茄子SSR标记在番茄上的通用性分析

微卫星标记(SSR)是分子育种中常用的遗传标记之一,但目前报道的番茄SSR标记并不能满足番茄分子育种的需要,有必要发展出更多的SSR标记,近缘物种转移法是一种发展SSR标记简便快速的方法。本研究分析了茄子SSR标记在番茄上的通用性情况,结果表明:300对茄子SSR引物中有111对能在番茄基因组DNA上扩增出产物,97对引物扩增出的带型在茄子、番茄间相似程度高,标记通用率为32.3%;EST-SSR比基因组SSR的通用性更好,前者通用率为36.6%,后者为30.0%。将这些标记转移到番茄上,能节省开发番茄SSR标记的成本。     

我国部分番茄主栽品种抗疮痂病评价和标记辅助选择

为了明确我国主栽品种对番茄疮痂病抗性状况,本研究以我国番茄疮痂病主要小种T1和T3的菌株接种我国目前种植的39个番茄品种,并通过分子标记进行分析和辅助育种.结果表明,虽然有些品种具有了抗性材料的特征条带,但所有材料对T1和T3小种都不能产生过敏反应.采用与T1小种抗性位点Rx3紧密连锁的分子标记,成功地将抗病品种OH9834的抗性位点Rx3转移到9个不同的感病品种中,获得了抗病植株.从本研究可以看出,我国番茄品种缺乏对番茄疮痂病的抗性,同时也表明分子标记辅助选择可以用于番茄疮痂病的抗性育种中.     

烟草青枯病抗性分子标记的研究进展

近年来分子标记逐渐应用到了烟草青枯病抗性研究方面。本文论述了烟草青枯病的症状、病原菌及致病机理,总结分析烟草青枯病抗性遗传机理,比较了常见的几种应用于烟草的分子标记类型,并对烟草青枯病抗性分子标记、烟草遗传连锁图谱、烟草青枯病抗性QTL定位方面的研究进展进行了综述,最后分析和讨论了烟草青枯病抗性分子标记研究与开发中存在的问题以及今后的发展方向。     

番茄枯萎病抗性基因I-2的显性分子标记及其应用

番茄是世界上最主要的蔬菜作物之一,番茄枯萎病(Fusarium oxysporumf.sp.lycopersici)的发生和蔓延使番茄生产受到严重影响,培育抗枯萎病的番茄品种是控制该病害最经济有效的方法.本研究根据I-2的基因序列设计特异扩增引物,以不同抗病基因型的番茄为材料,扩增I-2基因3 132～3 640 bp之间的单拷贝片段,基因型为I-2/-的材料均特异地扩增出一条509 bp的条带,而基因型为i-2/i-2的材料均无扩增条带.从而可建立了I-2基因的显性标记,对I-2基因进行分子识别.在此基础上,利用该标记对16个主要番茄品种进行了I-2基因鉴定,其中8个品种含有I-2基因.另外,本研究通过一次PCR和一次HindⅢ酶切建立了I-2和Tm-22双基因检测体系,为多基因鉴定及标记辅助选择提供了有力工具.     

番茄遗传资源的聚类分析研究

通过测定番茄品质特性的遗传多样性和分子标记的多态性,对番茄品种资源进行了聚类分析。结果表明,品质特性聚类分析和分子标记聚类分析最后都形成了四大类群,而且都把果实硬度大、软化速度慢、果型长圆、含水量低、可溶性固形物含量高的加工番茄聚合在了一起,说明一些分子标记可能和控制番茄加工品质特性的基因有比较紧密的连锁关系。分子标记更能灵敏地区分不同品种间的遗传差异。不同类群间品质性状的差异明显大于群内不同品种间的差异,说明聚类分析是鉴别品种资源遗传差异程度、筛选核心资源的有效手段。     

陆地棉耐盐相关EST-SSR以及EST-InDel分子标记的开发

随着棉花基因组学、转录组学等重要学科的快速发展,针对候选基因进行序列多样性分析,开发基于候选基因的分子标记,将能够极大推进棉花分子育种研究。本研究利用高通量的测序技术对耐盐陆地棉品种Miscott 7913-83和盐敏感品种苏棉12盐胁迫前后根、叶总RNA的混样进行了转录组测序,对不同盐处理时期Miscott 7913-83和苏12根和叶分别进行表达谱分析。获得3232条盐胁迫下差异表达基因;基于差异表达基因利用生物信息学手段大规模开发了SSR以及In Del等分子标记;随机选择了部分SSR及In Del引物进行验证,进一步证实了分子标记的准确性。本研究为快速开发陆地棉品种间多态性分子标记提供了高效可行的分析方法,通过开发陆地棉耐盐相关功能标记,以期用于分子标记辅助育种改良陆地棉耐盐性。     

基于RAD-seq的荸荠SSR标记开发

荸荠(Eleocharis dulcis)是一种重要的特色水生蔬菜,为开发用于荸荠遗传学研究的简单重复序列(SSR)分子标记,本研究基于RAD-seq技术对荸荠进行简化基因组测序,并进行SSR标记开发与引物设计。结果显示,共检测到5039个SSR位点,其中4127个SSR位点可利用并成功设计引物。在可利用的SSR位点中,三碱基重复基序类型所占比例最高,数量为1894个,占位点总数的45.89%;其次是二碱基重复基序类型,数量为1406个,占位点总数的34.07%。随机选取了100对引物进行有效性验证,扩增成功率为93%,从扩增成功的引物中选取83对引物对两个品种进行多态性检测,83对引物共得到232条条带,其中多态性条带为128条,具有多态性的引物为60对,多态性比率为72.28%。通过RAD-seq开发的荸荠SSR标记有效性和多态性较高,为后期荸荠种质资源的高效利用、品种的遗传改良及分子育种提供了基础。     

功能标记及在品种鉴定和辅助育种中的应用前景

功能标记是根据功能基因内部引起表型性状变异的多态性基序开发出来的一种新型分子标记.由于来自基因内的功能性基序,此类标记不需要进一步验证就可以在不同的遗传背景下确定目标等位基因的有无.本文详细描述了功能标记的概念及与其它几种类型遗传标记相比存在的优势:提出了功能标记开发的基本条件和发展策略.利用关联分析方法和近等基因系途径可以获得直接或间接的功能标记.结合本单位的研究方向,探讨了功能标记在分子标记辅助育种和品种鉴定中的应用潜力和开展相关工作的一些设想.     

基于生物信息学与生物技术开发植物分子标记的研究进展

各种序列数据库的迅猛增长与生物信息软件的不断开发使基于序列资源的标记开发更加便捷,各类分子生物学技术的涌现及高通量检测平台的建设为实验室开发分子标记提供了强有力的技术支持.本文从生物信息学角度概述了SNP、SSR等分子标记开发的方法、特点及应用现状,并介绍了利用分子生物技术开发SSR、SRAP、TRAP标记的手段及从RAPD、AFLP等标记向单位点特异性PCR标记(如SCAR、CAPS、dCAPS等)转化的进展.最后,对不同植物标记开发策略的选择及以上各种技术在功能标记开发中的应用前景作了展望.     

DNA分子标记在洋葱遗传育种研究中的应用

DNA分子标记技术的出现大大提高了遗传分析的准确性和选育品种的有效性,在植物遗传育种领域越来越受到重视.洋葱属于二年生植物,一个世代需要三年,具有育种年限长的问题.利用分子标记辅助选择是缩短洋葱育种年限,加快育种进程极其有效的途径.本文综述了DNA分子标记技术在洋葱遗传图谱构建、遗传多样性分析、种质鉴定、鉴定洋葱细胞质类型、重要性状的分子标记辅助选择和数量性状的基因定位等方面的应用,讨论了洋葱遗传育种中分子标记技术的现状及存在的问题,并对洋葱分子标记辅助育种的应用前景进行了展望.指出洋葱高密度的遗传图谱还有待于建成,对于数量性状标记的鉴定,还有待于进一步开发、快速和准确定位的QTL,关于洋葱抗病基因的标记需要深入研究.