树木溃疡病菌主要类群系统地位及茶藨子葡萄座腔菌的种内一致性

报道利用微卫星引物[(GT)n、(CGA)n、(CCA)n、(GAA)n、(CAA)n、(GA)n]和小卫星引物M13进行的葡萄座腔菌属、盾壳霉属和疡壳孢属真菌的随机扩增微卫星多态性PCR(RAMs-PCR)遗传多样性结果:42个参试菌株被分为4个RAMs分类群;其中22个葡萄座腔菌属菌株和6个小穴壳菌属菌株分布于这4个类群中;RAMs分类群Ⅰ,Ⅱ,IV仅仅由葡萄座腔菌属和小穴壳菌属菌株构成,部分茶藨子葡萄座腔菌,4个贝伦格葡萄座腔菌和所有的盾壳霉属和疡壳孢属菌株构成了RAMs分类群Ⅲ.研究结果显示通过形态学确定的茶藨子葡萄座腔菌种内具有遗传不一致性,形态学上一致的28个茶藨子葡萄座腔菌菌株识别为4个不同的表观群;造成苹果轮纹病菌和苹果干腐病菌的贝伦格葡萄座腔菌菌株与部分茶藨子葡萄座腔菌在分子水平上非常相似;研究结果亦显示盾壳霉属与疡壳孢属真菌有着较近的系统关系.     

树木溃疡病菌主要类群系统地位及茶蔗子葡萄座腔菌的种内一致性

报道利用微卫星引物[（GT）n、（CGA）n、（CCA）n、（GAA）n、（CAA）n、（GA）n]和小卫星引物M13进行的葡萄座腔菌属、盾壳霉属和疡壳孢属真菌的随机扩增微卫星多态性PCR（RAMs-PCR）遗传多样性结果：42个参试菌株被分为4个RAMs分类群；其中22个葡萄座腔菌属菌株和6个小穴壳菌属菌株分布于这4个类群中；RAMs分类群Ⅰ，Ⅱ，Ⅳ仅仅由葡萄座腔菌属和小穴壳菌属菌株构成，部分茶蔗子葡萄座腔菌，4个贝伦格葡萄座腔菌和所有的盾壳霉属和疡壳孢属菌株构成了RAMs分类群Ⅲ。研究结果显示通过形态学确定的茶蔗子葡萄座腔菌种内具有遗传不一致性．形态学上一致的28个茶蔗子葡萄座腔菌菌株识别为4个不同的表观群；造成苹果轮纹病菌和苹果干腐病菌的贝伦格葡萄座腔菌菌株与部分茶蔗子葡萄座腔菌在分子水平上非常相似；研究结果亦显示盾壳霉属与疡壳孢属真菌有着较近的系统关系。     

葡萄座腔菌属(B otryosphaeria)系统分类评述

本文系统论述了葡萄座腔菌（Botryosphaeria Ces. ＆ De Not.）及其无性型的系统分类现状.首先概述了Botryosphaeria真菌模式种的建立及无性型分类的演化过程,主要介绍了Botryosphaeria真菌系统分类的一个重要观点：即Botryosphaeria代表了两个不同的系统发育单元的集合,其无性阶段可能分别对应于色二孢属（Diplodia）和壳梭孢属（Fusicoccum）.同时介绍了真菌多无性型（pleoanamorphy）、同等无性型（synanamorphs）概念和Fusicoccum真菌座腔壳砖隔孢属（Dichomera）同等无性型的主要特征.分析了一些重要有性型种,如茶藨子葡萄座腔菌（B. dothidea）,多主葡萄座腔菌（B. ribis）,贝伦格葡萄座腔菌（B. berengeriana）,B. parva,B. lutea等之间的系统分类关系,介绍了近年发现的20多个有性与无性型新种.其次介绍了主要的分子系统学研究方法并分析了其在Botryosphaeria真菌系统分类中的应用状况.最后通过分析与国外研究水平的差距,讨论了今后我国重点研究的方向.     

杨树和核桃溃疡病菌生物学特性的研究

近年来,我国许多学者研究证实,杨树溃疡病和核桃溃疡病的病原菌都是小穴壳菌(Dot-hiorella gregaria Sacc.),其有性阶段为茶藨子葡萄座腔菌(Botryosphaeria ribis Gross.et Dugg.)。对杨树溃疡病的分布、危害、发     

茶藨子栽培技术

<正>茶藨子,又称醋栗,虎耳草科茶藨子属,落叶灌木,高1～3米。生于山坡林下岩石旁和山谷溪边灌木丛中。茶藨子属植物分布很广,在全世界共有160多个种,著名的黑加仑,只是茶藨子属众多种类中的一种。中国茶藨子属植物初步确定为59种30变种,新疆天山、阿尔泰山均有广泛的分布,主要有刺茶藨、红果茶藨、黑果茶藨、天山茶藨、高茶藨、小叶茶藨、石生茶藨等7种,其中黑果茶藨、红果茶藨的分布最多,当地居民有收集其果实制作果酱食用的传统。但由于近年来气候干旱等种种原因,野生茶     

团花树α扩展蛋白基因的克隆及表达分析

采用扩增保守区域、基因组步移及3'RACE技术,在团花树中克隆到15个α-expansin基因的cDNA序列,命名为AcEXPA2-16(GenBank注册号JF922686-JF922700),其相对应的基因组序列GenBank注册号为JF922701-JF922715.包括已知的AcEXPA1,这16个EXPA蛋白的大小及序列高度保守,包括N端的信号肽、3个外显子和2个内含子.通过氨基酸序列比对和系统进化树分析,AcEXPA1-16分为4个亚族,分别为A、B、C和D亚族.定量PCR分析显示AcEXPA1-16基因在同一组织中的表达存在冗余现象,而单个基因在不同的组织中又存在特异表达,尤其AcEXPA8在形成层中的表达水平极高.这表明AcEXPA8在木质部发生的过程中可能起到重要的作用.研究结果为在团花树中研究α-expansin基因与木质部的生长和材质的关系提供信息,并最终为林木分子育种提供潜在的候选基因.     

油茶炭疽病菌果生刺盘孢效应子的筛选

【目的】采用生物信息学研究方法,筛选分析果生刺盘孢效应子,并验证其功能,为其致病相关基因研究提供理论依据,同时为油茶病害管理提供参考。【方法】对果生刺盘孢非侵染期(分生孢子)和侵染时期(油茶叶片病斑组织)进行RNA-seq测序,并利用生物信息分析软件BUSCA、Target P、big-PI Predictor和GO、KEGG、PHI数据库分析转录组数据,选出符合条件的候选效应子,再利用qRT-PCR技术对效应子进行相对定量分析;克隆候选效应子全长基因,通过烟草瞬时表达系统和DAB染色验证相应基因功能。【结果】1)转录组结果数据显示,侵染时期相对于非侵染时期有7 850个差异表达基因。对差异表达基因的编码蛋白进行预测分析,345个为经典分泌蛋白,占总数的4.39%。经典分泌蛋白氨基酸长度在各区间段分布较为均匀,而符合效应子筛选条件(300 aa)的蛋白约占经典分泌蛋白总数的36%,数量相对较少。信号肽长度集中在18～20 aa(占48.7%),信号肽切割位点以SPase Ⅰ型为主(占88.41%)。KEGG功能富集分析得到164条Pathway信息,多为真菌代谢途径、次生代谢产物、淀粉和蔗糖代谢相关的通路。PHI致病菌数据库同源比对结果表明,在经典分泌蛋白中含有80条与真菌致病力相关的基因,其中包括1个已知效应子。以氨基酸长度300和半胱氨酸残基数≥4为筛选条件,并过滤已经注释过功能的蛋白后,在果生刺盘孢中筛选出17个候选效应子。2)随机抽样选取9个候选效应子做qRTPCR分析,结果显示9个基因均为上调表达,与转录组数据结果相符。3)克隆出4个候选效应子,并通过烟草瞬时表达系统和DAB染色,验证出4个候选效应子均能引起植物细胞坏死。【结论】果生刺盘孢在侵染油茶时期有多个效应子表达,而在分生孢子时期此类蛋白多为不表达或少量表达,这验证了效应子是植物与病原菌相互作用的关键因素。     

樟树烂皮病调查及病原菌生物学特性研究

樟树（Camphor tree）烂皮病,危害主干和侧枝,平均发病率38%,以苗圃地和2-3年生的幼树危害较为严重。（1）经鉴定该病是由子囊菌亚门茶藨子葡萄座腔菌（Botryosphaeria ribis（Tode） Gross Dugg）所致,无性为半知菌亚门桑茎点菌（Phoma moricola Sacc.）;（2）该菌适宜生长的温度为30℃,pH值为7.0;3%麦芽糖和98%相对湿度对无性孢子萌发极为有利;（3）多菌灵和福美砷能有效控制该病。     

油桐乙酰辅酶A羧化酶BC亚基全长cDNA克隆及序列分析

以葡萄桐的近成熟种子为材料,根据油桐转录组测序结果设计引物,采用RT-PCR技术克隆了油桐乙酰辅酶A羧化酶BC亚基基因的全长c DN A序列。该基因c DNA序列全长1 605 bp,编码534个氨基酸。推导出的BC亚基氨基酸序列蛋白的等电点p I为7.98,相对分子量58 262.0 Da,稳定系数为38.13,生物信息学分析表明,此蛋白含有2个比较明显的跨膜区,是一个不稳定的非分泌蛋白。模体搜索结果表明在BC上具有ATP结合位点。三级结构中有16个α螺旋,3个部分形成一个内凹的结构。     

河北省葡萄座腔菌科菌物系统分类研究

【目的】葡萄座腔菌科菌物是引起众多经济及生态造林树种枝干溃疡、枝枯类病害的病原生物,在世界各地均有广泛的分布。本研究对河北省内,与经济林木病害相关的葡萄座腔菌科菌物进行系统分类研究,目的在于揭示该科菌物在特定地区的地理分布特征,明确该类菌物所致树木枝干溃疡、枝枯类病害的寄主植物范围,为河北省树木溃疡、枝枯类病害的控制提供理论依据。【方法】在对河北省树木溃疡类病害系统调查的基础上,本研究根据菌物无性型及有性型的形态学特征、rDNA-ITS序列特征对包括河北省石家庄在内的8个市(县、区)25个不同地点的葡萄座腔菌科菌物进行分类鉴定和系统分类。【结果】共获得葡萄座腔菌科菌物5种73株,分别属于Botryosphaeria dothidea、B.stevensii、B.obtusa、B.sarmentorum和Phyllosticta citrichinaensis。其中B.dothidea为河北省葡萄座腔菌科优势菌物种,占全部检出菌物菌株总数的77%。葡萄座腔菌科菌物侵染杨树、柳树、苹果、核桃等28种植物,其中包括大叶黄杨、构树、火炬树、连翘、花椒和刺梅等6种新寄主植物。【结论】B.dothidea不仅危害杨树等传统寄主,而且危害花椒等新寄主植物以及入侵树种火炬树,是危害河北省树木健康生长的最为重要、分布最为广泛的枝干病原菌物,有必要对其溃疡致病性分化和种群遗传分化进行深入分析。来自柿树、花椒等寄主的10个具有Dothiorella型分生孢子的菌株形成单系类群,提示这些菌株可能是与B.sarmentorum和B.iberica不同的一个系统发育学新种。     

里氏木霉木聚糖酶XYN II基因在毕赤酵母中的分泌表达

采用RT-PCR方法克隆到里氏木霉Rut C-30木聚糖酶(XYN II)的cDNA序列。测序结果表明,XYN II的cDNA基因开放阅读框长度为669 bp,编码223个氨基酸,N端1~19个氨基酸为潜在的信号肽序列,删去潜在信号肽序列,将里氏木霉木聚糖酶的基因(xynII)构建到巴斯德毕赤酵母分泌表达载体pPIC9K上,线性化后电击转化到巴斯德毕赤酵母中,经G418筛选和PCR鉴定后的转化子用1%的甲醇进行诱导,对重组木聚糖酶活检测显示该基因能在毕赤酵母中表达有生物活性的XYN II并分泌到胞外。发酵液中的酶活在诱导培养60 h达到1.45 IU/mL,最适酶解温度为50℃,最适pH值为6.0。     

桃水孔蛋白基因克隆及序列分析

为给水孔蛋白(AQP)在低温对花芽发育和休眠调控中的作用研究奠定基础,以低温休眠的桃"满天红"花芽为试材,提取总RNA,根据其它植物AQP基因保守区设计简并引物,采用RT-PCR方法,扩增出3个编码长约147个氨基酸序列的水孔蛋白基因PpPIP1-1、PpPIP1-2和PpPIP2-1。同源性比对结果表明这些序列与其它物种AQP基因具有较高的同源性。这3个AQP基因的氨基酸序列均具有MIP家族的特征信号序列SGXHXNPAVT,还具有植物质膜水孔蛋白(PIP)家族的特征信号序列GGGANXXXXGY和TGI/TNPARSL/FGAAI/VI/VF/YN。经系统发育分析将这3个AQP基因分为2类,分属PIP蛋白的PIP1和PIP2亚家族成员。     

毛白杨α-微管蛋白基因家族的克隆与序列分析

采用本地化软件BlastP对杨树全基因组数据库和GenBank数据进行搜索,根据搜索结果对毛白杨TUA基因家族进行克隆,并利用软件Clustal W和MEGA对TUA基因进行了核酸和氨基酸序列的比对分析和系统进化分析;利用SWISS-MODEL服务器对TUA的蛋白质三维结构进行模拟。结果显示:毛白杨α-微管蛋白由8个成员构成,8个成员的氨基酸序列和其它植物α-微管蛋白序列的相似性在80%以上;TUA基因可分为2个家族,每个家族成员都有其独特的内含子外显子特征;TUA蛋白的三维结构表现出极高的相似性。毛白杨TUA基因在序列和结构上都十分保守;8个TUA基因起源于2个祖先TUA基因。     

两种杨树树皮内生真菌多样性及优势种群动态变化

为了解健杨94(转基因抗虫杨94)、三倍体毛白杨2个杨树品种干部树皮内生真菌区系及其优势种群的季节变化情况,本研究利用组织分离法从2个杨树品种996块组织中分离内生真菌1 175株,健杨94和三倍体毛白杨分别分离612、563株.利用形态特征和分子生物学方法鉴定为15个属、35个分类单元,包括担子菌1个分类单元,子囊菌34个分类单元.2个杨树品种内生真菌优势种群包括链格孢、葡萄座腔菌、镰孢属真菌、间座壳属真菌等,其中,仅有链格孢、葡萄座腔菌和桑砖红镰孢是两品种共有的优势种群种类,而且优势种群会随季节变化而变化.在两品种的内生真菌中,链格孢、葡萄座腔菌是最为常见的优势种群.     

油桐油体蛋白基因的克隆及序列分析

油桐油体蛋白与油桐脂肪酸储藏密切相关。通过构建油桐cDNA文库和EST文库,用分子生物学手段分离克隆出两个油桐油体蛋白基因的全长cDNA序列。通过分析表明,两个油体蛋白基因的全长cDNA分别为738 bp、838 bp,各包含1个完整的CDS,分别编码137个、154个氨基酸。分别命名为VF_oleⅠ,VF_oleⅡ。通过与其它物种的19条油体蛋白氨基酸序列比对,油桐油体蛋白基因分别与麻疯树oleosin 3和麻疯树oleosin 2的相似性最高,分别为84%、82%。通过软件预测表明,油桐油体蛋白等电点分别为10.315、10.335,都存在跨膜结构域,且存在信号肽剪切位点,中部都存在一个较长的疏水区,C末端都是以α-螺旋为主。     

黄孢原毛平革菌木质素过氧化物酶基因的克隆和序列分析

以黄孢原毛平革菌基因组DNA为模板,克隆Lip-2基因片段,结合序列测定和生物信息学方法对扩增序列进行分析,结果证实所获得的序列与GenBank中已经登陆的Lip-H8基因具有高度的同源性,其N-端也具有真核生物分泌型信号肽序列.Lip-2基因序列的获得为下一步将其构建到酵母表达载体中进行蛋白质表达奠定了基础.     

2个欧美杨品种树皮内生真菌多样性及优势种群动态变化

利用组织分离法从欧美杨2品种欧美杨107杨、中林46杨中(996块组织)分离内生真菌1252株,107杨和中林46杨分别分离出645株和607株。利用形态特征和分子生物学方法鉴定为17个属、32个分类单元,包括担子菌2个分类单元,子囊菌30个分类单元均为子囊菌。在基于ITS构建的系统进代树上、2杨树品种内生菌均形成5个稳定的分支,包括在囊菌纲2个分支,包括散囊菌纲、类壳菌纲等。2个杨树品种内生真菌优势种群包括链格孢、葡萄座腔菌、镰孢菌、间座壳菌等,其中链格孢、葡萄座腔菌是最为常见的优势种群,2品种内生菌的优势种群会随季节变化而发生变化。     

2个野扁桃自交不亲和SFB基因全长的克隆与序列分析

为给野扁桃的遗传改良和自交不亲和机制的进一步研究提供理论依据,以新疆野扁桃花药为试材,利用RT-PCR和RACE技术克隆野扁桃自交不亲和性花粉特异性决定因子编码基因SFB全长序列。采用BLAST进行序列比对,ORF Finder寻找开放阅读框,CDD分析蛋白保守结构域,Prot Param分析蛋白理化性质,TMHMM预测蛋白跨膜区,Signal P预测蛋白信号肽,Sub Loc预测蛋白亚细胞定位,SOPMA分析蛋白二级结构,DANMAN进行氨基酸多序列比对,MEGA6进行系统进化分析,Prot Fun预测蛋白功能。结果表明:克隆到的Pt SFB16基因和Pt SFB17基因属于F-box基因家族,与其它多种植物的SLF/SFB基因的序列相似度为88%,推导的氨基酸序列均具有F-box蛋白典型结构;Pt SFB16基因ORF长1 146 bp,编码381个氨基酸,Pt SFB17基因ORF长1 131 bp,编码376个氨基酸;预测2个SFB蛋白均为略显亲水性、不稳定的细胞质蛋白,二级结构均以α-螺旋,延伸链和无规则卷曲为主,SFB/SLF蛋白在蔷薇科李属植物中具有较高的系统进化一致性,种间同源性可能大于种内同源性,SFB蛋白可能的功能主要有辅助因子生物合成、能量代谢和裂合酶。     

里氏木霉木聚糖酶XYNⅡ基因在毕赤酵母中的分泌表达

采用RT-PCR方法克隆到里氏木霉Rut C-30木聚糖酶(XYN Ⅱ)的cDNA序列.测序结果表明,XYN Ⅱ的cDNA基因开放阅读框长度为669bp,编码223个氨基酸,N端1～19个氨基酸为潜在的信号肤序列,删去潜在信号肽序列,将里氏木霉木聚糖酶的基因(xyn Ⅱ)构建到巴斯德毕赤酵母分泌表达载体pPIC9K上,线性化后电击转化到巴斯德毕赤酵母中,经G418筛选和PCR鉴定后的转化子用1%的甲醇进行诱导,对重组木聚糖酶活检测显示该基因能在毕赤酵母中表达有生物活性的XYNⅡ并分泌到胞外.发酵液中的酶活在诱导培养60h达到1.45IU/mL,最适酶解温度为50℃,最适pH值为6.0.     

山葡萄VaCBF3基因克隆及生物信息学分析

为预测山葡萄VaCBF3基因的功能,利用RT-PCR方法从低温处理的山葡萄中克隆出抗寒转录因子VaCBF3基因。利用生物信息学方法对其结构域及功能进行预测,包括开放阅读框分析、基本理化性质分析、保守结构域分析、信号肽预测、蛋白修饰位点分析、疏水性分析、系统进化分析、蛋白质二级结构及三级结构预测等。结果表明:经测序VaCBF3基因序列全长为854bp,编码239个氨基酸,序列提交至GenBank中(登录号为:EU672969;蛋白登录号为:ACD45468.1)。该基因属于AP2 superfamily家族,具有AP2保守结构域;蛋白相对分子量为25.9kDa,分子式为C1109H1754N332O364S11,原子总数为3570,理论等电点为7.1;为不稳定亲水蛋白,不含信号肽;共计43个磷酸化位点,1个N-糖基化位点,39个O-糖基化位点;二级结构中α-螺旋占25.94%,β-转角占4.60%,不规则卷曲链56.07%,延伸链占13.39%;三级结构含有1个α-螺旋和3个β-折叠。系统发育树分析表明,VaCBF3蛋白与Vitisamurensis聚为一支,亲缘关系最近,与V.vinifera、V.riparia亲缘关系较远。