山羊前列腺素内过氧化物合酶2基因的多态性检测及生物信息学分析

本试验以贵州省3大地方山羊品种贵州白山羊、贵州黑山羊、黔北麻羊和2个省外地方品种关中奶山羊和内蒙古绒山羊为研究对象,采用DNA池结合PCR直接测序法对山羊前列腺素内过氧化物合酶2(prostaglandin-endoperoxide synthase 2,PTGS2)基因进行单核苷酸多态性检测。结果表明,在5个山羊品种中共检测到6个SNPs位点:A96G、C20T、A239G、T192C、T164A和G91C,其中,A96G和T164A分别位于外显子7和外显子8中,且均为同义突变,其余4个变异位点位于内含子中。生物信息学分析显示,外显子7和8中的2个SNPs位点均导致了mRNA二级结构的改变。     

贵州地方山羊促卵泡素受体基因部分外显子多态性研究

本试验以贵州白山羊、黔北麻羊和贵州黑山羊3个地方品种为研究对象,采用DNA池结合PCR直接测序法对促卵泡素受体(follicle stimulating hormone receptor, FSHR)基因进行单核苷酸多态性检测,同时结合在线软件预测不同基因型的mRNA的二级结构。结果表明,在3个山羊品种中共检测到3个SNPs位点:C126T、C1246A和A1412C,其中C126T和C1246A分别位于外显子1和外显子10中,且均为同义突变,A1412C位于内含子中。对外显子1和10中的2个SNPs位点进行生物信息学分析,结果显示均导致了mRNA二级结构发生改变。     

不同鸡种TLR1和TLR2基因SNP检测分析

本研究利用DNA直接测序技术对9个地方鸡种(北京油鸡、白耳鸡、溧阳鸡、河南斗鸡、泰和乌骨鸡、大骨鸡、狼山鸡、仙居鸡、茶花鸡)和1个引进品种(白来航蛋鸡)鸡Toll样受体1(chTLR1-1、chTLR1-2)、Toll样受体2(chTLR2-1、chTLR2-2)基因的全部外显子、部分内含子及5′调控区的序列进行单核苷酸多态性(SNPs)检测。结果共发现了27个SNP位点,96%的SNPs位于编码区,其中33%的SNPs为错义突变。chTLR2-1基因在所有品种中均未发现SNP位点,chTLR1-1、chTLR1-2和chTLR2-2基因在9个地方品种中突变位点较为丰富,且不同品种间SNP数量差别较大,但在白来航蛋鸡中均未发现SNPs位点。本试验为进一步开展地方鸡种chTLR1和chTLR2基因多态性与抗病研究提供了理论依据。     

从江香猪SIM1基因SNPs筛查及生物信息学分析

本研究以从江香猪为研究对象,二元杂交猪(从江香猪×野猪)、外三元杂交猪(杜×长×大)为对照,采用DNA池和直接测序技术对3个群体的SIM1基因7个外显子、部分内含子以及3'非翻译区序列进行多态性检测;利用生物信息学软件预测多态位点对SIM1基因mRNA二级结构和蛋白质一级、二级结构的影响。结果表明,在3个群体的SIM1基因中筛查到12个SNPs,C77T位于第5外显子,T29186C、A29195C位于第9内含子,C63T、C225T位于第10外显子,C107T、A426G、T583C、A586C、A605C、A615C位于第11外显子,G267T位于3'非翻译区。其中C77T、T29186C、A29195C、C63T、C225T、C107T、G267T为同义突变,A426G、T583C、A586C、A605C、A615C为错义突变;5个错义突变分别导致异亮氨酸(Ile)变为缬氨酸(Val)、亮氨酸(Leu)变为脯氨酸(Pro)、谷氨酸(Glu)变为丙氨酸(Ala)、谷氨酸(Glu)变为天冬氨酸(Asp)、天冬酰胺(Asn)变为组氨酸(His);根据在线软件预测,突变前后的SIM1基因mRNA二级结构和蛋白质一级、二级结构均会发生改变。     

兴义矮脚鸡GH基因的多态性研究

兴义矮脚鸡为贵州特有的地方品种鸡。本研究对兴义矮脚鸡GH基因上第一外显子和部分第一内含子序列直接测序进行多态性分析。结果表明,在扩增出来的777 bp序列中,A、T、G、C碱基的平均含量分别为28.1%、23.9%、24.9%和23.1%。A+T的含量(52%)略高于G+C的含量(48%);总共发现10个变异位点,占分析位点总数的1.287%,这些变异位点分别为C124T、T319G、T321C、G333A、A364G、A464C、A507C、C508A、T541C和T630C,其中C124T突变点位于5′端调控区,其余突变点都集中在第一内含子上,均为转换,表现较高的转换偏向。     

兴义鸭肌肉生长抑制素基因多态性与屠宰性状的相关性分析

为了解兴义鸭肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因SNPs与屠宰性状的相关性,本研究采用基因克隆及PCR产物直接测序的方法,将MSTN基因作为鸭屠宰性状的候选基因,对兴义鸭的MSTN基因外显子进行多态性检测.结果表明,在60个兴义鸭个体中筛选出8个SNPs,其中,第1外显子有5个突变位点:SNP1(G77A)、SNP2(A91G)、SNP3(G130A)、SNP4(C325T)和SNP5(C331T);在第2外显子中并未发现突变位点;第3外显子有3个突变位点:SNP6(C206T)、SNP7(A235G)和SNP8(C256A);对这8个SNPs与屠宰性状进行关联性分析,结果并未达到显著水平(P>0.05).本研究结果可丰富MSTN基因的研究数据,为鸭的育种提供参考.     

早胜牛CD36基因多态性分析

为研究CD36基因在早胜牛群体中的遗传变异及其与肉质性状的关联性,本试验采用DNA混合池测序技术检测了320个样本的SNPs位点,并估算了SNPs位点的等位基因频率。结果表明,外显子区域有2个多态位点,分别是外显子8的79201bp处A缺失和外显子12的86351bp处T→A突变。内含子区域有3个多态位点,分别是内含子8的79309bp处C→A突变和内含子12的86446bp处C→A突变、86447bp处G→A突变,其余区域未检测到碱基突变。外显子8的A缺失可能引起氨基酸序列发生改变。外显子12的T→A突变属同义突变,未引起氨基酸改变。后续我们将对CD36基因多态性与早胜牛肉质性能相关性进行分析,以期寻找到与肉质性能关联的SNPs位点,为研究提高早胜牛肉质性能的工作提供参考。     

兔解偶联蛋白1基因第2外显子基因多态性研究

为了解兔肉质性状特征,给兔的品种选种选育提供理论依据。本试验选取新西兰兔和加利福尼亚兔分别构建各自的DNA池,对解偶联蛋白1(uncouplingprotein 1,UCP1)基因的第2外显子及第1内含子部分序列进行扩增,扩增产物进行双向测序,利用BLAST和DNAStar分析并确定其SNP。结果分析,在新西兰兔中发现6个SNPs:T135C、C232T、T332C、C360T、T550C和A560G,其中T135C和C232T为同义突变,T332C、C360T、T550C、A560G 4个突变位点位于内含子区。利用RNA在线预测软件预测UCP1基因RNA二级结构最小自由能由-917.51 kJ/mol变为-866.10 kJ/mol,说明SNPs对UCP1基因的RNA二级结构产生影响。     

4个绵羊品种Leptin基因部分片段的SNPs分析

利用PCR-SSCP技术对萨福克、道塞特、特克塞尔及滩羊4个绵羊品种358个个体Leptin基因2、3外显子进行多态性分析,共检测到7个SNPs,其中新发现5个SNPs。测序结果表明,在外显子2上无突变。内含子2上存在99位碱基由A突变为G;115位碱基由G突变为A;150位碱基由C突变为T;171位碱基由C突变为T。外显子3上,存在271位碱基由G突变为A,使编码的Arg转变为Gln;316位碱基由C突变为A,使编码的Pro转变为Gln;387位碱基由G突变为T,使编码的Val转变为Leu。     

兴义矮脚鸡GH基因的多态性研究

兴义矮脚鸡为贵州特有的地方品种鸡.本研究对兴义矮脚鸡GH基因上第一外显子和部分第一内含子序列直接测序进行多态性分析.结果表明,在扩增出来的777 bp序列中,A、T、G、C碱基的平均含量分别为28.1%、23.9%、24.9%和23.1%.A+T的含量(52%)略高于G+C的含量(48%);总共发现10个变异位点,占分析位点总数的1.287%,这些变异位点分别为C124T、T319G、T321C、G333A、A364G、A464C、A507C、C508A、T541C和T630C,其中C124T突变点位于5'端调控区,其余突变点都集中在第一内含子上,均为转换,表现较高的转换偏向.     

乌蒙凤鸡生长激素基因多态性及生物信息分析

试验旨在对乌蒙凤鸡生长激素（growth hormone，GH）基因多态性进行研究，并开展生物信息学分析。以乌蒙凤鸡为研究对象，构建DNA池，PCR扩增GH基因所有外显子和部分内含子，采用直接测序法检测GH基因多态性，利用生物信息学软件对GH蛋白二级结构、三级结构及基本性质（理化性质、疏水性、信号肽、跨膜区、卷曲螺旋区及保守结构域）进行分析。结果显示，乌蒙凤鸡GH基因存在8个SNPs，分别是T1453C、A1489G、A1512G、G2152A、G3206A、G3347A、C3452A和C3453G，其中G2152A、C3452A和C3453G只发生在无凤头乌蒙凤鸡中；C3452A、C3453G位于非编码区，T1453C、A1489G、A1512G、G2152A和G3206A位于内含子上，G3347A位于外显子5。突变后GH基因mRNA结构发生变化，自由能提高，稳定性降低。生物信息学分析表明，GH蛋白为分泌蛋白，含有信号肽序列，有1个典型的卷曲螺旋结构和疏水区，保守结构域在10~214位氨基酸之间，为非跨膜蛋白，且不稳定。结果表明，乌蒙凤鸡GH基因具有较高的遗传多样性，可为乌蒙凤鸡的保种选育提供参考。     

水貂ASIP基因单倍型检测及其皮肤组织mRNA差异表达分析

试验旨在探究鼠灰色（agouti signaling protein，ASIP）基因单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms，SNPs）形成的单倍型及皮肤组织差异表达mRNA对水貂被毛色素沉积的影响。通过PCR扩增、Sanger测序技术对金州黑水貂、红眼白水貂和名威银蓝水貂ASIP基因进行SNPs单倍型检测分析，利用实时荧光定量PCR技术检测3种毛色皮肤组织ASIP基因的表达量，分析单倍型及mRNA差异表达与毛色表型的相关性。结果表明，301个样本中共检测到10个SNPs，内含子2中4个SNPs （G18A、A159G、G235T、C1189T）共形成10种单倍型（Hap1~Hap10），其中Hap1（GAGC）和Hap2（GAGT）是3种不同毛色水貂群体的共享单倍型；部分内含子3中6个SNPs （C252T、A290C、G298C、A340G、T343C、T379C）形成4种单倍型（Hap1~Hap4），且Hap2（CCCGCC）是名威银蓝水貂群体的主体单倍型。5个位点（A290C、G298C、A340G、T343C、T379C）均处于完全连锁不平衡状态。实时荧光定量PCR检测显示，金州黑水貂和名威银蓝水貂ASIP基因mRNA表达量分别是红眼白水貂的1.25和0.95倍，三者间差异不显著（P>0.05）。研究结果初步提示，ASIP基因调控水貂不同毛色表型形成的分子机制可能存在差异。     

SNPs Screening and Bioinformatics Analysis of SIM1 Gene in Congjiang Pigs

In this study, Congjiang pig was served as a research object, crossbred pigs (Congjiang pig×boar), outside crossbred pigs (Duroc×Landrace×Yorkshire) as controls.Using DNA pools and direct sequencing detected polymorphism of 7 exons, part of introns and 3'untranslated region (3'-UTR) sequences of SIM1 gene for three groups.Bioinformatics software predicted what impact polymorphic loci had to mRNA secondary structure and protein primary, secondary structure of SIM1 gene.The results showed that 12 SNPs were screened in SIM1 gene of three groups, C77T located in exon 5, T29186C and A29195C located in intron 9, C63T and C225T located in exon 10, and C107T, A426G, T583C, A586C, A605C and A615C located in exon 11, G267T located in 3'-UTR. C77T, T29186C, A29195C, C63T, C225T, C107T and G267T were silent mutations, A426G, T583C, A586C, A605C and A615C were missense mutations.The five missense mutations respectively led to isoleucine (Ile) into valine (Val), leucine (Leu) into proline (Pro), glutamate (Glu) into alanine (Ala), glutamic (Glu) into aspartic (Asp), asparagine (Asn) histidine (His), and according to online software forecast, mRNA secondary structure and protein primary, secondary structure of SIM1 gene changed in mutations before and after.     

Study on the SNP of UCP1 Gene Exon 2 in Rabbit

In order to deeply understand the meat quality and provide the basic information and scientific proof for better heredity selection of rabbit.This experiment option New Zealand rabbit and Californian rabbit were used to construct own DNA pools, respectively for complete sequences amplification of exon 2 and part of intron 1 region of UCP1 gene, two-way sequencing the amplification of the product, BLAST and DNAStar analysis and determine the SNP of rabbit UCP1 gene.The results showed that six SNPs were found in UCP1 gene of the New Zealand rabbit:T135C, C232T, T332C, C360T, T550C and A560G, two synonymous mutation (T135C and C232T) and the other SNPs located in intron region respectively.Using RNA online prediction software forecast UCP1 gene RNA secondary structure prediction software minimum free energy changed from -917.51 kJ/mol to -866.10 kJ/mol for the polymorphisms led to the changes of RNA secondary structure.     

猪干扰素-γ基因多态性及与部分免疫指标关联性分析

为研究干扰素-γ(Interferon-gamma,IFN-γ)基因作为猪抗病育种中一种分子标记的可能性,采用PCR-SSCP及测序方法对军牧1号白猪、杜洛克猪、约克夏猪3个品种共481头个体IFN-γ基因全序列的单核苷酸多态性进行了检测,结果发现在猪IFN-γ基因的内含子1、内含子3、外显子4内各发现1个突变位点,分别为T825C、T2730C、G5301A。除在约克夏猪中没有检测到G5301A突变外,各遗传群体内T825C、T2730C、G5301A位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。用最小二乘法分析了各个突变位点基因型与部分免疫指标的相关性,结果表明,T825C位点3种基因型间IgG含量AB型显著高于AA型和BB型(0.01P0.05);T2730C位点IgM含量CC型显著高于CD型和DD型(0.01P0.05);G5301A位点IgG含量EE型显著高于EF型(0.01P0.05)。     

Single-nucleotide polymorphism identification in the caprine myostatin gene

Polymerase chain reaction (PCR) products of MSTN gene amplified from 35 goats representing 17 Chinese indigenous goat breeds and five imported goat breeds were sequenced to identify the single‐nucleotide polymorphisms (SNPs) of a 379‐bp fragment including part of intron 2 and exon 3 of MSTN gene. A total of eight SNPs (A1980G, G1981C, A1982G, G1984T, A2121G, T2124C, G2174A and A2246G) were identified among the sequenced goats. The SNPs found are all located in intron 2 except for A2246G, which was a synonymous mutation in exon 3. Four haplotypes were sorted from these eight SNPs, of which, haplotype I (AGAGATGA) and haplotype II (GCGTGTAA) are the two main haplotypes with the frequency of 77.8% and 14.8% respectively. The SNPs found at positions 1980, 1981, 1982, 1984 and 2121 might be linked to inheritance completely.