雷州鸭雌激素相关受体β基因遗传多态性及其与产蛋性能的相关性分析

为筛选雌激素相关受体β(ERRβ)基因的突变位点,分析鸭产蛋量性状的潜在的遗传标记。以雷州鸭为研究对象,PCR扩增ERRβ基因目的片段,直接测序检测扩增片段的单核苷酸多态性,使用SPSS13.0软件分析与雷州鸭产蛋性能的相关性。结果发现:雷州鸭ERRβ基因的内含子中存在3个突变位点,在检测群体中,I2-110 AC存在AA和AC基因型,其中,AA基因型个体的产蛋量显著高于AC型(P0.05);I2-165 GA存在GG、AG和AA基因型,I2-190 AG存在AA、AG和GG基因型,这两处突变与产蛋量并未出现显著相关性。本研究为提高雷州鸭产蛋量提供了相关分子标记,为雷州鸭分子标记辅助育种提供了理论基础。     

雌激素受体基因多态性与拜城油鸡繁殖性能的关联性分析

旨在探究雌激素受体(ESR)基因多态性与拜城油鸡产蛋性状、蛋品质及孵化性能的关系，为高生产性能种鸡的选育提供新的分子标记。试验以129只拜城油鸡为研究对象，利用DNA混池重测序技术筛选SNPs位点，采取Sequenom飞行时间质谱技术进行相关的位点分型，通过SPSS 26.0进行繁殖性能关联分析。结果显示：所筛选出的6个ESR基因SNPs位点分别为g.48747211 T>G、g.48777663 C>T、g.48817503 G>A、g.52521976 T>C、g.52529021 A>G和g.52541181 C>T,且均存在3种基因型，哈代-温伯格平衡检验表明6个SNPs位点均处在平衡状态，其中g.48747211 T>G、g.48777663 C>T、g.52521976 T>C和g.52541181 C>T位点多态信息含量均大于0.25,处于中度多态。关联性分析表明，ESR1基因g.48747211 T>G和g.48777663 C>T位点与拜城油鸡300日龄总产蛋量存在极显著相关性(P<0.01...     

百宜黑鸡PRL基因多态性与产蛋性能关联分析

为了探究PRL基因多态性与鸡产蛋性能的相关性,试验以95只百宜黑鸡为研究对象,利用PCR扩增技术结合直接测序方法对鸡PRL基因SNP位点进行筛选.结果:在试验群体中找到4个SNPs,分别为g.6171 C>T、g.6232 C>G、g.6306 C>T、g.6440 T>C,且4个SNPs均处于第5外显子,g.6171 C>T和g.6232 C>G位点之间属于完全连锁平衡;χ2检验发现,该基因座的位点并不处于Hardy-Weinberg平衡状态;遗传参数分析发现,除了g.6306 C>T属于低度多态,其余位点均属于中度多态;关联分析表明,各SNP位点与产蛋性能之间不存在显著相关关系(P>0.05).     

鸡KRT14基因编码区SNPs及其与蛋壳品质性状的相关分析

角蛋白14(Keratin 14,KTR14)属于富含半胱氨基酸残基的I型(酸性)角蛋白,具有参与细胞生长,促进细胞分化的作用。为分析KRT14基因对鸡蛋壳品质性状的影响,本研究以43周龄的江汉鸡为实验对象,利用PCR技术结合直接测序法,分析鸡KRT14基因编码区SNPs,并将其与蛋重、蛋壳厚度、蛋壳强度性状进行关联分析。结果显示:在鸡KRT14基因外显子2~5中共发现g.184bp C>T、g.215bp C>T、g.275bp C>A、g.285bp G>A 4个SNPs,均为同义突变;相关性分析结果表明,上述4个SNPs位点的多态性与蛋重、蛋壳厚度、蛋壳强度等具有相关性(P<0.05),其中g.184bp C>T位点的CT基因型、g.215bp C>T位点的CT基因型、g.275bpC>A位点的CC基因型及g.285bpG>A位点的GG基因型具有更高的蛋壳强度和蛋壳厚度;上述突变引起KRT14基因的多态性,共形成9种单倍型、23种单倍型组合,其中单倍型组合H1H9(其序列为CCAG/TTCG)具有最佳的蛋壳品质性状。综上,KRT14基因可作为影响蛋鸡蛋壳品质性状的候选基因,可选择KRT14基因外显子2~5区域的H1H9单倍型作为提高蛋鸡蛋壳品质性状的潜在遗传标记用于江汉鸡的辅助选择中。     

太行鸡INHA基因多态性与产蛋性状相关性研究

研究旨在探究抑制素A(Inhibin A,INHA)基因多态性与太行鸡产蛋性状的相关性，挖掘影响太行鸡产蛋性状的分子遗传标记。通过对125只麻羽太行母鸡INHA基因进行测序，检测其多态性并分析其与产蛋性状的相关性。结果显示：在太行鸡INHA基因上共存在7个SNPs位点（C187T、T248C、G410A、A680G、T1040C、T1037C、T324C）。在C187T位点中，优势等位基因为C，与500日龄产蛋数关联分析中显示该位点的TT基因型比CC基因型产蛋数显著增高（P<0.05）。在A680G位点中，优势等位基因为A，与开产日龄、300日龄产蛋数和500日龄产蛋数关联分析显示该位点的AG基因型开产日龄显著早于AA基因型（P<0.05），且产蛋数极显著增高（P<0.01）。两位点基因型分布均处于Hardy-Weinberg平衡状态。其余位点未发现显著关联。结果表明：INHA基因多态性对太行鸡的产蛋性状存在一定的影响，推测C187T和A680G可能是太行鸡产蛋性状的重要SNPs位点。     

水禽全产业链研究新动态省

1遗传育种:传统手段与现代技术相结合1.1蛋鸭热休克蛋白90(HSP90)基因多态性及其与产蛋性能的关联性分析根据克隆测序获得的鸭HSP90基因序列设计引物,以浙江省缙云麻鸭为试验材料,采用直接测序的方法检测HSP90基因的多态性,寻找与产蛋性能相关的多态位点,为鸭蛋用性状的分子标记辅助选择提供理论依据。结果在蛋鸭HSP90基因644bp处发现一段长为321bp的内含子序列,并在内含子序列中发现3个突变位点,其中36bp处     

ACVR2B、BMPR1A和BMPR1B基因多态性与母猪繁殖性能的相关分析

为研究转化生长因子-β(TGF-β)通路中激活素A受体2B(ACVR2B)、骨形态发生蛋白受体1A(BMPR1A)和骨形态发生蛋白受体1B(BMPR1B)基因多态性对母猪繁殖性能的影响，选用大白和长白母猪为试验对象，采用DNA混池测序对猪ACVR2B、BMPR1A和BMPR1B基因多态位点进行筛选，利用GenoPlexs~?基于多重PCR的靶向测序基因型分型技术对候选SNPs进行分型，并与经产母猪繁殖性能进行关联性分析。结果显示：ACVR2B基因筛到2个单碱基突变和1个缺失多态，分别为g.23259668T>C、 g.23260159(delG)和g.23260324C>T,命名为P1、P2和P3;BMPR1A基因g.87887024-87887026(delTGG)筛到1个缺失多态，命名为P4;BMPR1B基因筛到5个单碱基突变，g.124593852G>A、g.124561254G>C、 g.124561098C>T、g.124546851A>G和g.124542062T>C,分别命名为P5、P6、P7、P8和P9。关联结果显示：ACVR2...     

鸡FSHβ、ESRα、IGF-1、OVR基因多态性和聚合基因型与经济性状的关联性分析

本研究采用SSCP技术检测FSHβ、ESRα、IGF-1、OVR基因的SNPs位点,分析玫瑰冠鸡FSHβ、ESRα、IGF-1、OVR基因多态性及聚合基因型与产蛋性能、蛋品质性状的相关性,初步探讨不同基因聚合对蛋鸡经济性状的效应,以期为玫瑰冠鸡选育提供分子标记。结果表明:FSHβ(A-173G)、ESRα(C-158689G)、IGF-1(A-38965G)和OVR(G-10394T)均存在多态位点,且4个多态位点的AB型对玫瑰冠鸡初生重、开产日龄、300日龄产蛋数有显著影响;FSHβ-ESRα-IGF-1-OVR聚合基因型GP5(AABBAAAA)对初生重、开产日龄、300日龄产蛋数有显著影响,聚合基因型GP4(AAABABAB)对哈氏单位有显著影响。因此FSHβ-ESRα-IGF-1-OVR基因聚合GP5型和GP4型有望作为与玫瑰冠鸡产蛋性能、蛋品质性状相关的分子标记。     

MET基因多态性与中国荷斯坦牛繁殖和泌乳性状的关联分析

为筛选与中国荷斯坦牛繁殖和泌乳性状相关的遗传标记，本研究从分子水平探究了MET基因单核苷酸多态（single nucleotide polymorphisms，SNPs）与繁殖和泌乳性状的相关性。通过混池测序法在70头无血缘关系的健康中国荷斯坦公牛中扫描目标基因的SNPs，采用竞争性等位基因特异性PCR （kompetitive allele-specific PCR，KASP）对其后代1 160头中国荷斯坦泌乳牛进行部分SNP的基因分型，基于连锁不平衡分析获得双倍型信息，并采用线性模型对SNP及其双倍型与5个繁殖和6个泌乳性状的估计育种值（estimated breeding values，EBV）进行关联分析。随后，针对位于功能区域的SNPs进行生物信息学分析和基因表达量相关性分析，初步探究其潜在的调控机制。本研究在MET基因中共检测到19个SNPs，说明该基因存在丰富的遗传变异；就其中7个SNPs进行了基因分型，分型结果与目标性状的关联分析结果显示，7个SNPs与多个性状存在显著（P<0.05）或极显著（P<0.01）的关联；位于上游调控区的g.51737889T>C位点GG基因型个体的初产日龄、青年牛首末配种间隔、经产牛首末配种间隔、体细胞评分的EBV最低，说明该基因型个体同时具有较好的繁殖性能和泌乳性能；另一个位于上游调控区的g.51736640A>C位点GG基因型个体的初产日龄、青年牛首末配种间隔、经产牛首末配种间隔、体细胞评分的EBV最低，但乳蛋白率、乳脂率的EBV最低，说明该基因型个体繁殖性能较好，但泌乳性能相对较差；此外，位于第6外显子的g.51660569G>A位点TC基因型个体初产日龄的EBV较低，青年牛首末配种间隔、经产牛首末配种间隔、体细胞评分的EBV最低，说明该基因型个体具有较好的繁殖性能。连锁不平衡分析发现，该基因的7个SNPs形成2个单倍型块，其双倍型与目标性状的关联分析进一步表明，单倍型块1中H1H3个体的繁殖性能较好且泌乳性能中等，单倍型块2中H4H4个体的繁殖性能和泌乳性能均较优秀，为两个优势双倍型；此外，H1H3包含g.51660569G>A位点的TC基因型，H4H4为g.51737889T>C、g.51736640A>C两位点GG基因型的组合，其关联分析结果与单个位点的结果一致。基序分析结果表明，g.51737889T>C与g.51736640A>C位点的优势等位基因G可富集到与基因激活、细胞增殖、分化相关的转录因子，且两位点GG基因型的MET基因表达量均最高，其双倍型H4H4表达量也较高，进一步验证了关联分析结果。综上，本研究获得了中国荷斯坦牛MET基因的多态性图谱，并通过关联分析、生物信息学预测及基因表达量分析发现并验证了MET基因与繁殖、泌乳性状的遗传关联，为中国荷斯坦牛高产高效选育提供了可用的遗传标记。     

鸭TRPV6和SLC4A4基因SNPs对蛋壳品质的影响

试验旨在探究三穗鸭TRPV6基因和SLC4A4基因SNPs突变对蛋壳品质的影响,筛选出与蛋壳品质相关的分子标记。利用PCR扩增和直接测序法相结合的方法检测鸭TRPV6基因和SLC4A4基因的SNPs,并与蛋壳品质进行关联分析。结果显示：在TRPV6基因第2内含子发现的g.81465153 C>G和g.81465176A>G突变分别对蛋壳重和蛋重有显著影响,在第3外显子发现同义突变g.81465450 T>C;3个SNPs联合产生5种单倍型和7种双倍型,位点联合对蛋壳重有显著影响。在SLC4A4基因第24外显子发现同义突变位点g.15125097 C>T,在内含子25发现g.15132523 G>A突变对蛋形指数有极显著影响,在内含子26发现g.15135079G>A突变;3个SNPs联合产生4种单倍型和7种双倍型,位点联合对蛋壳重有极显著影响。2个基因聚合后6个SNPs联合产生8种单倍型和7种双倍型,位点联合对蛋壳重和蛋重均有显著影响。表明TRPV6基因和SLC4A4基因新发现的3个SNPs联合和2个基因的6个SNPs联合均对蛋重和蛋壳重有显著效应,...     

基于连接酶检测反应的PRL基因多态与清远麻鸡繁殖性能的相关性研究

旨在建立一个基于聚合酶链反应-连接酶检测反应的基因多态性并行检测系统,探讨鸡催乳素(PRL)基因的多态性,并分析其对优良地方鸡种——清远麻鸡繁殖性能的遗传效应。本研究应用PCR-LDR方法检测PRL8052T/C和PRL8113G/C基因型,并使用SAS软件进行最小二乘分析。结果,在8052T/C位点上,CT基因型个体的52周产蛋数显著高于TT型个体;在8113G/C位点上,CG基因型个体的开产日龄显著低于GG型个体,而其52周龄产蛋数却显著高于GG型个体。2个位点的单倍型对开产日龄和52周产蛋数也存在显著的效应,CTCG型个体具有较早的开产日龄和最高的52周龄产蛋数。结果表明,PRL基因多态性与清远麻鸡繁殖性状有相关关系,PRL 8052T/C和PRL 8113G/C杂合基因型可能是提高鸡繁殖性能的分子标记,利用单倍型进行标记辅助选择可能会获得更大的遗传进展。     

茶花鸡PRLR基因多态性与产蛋性状的相关性研究

为探究茶花鸡PRLR基因多态性与茶花鸡产蛋性状的相关性,挖掘影响茶花鸡产蛋性状的分子遗传标记,研究以300只300日龄的茶花鸡为研究对象,通过测序检测PRLR基因是否存在SNPs位点,并与茶花鸡产蛋性状进行关联分析,再通过实时荧光定量PCR验证PRLR基因在不同组织中的表达情况。研究结果显示:在茶花鸡PRLR基因中发现两个SNPs位点(C-40T和A+47G),在C-40T的位点中,优势等位基因为T,属于低度多态;关联分析显示该位点与300日龄产蛋数显著相关(P0.05)。在A+47G位点中,优势等位基因为G,属于中度多态;关联分析显示该位点与开产日龄显著相关(P0.05)。两个位点均显著偏离哈迪-温伯格平衡(P0.05)。PRLR在茶花鸡高产组卵巢中的表达显著高于低产组(P0.05),在高产组卵巢中的表达显著高于垂体(P0.05)。综上所述,茶花鸡PRLR基因位点C-40T和A+47G可能分别是茶花鸡43周龄产蛋数和开产日龄的分子标记,为茶花鸡产蛋性能的选育提供参考依据。     

鸽GnIH基因多态性及其与产蛋性状的关联分析

【目的】探究鸽促性腺激素抑制激素(gonadotropin-inhibitory hormone, GnIH)基因多态性,筛选影响母鸽产蛋性状的显著单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点,用于高产母鸽的早期选择。【方法】本试验以78对白羽王鸽为研究对象,根据前期克隆获得的鸽GnIH基因mRNA序列(GenBank登录号：MG589639.1)设计引物,通过PCR扩增和直接测序法检测GnIH基因SNP位点并分型,使用Haploview软件对GnIH基因SNP进行连锁不平衡分析,使用SPSS 22.0软件对GnIH基因多态性与白羽王鸽产蛋性状进行关联分析。【结果】白羽王鸽GnIH基因中共检出7个SNPs,分别位于外显子1(c.59 C>T、c.72 T>A)、外显子2(c.398 G>C)和3′-UTR(c.768 C>T、c.860 G>A、c.909 A>G、c.961 T>C),除c.59 C>T位点偏离Hardy-Weinberg平衡外(P<0.05),其余位点均处于Hard...     

奶牛隐性乳房炎抗性相关基因多态性与体细胞评分关联分析

为了探讨中国荷斯坦奶牛隐性乳房炎相关基因NOD2c.4500、CXCR1+777、SPP1-1301、 TLR4+2021、CXCR2+777、 BRCA1c.46126单核苷酸多态性(SNPs)位点与体细胞评分的关联性，试验利用PCR-SSCP及Sanger测序技术对135头中国荷斯坦奶牛的6个SNPs位点进行基因分型，分析SNPs位点与中国荷斯坦奶牛体细胞评分的相关性，并运用多座位外显方差分析法(MPVA)对不同多基因聚合与奶牛体细胞数的相关性进行研究。结果表明：在6个SNPs位点上均检测到碱基突变，在NOD2c.4500 C>A、CXCR1+777 G>C、SPP1-1301 G>A、TLR4+2021 C>T位点上均检测到3种基因型，其中优势基因型分别为CA、CC、AA、CC,优势等位基因分别为A、G、A、C。在CXCR2+777 G>C、BRCA1c.46126 G>T位点上均检测到2种基因型，其中优势基因型均为GG,优势等位基因均为G。SPP1-1301 G>A、TLR4+2021 C>T位点均处于低度多态(PIC<0....     

硒都黑猪NT5C1A基因组织表达特征及遗传多态性分析

本实验旨在探究猪NT5C1A基因组织表达特征、遗传多态性及其与胴体和肉质性状的关系,为猪肉质性状的遗传改良提供新的分子标记。利用荧光定量PCR检测了NT5C1A基因在16个组织中的表达特征。采用PCR产物直接测序技术在硒都黑猪群体中对NT5C1A基因的SNPs位点进行筛选鉴定,并利用SAS 8.0软件中的混合线性模型分析SNPs位点与猪胴体和肉质性状的相关性。结果显示：NT5C1A基因在腰大肌表达量最高;在硒都黑猪中存在3个SNPs位点,分别为rs81390049 C>T、rs81390048 A>G和rs339707155C>T突变。性状关联分析表明,3个SNPs位点均与猪胴体或肉质性状显著相关。这3个SNPs位点紧密连锁,形成3种单倍型,并且与猪胴体和肉质性状显著关联。综上,NT5C1A基因3个SNPs位点可作为猪肉质性状遗传改良的分子标记。     

松辽黑猪HBEGF基因多态性及其与繁殖性状的关联分析

【目的】分析肝素结合型表皮生长因子样生长因子(heparin-binding EGF-like growth factor, HBEGF)基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点在松辽黑猪中的遗传多样性及其与繁殖性状的相关性。【方法】选择90头健康经产松辽黑猪母猪,采用Sanger直接测序法检测HBEGF基因的SNP位点,利用SPSS 26.0软件分析HBEGF基因SNP位点与松辽黑猪繁殖性状(总产仔数、产活仔数、初生重、3周龄重、断奶重、断奶仔猪数和乳头数)的相关性。【结果】在松辽黑猪HBEGF基因第5外显子及第2、3、4、5内含子上共发现22个SNPs位点,其中有8个SNPs位点与繁殖性状存在显著关联。g.142114384 A>G和g.142104389＿142104388ins A>G位点存在AA、AG和GG 3种基因型;g.142114375 C>A位点存在CC、CA和AA 3种基因型;g.142111433 C>T位点存在CC和CT 2种基因型;g.142106003 G>A和g.1421...     

獭兔FSHβ基因的多态性及其与繁殖性状的关联性研究

为了研究卵泡刺激素(FSHβ)基因与獭兔繁殖性状间的关系,将其作为獭兔繁殖性状的候选基因进行多态性检测与关联分析,试验以100只海狸色獭兔和70只白色獭兔为试验材料,采用PCR扩增测序以及Snapshot分型技术对獭兔FSHβ基因进行遗传多态性分析,通过PCR测序法鉴定了FSHβ基因第1外显子区、第3外显子区内的单核苷酸多态性(SNPs)位点,用最小二乘法建立分析模型,利用SPSS 17.0软件分析数据。结果表明:在170只个体中,共筛选出5个SNPs,其中有2个位于1号外显子(FSH1、FSH2),3个位于3号外显子(FSH25、FSH30、FSH31)。FSH25与初产仔数、产活仔数关联分析显著(P0.05),FSH31与产活仔数、初产窝重、21日龄活仔数关联分析显著(P0.05)。这2个位点可以作为分子标记对獭兔进行标记辅助选择。     

寿光鸡GPR147基因5′调控区多态性与产蛋性状的关联分析

为了了解GPR147基因多态性及其与产蛋性状的关系,本试验以寿光鸡为试验材料,用直接测序的方法检测了寿光鸡该基因5′调控区的SNPs,并与产蛋性状进行了关联分析。结果发现,GPR147基因的5′调控区在鸡群中共有11个SNPs位点,其中-593和-579位点的不同基因型在后期(45~56周)产蛋量和56周总产蛋数有显著差异(P0.05);-593位点TT基因型对应较高产蛋数,-579位点AA基因型对应较高产蛋数。上述两个位点的单倍型分析结果表明,单倍型TA与CG相比,中期(26~44周)产蛋量多了1.5枚(P=0.041 8),后期产蛋量多2.5枚(P=0.032 6),300天产蛋量多1.6枚(P=0.1),56周总产蛋量多4.4枚(P=0.014 4)。综上,GPR1475′调控区存在丰富的SNPs位点,-593和-579位点SNPs及其单倍型对寿光鸡的产蛋性状有显著影响,是具有潜在应用价值的分子标记。     

IP3R1基因表达、变异对蛋鸭蛋壳品质的影响

IP3R1是钙释放通道蛋白,通过调控细胞质内Ca^2+浓度进而发挥其生物学功能。为探讨IP3R1基因对三穗鸭蛋壳品质的遗传效应,采用实时荧光量PCR和PCR产物直接测序法检测54只三穗鸭IP3R1基因的组织表达谱和SNP多态位点。结果表明:IP3R1 mRNA在11个组织中均存在不同程度的表达,其表达顺序为肺>心脏>肌胃>胸肌>肝脏>胰腺>肾脏>腺胃>子宫>小肠>脾脏;首次在IP3R1基因内含子14检测到g.253779 T>C和g.253967 C>A 2个SNPs突变位点,内含子18发现g.257089G>A、g.257159C>G和g.257237T>G 3个SNPs突变位点,5个SNPs位点均为中度多态位点;卡方(χ^2)检验结果表明,除g.257089G>A位点外,其余4个SNPs位点的基因型分布均未偏离Hard-Weinberg平衡;关联分析结果表明,g.257159C>G位点对蛋重和蛋壳重分别具有极显著和显著影响,g.257237T>G位点对蛋形指数的影响达显著水平(P<0.05)。结果提示,g.257159C>G和g.257237T>G可作为鸭蛋壳品质选择的遗传标记。     

金定鸭卵巢组织转录组SNPs和可变剪接分析

为分析不同产蛋期金定鸭卵巢组织的SNPs和可变剪接,试验选取开产期和产蛋高峰期金定鸭各3只,对其卵巢转录组进行测序,得到299 927 852条高质量序列(Clean reads)。对筛选的SNPs进行了功能统计、位点区域统计和影响统计。功能统计结果显示,开产期共获得错义突变71 276个、无义突变153个、同义突变共287 148个,产蛋高峰期共获得错义突变65 620个、无义突变138个、同义突变共269 749个;位点区域统计结果显示,开产期外显子区域共获得401 030个SNPs、内含子区域共242 685个SNPs,产蛋高峰期外显子区域共获得362 557个SNPs、内含子区域共219 548个SNPs。影响统计结果显示,开产期共获得3 141个危害程度高的SNPs,294 815个危害程度低的SNPs和72 772个危害程度中等的SNPs。高产期共获得2 583个危害程度高的SNPs,276 568个危害程度低的SNPs和67 024个危害程度中等的SNPs。对开产期与产蛋高峰期进行可变剪接(AS)分类及差异AS分析。结果表明,SE事件最多涉及到15 419个基因,MXE涉及到1 601个基因,A5SS涉及到1 211个基因,A3SS涉及到1 740个基因,RI涉及到653个基因。进一步对差异AS进行显著性分析,开产期与产蛋高峰期显著差异的SE有1 085个基因,MXE有219个,A5SS有199个,A3SS有288个,RI有136个。研究结果为进一步完善蛋鸭的基因组信息提供基础数据。