ADSL和GARS-AIRS-GART基因多态位点及聚合基因型对白耳鸡胸肌肌苷酸(IMP)含量的效应分析

采用PCR-SSCP方法检测白耳鸡(gallus)腺苷琥珀酸裂解酶基因(ADSL)外显子2和甘氨酰胺核苷酸合成酶-5-氨基咪唑核苷酸合成酶-甘氨酰胺核苷酸转甲基酶基因(GARS-AIRS-GART)5'侧翼区多态性,分析多态位点不同基因型及聚合基因型与90日龄胸肌肌苷酸(IMP)含量的关联,并比较分析了不同聚合基因型个体的生产性能.结果表明,ADSL基因外显子2和GARS-AIRS-GAR丁基因5′侧翼区的多态位点C3484T和C-179T与IMP含量显著相关(P<0.05),TT为两种有利单基因型,其对IMP含量的加性效应分别为0.1710和0.128 mg/g,显性效应分别为-0.025和0.031 mg/g.两种有利单基因型聚合个体TTTT的IMP含量显著高于其它基因型聚合个体(除TTCC型),且在聚合基因型中两种有利单基因型TT对IMP含量的影响均达到显著水平(P<0.05),但两者间的互作效应并不显著(P>0.05).TTTT聚合基因型个体的90日龄平均体重和72周龄产蛋性能仍保持相对稳定.     

生长分化因子-9(GDF9)基因多态性与邵伯鸡母系产蛋性状的关联性分析

为探讨生长分化因子-9基因(GDF9)的多态性与邵伯鸡母系产蛋性状的关系,本研究以中国农业科学院家禽研究所选育的216只邵伯鸡(Gallus domesticus)母系为材料,利用PCR-RFLP技术检测GDF9基因的SNPs,并分析基因多态性对邵伯鸡母系开产体重、开产日龄、开产蛋重、300日龄总产蛋数以及300日龄平均蛋重之间的关系。结果显示,在外显子2发现3个突变位点,G2051A位点检测到3种基因型GG、GA和AA,相关分析显示,GG基因型个体的开产体重和开产蛋重显著低于AA型个体(P0.05),而300日龄产蛋数显著高于AA型个体(P0.05);T2273C位点检测到2种基因型TT和TC,TT基因型个体与CT基因型个体的各性状差异均不显著(P0.05),C2336T位点检测到3种基因型CC、CT和TT,CT基因型个体的开产日龄显著早于CC与TT型个体(P0.05),其300日龄产蛋数显著高于CC型与TT型个体(P0.05)。3个位点的联合基因型GGCTCT对开产体重、开产日龄、开产蛋重、300日龄平均蛋重、300日龄产蛋数均有显著影响。研究结果提示,邵伯鸡母系GDF9基因的多态性与产蛋性状呈显著相关,可尝试用联合基因型GGCTCT为筛选邵伯鸡母系产蛋性状的分子标记辅助选择。     

鸡ovr基因SNPs检测及其与蛋用性状的关联分析

为研究鸡卵细胞卵黄生成受体（Occyte vitellogenesis Receptor , OVR）对鸡产蛋性能及蛋品质的影响,本试验以六个鸡种（洪山鸡、江汉鸡、双莲鸡、郧阳大鸡、郧阳白羽乌鸡、海兰褐）的一代混交群体390个个体为研究材料,采用PCR-SSCP、PCR-RF-SSCP及测序的方法进行鸡ovr基因内含子单核苷酸多态性（SNPs）位点筛选,并与鸡群蛋用性状进行关联分析。结果表明,在鸡ovr基因中发现内含子2 T3967G,内含子7 C8099T、A8296G,内含子9 A8839T、G9084A共5个突变位点;其中内含子2 HinfⅠ突变位点与开产日龄、蛋壳厚度相关极显著（p<0.01）,与产蛋量、蛋重、蛋黄比例相关显著（p<0.05）;三种基因型中TT个体在开产日龄、平均产蛋量、蛋重、蛋黄比例等方面都优于其它基因型个体。本研究结果证实了其他学者研究的结论,即ovr基因对鸡的产蛋性能和蛋品质性状有重要的影响。     

鸡卵细胞卵黄生成受体基因(ovr)SNPs检测及其与蛋用性状的关联分析

以6个鸡(Gallus gallus)品种混交群体390个个体为研究材料,采用PCR-SSCP、PCR-RF-SSCP及测序的方法进行鸡卵细胞卵黄生成受体(occyte vitellogenesis receptor,ovr)基因内含子单核苷酸多态性(SNPs)位点筛选,并与鸡群蛋用性状进行关联分析.结果表明,在鸡ovr基因中发现内含子2T3967G,内含子7C8099T和A8296G,内含子9A8839T和G9084A共5个突变位点;其中内含子2HinfⅠ突变位点与开产日龄和蛋壳厚度相关极显著(P＜0.01),与产蛋量、蛋重和蛋黄比例相关显著(P＜0.05);3种基因型中订个体在开产日龄、平均产蛋量、蛋重、蛋黄比例等方面都优于其它基因型个体.研究结果证实了ovr基因对鸡的产蛋性能和蛋品质性状有重要的影响.     

ADSL、GARS-AIRS-GART基因多态位点和聚合基因型对白耳鸡肌苷酸（IMP）含量的效应分析

采用PCR-SSCP方法检测白耳鸡ADSL基因外显子2和GARS-AIRS-GART基因5’侧翼区多态性,分析多态位点不同基因型及聚合基因型与90日龄胸肌肌苷酸（IMP）含量的关联,并比较分析了不同聚合基因型个体的生产性能。结果表明：ADSL基因外显2和GARS-AIRS-GART基因5,侧翼区的多态位点C3484T、C-179T与IMP含量显著相关（P<0.05）,TT为两种有利单基因型,其对IMP含量的加性效应分别为0.1710 mg/g和0.128 mg/g,显性效应分别为-0.025 mg/g和0.031 mg/g 。两种有利单基因型聚合个体TTTT的IMP含量显著高于其他基因型聚合个体（除TTCC型）,且在聚合基因型中两种有利单基因型TT对IMP含量的影响均达到显著水平（P<0.05）,但两者间的互作效应并不显著（P>0.05）。TTTT聚合基因型个体的90日龄平均体重、72周龄产蛋性能仍保持相对稳定。     

肌肉生长抑制素基因(MSTN)外显子1的多态性及其与边鸡生长性状的关联分析

为了对边鸡生长性状的标记辅助选择提供基础资料,本研究采用PCR-SSCP技术检测边鸡(Gallusgallus)及3个对照鸡(G.gallus)群体(京海黄鸡、尤溪麻鸡和Arbor Acre鸡)肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因外显子1的单核苷酸多态性,并与边鸡的生长性状进行相关性分析。结果表明,在边鸡、京海黄鸡和尤溪麻鸡中都检测到6种基因型(AA、AB、BB、BC、AC和CC),而在Arbor Acre鸡中只检测到4种基因型(AB、BC、AC和CC)。总共检测到3个多态位点(G2100A、G2109A和C2244G)。在6～8和12周龄时,BB基因型个体的体重显著高于AA基因型个体(P<0.05)。在14周龄时,BB基因型个体的体重显著高于AA和AC基因型个体(P<0.05)。在16～18周龄时,BB基因型个体的体重显著高于其余5种基因型个体(P<0.05)。研究结果提示,MSTN基因可能是影响边鸡生长性状的一个主效基因或是与之存在紧密遗传连锁的一个标记。     

抗粘液病毒基因（Mx）S631N多态位点与白耳鸡免疫性状和生产性能的关联分析

通过PCR-RFLP方法检测抗粘液病毒基因(Mx)S631N多态位点的等位基因A和G在白耳鸡群体中的分布;通过选配组建三种不同基因型群体(AA,AG,GG),免疫后分别于35日龄、42日龄、49日龄、70日龄和100日龄采用血凝和血凝抑制方法测定不同基因型个体的禽流感(AI)和新城疫(ND)抗体滴度,并测定不同基因型个体的90日龄体重、开产日龄和72周龄产蛋数;分析该多态位点与免疫性状和生长性状的关联.结果表明,在白耳鸡群体中Mx基因S631N多态位点的等位基因频率处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),3种不同基因型频率分别为0.233(AA),0.517(AG)和0.250(GG);在测定的日龄内不同基因型个体的AI抗体滴度和ND抗体滴度水平呈现出类似的增长和消减变化,在多个测定日龄内从基因型个体的AI抗体滴度和ND抗体滴度水平显著高于AG和GG基因型个体(P<0.05);关联分析结果表明,该多态位点与49日龄时的ND抗体滴度峰值和70日龄时的AI抗体滴度峰值间均存在显著关联(P<0.05),但不同基因型个体间的90日龄平均体重、开产日龄和72周龄产蛋数差异均不显著(P>0.05).研究结果证实Mx基因S631N多态位点可以作为提高抗病力的重要候选标记位点.     

新疆褐牛Toll样受体基因(TLR4)外显子Ⅲ2021位点突变与奶牛体细胞评分的相关性研究

Toll-样受体(toll like receptors,TLRs)可以通过识别病原微生物启动天然免疫并激活适应性免疫.以中国荷斯坦奶牛和新疆褐牛为研究对象,对TLR4基因外显子3进行了序列分析,并对发现的多态性位点进行PCR-RFLP分析,共发现TLR4 E3+1656、TLR4 E3+2021和TLR4 E3+2414三个多态位点.对TLR4E3+1656和TLR4 E3+2021位点x2检验表明:2个品种的突变均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05).运用最小二乘法分析表明,TLR4E3+1656位点的各基因型个体间的体细胞评分(SCS)差异不显著(P>0.05);而TLR4 E3+2021位点中AA与AB基因型SCS水平差异显著(P<0.05),AA与BB基因型SCS水平差异极显著(P<0.01),但AB与BB基因型SCS水平差异不显著(P>0.05).研究结果提示,TLR4E3+2021位点的AA基因型可能与抗乳房炎的抗性有关,A等位基因是乳房炎抗性的有利基因.采用RT-PCR技术检测了不同基因型的新疆褐牛个体中TLRs信号通路下游的部分基因mRNA的表达水平,结果显示,NF-κB1、NF-κB2和IL-1β基因mRNA表达水平与TLR4 E3+2021位点AB和BB两种基因型差异显著(P<0.05),TLR4、IL-10和IL-8基因mRNA表达水平与TLR4 E3+2021位点AB和BB两种基因型差异不显著(P>0.05).     

六个候选基因多态性与母猪繁殖性状关联分析

在同一个大白猪猪群中采用PCR-RFLP法进行了雌激素受体（ESR）基因、催乳素受体（PRLR）基因、卵泡促激素β亚基（FSHβ）基因、核受体辅激活蛋白1（NCOA1）基因、催乳素（PRL）基因、备解素（OPN）基因等6个与繁殖性能相关的基因多态性检测并对不同基因型的总产仔数、产活仔数及出生窝重进行了相关分析。结果表明：大白猪群体ESR、PRLR、FSHβ 和 OPN 基因的优势基因是B等位基因; NCOA1 和PRL 基因的优势基因是A等位基因。对初产母猪,NCOA1基因AB基因型个体总产仔数（TNB）、产活仔数（NBA）和出生窝重（BLW）分别比AA基因型个体少1.12 头、1.08 头和1.71 kg,差异显著（P　<　0.05）;PRL基因AA型个体TNB、NBA和BLW分别比AC基因型个体多3 头、3.23 头和5.13 kg,BC基因型个体TNB、NBA和BLW分别比AC基因型个体多3.37 头、3.84头和4.75 kg。对经产母猪,PRLR基因各基因型个体之间在TNB和BLW上存在显著差异（P　<　0.05）,杂合型个体比纯合型个体TNB和BLW分别少1.0～1.5头和1.0～1.4 kg;PRL基因AA和BC基因型个体分别比AC基因型个体BLW重1.08和1.05 kg（P　<　0.05）;OPN基因BB基因型个体比AA基因型个体TNB多2.13 头（P　<　0.05）。在对合并基因型结果分析中发现,ESR和PRLR基因的A等位基因对TNB表现出正效应,OPN基因的B等位基因对TNB、NBA和BLW都表现出正效应。     

清远麻鸡生长激素基因(GH)的SNPs检测及其对生长及繁殖性状的遗传效应

为了研究生长激素基因(GH)对清远麻鸡部分生长及繁殖性状的遗传效应,基于聚合酶链反应-连接酶检测反应(PCR-LDR)基因多态性并行检测系统,对清远麻鸡(Gallus gallus)生长激素(CH)基因内含子1的G662A位点和内含子4的T3094C,C3199T位点进行检测,并分析其对部分生长及繁殖性状的遗传效应.检测结果显示,清远麻鸡在3个位点上均产生了3种基因型,LDR分型结果同直接测序结果一致.G662A位点对生长及繁殖性状均不存在显着的效应;T3094C位点上,TT型个体的开产日龄显着晚于CC和CT型个体,其18周龄体重又显著高于CC和CT型个体;C3199T位点上,不同基因型个体仅在50周平均蛋重上存在显着差异,TT型个体的50周平均蛋重显着高于CC和CT型个体.3个位点的合并基因型对开产蛋重、50周平均蛋重以及生长性状均有显着的影响,且对生长性能的遗传效应更加明显,合并基因型AACTCC可以作为筛选清远麻鸡高的体重的分子标记.     

藏绵羊MHC-DRB1基因第3外显子的PCR-SSCP检测及其序列分析

为了研究藏绵羊DRB1基因第3外显子多态性,确定其等位基因数、核苷酸多态位点、变异类型和各等位基因间的遗传关系,本研究采用PCR-SSCP方法,分析了500只藏绵羊(Ovis aries)DRB1基因第3外显子多态性,并对不同等位基因进行克隆和测序。结果表明,藏绵羊DRB1基因第3外显子表现了8个等位基因,8个单倍型序列分析发现了15个核苷酸多态位点,与GenBank序列对比分析,有7个DRB1的等位基因是首次发现。8个DRB1第3外显子的单倍型序列NJ系统发育树呈2支分化趋势。3个种群藏绵羊中B均为优势等位基因,该位点PIC>0.5,为高度多态且显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态。研究认为,藏绵羊DRB1基因第3外显子具有丰富的多态性;藏绵羊DRB1基因最初是由2个等位基因突变分化成两大类等位基因。     

边鸡胰岛素样生长因子1基因（IGF-1）外显子3的多态性及其与繁殖性能的关系

根据GenBank中发表的鸡胰岛素样生长因子1基因(IGF-1)的序列针对外显子2和外显子3分别设计1对引物,采用PCR-SSCP技术检测边鸡(Gallus gallus)及2个对照群体(京海黄鸡(Gallus gallus)和尤溪麻鸡(Gallus gallus))的单核苷酸多态性,并与边鸡的繁殖性能进行相关性分析.结果表明,3个品种在IGF-1外显子2中未检测到多态,而在外显子3中都检测到3种基因型(AA,AB和BB).在边鸡和京海黄鸡中A等位基因为优势等位基因,而在尤溪麻鸡中B等位基因为优势等位基因.克隆测序表明,AA型与BB型相比有两处突变(93A→G和148G→A),其中148 bp处的突变导致氨基酸由谷氨酸变为赖氨酸,通过与Gen-Bank中的鸡IGF-1基因序列比对,发现两处突变分别位于IGF-1基因外显子3的62 bp和117 bp.最小二乘分析表明,AA与BB基因型个体300日龄的产蛋数存在显著差异(P<0.05).     

草鱼羧肽酶A1基因(CPA1)部分片段的单核苷酸多态性(SNP)多态性及其与生长性状的关联分析

羧肽酶A (EC 3.4.16)是一类水解蛋白和多肽底物C端芳香族氨基酸或脂肪族氨基酸残基的消化酶.在草鱼生长相关的功能基因上研究单核苷酸多态性(SNP)与生长的相关性可为草鱼的分子辅助育种提供依据.本研究根据草鱼(Ctenopharyngodon idella)EST-SNP库的羧肽酶A1基因(CPA1)重叠群的2个Contig扩增该基因的序列片段,采用直接测序法,经过序列比对,共筛到2个颠换SNP位点:C+412A和A36C,分别位于CPA 1基因外显子5的34bp和内含子3的36 bp处,前者为错义突变.然后用一个群体的296尾草鱼对这2个位点用SnaPshot的方法进行检测和分型,统计基因型频率:A36C位点的AA基因型占26.7％,AC基因型占52.0％,CC基因型占21.3％.C+412A位点的AA基因型占15.5％,AC基因型占40.5％,CC基因型占43.9％.利用一般线性模型分析2个SNP位点与草鱼体质量、体长等重要生长性状的关系.关联分析结果显示,C+36A位点不同基因型在体质量、眼间距均值上存在显著差异(P＜0.05).并且AA基因型和CC基因型在体质量、体长、体宽和眼间距上存在显著差异(P＜0.05).AA基因型各项指标均值显著高于CC基因型.C+412A位点在体质量等生长性状上差异不显著(P＞0.05),该位点和生长不相关,但是CC基因型和AC基因型在体重和肛前距上差异显著(P＜0.05),该位点CC基因型的6个生长性状均值都高于AA基因型.由两个位点组成的5种双倍型在体质量上存在显著差异(P＜0.05).双倍型D3和D5在体质量上存在差异显著(P＜0.05).双倍型D3和D8在体质量、体宽、体长、体长/头长等生长性状上都存在显著差异(P＜0.05).D3的各项指标均值最高,D8的各项指标均值最低.本研究结果显示,可以考虑将草鱼CPA1基因作为候选基因,用于草鱼的分子辅助育种.     

白羽王鸽肌生成抑制因子基因的多态性与组织表达

肌生成抑制因子在抑制成肌细胞的增殖与分化中起着重要作用。本文采用PCR-SSCP与实时定量RT-PCR方法分析白羽王鸽肌生成抑制因子（MSTN基因）的多态性和在脑、肝脏、胸肌组织中的mRNA表达水平及其与体重的相关性。结果表明在白羽王鸽MSTN基因的外显子1和外显子3区域分别检测到一个多态位点,且均属于沉默突变;肝脏、肌肉和脑组织中MSTN基因的表达量依次为肝脏〉脑〉肌肉,且差异极显著。而对不同发育阶段的乳鸽研究发现,随着乳鸽日龄（1～25d）的增长,MSTN基因在各组织中的表达量无明显的线性变化规律。该结果为进一步确定MSTN基因的作用机理提供了新的实验依据。     

催乳素基因多态性及其与小尾寒羊高繁殖力关系的研究

设计5对引物，采用PCR-SSCP技术检测催乳素（prolactin，PRL）基因外显子1至外显子5在高繁殖力绵羊品种（小尾寒羊和湖羊）和低繁殖力绵羊品种（多赛特、特克塞尔和考力代）中的单核苷酸多态性，同时研究该基因对小尾寒羊高繁殖力的影响。通过克隆测序首次获得了绵羊PRL基因外显子全序列。结果表明：外显子2在5个绵羊品种中均存在单核苷酸多态性，而其它4个外显子只在湖羊中存在单核苷酸多态性。本研究初步表明小尾寒羊PRL基因外显子2的CC型平均产羔数分别比CD型和DD型多0.39只（P<0.05）和0.98只（P<0.05），CD型和DD型小尾寒羊平均产羔数差异不显著（P>0.05）。     

水稻OsGPDH1的克隆与功能鉴定

为了解水稻甘油-3-磷酸脱氢酶基因在水稻抗逆性中的作用,本研究从水稻品种日本晴中克隆了1个编码甘油-3-磷酸脱氢酶的基因,命名为OsGPDH1,该基因编码的蛋白酶具有NAD(P)+结合域和脱氢酶域,且这2个结构域在植物中高度保守。构建过表达OsGPDH1基因载体转化水稻得到转基因植株,RT-qPCR分析表明,OsGPDH1基因在水稻孕穗期的叶、幼穗、茎、节、叶鞘中均有表达,说明该基因参与了水稻的生长发育过程。OsGPDH1基因也受到PEG6000、高盐、双氧水等逆境和甲基茉莉酸(mJA)、水杨酸(SA)等激素诱导表达,且诱导12h后,OsGPDH1的表达量达到最高水平,但对脱落酸(ABA)不敏感。盐胁迫下的发芽试验表明,过表达转基因水稻的发芽率高于野生型,说明OsGPDH1基因表达量的提高可增强转基因植株对盐胁迫的耐受性。对过表达OsGPDH1的转基因水稻进行苗期20%PEG6000胁迫处理后,转基因水稻的成活率显著高于野生型,说明OsGPDH1基因过表达可提高水稻苗期抗旱能力。本研究初步证明了OsGPDH1水稻抗盐胁迫和渗透胁迫的重要作用,为培育抗性转基因水稻新品种提供了新的基因资源。     

小尾寒羊MTNR1A基因外显子2的克隆与序列分析

对常年发情的绵羊品种小尾寒羊和季节性发情的绵羊品种多赛特羊共20只母羊的褪黑激素受体1A(melatonin receptor 1A，MTNR1A)基因外显子2的824 bp扩增产物进行了克隆测序及序列比较分析。结果表明, 小尾寒羊MTNR1A基因外显子2的核苷酸序列与已发表的绵羊序列(GenBank登录号U14109)完全相同。小尾寒羊与多赛特羊MTNR1A基因外显子2的差异由5个变化的核苷酸(分别为C329T、G355T、C566T、C580A和A675G)组成，核苷酸同源性为99.4%。小尾寒羊与山羊、母牛、猪、人、小鼠、挪威大鼠、西伯利亚仓鼠和鸡之间MTNR1A基因外显子2的核苷酸序列同源性为73.2%～98.5%，氨基酸序列同源性为78.5%～98.5%。     

山羊雌激素受体(ESR)基因部分外显子多态性分析

雌激素受体(estrogen receptor,ESR)与雌激素专一性地结合,并通过与雌激素的相互作用来调节生殖机能相关基因的表达,在动物繁殖中起着重要作用。研究采用PCR-SSCP和测序方法分析ESR基因外显子1、4在部分山羊(Capra hircus)品种中的单核苷酸多态性,并研究该基因对山羊繁殖力的影响。结果表明：ESR基因外显子1、4在所检测的济宁青山羊、波尔山羊、安哥拉山羊和内蒙古绒山羊中均不存在多态性;山羊扩增片段核苷酸和氨基酸序列与人、牛、猪、马、绵羊、大鼠、小鼠和鸡8个物种的同源性分别为51.3%～97.3%和64.5%～98.3%;山羊ESR基因氨基酸序列存在2处特有突变,分别是外显子1第81位插入一个脯氨酸(P)和外显子4第4位由天冬氨酸突变为天冬酰胺(D4N)。哺乳动物ESR基因外显子1、4序列保守性强,该区域可能不是影响山羊高繁殖力的功能结构域。