吉林番茄黄化曲叶病毒分离物的检测及其DNA-A全基因组序列分析

从吉林省松原市田间表现黄化曲叶症状的番茄上分离到病毒分离物JLSY,基因组全序列测定结果表明,基因组全长2781 bp,共编码6个ORF。序列比对表明,JLSY基因组与番茄黄化曲叶病毒（TYLCV）安徽分离物（FN650807）相似性最高,为99.5%,而与其他双生病毒的序列相似性低于89%。经系统进化分析,该病毒分离物属于TYLCV以色列株系（TYLCV-IL）。这是首次在我国吉林省检测到番茄黄化曲叶病毒。     

江苏菜豆上分离的番茄黄化曲叶病毒基因组序列分析

 2012年,江苏南京菜豆上出现了一种新的病毒病害,病株表现明显的叶片皱缩、植株矮化等症状。根据其症状及介体发生状况,对其伴随的病毒种类进行了研究,结果从中检测到一种粉虱传双生病毒,对其基因组DNA-A组分克隆测序后发现其全长2 781 bp,编码6个ORF,BLAST及聚类分析结果显示该病毒与番茄黄化曲叶病毒同源性最高(99%),是番茄黄化曲叶病毒的一个分离物。这是江苏省番茄黄化曲叶病毒侵染菜豆的首次报道,暗示番茄黄化曲叶病毒可能是我国菜豆种植的重要潜在威胁。     

北京地区番茄黄化曲叶病病毒分离物测定及株系的初步鉴定

 番茄黄化曲叶病毒病是番茄生产中的一种毁灭性病毒病害,2009年传入北京。利用烟粉虱传双生病毒简并引物PA/PB对2010年~2011年采集自北京市5个区县的53个番茄样品进行检测,30个表现典型黄化曲叶病症状的样品均扩增得到约500 bp的特异条带,测定了其中7个样品的部分序列,经序列比对分析表明其为番茄黄化曲叶病毒（Tomato yellow leaf curl virus, TYLCV）。利用TYLCV特异引物TJ-F/TJ-R、TY-F/TY-R对样品BJDXXY、BJFS02、BJFS03、BJMY2231进行TYLCV基因组克隆和序列测定,经分析4个样品携带的TYLCV基因组长度均为2 781碱基,编码6个蛋白。基因组序列比较发现,这4个分离物与TYLCV-Israel株系同源性达到98%以上;通过建立系统发育树,发现BJDXXY、BJFS02、BJFS03与河北分离物（HBLF4）、山东分离物（SDSG）亲缘关系较近,BJMY2231与上海分离物（TYLCV-Israel）、江苏分离物（JSNJ1）亲缘关系较近。     

广东省番茄黄化曲叶病毒的分子鉴定及序列分析

番茄黄化曲叶病毒病是世界番茄生产上一种毁灭性病害,番茄黄化曲叶病毒Tomato yellow leaf curl virus(TYLCV)是引起该病害的主要病原病毒之一。本文采用滚环扩增及基因克隆方法,获得了侵染广东佛山和肇庆番茄的TYLCV 4个分离物全基因组;它们均为2 781 nt,编码6个ORF,其中病毒链上编码AV1和AV2,互补链上编码AC1、AC2、AC3和AC4。同源性比较结果表明,4个广东分离物基因组序列两两间同源性为99%以上;与已报道的TYLCV各分离物同源性在90%以上,而与来自中国不同地区的TYLCV分离物的同源率均在98%以上。系统进化分析显示,广东分离物与来自中国不同地区的TYLCV分离物亲缘关系较近,并聚类在一个分支。因此,侵染引起广东佛山和肇庆番茄黄化曲叶病的病毒应来自国内其他地区。本研究是对TYLCV广东分离物分子特征的首次报道。     

应用PCT方法检测烟粉虱传双生病毒

番茄黄化曲叶病毒属于双生病毒,根据其外壳蛋白基因保守序列设计简并引物,对杭州和海宁地区番茄上疑似番茄黄化曲叶病毒进行PCR检测,获得产物克隆到pMD18－T载体中,经测序和序列分析,表明杭州和海宁地区发生的病毒是番茄黄化曲叶病毒,并且两地区病毒核苷酸序列同源性达97．5％。     

应用PCR方法检测烟粉虱传双生病毒

番茄黄化曲叶病毒属于双生病毒,根据其外壳蛋白基因保守序列设计简并引物,对杭州和海宁地区番茄上疑似番茄黄化曲叶病毒进行PCR检测,获得产物克隆到pMD18-T载体中,经测序和序列分析,表明杭州和海宁地区发生的病毒是番茄黄化曲叶病毒,并且两地区病毒核苷酸序列同源性达97.5%。     

河北省番茄黄化曲叶病毒病的分子鉴定初报

双生病毒是一类具有孪生颗粒形态的植物单链病毒,目前双生病毒病害已在多个国家和地区的作物上造成严重危害。近年来,我国多省报道作物上有这类病毒的发生,且有逐年加重和扩散的趋势。根据危害番茄的双生病毒DNA A序列保守区设计简并引物,对2009年4月采自河北省魏县表现叶片黄化、曲叶症状的4个番茄样品进行PCR检测,均为双生病毒阳性,对样品的扩增片断进行了克隆测序,经序列比对分析,与番茄黄化曲叶病毒（Tomato leaf curl virus,TYLCV）山东分离物（FJ646611.1）序列相似性为99.25%~99.55%,说明河北番茄黄化曲叶病由TYLCV引起。     

番茄黄化曲叶病毒的鉴定与群体进化分析

番茄黄化曲叶病(tomato yellow leaf curl disease,TYLCD)是番茄上的重要病害,可由多种双生病毒引起。为了明确北京地区番茄黄化曲叶病的病毒种类和病毒基因组变异情况,本研究收集了51个采自北京不同区县的病毒疑似样品,进行了双生病毒的检测及分离物的基因组分析。经双生病毒简并引物检测25个样品呈阳性;扩增获得10个代表性分离物的全基因组,大小均为2 781bp,共含有6个开放阅读框;经比对,10个分离物与Tomato yellow leaf curl virus-Israel(TYLCV-IL)同源率大于99%;基于我国TYLCV分离物全基因组序列的变异分析表明,TYLCV在进化上比较保守,整个基因组上的变异是不均匀的;系统发育树显示我国TYLCV分离物在进化树上可分为3个组群,分析了我国TYLCV群体进化情况。     

新疆番茄黄化曲叶病毒检测及其DNA-A基因组序列分析

2012年,在新疆喀什、吐鲁番和伊犁地区发现番茄、辣椒、茄子、曼陀罗、仙客来、一品红和红掌等7种植物表现矮化、叶片黄化、卷曲等疑似双生病毒的感病症状。检测结果表明：以上7种植物均能被番茄黄化曲叶病毒 (Tomato yellow leaf curl virus, TYLCV)侵染。本试验共获得8个TYLCV病毒分离物,分别为番茄分离物KSCTo4、KSCTo16、KZPTo18、KYCTo20,辣椒分离物KSCPe6、KSCPe7,茄子分离物KSCEg1,曼陀罗分离物KSCDa。8个分离物全部序列均具有菜豆金色花叶病毒属Begomovirus病毒基因组典型特征,分离物在不同寄主上的序列差异较小,序列间相似性达99.0%～99.8%,与中国已报道的TYLCV分离物SH3、ZJ6、SD2A 7、HNSQ、HBBD的相似性达98.6%～99.5%。     

番茄黄化曲叶病毒在湖北首次报道

2014年春季,在湖北省武汉市发现种植的番茄表现植株矮缩,叶片上卷,叶缘黄化等症状。PCR检测结果显示,所有采集的病样中均存在菜豆金色花叶病毒属病毒。进一步通过滚环扩增方法获得了该病毒的湖北分离物HB01的全基因组。基因克隆及序列分析结果表明,该病毒基因组全长为2 781nt,与已报道的番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)各分离物同源性在89.0%以上,而与来自中国不同地区的TYLCV分离物的同源率均在97.0%以上。因此,HB01属于TYLCV的一个分离物。     

侵染新疆加工番茄的中国番茄黄化曲叶病毒 DNA-A的基因组特征

 从新疆加工番茄上分离到病毒分离物XJ26-4,对其基因组DNA-A 全序列测定表明,XJ26-4 DNA-A 全长2 737 个核苷酸(GenBank 登录号:FN985163),具有典型的双生病毒基因组特征。进一步序列比较发现,XJ26-4 DNA-A 与中国番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl China virus, TYLCCNV)各分离物的同源性最高,达到91. 2% ~ 99. 5% ,而与其他双生病毒的序列相似性均在79. 5% 以下,表明XJ26-4 是TYLCCNV 的一个分离物。这是首次明确新疆加工番茄受到粉虱传双生病毒的侵染。     

The Natural Occurrence of Two Distinct Begomoviruses Associated with DNAbeta and a Recombinant DNA in a Tomato Plant from Indonesia

ABSTRACT Two begomoviruses (Java virus-1 and Java virus-2), two satellite DNAs (DNAbeta01 and DNAbeta02), and a recombinant DNA (recDNA) were cloned from a single tomato plant from Indonesia with leaf curl symptoms, and the role of these satellite DNAs in the etiology of begomovirus disease was investigated. The genome organizations of the two viruses were similar to those of other Old World monopartite begomoviruses. Comparison of the sequences with other begomoviruses revealed that Java virus-1 was a newly described virus for which the name Tomato leaf curl Java virus (ToLCJAV) is proposed. Java virus-2 was a strain of Ageratum yellow vein virus (AYVV) (AYVV-[Java]). ToLCJAV or AYVV-[Java] alone did not induce leaf curl symptoms in tomato plants. However, in the presence of DNAbeta02, both ToLCJAV and AYVV-[Java] induced leaf curl symptoms in tomato plants. In the presence of DNAbeta01, these viruses induced mild leaf curl symptoms in tomato plants. The recDNA had a chimeric sequence, which arose from recombination among ToLCJAV, AYVV-[Java], DNAbeta01, and DNAbeta02; it was replicated only in the presence of AYVV-[Java] in tomato plants.     

Tomato leaf curl Guangxi virus is a distinct monopartite begomovirus species

Three begomovirus isolates were obtained from tomato plants showing leaf curl symptoms in Guangxi province of China. Typical begomovirus DNA components representing the three isolates (GX-1, GX-2 and GX-3) were cloned and their full-length sequences were determined to be 2752 nucleotides. Nucleotide identities among the three viral sequences were 98.9–99.7%, but all shared <86.7% nucleotide sequence identity with other reported begomoviruses. The sequence data indicated that GX-1, GX-2 and GX-3 are isolates of a distinct begomovirus species for which the name Tomato leaf curl Guangxi virus (ToLCGXV) is proposed. Further analysis indicated that ToLCGXV probably originated through recombination among viruses related to Ageratum yellow vein virus, Tomato leaf curl China virus and Euphorbia leaf curl virus. PCR and Southern blot analyses demonstrated that isolates GX-1 and GX-2 were associated with DNAβ components, but not isolate GX-3. Sequence comparisons revealed that GX-1 and GX-2 DNAβ components shared the highest sequence identity (86.2%) with that of Tomato yellow leaf curl China virus (TYLCCNV). An infectious construct of ToLCGXV isolate GX-1 (ToLCGXV-GX) was produced and determined to be highly infectious in Nicotiana benthamiana, N. glutinosa, tobacco cvs. Samsun and Xanthi, tomato and Petunia hybrida plants inducing leaf curl and stunting symptoms. Co-inoculation of tomato plants with ToLCGXV-GX and TYLCCNV DNAβ resulted in disease symptoms similar to that caused by ToLCGXV-GX alone or that observed in infected field tomato plants.     

北京地区番茄黄化曲叶病毒病的鉴定及防治对策

番茄黄化曲叶病毒病是一种由烟粉虱传播的病毒病,给番茄生产造成严重威胁。2009年在北京郊区调查时发现部分保护地种植的番茄植株表现典型黄化曲叶症状。通过提取典型症状样品总DNA利用粉虱传双生病毒检测简并引物PA/PB,进行PCR扩增到541bp的特异条带。通过测序和核苷酸序列比对表明该序列与番茄黄化曲叶病毒序列相似性最高为99%。分子检测结果表明北京郊区部分保护地种植的番茄已被烟粉虱传播的番茄黄化曲叶病毒侵染危害。     

不同番茄品种对5种植物双生病毒的抗病性鉴定

 由粉虱传双生病毒引起的番茄曲叶病［1］在我国最初仅分布在海南、云南、广东和广西,自2006年上海市和浙江省先后在番茄上发现番茄黄化曲叶病毒（Tomato yellow leaf curl virus,TYLCV）以来,该病害蔓延迅速,在多个省份的番茄上暴发成灾［2］。引起番茄曲叶病害的病原较复杂,在我国其主要病原为TYLCV、中国番木瓜曲叶病毒（Papaya leaf curl China virus, PaLCuCNV）、中国番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl China virus, TYLCCNV)、泰国番茄黄化曲叶病毒（Tomato yellow leaf curl Thailand virus, TYLCTHV）和台湾番茄曲叶病毒（Tomato leaf curl Taiwan virus, ToLCTWV）［2~5］,而浙江省的主要病原为TYLCV和ToLCTWV。选育抗病品种是防治番茄黄化曲叶病最有效的手段。了解番茄品种对不同双生病毒的抗性,对因地制宜布局抗病品种具有重要意义。浙杂502、浙粉701、浙粉702是浙江省大规模种植的番茄品种,为了解这些品种对上述5种病毒的抗性,本研究利用5种病毒的侵染性克隆,在人工接种条件下,综合评定分析这3个番茄品种的抗病指标。     

刺茄中分离的中国番茄黄化曲叶病毒及伴随的卫星DNA分子的全基因组结构

 从云南砚山刺茄(Solanum aculeatissimum)上分离到病毒分离物Y322,全序列测定表明,Y322 DNA-A全长2 730个核苷酸,共编码6个ORF。基因组比较发现,Y322 DNA-A与中国番茄黄化曲叶病毒(TYLCCNV)各分离物的同源性最高(88.3%~99.2%),而与其它双生病毒的同源性均在79.6%以下,表明Y322是TYLCCNV的一个分离物。利用DNAβ的特异性引物在Y322中扩增到DNAβ分子(Y322 β),序列分析表明,其全长1 331个核苷酸,与TYLCCNV伴随的DNAβ的同源性最高,达75.1%~93.1%,而与已报道的其它种类的DNAβ的同源性均低于55.4%。这是首次在刺茄中检测到中国番茄黄化曲叶病毒。     

Detection of Tomato yellow leaf curl virus in imported tomato fruit in northern Europe

Imported tomato fruits infected with Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV) were identified on the market in northern Europe using paper‐based FTA Classic Cards (Whatman), polymerase chain reaction (PCR) and partial DNA sequence analysis. Trade tomatoes originating from southern Europe, Africa and the Middle East were sampled in Estonia and Sweden, and tested for infection with begomoviruses. Out of 100 batches analysed with five fruits sampled in each batch (58 batches from Estonia and 42 from Sweden), 20 batches were positive (16 from Estonia and four from Sweden). Rolling circle amplification (RCA) and full‐length genome sequence analysis of one isolate collected in Estonia and one isolate in Sweden, revealed highest nucleotide sequence identity at 99% to TYLCV‐IL for the Estonian isolate and at 97% to TYLCV‐Mld for the Swedish isolate. In this study, TYLCV was identified for the first time in imported tomato fruits on the market in northern Europe. FTA cards proved to be an effective means to collect, extract and store begomovirus DNA from tomato fruits and the subsequent molecular analysis.     

侵染广西番茄的番茄黄化曲叶病毒的分子鉴定

番茄黄化曲叶病毒病是番茄生产上的毁灭性病害,严重影响番茄产量及品质。2019年从广西百色市采集疑似番茄黄化曲叶病叶片样品,采用滚环扩增(RCA)及基因克隆等方法,获得了4个烟粉虱传双生病毒的全基因序列,4个分离物的全长序列分别为2 776、2 781、2 752、2 781 bp,均编码6个开放阅读框;核苷酸相似性比较发现,4个分离物彼此间的相似性均在90%以上,与已报道的番茄黄化曲叶病毒Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV)各分离物间的相似性也在91%以上;系统进化分析表明,TYLCV广西分离物BS-2和BS-4与TYLCV-Hunan、BS-1和BS-3与TYLCV-YN6553等分离物处于独立的小分支,说明TYLCV广西分离物与TYLCV-Hunan、TYLCV-YN6553具有较近的亲缘关系。本研究首次报道TYLCV在广西发生。