24个灵芝菌株ISSR遗传差异分析

应用ISSR分子标记技术对24个灵芝(Ganodermalucidum)菌株进行了遗传多样性研究。从43个引物中选出10个ISSR引物,扩增得到110个扩增位点,大小分布在500~2 000 bp,并利用NTSYS.PC2.0分析软件对这些供试菌株的遗传差异性进行聚类分析。研究结果表明,相似水平在71%左右时,24个菌株分为4个组群,第一组为菌盖薄长速快的美国灵芝和杂交赤芝;第二组是野生赤芝;第三组是菌盖近圆形的灵芝;第四组是菌柄稍长、菌盖肾圆形的灵芝。     

洋葱种质资源遗传多样性的SRAP和ISSR分析

利用SRAP和ISSR分子标记技术对58份洋葱种质资源进行遗传多样性分析,筛选出9个扩增效果较好的ISSR引物,共扩增出105条清晰的条带,其中有多态位点的条带数为104条,多态性条带比率为99%;筛选出11个扩增效果较好的SRAP引物,共扩增出132条清晰的条带,其中有多态位点的条带数为115条,多态性条带比率为87%,表明58份洋葱种质资源具有丰富的遗传多样性。基于2种分子标记的聚类分析结果均可将58份洋葱种质资源明显分为4大类,二者的聚类分析结果基本一致,但SRAP分子标记技术检测的基因位点更多,是遗传多样性分析的最佳分子标记技术。     

基于ISSR分子标记的贵州冬荪遗传多样性分析

以不同地区的20份冬荪种质资源为试材，利用ISSR(inter-simple sequence repeat简单重复序列间扩增)分子标记技术，从78条引物中筛选出条带清晰、重复性高和特异性强的引物，在供试冬荪菌株中进行扩增。利用NTSYS 2.10e聚类分析软件UPGMA法进行聚类分析，同时利用PopGen 32软件对20份冬荪种质ISSR统计结果进行遗传多样性分析，以期通过分子标记技术评价冬荪种质资源遗传多样性，为冬荪遗传育种提供优质材料。结果表明：筛选出具备多态性ISSR引物24条，对供试冬荪菌株进行PCR扩增共获得谱带有788条，其中多态性谱带768条，多态位点比例达到97.5%;遗传多样性分析显示平均等位基因(Na)为1.991 3,平均有效等位基因数(Ne)为1.585 6,平均Nei′s基因多样性指数(He)为0.343 8,平均Shannon信息指数(I)为0.516 1;在遗传相似系数为0.67时，20份冬荪菌株可分为三大类群。综上，20株冬荪种质资源间具有丰富的遗传多样性，亲缘关系较复杂；不同来源的种质由于菌种流通频繁而导致亲缘关系复杂，育种亲本的选择纯化周期较长。     

ISSR和RAPD分子标记技术在不同君子兰品种遗传多样性上的应用

采用ISSR标记和RAPD标记技术研究了15个君子兰品种的遗传多样性。结果表明:从55条寡聚核苷酸引物中筛选出10条简单重复序列引物,共扩增出65条带,平均每条引物扩增出6.5条带,其中5.4条多态性带,多态性比率为81.95%;从55条寡聚核苷酸引物中筛选出11条多态性引物,共扩增出47条带,平均每条引物扩增出4.27条带,其中32条多态性带,多态性比率为67.88%。POPGEN软件计算出君子兰品种间遗传距离为0.1123~0.6330,平均值为0.3263。基于遗传相似系数的UPGMA聚类分析将15个品种明显聚为二组,国兰系列品种为一组,日本兰系列品种组成另一组。     

灵芝菌株的DNA指纹分析

CTAB法提取灵芝菌丝体总DNA,再以核糖体DNA转录间隔区（ITSⅡ、IGR IPCR RFLP）结合随机引物扩增多态性（RAPD）标记分析30个灵芝菌株间的亲缘关系.结果表明,ITSⅡ、IGR I-PCR RFLP产生了47条带,其中42条显示出多态性,通过聚类分析将30个菌株分成七大类,包括紫芝、黑灵芝、树舌灵芝、薄树灵芝四大类,以及另外三个无法确定具体归属的类群,但没能将赤芝与松杉灵芝区分开.RAPD从247个随机引物中筛选出8个随机引物,共检测到69个多态性位点并全部显示出多态性,通过聚类分析将供试的30个灵芝菌株全部区分开.     

芥菜种质资源的RAPD和ISSR分析

利用RAPD和ISSR标记对28份芥菜种质资源进行遗传多样性分析,20个RAPD引物共扩增出162条清晰的谱带,其中140条显示多态性,平均每个引物扩增出7.0条多态性谱带.18个ISSR引物共扩增出143条清晰的谱带,其中多态性谱带124条,平均每个引物扩增出6.9条多态性谱带.基于RAPD和ISSR两种标记,利用UPGMA分别构建了28份芥菜资源的聚类树状图.结果表明,RAPD和ISSR分别聚类以及两种标记混合聚类均将28份芥菜种质分为3类:第Ⅰ类群中包括了15份种质;第Ⅱ类群中包括了9份种质;第Ⅲ类群中包括了4份种质.     

荧光AFLP和拮抗实验对灵芝菌遗传多样性研究

应用荧光AFLP和拮抗实验对26株灵芝菌种进行了遗传多样性分析。荧光AFLP分析的结果表明,采用9对EcoRI／MseI引物（其中MseI引物为FAM荧光标记物）对26个菌株进行AFLP扩增,共得到1944条清晰易辨的多态性条带。聚类分析表明,26株灵芝菌株在遗传相似系数0．28处聚为3类,分别是美国灵芝类、赤芝类和树舌类。种间的遗传相似系数变化范围在0．23—0．73。荧光AFLP分析结果与拮抗性实验结果基本一致,可见拮抗试验在灵芝亲缘关系的初步鉴定中是有效的,荧光AFLP则更能区分出亲缘关系较近的灵芝菌株。     

基于ITS序列分析鉴定灵芝属菌种

针对11个本所保藏灵芝属菌株及9个灵芝属野生菌株的ITS序列,应用特异引物进行PCR扩增,对其产物进行测序,并从GenBank上下载2条赤芝(Ganoderma luncidum)、1条黑紫灵芝(Ganoderma japonicum)和1条无柄紫灵芝(Ganoderma mastoporum)的ITS序列,以猴头菇(Hericium erinaceum)为外类群,用NJ(Neighbor-Joining)法构建系统发育树,结果表明,20个灵芝属菌株聚为4个簇,其中赤芝组和树舌亚属的菌株各自聚为1组,其组内同源性均达99.7%以上,紫灵芝组的菌株分成2组:无柄紫灵芝和黑紫灵芝。系统发育分析也表明仅根据形态学特征难以将灵芝属菌株进行有效的分类,利用分子生物学的技术手段对灵芝菌株进行分类是一种更有效的方法,ITS序列分析在近缘种的分类鉴定上很有价值。     

苦瓜种质资源ISSR遗传多态性分析

利用ISSR分子标记对30份苦瓜种质进行遗传多态性分析,从23个引物中筛选出13条重复性好,条带清晰的引物进行PCR扩增,共扩增出79条带,其中58个为多态性条带,占总带数的73.4%,每个引物扩增的条带数为4~10条,平均6.07条。对ISSR结果进行聚类分析,结果表明,30份苦瓜种质间的遗传距离为0.025~0.520。在遗传距离为0.21处可将30份苦瓜种质划分成6个品种群,其亲缘关系与种质地理分布和植物学性状特征等有一定关联。     

杏鲍菇多孢分离菌株ISSR、RAPD分子标记及体细胞不亲和性分析

通过杏鲍菇多孢分离菌株的ISSR、RAPD分子标记和体细胞不亲和性分析,体细胞不亲和性分析得出子代杏1、杏3、杏4与出发菌株湘杏98有拮抗线,杏1、杏2、杏3、杏4四株子代均有明显的拮抗线。16条ISSR引物和19条RAPD引物分别扩增出99、154个条带,多态性条带分别占48.48%、61.00%;相似系数变异范围分别为0.63~0.86、0.57~0.83。湘杏98、杏2、杏3在2种标记的聚类结果上存在差异。体细胞不亲和性分析从表型上(拮抗线有无)反应了菌株的遗传变异。RAPD标记遗传相似系数小于ISSR标记,表明ISSR标记更适合亲缘关系较近的种群间遗传多样性分析。     

采用ISSR和SRAP综合分析灰树花的遗传多样性

通过菌丝拮抗实验观察灰树花(Grifola frondosa)菌株间拮抗反应及其类型和程度,采用简单序列重复区间(inter-simple sequence repeat, ISSR)和序列相关扩增多态性(sequence-related amplified polymorphism, SRAP)分子标记对灰树花基因组DNA进行PCR扩增,对42株灰树花的遗传多样性进行综合分析。结果表明:拮抗实验将42株灰树花分为17组;筛选出的14条ISSR和11对SRAP引物分别扩增出369条和219条清晰条带,多态性条带平均比率分别为84.01%和81.28%;ISSR和SRAP两种分子标记的综合聚类分析结果较单独分析更准确,当遗传相似系数为0.779时,可将42株灰树花划分为6大类群,表明本研究中选取的42株灰树花菌株的遗传多样性丰富,为杂交育种的亲本选择提供了分子水平的依据。     

杏92份种质资源的ISSR分析

利用ISSR分子标记对92份杏抗寒种质资源进行了遗传多样性分析。从35条引物中筛选出10条用于杏资源的ISSR扩增,共扩增出86条带,其中多态性条带83条,多态性百分比为96.5%。用UPGMA法聚类分析,结果显示,龙垦14号杏(Armeniaca vulgaris)、A1B20(A.vulgaris)、牡红杏(A.vulgaris)3个普通杏品种聚为1类,辽杏(A.mandshurica)单独聚为1类,其他88份杏资源聚为1类,不同种质资源间表现出丰富的遗传多样性。     

基于SRAP分子标记的24个黑木耳栽培菌株遗传分析

以24个北方地区主栽的黑木耳菌株为材料,采用相关序列扩增多态性SRAP分子标记,对24个黑木耳菌株进行遗传分析。结果表明,从48对引物中筛选出了稳定性好、可重复性高、多态性稳定并能扩增出清晰明亮条带的25对引物,扩增出133条多态性条带,片段大小在0.1～1.5 kb,平均每个引物扩增出6条多态性条带。基于非加权组平均法(UPGMA)的聚类分析结果表明:遗传相似系数变化范围为0.56～1.0,在遗传相似系数为0.56时,将24个黑木耳菌株划分为2大类群,第一类包括黑山等18个菌株;第二类包括黑29等6个菌株。     

不同产地人参种质资源RAPD和SSR分析

以15个产地人参种质资源为试材,采用RAPD和SSR分子标记技术对其遗传多样性进行分析。结果表明:2种分子标记均能揭示不同地区人参种质间的遗传多样性。共筛选出11条RAPD随机引物,平均每条引物可扩增出3~17条DNA片段,共扩增出104条清晰条带,多态性条带100条,多态性百分率为96.15%,揭示供试材料间遗传相似系数(GS)为0.505 3~0.989 5,平均值为0.760 4。筛选出5对SSR引物,平均每对引物可扩增出1~8条DNA片段,共扩增出38条清晰条带,多态性条带35条,多态性百分率为92.11%,揭示供试材料间遗传相似系数(GS)为0.400 0~0.960 0,平均值为0.742 1。RAPD和SSR标记的聚类分析在分类上稍有差异,但总体趋势一致,RAPD、SSR及RAPD+SSR均将样品聚为三大类,均能揭示它们之间的亲缘关系,为人参种质资源的收集与利用奠定了基础。     

平菇ISSR遗传多样性分析

以53个平菇菌种为试材,采用ISSR标记技术,对采自多地的平菇材料进行遗传多样性检测,以期为平菇优良品种选育和亲缘关系的研究提供分子生物学依据。结果表明:从27个ISSR引物中共筛选出14个多态性明显的引物;在53份供试材料中共扩增出189条谱带,其中多态性条带189条,多态性为100%;材料间遗传相似系数范围在0.44~0.99,聚类分析结果显示,在0.62水平上53株菌株分为8组,多数菌株之间遗传相似性较低。这表明供试菌株在DNA水平上存在比较显著的遗传变异和丰富的遗传多样性;同时发现供试材料间的聚类与地域无明显相关性。     

利用ISSR-PCR分子标记技术分析瓜类枯萎病病原菌遗传多样性

利用ISSR分子标记技术对32株不同的尖孢镰孢菌进行遗传多样性分析,从遗传多样性角度探讨尖孢镰孢菌专化型。结果表明:11条引物共扩增出109条带,其中多态性条带99条,占总条带数的90.82%,扩增的条带大小为120~2 000bp。供试的32株尖孢镰孢菌的遗传相似系数在0.64~0.91,在相似系数0.705的条件下菌株被分为5个类群。同一类群中,相同寄主菌株之间的遗传相似性与菌株的地理来源无明显的相关性。     

几份新选育香蕉种质资源的ISSR分析

利用ISSR标记技术对14份香蕉种质的遗传多态性进行了分析。从15个ISSR引物中筛选出12个多态性引物,共扩增出DNA条带126条,其中多态性条带101条,占80.2%。鉴定出4条特异DNA片段和特异缺失DNA片段7条。依据相似系数0.88的水平,将14份香蕉种质划分为4大类,与传统形态学分类结果相同。发现香牙蕉的遗传多样性较低,新选育的抗病突变型与母本之间不具有紧密的亲缘关系,不同香蕉种质对枯萎病的抗性强弱与其遗传相似性之间没有明确的相关性。     

枸杞种质遗传多样性SCoT分析

以17份枸杞种质为试材,采用SCoT标记法,分析了17份枸杞种质资源的遗传多样性,以期为枸杞种质资源的深度开发与利用提供参考。结果表明:从42条引物中筛选出7条重复性好、条带清晰的引物进行PCR扩增,共扩增出32条条带,其中30条条带具有多态性,多态性比率为93.47%;UPGMA聚类分析显示,17份枸杞种质间遗传相似系数在0.30~1.00,平均相似系数为0.80,在遗传相似系数为0.72时,可将17份枸杞资源分成四大类。表明采用SCoT标记法能够揭示枸杞种质间的遗传多样性。     

安徽及周边地区枣种质资源遗传多样性研究

利用ISSR标记对32份安徽省地方枣种质资源及山东、河南等邻近省份的42份枣资源进行了遗传多样性分析。26条引物在74份种质中共扩增出241个位点,其中多态性位点214个,多态性比率为88.8%。利用NTSYS软件计算得到DICE相似系数为0.5936 ~ 0.9353;32份安徽地方种质共扩增出219条电泳谱带,其中186条为多态性条带,多态性比率为84.93%,32份样品遗传相似系数在0.6267 ~ 0.9353之间,表明安徽地方枣种质资源遗传多样性较为丰富。采用UPGMA法对74份种质的ISSR数据进行聚类分析,分析结果显示可分为8个类群,种质间亲缘关系与地理来源关系较为密切,来自安徽的地方种质基本上都独立聚成不同的类群,表明安徽地方枣种质与周边其它省份枣种质资源亲缘关系较远;研究结果表明体细胞突变可能是推动安徽地方枣种质进化的重要因素。     

利用ISSR标记及rDNA-ITS序列分析河北省野生铁线莲的亲缘关系

通过ISSR和rDNA-ITS两种分子标记方法对河北省17个类群的野生铁线莲种间亲缘关系进行了鉴定。利用UPGMA法对ISSR扩增的条带结果进行聚类分析,并用PCR法扩增ITS,通过Clustal X,MEGA等软件比较和分析ITS的序列特征,最后对两种分子标记的结果综合分析。结果表明,利用筛选出的ISSR引物扩增出多态性条带104条,多态性百分比为100%,等位基因数(Na)为2.00,有效等位基因数(Ne)为1.3069,Nei’s基因多样性(H)为0.2196,Shannon’s多样性信息指数(I)为0.3675。聚类结果显示,在遗传距离为0.66处,17种野生铁线莲被分为5类;铁线莲的17个铁线莲样本ITS序列长度为543～561 bp,含变异位点87个,信息位点37个,特异性鉴别位点50个。其中,长瓣铁线莲与半钟铁线莲、太行铁线莲与狭裂太行铁线莲遗传距离为0,槭叶铁线莲与其他种的遗传距离较大,亲缘关系较远。