花生DNA分子标记的研究Ⅲ不同限制酶组合AFLP分析效果比较

采用了28对EcoR I/Mse I AFLP选择性扩增引物、64对Pst I/Taq I AFLP选择性扩增引物,对 作图亲本24-3、B4及其杂种F1进行了分析,统计了两种限制酶组合的扩增总带数、多态性带数及多 态性率。秩和检验结果说明,两种限制酶组合AFLP每对引物扩增出的总带数无显著差异,而多态性条 带数目以及多态性率均有极显著的差异。证明尝试不同的限制酶组合可望揭示出花生品系材料间更 为丰富的遗传变异性。     

花生DNA三种不同限制酶切组合的AFLP多态性标记分析

利用扩增片段长度多态性(Amplified fragment length polymorphism,AFLP)标记技术,3种不同的酶切组合,其中EcoRⅠ/MseⅠ240对引物、PstⅠ/MseⅠ96对引物、PstⅠ/TaqⅠ96对引物,对汕油162×Sunoliec95R作图亲本进行分析,统计了不同酶切组合的扩增总带数、多态性位点及多态性率。多态性位点、多态性率及扩增总带数都有不同程度的差异,说明尝试不同的限制酶组合可以揭示出花生品系间更为丰富的遗传变异。有望开发AFLP分子标记,为花生分子育种打下基础。     

两种双酶切组合在细鳞鱼AFLP体系中的比较分析

采用Tru9Ⅰ/EcoRⅠ和TaqⅠ/PstⅠ两种限制性内切酶酶切组合对细鳞鱼Brachymystax lenok pallas的遗传多样性进行研究,探索适合其AFLP的双酶切体系。每种双酶切组合体系分别选用20对选择性扩增引物进行扩增。结果表明：采用Tru9Ⅰ/EcoRⅠ组合共扩增出了739个位点,其中多态性位点为336个,每对引物组合扩增的位点为21-45,位点多态性百分比为45.47%,平均Shannon氏指数为0.2739;而采用TaqⅠ/PstⅠ组合共扩增出了759个位点,多态性位点为405个,每对引物组合扩增的位点为29-53,位点多态性百分比为53.36%,平均Shannon氏指数为0.3144。表明,对细鳞鱼进行AFLP分析时,TaqⅠ/PstⅠ的酶切体系呈现出更大的多态性,能提供更多的可供分析研究的数据,更适用于细鳞鱼基因组分析。     

4种扇贝AFLP分析体系的建立

构建了4种扇贝扩增片段长度多态性(AFLP)的分析体系,对DNA提取、双酶切反应、连接反应、预扩增反应、选择性扩增反应和银染等条件进行了优化。结果表明:用EcoRⅠ/MseⅠ双酶切,核心序列加3个选择性碱基的选择性扩增引物,E32-M49和E32-M62两个引物组合,以及20μL选择性扩增体积,可得到十分稳定的结果。所得产物经电泳和银染后可获得条带清晰、背景干扰小的图像。该体系的构建为AFLP技术在扇贝相关研究中的应用提供了依据。     

杞柳AFLP反应体系的建立与引物筛选

以杞柳F1群体为试验材料,采用改良的CTAB法提取基因组DNA,经过酶切、连接、预扩增和选择性扩增,建立杞柳AFLP的反应体系,筛选EcoRI和MseI各16条选择性扩增引物组成256对引物组合。结果表明:320 ng基因组DNA采用5U EcoRI和MseI双酶切6 h,20℃连接12 h,连接产物稀释10倍进行预扩增,预扩增产物稀释15倍进行选择性扩增,选择性扩增产物采用ABI-3130检测,可获得条带清晰的指纹图;从256对引物组合中共筛选出98对多态性较高的引物组合。     

利用AFLP分子标记分析夏枯草种质资源遗传多样性

通过对8份夏枯草种质资源的AFLP分析,探求各种质间的遗传多样性.利用扩增片段长度多态性 (AFLP)标记,在DNA水平上进行遗传多样性研究,筛选32对选择性扩增引物,将扩增出的条带作为原始矩阵,用NTSYS-PC软件计算并分析夏枯草种质间的相似度,构建遗传系统进化树.结果显示:(1) SDS法提取的夏枯草基因组DNA质量较佳,能够满足AFLP分析的要求;(2) 从32对选择性扩增引物中,筛选出10对多态性较强、带型较好、分辨率较高的组合;(3)构建夏枯草AFLP 指纹图谱,将8个夏枯草种质全部区分开来;(4)通过构建进化树,把8个种质分成3类.夏枯草种质资源有丰富的遗传多样性,某些形态特征差异和基因型存在相关性.     

薏苡AFLP体系的建立与优化

以30个不同薏苡种质为试验材料,利用AFLP分子标记技术进行遗传多样性及亲缘关系的研究。通过对AFLP常规流程中（基因组提取、酶切、连接、预扩增、选择性扩增、电泳及银染检测）关键因素进行优化,建立适合薏苡的AFLP扩增检测体系。结果表明,采用酶切与连接分开的两步法,酶切完全,每步反应时间4 h并附加15 min的酶失活时间;连接产物稀释10倍;预扩增产物稀释50倍,试验效果最佳。应用优化后体系,从64对引物中筛选出14对多态性较好的薏苡AFLP选择性扩增引物。     

苦瓜AFLP分子标记反应体系的建立

利用AFLP分子标记技术,采用MseI/EcoRI酶切组合,从64对引物中筛选出6对带型分布均匀、多态性高且分辨能力强的引物,分别为:E1/M5、E4/M8、E6/M4、E7/M5、E7/M7、E8/M3,并确定了适用于苦瓜AFLP反应的最佳酶切-连接、预扩增和选择性扩增反应体系,从而为今后利用AFLP分子标记技术对苦瓜进行深入研究打下基础.     

山女鳟（Oncorhynchus masou masou）AFLP体系建立的研究

山女鳟（Oncorhynchus masou masou）是一种优良的冷水性养殖鱼类,为了进行山女鳟养殖群体的遗传管理,本研究构建了山女鳟的AFLP分析体系,试验采用两组酶切组合酶切山女鳟基因组DNA,并对酶量及酶切时间、预扩增模板用量、预扩产物稀释倍数进行了优化。结果表明,100ng DNA用3U的EcoRI在37℃酶切3h后,再分别用3U的TaqI和Tru9I在65℃酶切4h连接效果最佳,取3μL连接产物进行预扩增,将预扩增产物稀释50倍进行选择性扩增,可以得到清晰的扩增图谱;对两组酶切组合进行对比发现,EcoRI-Tru9I组合扩增的条带数多于EcoRI-TaqI组合,但后者的多态性位点比例高于前者。     

SSR、AFLP和SRAP分子标记用于玉米杂交种鉴定的多态性比较

选取2个普通玉米杂交种和1个糯玉米杂交种及其亲本自交系作为试验材料,分别采用SSR、AFLP、SRAP三种分子标记技术进行扩增,比较三种标记间的多态性差异,明确三者用于玉米杂交品种鉴定效率。结果表明:SSR、AFLP、SRAP标记平均每对引物扩增谱总带数分别是3.4、19.7、15.4条,三者用于品种鉴定每个引物特征带分别是2.2、2.5和2.4条,三种标记用于鉴定的无效扩增引物数分别占总引物的19.4%、7.8%和14.6%,另外还筛选出三种标记针对三个玉米杂交种鉴定的10个最佳引物组合。总之,三种标记在实际应用中各具优缺点,不同生产部门可根据需要进行选择。     

AFLP在濒危植物岷江柏中的应用初探

以14个岷江柏野生居群个体为试材,对AFLP分析过程中的影响因子(酶切与连接、预扩增、选择性扩增和银染)进行了研究.筛选出4对扩增稳定且多态性丰富的AFLP引物;得到扩增条带274条,多态性带137条(占50.00%).     

AFLP在濒危植物岷江柏中的应用初探

以14个岷江柏野生居群个体为试材,对AFLP分析过程中的影响因子（酶切与连接、预扩增、选择性扩增和银染）进行了研究.筛选出4对扩增稳定且多态性丰富的AFLP引物;得到扩增条带274条,多态性带137条（占50.00%）.     

濒危植物珙桐AFLP反应体系的建立及引物筛选

为研究不同生境下珙桐(Davidia involucrata Baill.)的遗传多样性,以珙桐叶片为材料优化建立珙桐的AFLP反应体系。对酶切与连接中DNA的浓度、预扩增的引物、选择扩增中Mg2+和dNTPs的浓度进行梯度比较分析。结果显示,酶切与连接过程中DNA的浓度变化对结果影响不大,预扩增的引物是否带有选择碱基对结果影响明显,选择扩增中dNTPs浓度的变化对最终谱带影响不大,而Mg2+浓度变化会对最终谱带产生影响,以1.75 mmol/L为宜。采用优化后的体系,从12对Mse I、EcoR I引物的144组AFLP选择扩增引物组合中筛选出能够得到清晰扩增谱带的7组引物组合,为今后的研究奠定了基础。     

芒果AFLP分子标记体系的建立及应用

［目的］构建我国芒果主要栽培品种的AFLP分子标记体系。［方法］以4个芒果品种为材料探索提取高质量DNA的方法,并利用AFLP分子标记在DNA水平上对芒果进行遗传多样性研究。［结果］从64对选择性扩增引物中筛选获得14对多态性强、带型好、分辨率高的组合。应用所筛选的引物对芒果31个主要栽培品种进行指纹图谱分析,结果显示14对引物组合对31个品种扩增出的多态性比率达到97%。［结论］利用AFLP可以高效检测芒果种质资源分子标记多样性。     

青稞AFLP体系的建立及优化

本文以青稞为材料,对AFLP酶切连接、预扩增、选择性扩增过程进行优化。结果表明,酶切反应条件为DNA模板200 ng、限制性内切酶Eco RI/Mse I 4U、酶切时间4h;连接反应条件为连接温度16℃,T4连接酶3 U,连接时间12 h以上;预扩增反应条件为r Taq聚合酶3 U、dNTP 4 mmol/L、镁离子浓度1.00 mmol/L;选择性扩增反应条件为r Taq聚合酶4 U、d NTP 4 mmol/L、镁离子浓度1.25 mmol/L及预扩产物稀释10倍。利用优化后的AFLP体系,以藏青2000、冬青18这2个供试材料的基因组为模板,从100对引物组合中筛选出10对重复性好、稳定性强、扩增条带清晰、分布均匀、多态性高的引物组合,为青稞种质资源鉴定及遗传多样性分析提供了基础。     

部分鸢尾属植物的AFLP标记

利用AFLP技术,选择EcoRI/MesI酶切组合,从48对EcoRI,3/MesI+3引物组合中筛选出6对引物进行选择性扩增,检测了鸢尾属植物26个样品基因组的DNA多态性,共扩增出536个遗传位点,并通过Jaccard的方法将电泳谱带矩阵转化为遗传相似性系数矩阵,进行了UPGMA聚类分析.26个样品的遗传相似性系数...     

苦瓜AFLP和SRAP的PCR反应体系优化及应用比较

【目的】优化苦瓜AFLP和SRAP的PCR反应体系,比较这两种分子标记在苦瓜应用中的优劣,为苦瓜突变体筛选提供参考。【方法】以8份苦瓜种质为材料,对AFLP和SRAP反应体系中各反应因素浓度进行筛选优化;分别选取5对条带清晰、重复性好的AFLP和SRAP引物对8份苦瓜材料进行扩增,比较其多态性。【结果】在AFLP反应体系中,在0～10倍稀释范围内,以连接产物稀释5倍时反应效果较好;将预扩产物稀释30倍进行选择性扩增为宜。在SRAP反应体系中,Mg2+浓度为2.5 mmol/L、dNTP浓度为0.2 mmol/L时,反应效果较好。多态性分析结果显示,5对AFLP引物共扩增出145条带,多态性条带有18条,多态性比率为12.41%;5对SRAP引物扩增条带数为109条,其中多态性条带数有9条,多态性比率为8.25%。【结论】AFLP和SRAP两种分子标记技术均可以很好反映苦瓜种质资源的遗传多样性,但AFLP扩增产物的平均多态性高于SRAP,能够比较稳定地筛选出差异条带。     

烟草种质资源遗传多样性及亲缘关系的AFLP分析

 【目的】揭示烟草种质资源的遗传多样性及亲缘关系。【方法】选用4对AFLP选择性扩增引物（EcoRI＋3/MseI＋3）对48份烟草材料的基因组DNA进行选择性扩增。【结果】共获得321条扩增带，其中174条具有多态性，平均多态检出率为54.2%。对AFLP扩增结果采用UPGMA法进行聚类分析，可以将48份烟草资源分为两大类群，即黄花烟草群和普通烟草群，普通烟草可进一步分为4组；48份材料的遗传距离变幅在1.41～11.0之间。【结论】AFLP标记技术能较好地从分子水平揭示中国烟草种质资源的遗传背景、亲缘关系及演化规律。     

沙棘木蠹蛾AFLP引物筛选及反应体系的建立

该文以沙棘木蠹蛾幼虫为材料,用改进的SDS-蛋白酶K法获得了高质量的符合AFLP分析要求的基因组DNA。通过对AFLP试验过程中的酶切 连接、预扩增、选择性扩增等各关键因素的比较研究,建立了一套优化的沙棘木蠹蛾AFLP分子标记体系,获得了清晰的指纹图谱。研究结果表明:利用EcoRⅠ/MseⅠ双酶切系统以酶切 连接2～4 h, 预扩增产物稀释20倍、Mg 2+浓度为1.5 mol/mL的选择性扩增效果最好。进一步利用该反应体系从80对E+3 /M+3选择性引物中筛选出10对多态性丰富、分辨率高、谱带清晰的引物组合。该研究结果为利用AFLP标记技术开展沙棘木蠹蛾的种群遗传结构、遗传分化等方面的研究奠定了基础。      

燕山板栗叶片基因组AFLP反应体系建立

该文以燕山板栗嫩叶为材料,利用改良的CTAB法提取高质量的总DNA,通过优化了酶切连接、预扩增、选择性扩增等试验条件,得到了清晰的板栗AFLP指纹图谱.研究结果表明:① 应用经过改良的CTAB法可获得用于构建板栗AFLP体系的高质量DNA;②单独酶切和单独酶连体系比酶切酶连共体系效果更好,确定了板栗基因组DNA AFLP分子标记反应体系;③在所分析的9种引物组合中EAAC＋M-CAA、E-AAC＋M-CAT和E-AGT＋M-CAT 3个引物均获得较好的多态性.其中以E-AGT＋M-CAT引物对组合的扩增条带信号强度一致性好,条带分布均匀,得到了稳定、清晰、分辨率较高的指纹谱带.