分子标记技术在兰花遗传育种中的应用

分子标记技术在兰花遗传图谱构建、遗传多样性和物种亲缘关系、分子标记辅助选择、品种（系）指纹图谱构建及杂种纯度鉴定等研究领域可广泛应用.综述了随机扩增多态性DNA标记（RAPD）、扩增片段长度多态性标记（AFLP）、限制性片段长度多态性（RFLP）、单核苷酸多态性标记（SNP）等分子标记的基本原理、主要特点以及在兰花育种研究应用中的情况和展望.     

菜薹KASP-SNP指纹图谱构建及品种鉴定

利用前人已开发的200个芸薹种KASP-SNP分子标记对89份菜薹品种进行基因分型，共有131个标记分型成功，转化率为65.50%，缺失率为0.06，次要等位基因频率（MAF）为0.21，观测杂合度为0.21，多态性信息含量（PIC）为0.27，并将这些标记用于系统进化树构建及群体结构分析。进一步基于次要等位基因频率大于0.25，多态性信息含量大于0.35，缺失率小于0.03，杂合率小于0.6等参数，筛选出18个核心KASP-SNP分子标记，并构建了89份菜薹品种的SNP指纹图谱，证明了KASP技术在菜薹品种鉴定中的可行性。     

黄瓜主要农艺性状分子标记研究进展

黄瓜（Cucumis sativus L.）是一种重要的蔬菜作物,在世界各地广泛种植。随着时代发展,分子技术应用越发广泛,其中分子标记具有数量多、多态性高、快速、便捷等优点,能够在分子层面上对黄瓜的农艺性状进行准确快速的选择。在黄瓜遗传育种中,分子标记对育种的有效性和准确性已得到充分证明,因此,综述了分子标记在黄瓜果实相关性状（果实苦味、果皮光泽、果皮颜色和果刺等）、抗病性（霜霉病、白粉病和枯萎病等）、品种纯度等方面的研究进展,探讨了黄瓜分子标记存在的问题和未来的发展方向,以期为黄瓜主要农艺性状分子标记开发及相关研究提供参考和借鉴。     

磁珠富集法制备莲藕基因组的微卫星分子标记

采用磁珠富集法FIASCO，设计生物素标记的寡核苷酸Biotin-（AG）13作探针，分离莲藕（Nelumbo nucifera Gaertn．）的微卫星分子标记，从所获得的阳性克隆中选取42个测序，结果36个克隆（85．0％）含有微卫星序列，其中23个（63．9％）重复数在10以上，19个（52．8％）为完美型。设计并且合成24对微卫星引物，经筛选其中16对为有效引物（66．7％），能扩增出多态性条带。     

SSR与AFLP标记在甜瓜连锁图谱上的分布

利用3-2-2×TopMark杂交组合,得到152株重组自交系群体,构建甜瓜分子遗传图谱。该图谱包括71个SSR标记和94个AFLP标记,由17个连锁群构成,覆盖基因组总长度1 222.9 cM,标记之间平均距离为7.41 cM。筛选了428对SSR分子标记（其中360对为EST-SSR引物,68对为g-SSR引物）,得到94对具有多态性的SSR标记,其片段大小在150～300 bp之间,多态性比例占21.29 %;筛选了256对EcorI/MseI AFLP引物组合,得到22对AFLP多态性引物,共含有146个AFLP多态性位点,其片段大小在100～600 bp之间。SSR标记较平均的分布在染色体上,AFLP标记在LG1、LG12及LG14上出现聚集现象。     

越橘反转录转座子插入多态性分子标记开发及品种鉴别

从蔓越橘（Vaccinium macrocarpon Ait.）品种‘Ben Lear’基因组序列中发掘了398 014 bp的长末端重复序列反转录转座子（LTR-RT）,占整个基因组序列的11.17%;鉴别出228条Ty1-Copia家族成员和137条Ty3-Gypsy家族成员。以45个越橘（Vaccinium spp.）品种和1个蔓越橘品种为材料,从53对基于LTR-RT插入位点开发的引物中筛选出17对多态性引物,建立了越橘品种的LTR-RT插入多态性（RBIP）分子标记。使用RBIP标记对46个品种进行了亲缘关系分析和分子身份证构建,其中多态性最高的位点是Vmrg1,最低的位点是Vmrg14。其PCR产物的大小变化范围为200 ~ 463 bp,最小长度片段和最大长度片段分别出现在位点Vmrc19和Vmrc3。46个品种基于遗传距离聚为6组,组Ⅰ包括3个北高丛越橘品种,蔓越橘单独聚为组Ⅵ,其他4组中北高丛越橘、南高丛越橘或兔眼越橘混杂在一起。利用17个位点组成的“1”、“0”字符串构建了45份越橘品种和1份蔓越橘品种的唯一分子身份证,为越橘品种的鉴别提供了参考。     

SSR标记在植物种质资源鉴定的应用进展

简单重复序列标记(Simple Sequence Repeat,SSR)是一种基于串联重复序列两侧的保守序列设计引物进行PCR扩增,电泳分析扩增产物长度多态性的分子标记。该标记重复性好、多态性丰富、通用性高,近年来在植物种质资源鉴定方面的应用深入而广泛。本研究综述了SSR标记在遗传多样性与亲缘关系评价、品种鉴定与纯度分析、遗传连锁图谱及指纹图谱构建等方面的应用进展,以期为SSR分子标记进一步的研究与应用提供参考。     

RAPD技术与果树种质资源及育种研究

自60年代以来，分子标记技术迅速发展，极大地加深了人们对生物遗传规律的认识。在众多的DNA分子标记中，由Willims等（1990）和Welsh等（1990）建立起来的RAPD（RandomAmplifiedPoly-mbrphicDNA，随机扩增多态性DNA）技术，以其快速、准确、灵敏度高等特点，一开始就受到生物学家的重视，在分类研究（Taxonomy）、品种鉴定（Va-rietyIdentification）、系谱分析（Pedigree）、遗传图谱构建（GeneticMapping）、基因f＄1己（GeneticTag-ging）等方面得到广泛应用。本文简要介绍RAPD技术的原理、特点及其在果树种质资源和育种研…     

杏杂合位点共显性标记的分离方式及连锁图谱构建

以‘串枝红’ב金太阳’杏的F1代为材料,在分析共显性标记分离方式的基础上利用简单重复序列（SSR）和相关序列扩增多态性（SRAP）标记,构建了两张杏分子连锁图谱。‘串枝红’图谱共14个连锁群,包含37个SSR标记和32个SRAP标记,连锁群总长度为1086.6cM,每连锁群平均长度77.6cM,标记间平均连锁距离为1...     

基于SSR分子标记的栽培种茄子遗传多样性分析

用105对茄子SSR引物对34份茄子高代材料进行遗传多样性分析。试验结果表明：47个标记在供试材料中有多态性,共检测出148个多态性位点。多态性信息含量（PIC）的变化范围是0.025 4～0.909 3,显示了较高的多态性。供试材料遗传相似系数在0.63～0.93之间,供试材料之间的遗传差异不大,遗传基础相对狭窄。利用UPGMA聚类分析,将供试材料归为两大类4个亚类,SSR分子标记与果实性状聚类分析结果基本一致。     

山楂（Crataegus pinnatifida Bge.)遗传多样性的RAPD和ISSR标记分析

 利用RAPD和ISSR标记对35份山楂（Crataegus pinnatifida Bge.）资源进行了DNA多态性分析。12个RAPD引物共扩增出110条清晰的谱带,其中89条显示多态性,平均每个引物扩增出7.4条多态性谱带。13个ISSR引物共扩增出110条清晰的谱带,其中94条显示多态性,平均每个引物扩增出7.2条多态性谱带。基于RAPD和ISSR标记,利用UPGMA分别构建了35份山楂资源的聚类树状图。距离系数分别为0～0.62（RAPD）和0～0.64（ISSR）,表明山楂具有较高的遗传多样性。     

利用重组自交系群体构建番茄AFLP 遗传连锁图谱

 以普通栽培番茄（Solanum lycopersicum）99165-30为母本,野生多毛番茄（Solanum habrochaites）LA1777为父本进行杂交,通过单粒传得到了含有80个F_5︰6家系的重组自交系分离群体,利用荧光AFLP分子标记技术构建番茄分子遗传连锁图谱。AFLP标记采用MseⅠ和EcoRⅠ两种内切酶及荧光标记（IRD-700或IRD-800）的E + 3和非荧光标记的M + 3引物组合进行选择性扩增,扩增结果经95 ℃预变性后在6%变性聚丙烯酰胺凝胶上电泳2.5 h,运用LICOR 公司的NEN Global Edition IR² DNA Analyzer（Model 5200 LI-COR Biosciences,Lincoln,NE）荧光扫描检测DNA多态性。对RILs群体中产生分离的274个AFLP标记运用JoinMap 3.0软件分析,得到一张番茄分子遗传连锁图谱,图谱总长度为662 cM,共包括18个主要连锁群,125个多态性分子标记。每条连锁群上的标记数在3 ~ 22个之间,连锁群的长度在14.0 ~ 58.0 cM的范围内,平均图距在 2.27 ~ 13.3 cM。总平均距离5.3 cM,本研究中构建的番茄永久遗传图谱,为番茄分子辅助育种及重要农艺性状的定位奠定了基础。     

AFLP技术及其在果树遗传育种上的应用

分子标记是继形态学标记、细胞学标记和生化标记之后发展起来的一种新的遗传标记形式，是DNA分子碱基序列变异的直接反映。分子标记不受内外环境、发育阶段和组织器官的影响，数量极多，多态性高，与基因表达与否无关，且操作简单，检测迅速，因此在农业科研中得到了广泛的应用。果树基因组高度杂合，而且具有童期，因此遗传育种的难度较大、周期长、效率不高，分子标记在果树上的应用大大提高了果树遗传育种的效率。果树上常用的分子标记方法有RFLP、RAPD、AFLP、SSR和ISSR等。     

与枣核性状相关联的RAPD标记的筛选

用 ３４０个随机引物，对枣有核池和无核池进行了扩增，共扩增出 ３ ３４８条 ＤＮＡ带，选出 １１个多态性引物，进一步用这１１个引物进行个体验证，发现只有引物 Ｓ１５４在金丝小枣的 １６个类型中（占供试有核类型 ８８．２１％）扩增出一条８２０ ｂｐ的特异带，而无核小枣的６个类型中（占供试无核类型８５．７１％）无此特异带。综合分析初步认为，Ｓ１５４８２０是与枣有核性状相关的分子标记，该标记需进一步验证。     

AFLP分子标记在果树上的应用

AFLP（扩增片段长度多态性）是一种新的DNA分子标记技术。该文主要对其基本原理进行了简要介绍,并从果树种质资源、果树遗传育种等方面,概述了AFLP标记在果树上的应用进展,评述了其存在的问题和应用前景。     

SSR分子标记及其在植物遗传育种中的应用

分子标记技术是基于生物体基因组的遗传分析方法,在植物的亲缘关系分析、遗传多样性分析、遗传图谱构建、分子辅助育种、品种鉴定等研究中已有广泛应用。其中微卫星分子标记(Simple sequence repeats,SSRs)技术作为一种新世纪遗传学研究工具,以其信息量大,重复性好、可靠性高和多态性丰富等优点,在植物遗传育种研究中表现出很大的优势。本文简要介绍了简单重复序列(SSRs)标记的分布、功能、技术优缺点和产生多态性的机理,并对SSR标记在植物遗传多样性、遗传图谱构建、基因定位与克隆、分子标记辅助育种等研究中的应用情况进行了综述,为植物资源利用、开发和保护等研究领域的应用提供参考。     

与梨黑星病抗性基因连锁的AFLP标记筛选及SCAR标记转化

以‘鸭梨’（Pyrus bretschneideri）ב雪青’梨（P. bretschneideri × P. pyrifolia）F1代群体（97株）为试材,采用扩增片段长度多态性（amplified fragment length polymorphism,AFLP）技术和集群分类法（bulked segregant analysis,BSA）筛选与梨抗黑星病基因连锁的分子标记。通过64对AFLP标记引物在亲本和分离群体中的筛选和验证,获得与梨抗黑星病基因紧密连锁标记两个,即ACA/CAA-179和AAC/CAG-198。它们与抗黑星病基因的遗传距离分别为5.2和8.3 cM。对AFLP标记片段的克隆和测序结果显示其长度分别为179和198 bp。根据序列信息设计特异引物,在杂交后代群体上的PCR分析表明AFLPACA/CAA-179标记被成功转换成SCAR标记,命名为SCAR-117。本研究结果将有助于对抗黑星病梨品种资源的分子鉴定及杂种后代的早期辅助选择。     

SSR标记技术在马铃薯遗传育种研究中的应用

基于PCR基础上发展起来的SSR分子标记技术具有共显性遗传、多态性高、重复性好、稳定性好、操作简单等优点，本文简述了SSR分子标记技术的基本原理与特点，重点对马铃薯SSR引物的开发及其在马铃薯品种鉴定、遗传图谱构建与数量性状基因定位、分子标记辅助选择育种的研究现状进行了分析，并对其应用前景进行了展望。     

葡萄SNP 标记的CAPS 和TSP 分析

 为了建立起葡萄SNP 标记分析的一般方法和探索EST-SNP 标记在葡萄中的应用，对前期开 发的葡萄EST-SNP 位点进行了筛选，设计了28 对CAPS（cleaved amplified polymorphic sequences，酶切 扩增多态性序列）标记引物和22 对TSP（Temperature-switch PCR，温度转变PCR）标记引物，并在31 份葡萄材料中进行了分析，其中20 对CAPS 引物和10 对TSP 引物电泳条带较清晰，多态性较好。基 因分型统计显示：所有的SNP 位点均含有2 个等位基因，平均多态性信息含量（PIC）为0.336，平均 Shannon’s 信息指数为0.511。基因分型和葡萄材料聚类结果均显示这两种方法所获结果提供的信息量大且 结果可靠。本方法简便、成本低，可作为SNP 分型有效方法用于葡萄品种鉴定、基因分型和遗传多样性 分析等。     

ISSR及其在果树上的应用

ISSR是一种基于微卫星序列发展起来的新的分子标记,具有简便、稳定、DNA多态性高等优点。ISSR标记呈孟德尔式遗传,大部分ISSR标记为显性标记。综合有关文献就ISSR的原理、操作及其在果树种质鉴定、遗传多样性检测、亲缘关系分析和遗传图谱构建等方面的应用和进展进行简要的阐述。