基于线粒体Cyt b基因的皖南山区温州光唇鱼种群遗传结构

为探讨皖南山区温州光唇鱼的种群遗传结构,采用线粒体细胞色素b基因(Cyt b)对该区5个野生种群(祁门、黟县、休宁、旌德和宁国)进行群体遗传变异分析。131个样本的Cyt b基因(1141 bp)中共检出38个变异位点(变异率3.33%)、14种单倍型。序列碱基的平均含量分别为A(28.2%)、C(29.7%)、T(27.0%)、G(15.1%),A+T含量(55.2%)明显大于G+C含量(44.8%)。5个地理种群的单倍型多样性(0.0000~0.6799)和核苷酸多样性(0.0000~0.00759)普遍较低。群体分化系数(FST:0.2916-0.9782)和AMOVA分析中高达52.74%的遗传变异来自地理种群间,说明温州光唇鱼地理种群间已产生显著遗传分化;但不同水系的种群间没有显著遗传差异。群体间系统进化树显示:5个群体聚为两大进化枝,祁门和旌德种群为一枝,其余种群为另一枝。温州光唇鱼的这种种群遗传结构与地理隔离及其生态习性相关。     

青海湖裸鲤线粒体DNA D-loop区的遗传多样性及其遗传分化研究

为了科学有效地保护青海湖裸鲤的种质资源,对青海湖裸鲤的遗传多样性及种群结构进行研究是尤为重要。本研究采用PCR技术对青海湖裸鲤的4个种群（青海湖、可鲁克湖、甘子河、草搭连）155个个体的mtDNA D-loop区部分序列进行扩增,得到了754 bp的核苷酸序列。采用MEGA 5.05和DnaSP 5.10.1软件对序列进行分析,结果显示：155个个体中共检测出34个单倍型,单倍型多样性（Hd）为0.906±0.013,核苷酸多样性（Pi）为0.00556±0.00034。其中可鲁克湖种群的单倍型多样性0.422±0.093和核苷酸多样性0.00272±0.00066均低于其他3个种群,且该种群内的平均遗传距离（0.00276）低于群体间的遗传距离0.00522~0.00709。通过群体分化指数（Fst）和基因流（Nm）分析显示,可鲁克湖种群与其他3个种群之间有着明显的遗传分化（Fst〉0.26327,Nm〈0.69959）,且与甘子河种群分化程度最显著（Fst=0.45854,P〈0.01;Nm=0.29521）。但是系统发育树并未显示出明显的单系群,可能是水系间地理隔离格局的形成时间较晚。研究结果表明：青海湖裸鲤具有较高的遗传多样性,种群间出现了一定程度的遗传分化,特别是可鲁克湖种群已经高度分化,但其遗传多样性水平很低,应优先对其进行保护。     

东北地区五个引进鸭品种的遗传多样性分析

通过线粒体D-loop区测序对东北地区的五个引进鸭品种（樱桃谷鸭、长岛鸭、北北京鸭、康贝尔鸭、白冠鸭）20个个体进行了遗传结构的分析,通过对mtDNA D-loop部分序列进行扩增,对PCR产物经纯化后进行序列测定,得到了710bp的核苷酸序列。通过Mega软件对所得的序列进行比较,共检测出86个位点碱基存在变异,其中包括16个简约信息位点;利用Mega的“Pairwise distance”计算个体间的相对遗传距离。结果表明：其序列差异在0.000~0.082之间,得出20个个体有18种单倍型;并用构建了系统发育树。运用DNASP软件计算所得该群体核苷酸多样性（Pi）、单倍型多样度（Hd）和平均核苷酸差异数（K）分别为0.01911、0.9842和13.3588。研究结果表明：鸭种群线粒体D-loop区序列个体变异程度很小,但种群的遗传多样性水平很高,适合于群体内及群体间不同个体的遗传多样性分析。     

西藏特色牦牛mtDNA ND1遗传多样性及系统进化分析

旨在通过mtDNA ND1探究6个西藏特色牦牛群体的遗传多样性、系统进化及亲缘关系，为西藏牦牛的遗传多样性、历史演化以及遗传资源保护与利用等提供理论依据。利用PCR和直接测序法分别测定了西藏帕里牦牛、嘉黎牦牛、工布江达牦牛、斯布牦牛、江达牦牛、类乌齐牦牛6个群体共95头个体ND1基因蛋白质编码区(CDS)序列，利用DNAMAN、DNASP 5.1、Mega 7.0、Arlequin 3.5.2等软件分析其序列多态性、单倍型多样性、遗传距离等，并构建单倍型网络图及系统发育树。结果表明，西藏牦牛群体ND1基因CDS区序列长度均为956 bp,共检测获得78个变异位点和16种单倍型，平均单倍型多样性(Hd)及核苷酸多样性(Pi)分别为0.670和0.004 21,Tajima′s D均为负值；根据群体遗传差异的分子方差分析可知，西藏牦牛群体内的变异程度大于群体间变异；斯布牦牛与嘉黎牦牛之间的分化程度较大，其余大部分群体间的分化程度为中等或较弱。此外，通过聚类分析发现，类乌齐牦牛单独聚为一类，而嘉黎牦牛、工布江达牦牛、斯布牦牛、江达牦牛先聚为一类，然后再与帕里牦牛聚为一大类；16种单倍型可分为...     

基于线粒体DNA控制区序列分析我国马鹿5个亚种的遗传分化

为了解马鹿种群遗传结构和分化水平,测定了马鹿5个亚种11个地理群共计146个体线粒体DNA控制区全序列。序列分析检测到167个变异位点,确定了54种单倍型;各个亚种呈现较高的单倍型多样性(h:0. 600～0. 959)及中等程度的核苷酸多样性(π:0. 006 3～0. 012 6)。中性检验仅发现甘肃马鹿显著性偏离中性突变,亚种间遗传分化指数FST 0. 5、基因流Nm0. 5,表明马鹿亚种间发生了显著的遗传分化,只存在少量基因交流。基于最大简约法和贝叶斯法构建的单倍型系统进化树和单倍型中介网络图显示塔里木马鹿有别于其他马鹿,它们分别来源于共同祖先的2个不同进化枝,阿尔泰马鹿、甘肃马鹿、阿拉善马鹿、天山马鹿又可细分为3个进化枝系,但它们是相互交叉聚类的。为我国马鹿的遗传资源保护和利用提供依据。     

不同水系中华绒螯蟹线粒体COⅠ基因片段的RFLP分析

应用PCR-RFLP技术分析了长江、瓯江和辽河3个水系中华绒螯蟹的线粒体COⅠ的基因片段遗传多样性,应用11种限制性内切酶对COⅠ基因片段进行限制性片段长度多态分析,共检测出6种复合单倍型,其中瓯江群体检测出5种复合单倍型,长江和辽河均有2种复合单倍型。经数理统计分析,3个群体内线粒体DNA的核苷酸多样性指数分别为0.006 7(长江)、0.016 7(瓯江)和0.000 3(辽河),瓯江群体的遗传多态度最高,其次为长江群体,而辽河群体在3个群体中遗传多态度最低。结果说明,中华绒螯蟹具有一定群体内遗传多样性:瓯江群体>长江群体>辽河群体。在群体间,辽河与瓯江群体的净遗传距离最大为0.023 7,长江与瓯江群体间的净遗传距离次之为0.020 7,而长江与辽河群体间的净遗传距离最小为0.004 3,说明3个种群中长江与瓯江种群间的亲缘关系最近,而辽河与瓯江种群间的亲缘关系最远。     

五个地方绵羊种群mtDNA D-loop区系统进化及遗传多样性分析

为探讨我国部分地方种群绵羊的起源进化及遗传多样性。对河北小尾寒羊、山东小尾寒羊、苏尼特羊、洼地绵羊、湖羊等5个地方绵羊种群mtDNA D-loop区全序列进行了测序和遗传变异分析,并利用生物信息学方法分析了种群间的亲缘关系以及母系起源。结果表明,5个绵羊种群mtDNA D-loop区序列共发现了135个多态位点,形成了108种单倍型。单倍型多样度为0.974 0~0.998 0;核苷酸多样度为0.017 20~0.022 22;全群平均核苷酸差异数K为20.795。NJ系统发育树表明,河北小尾寒羊与洼地绵羊先聚在一起,再与湖羊聚在一起,最后与苏尼特羊和山东小尾寒羊聚在一起。在所有的系统发育树及单倍型网络结构图中,均表明108种单倍型聚为3个单倍型群,单倍型群A包括70只绵羊个体,单倍型群B包括48只绵羊,单倍型群C包括13只绵羊。河北小尾寒羊与洼地绵羊遗传距离最近,其次为湖羊、苏尼特羊、山东小尾寒羊。该种群遗传多样性丰富,与山东小尾寒羊、苏尼特羊、湖羊、洼地绵羊等种群存在基因交流。     

东亚4个黑山羊群体mtDNA D-环遗传多样性及其起源

为了研究地方山羊品种的起源与分化，了解其遗传背景，为山羊资源的合理利用提供基础资料，利用PCR产物直接测序法对3个中国黑山羊群体和1个韩国黑山羊群体共39个个体的mtDNA D-环部分序列进行了测定和分析。测定的序列经排列比对后选取441bp分析，发现了55个多态位点，单一多态位点11个，简约信息位点44个，确定了29种单倍型，单倍型多样度为0.984。构建系统发育树将29种单倍型分成了明显的3个分支，角猾羊聚入A分支。同时利用群体间的单倍型的错配分布和遗传距离分析了各群体的亲缘关系。结果表明：4个黑山羊群体遗传多样性丰富，至少拥有3个不同的母系起源，角猾羊是家山羊的一个母系祖先。     

基于叶绿体DNA片段序列的臭柏种群遗传结构分析

本实验选取内蒙古自治区及其附近地区分布的臭柏9个野生种群(共221个个体)为材料,对其叶绿体DNA的非编码区序列trn L-trn F,trn S-trn G和trn D-trn T进行测序,通过分析叶绿体DNA序列变异来获得单倍型类型。发现序列总长度为2 068~2 073 bp,总共观察到了三处变异位点,将这三个变异位点组合后共获得了四个单倍型:H1、H2、H3和H4,其中H1单倍型分布最广。物种水平上单倍型多样性(Hd)指数为0.072,核苷酸多样性(π)指数为0.000 14;种群水平上Hd指数介于0~0.239,π指数介于0~0.000 63。种群间基因分化系数Gst为0.045、固定指数Fst为0.071。研究结果表明臭柏种群间遗传变异较低,种群内遗传变异较高。     

基于SSR标记的板栗种质资源遗传多样性分析

本研究利用筛选出的21对SSR分子标记对来自12个省(市)的279份板栗资源进行遗传多样性分析,为种质资源的开发利用与核心种质的构建提供科学依据。结果表明:21对引物共检测到71个等位变异位点,变异范围为2～6,平均每对SSR引物可检测到3.38个等位位点;多态性信息含量变化范围在0.614 5～0.972 3之间,平均0.866 8。通过检测10个群体的遗传多样性参数,发现山东群体Shannon's信息指数(I=0.487 0)、Nei's多样性指数(H=0.319 5)、有效等位基因数(Ne=1.530)及多态位点百分率(PPB=100%)均最大,是遗传多样性最丰富的群体;群体间遗传分化系数Gst=0.099 3,表明群体内遗传分化大于群体间分化;基因流Nm=4.536 1,说明板栗各群体间存在适度的基因交流;聚类结果和主坐标分析图表明,各群体的遗传关系和地理来源有一定联系。     

草鱼遗传结构和遗传多样性的研究概况

主要从形态学标记、DNA分子遗传标记和蛋白标记这三个水平上综述了近年来学者们对黑龙江、长江和珠江三大水系间、长江水系内、野生群体与养殖群体间的草鱼遗传结构和遗传多样性的研究情况。得出了如下结论：草鱼的遗传多样性较低,野生群体较养殖群体遗传多样性高。通过研究草鱼的遗传多样性,最终以达到通过不同的标记方法来筛选遗传多样性高的标记位点,用于草鱼的分子辅助育种的目的。     

2个群体秀丽白虾生物学特征及基于RAPD的遗传多样性研究

对太湖和巢湖2个群体秀丽白虾的生物学特征和基于RAPD的遗传多样性进行了研究。结果表明,6月份太湖秀丽白虾的体长优势组为40-50mm（占样本数的69.3%）,体重优势组为0.5-2.0g（占样本数的83.4%）,体长（L/mm）、体重(W/g)的关系式为：W=2.6E-05L2.8777;6月份巢湖秀丽白虾的体长优势组为45-55mm（占样本数的73.8%）,体重优势组为1.5-2.5g（占样本数的69.0%）,体长（L/mm）、体重(W/g)的关系式为：W=2.8E-05L2.8471。15个随机引物的RAPD研究结果表明,太湖群体多态位点比例为49.16%,巢湖群体多态位点比例为48.78%;太湖、巢湖2个群体内遗传相似系数分别为0.8817和0.8735, 2个群体之间的遗传距离为0.0311,群体间没有发生明显的遗传分化。     

日本沼虾不同地理种群的遗传多样性研究

本文采用随机扩增多态DNA（RAPD）技术对6个地理种群（微山湖、洪泽湖、太湖、龙感湖、洪湖、珠江）的日本沼虾各30个个体进行了遗传多样性分析。在筛选出的18个引物中共检测到201个位点,大小在100～2000bp之间。多态位点141个,多态位点比例70.15％;各种群的多态位点数为30～99不等,多态位点比例为21.13%～55.93%。日本沼虾中国不同地理种群的平均遗传杂合度为0.2446,各种群内平均遗传杂合度为0.1132～0.2071。Shannon信息指数（I）为0.1695～0.2950。日本沼虾6个地理种群的两两地理种群间遗传分化指数Gst值在0.2116～0.4442之间,种群间总的遗传分化指数Gst0值为0.4858,Nm值在0.6257～1.8628之间,表明日本沼虾种群间已经发生显著或重要分化。同时发现OPX－830bp、OPI－360bp为珠江种群区别于其他种群的特征标记。聚类分析结果表明,洪湖种群与龙感湖种群,洪泽湖种群与微山湖种群分别先聚在一起,再与太湖种群聚类,最后与珠江种群聚合在一起。     

松花江干流鲢的年龄与生长特性分析

为了掌握松花江干流鲢的年龄与生长特性,为渔业资源管理提供基础资料,于2018、2019年的6—10月在松花江干流6个站点随机采集335尾鲢样本,采用鳞片鉴定其年龄,退算了鲢各年龄段的体长、体质量。采用Keys公式、Von Bertalanffy生长方程以及生长特征指数φ分析了鲢体长、体质量的生长规律。结果表明鲢雌雄个体间的生长速度无显著性差异,松花江鲢体长、体质量的生长方程分别为:$L_t=74.555*[1-e^{-0.258\cdot(t_i-0.113) } ];W_t=7006.927*[1-e^{-0.258\cdot(t_i-0.113) }]^{3.0894}$。鲢体长生长速度曲线无拐点,随着年龄的增加生长速度逐渐降低;体质量的生长速度曲线具有拐点,拐点年龄为4.485龄,对应的体长、体质量分别为50.42 cm和2095.12 g。和长江群体相比,松花江干流鲢的年龄和规格较大,但其生长速度较慢。鲢的生长除受到不同群体的遗传因素影响外,还与栖息环境的水温、饵料生物密度等因素有关。     

长江下游铜鱼线粒体DNA（mtDNA）遗传多样性的PCR-RFLP分析

对长江下游铜鱼线粒体DNA控制区（D-Loop区）和细胞色素b（Cytb）基因进行PCR扩增,扩增片段用10种限制性内切酶酶切。PCR-RFLP研究结果表明,D-Loop区和Cytb基因均未表现出个体之间的长度变异现象。10种核酸内切限制酶中,有2种对Cytb基因有酶切位点,有3种对D-Loop区有酶切位点。有酶切位点的5种限制性内切酶共检测到3种线粒体DNA单倍型。在Cytb基因检测到铜鱼个体间的变异,在D-Loop区没有检测到铜鱼个体间的变异。长江下游铜鱼线粒体DNA单倍型多样性指数（h）为0.6071,线粒体DNA遗传多样性较低。     

半夏遗传结构和多样性RAPD标记分析

利用RAPD标记技术对取自半夏主要分布区16个省的24份种质进行遗传多样性分析。结果表明：在物种水平上,多态位点百分率（PPL）68.77%,Nei’S基因多样性指数（He）0.2062;居群水平上,PPL为9.88%～58.02%,平均27.21%,群体间遗传分化系数（GST）0.5282,居群间基因流（Nm）0.4466。UPGMA聚类分析显示,当相似系数0.896时,24份种质可分为5个类群。     

亚洲不同生态区水稻群体遗传多样性与特异性分析

研究不同生态区水稻群体的遗传多样性及其遗传结构分化、群体特异性及其相互关系,为水稻起源及亲本遴选提供遗传基础。本研究利用119对SSR标记对太湖、黑龙江省和越南的440种水稻品种进行分析。结果在三个不同生态区中的太湖流域水稻中检测到783个等位基因,平均多态信息含量（PIC）为0.49;在黑龙江水稻中检测到296个等位基因,平均多态信息含量（PIC）为0.21;在越南水稻中共检测到374个等位基因,平均多态信息含量（PIC）为0.28,这表明越南水稻和黑龙江水稻的多样性低于太湖水稻。特缺等位变异数最多的是黑龙江亚群（132）,最少的是太湖亚群（4）;特有等位变异数最多的是太湖亚群（284）,最少的是黑龙江亚群（25）。从亚群间补充等位变异数来看：其补充等位变异数最多的是太湖亚群对黑龙江亚群的补充（447）,最少的是黑龙江亚群对太湖亚群的补充（29）。利用Structure2.2软件将三个地区的440个品种分为7类血缘,发现每个血缘都不是独立的而是相互渗透的。     

闽江中游鲢的年龄与生长

为了研究闽江中游鲢的年龄组成和生长情况,根据2015年6月—2017年3月在闽江中游段采集的126尾鲢(Hypophthalmichthys molitrix)样本,通过对其鳞片年轮的观察和基础生物学测定,研究鲢的年龄判定与生长特性。结果显示:闽江中游鲢的体重范围为310.6~9420.8 g,体长范围为23.4~86.9 cm;鳞片的年轮主要表现为闭合切割型和疏密特征,由1 ⁺~7 ⁺共7个年龄段组成,其中优势年龄组为3 ⁺~4 ⁺龄。体长与体重呈显著的幂函数关系:W=0.027×L ^2.953,幂指数接近3,表明闽江中游鲢属于匀速生长类型。拟合Von Bertalanfly的生长方程为:L_t=106.696×[1-e ^{-0.147( t +1.1443)}],W_t=26332.083×[1-e ^{-0.147( t +1.1443)}] ^2.953。生长拐点年龄为t_i=5.923,与其他水域鲢种群相比,其生长性能略低。因此,建议闽江中游鲢的开捕规格体长大于70 cm,体重大于7.7 kg,同时规范渔具渔法,以降低捕捞强度,加大资源养护力度,促进闽江鲢资源的恢复和保护。