencing technology to detect SNPs associated with abdominal fat weight.Finally, five SNPs that associated with abdominal fat weight and reached suggestive genome-wide significance (P<1.1×10^-5) were found, and four of them (rs18144674, rs18144680, rs12246236 and rs12257795) reached chromosome significance level.Three SNPs (rs18144674, rs18144680 and rs19745739) located in a 1.6 Mb area of chromosome 2, and two SNPs (rs12246236 and rs12257795) located in a 12 kb area of chromosome 14.Genes in the candidate regions with 0.1 Mb windows were screened.Finally, eleven candidate genes of VIM, TRDMT1, AXIN1, PDIA2, ARHGDIG, gga-mir-1763, gga-mir-1564, CLCN7, ECL1, DNASE1 and SDOS were obtained.The molecular function and biological processes were analyzed using GO database.The results showed that those genes might be candidate genes affecting abdominal fat weight in Jinghai Yellow chicken.     

京海黄鸡腹脂重性状的全基因组关联分析

试验旨在揭示京海黄鸡腹脂重性状的遗传基础,寻找可用于京海黄鸡腹脂重性状改良的分子标记。本研究以京海黄鸡核心群母鸡为研究对象,测定屠宰时的腹脂重,利用简化基因组测序技术进行全基因组关联研究(GWAS),检测与腹脂重相关的SNPs位点。结果显示,共检测到5个在全基因组水平上与腹脂重存在潜在显著关联的SNP位点(P<1.1×10^-5),并且4个处于染色体水平显著,分别为rs18144674、rs18144680、rs12246236、rs12257795。其中rs18144674、rs18144680、rs19745739位于2号染色体上一个1.6Mb区域内,rs12246236、rs12257795位于14号染色体上1个12kb区域内。筛选这2个区域0.1Mb范围内的基因,共找到11个可能的候选基因,分别为VIM、TRDMT1、AXIN1、PDIA2、ARHGDIG、gga-mir-1763、gga-mir-1564、CLCN7、ECL1、DNASE1和SDOS基因。使用GO数据库对该基因的细胞组分、分子功能和参与的生物进程进行分析,由结果推断出这些基因可能为影响京海黄鸡腹脂重性状的候选基因。