圈养老年大熊猫肠道菌群16SrDNA克隆文库的建立

为了研究老年大熊猫肠道菌群的构成,本试验对3只圈养老年大熊猫粪便细菌构建16S rDNA克隆文库,采用限制性内切酶Hinf Ⅰ、Msp Ⅰ对其进行限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)及测序分析.结果显示,老年大熊猫肠道细菌主要由变形菌门和厚壁菌门组成;变形菌门中又以大肠埃希氏菌属为主,其次为假单胞菌属、志贺氏菌属、气单胞菌属;而厚壁菌门中以链球菌属为主,其次为魏斯氏菌属、梭菌属;此外还发现一定比例的未培养细菌.本试验第一次建立了较丰富的老年大熊猫肠道菌群的克隆文库,为分析比较各年龄层大熊猫的肠道菌群结构的异同提供了参照,也为合理饲喂老年大熊猫,保障老年大熊猫的健康提供重要信息.     

圈养老年大熊猫肠道菌群16S rDNA克隆文库的建立

为了研究老年大熊猫肠道菌群的构成,本试验对3只圈养老年大熊猫粪便细菌构建16SrDNA克隆文库,采用限制性内切酶HinfⅠ、MspⅠ对其进行限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)及测序分析。结果显示,老年大熊猫肠道细菌主要由变形菌门和厚壁菌门组成;变形菌门中又以大肠埃希氏菌属为主,其次为假单胞菌属、志贺氏菌属、气单胞菌属;而厚壁菌门中以链球菌属为主,其次为魏斯氏菌属、梭菌属;此外还发现一定比例的未培养细菌。本试验第一次建立了较丰富的老年大熊猫肠道菌群的克隆文库,为分析比较各年龄层大熊猫的肠道菌群结构的异同提供了参照,也为合理饲喂老年大熊猫,保障老年大熊猫的健康提供重要信息。     

圈养老年大熊猫肠道内菌群结构研究

为了研究圈养大熊猫肠道内菌群结构,试验采用高通量测序技术分析4只圈养老年大熊猫新鲜粪便中细菌和真菌组成,并对比分析不同年龄大熊猫肠道内的菌群结构。结果表明:在门水平上,圈养老年大熊猫粪便细菌主要由变形菌门(63.98%)、厚壁菌门(35.29%)组成,真菌主要由子囊菌门(46.82%)、担子菌门(2.18%)组成;在属水平上,细菌主要由大肠杆菌属(45.26%)、链球菌属(15.80%)、不动菌属(15.34%)、梭菌属(9.79%)和串珠菌属(5.93%)组成,真菌主要由腐质霉属(19.35%)、德巴利酵母属(15.82%)、镰刀菌属(2.91%)、曲霉菌属(1.51%)组成。不同年龄的大熊猫肠道内菌群组成存在差异,与亚成年、成年大熊猫相比,老年大熊猫肠道内细菌和真菌在门、属水平上组成相似,但细菌变形菌门丰度提高、厚壁菌门丰度降低,不动菌属丰度增加;真菌子囊菌门丰度提高、担子菌门丰度下降,德巴利酵母属丰度增加。     

欧美进口紫花苜蓿可培养种带细菌及其对动植物的致病性

为了探究进口紫花苜蓿种带细菌的多样性及其对动植物的致病性，本研究从北美和欧洲共收集到紫花苜蓿种子样品34份，所有样品经室内研磨稀释分离培养，共获得39株种带细菌分离物，结合常规表型特征及16S rDNA鉴定方法确定它们的分类地位；并在室内采用菌悬液皿内发芽及盆栽接种法和腹腔注射法分别测定了21株代表细菌对供试紫花苜蓿和昆明小鼠的致病性。结果显示：1)39株细菌隶属3门15属，门分别为厚壁菌门、变形菌门和放线菌门，其中优势门为厚壁菌门；属地位的分别为芽孢杆菌属、假单胞菌属、马赛菌属、短芽孢杆菌属、欧文氏菌属、泛菌属、不动杆菌属、肠杆菌属、埃希氏肠杆菌属、假芽孢杆菌属、假节杆菌属、红球菌属、葡萄球菌属、土壤芽孢杆菌属和微杆菌属，其中优势属为芽孢杆菌属和假单胞菌属。2）红球菌属GCKH菌株仅对紫花苜蓿致病；不动杆菌属ZSR17、埃希氏肠杆菌属ZSR25和马赛菌属R1菌株仅对小鼠具有致病性；而欧文氏菌属ZF1和ZS3、泛菌属CQ10和ZS6菌株既可以引起紫花苜蓿致病，又可以引起小白鼠发病，是潜在的植物和动物跨界侵染共致病病原细菌。研究结果初步探明了欧美进口紫花苜蓿种带细菌的分类地位及其危害性，...     

死亡马来穿山甲肠道中细菌的分离培养与鉴定

为了解马来穿山甲病变肠道菌群的组成,本研究通过对一只死亡的马来穿山甲的肠道细菌分别进行接种培养、革兰氏染色及对其16S rRNA基因序列进行PCR扩增等,对穿山甲病变肠道菌群的组成进行鉴定。高通量测序后,共获得有效序列77 441条,8个OUTs,细菌分类归属3门3纲5目6科8属。属含量从高到低分别为变形杆菌属(53.46%)、埃希氏菌属-志贺氏菌属(28.46%)、肠球菌属(17.22%)、假单胞菌属(0.7%)、普罗威登斯菌属(0.07%)、葡萄球菌属(0.05%)、拟杆菌属(0.02%)和乳杆菌属(0.02%)。结合细菌的属性及马来穿山甲病变肠道的症状分析,该马来穿山甲可能因为感染了志贺氏菌属的细菌导致严重的肠道出血而引起死亡。     

SPF鸡和商品蛋鸡粪便菌群及大肠杆菌抗药性的比较分析

通过粪菌移植可以调节肠道菌群的组成,已成为降低肠道菌群抗药性的方法之一,而筛选合适的粪菌移植供体尤为重要。本研究利用16S rRNA基因高通量测序技术分析了两种候选供体SPF鸡和商品蛋鸡在不同养殖模式下5个不同日龄粪便菌群的组成,并利用药物敏感性试验比较了粪便中大肠杆菌的抗药性水平。结果表明,两种蛋鸡粪便菌群的丰富度都表现出随日龄增加而增加的趋势,其中商品蛋鸡粪便菌群的种类更加丰富,而SPF鸡粪便菌群的组成更加均一。在门水平上,SPF鸡拥有更多的厚壁菌门细菌,而商品蛋鸡含有更多的变形菌门、拟杆菌门和放线菌门细菌。在属水平上,两种蛋鸡粪便中的优势菌均为乳酸杆菌属和埃希氏-志贺氏菌属,其中SPF鸡存在更多的乳酸菌属和隐秘杆菌属,而商品蛋鸡含有更多的拟杆菌属、假单胞菌属、不动杆菌属、梭菌属、链球菌属和克雷伯菌属。药敏试验结果表明,SPF鸡粪便中大肠杆菌对抗生素的抗药率、多重抗药性比例和最低抑菌浓度(MIC)的频率分布均显著低于商品蛋鸡。该结果深入分析了两种养殖模式下不同日龄蛋鸡的粪便菌群,结合粪便中大肠杆菌抗药性水平的比较分析,进一步表明SPF鸡粪便菌群更加安全、敏感,可以作为粪菌移植的供体用于降低肠道菌群的抗药性。     

高海拔地区圈养成年大熊猫冬季粪便可培养细菌鉴定——以云南野生动物园为例

为了研究云南野生动物园圈养大熊猫冬季肠道微生物菌群结构,试验利用传统方法和现代分子生物学手段(16S rDNA分析)对其冬季粪便进行可培养细菌的分离、纯化和鉴定。结果表明:对冬季粪样通过传统方法分离鉴定的细菌种属有埃希氏菌属(Escherichia Castellani and Chalmers)、志贺氏菌属(Shigella Castellani);通过16S rDNA分析,鉴定的菌群归属于鲍氏志贺菌(Shigella boydii)、大肠杆菌(Escherichia coli)、弗氏志贺菌(Shigella flexner)、特基拉芽孢杆菌(Bacillus tequilensis)、甲基营养型芽孢杆菌(Bacillus methylotrophicus)。在高海拔地区的环境条件下,大熊猫的肠道优势菌群为埃希氏大肠杆菌(Escherichia coli)、弗氏志贺菌(Shigella flexner)、鲍氏志贺菌(Shigella boydii)。     

大熊猫肠道菌群年龄演替规律分析

本研究旨在探究不同年龄段大熊猫(Ailuropoda melanoleuca)肠道菌群多样性、结构及功能的演替规律。于秦岭大熊猫研究中心采集16只不同年龄段大熊猫的新鲜粪便，基于16S rDNA高通量测序技术及层次聚类方法分为5个年龄组进行分析。结果表明，不同年龄段大熊猫共有优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes, 60.44%)和变形菌门(Proteobacteria, 38.69%),且随年龄增长，厚壁菌门的相对丰度逐渐增加，变形菌门的相对丰度逐渐降低；共有优势菌属为埃希菌属-志贺菌属(Escherichia-Shigella,57.35%)和狭义梭菌属1(Clostridium＿sensu＿stricto＿1,15.17%),且性别差异对大熊猫肠道菌群结构影响不大。不同年龄段大熊猫的肠道菌群Alpha多样性存在显著差异(P<0.05),呈现随年龄增长先增加后降低的趋势，在18～22岁达最高；Beta多样性结果表明，组间差异大于组内差异，不同分组对样品差异的解释具有可信度。13～14岁成年大熊猫特有的优势菌属——魏斯菌属(Weissella,9.975%)为肠道益生菌，34...     

腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群多样性的比较

本试验旨在探究腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群多样性及结构的差异。采集同等饲养条件下的8份腹泻和8份健康哺乳仔猪的粪便样本,利用16S rRNA高通量测序技术对健康仔猪和腹泻仔猪粪便菌群进行比较。结果表明:健康仔猪粪便菌群的多样性高于腹泻仔猪(P<0.05);与健康仔猪粪便菌群组成相比,腹泻仔猪变形菌门(Proteobacteria)的相对丰度增加(P<0.05),而拟杆菌门(Bacteroidetes)降低(P<0.05);在属的分类水平上,腹泻仔猪粪便中埃希氏-志贺菌属(Escherichia-Shigella)和乳杆菌属(Lactobacillus)的相对丰度高于健康仔猪(P<0.05),而拟杆菌属(Bacteroides)、Lachnoclostridium和瘤胃球菌属(Ruminococcus)低于健康仔猪(P<0.05)。综上表明,腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群的多样性和结构存在显著差异,埃希氏-志贺菌属的相对丰度显著增加可能是仔猪腹泻的重要原因之一。     

正常和腹泻水貂肠道微生物16S rRNA测序差异性分析

为调查正常水貂和腹泻水貂肠道菌群差异及发病原因，本试验采集了正常和腹泻水貂的粪便进行16S rRNA测序，并展开微生物物种的分布和丰度聚类差异分析。结果显示，与正常水貂相比，腹泻水貂中厚壁菌门所占比例显著增多(P<0.05),变形菌门和丙型变形菌纲所占比例显著减少(P<0.05);梭菌纲、梭菌目、巴氏杆菌目、巴氏杆菌科、链球菌科、梭菌科、巴氏杆菌属、梭菌属、链球菌属、放线杆菌属所占比例均极显著增多(P<0.01),肠杆菌目、肠杆菌科、肠球菌科、沙雷氏菌属、肠球菌属所占比例均极显著减少(P<0.01)。由此可知，水貂肠道微生物中巴氏杆菌属、梭菌属、放线菌属、链球菌属等多种致病菌群占比及相对丰度显著增加是导致水貂腹泻的原因之一。本试验通过分析得出正常和腹泻水貂肠道内菌种的差异，对疾病的诊断和治疗有一定的意义，并对微生态制剂的发展提供了数据支持。     

不同年龄大熊猫肠道菌群及其酶活特征分析

旨在探究年龄对大熊猫个体肠道微生态的影响。本研究采集大熊猫（Ailuropoda melanoleuca）（J₁（亚成年大熊猫个体）、J₂（成年大熊猫个体）、J₃（老年大熊猫个体））的新鲜粪便,基于16S rRNA基因技术,测定不同年龄的大熊猫个体肠道细菌组成,分析其物理和化学特征及酶活特异性,利用冗余分析（redundant analysis,RDA）分析大熊猫肠道微生物菌群丰度与其环境因子之间的关系。结果表明：在门水平上,变形菌门的相对丰度随着年龄的增加而升高,厚壁菌门的相对丰度随着年龄的增加而降低;在属水平上,链球菌属的相对丰度随着年龄的增加而降低;淀粉酶和纤维素酶的酶活力在J₂肠道最高,淀粉酶活力在J₃肠道最低,纤维素酶活力在J₁肠道最低,蛋白酶活力在J₁肠道最高,在J₃肠道最低;厚壁菌门和拟杆菌门的相对丰度均与淀粉酶活力和还原糖含量呈正相关,变形菌门的相对丰度与还原糖含量和氨基酸含量呈负相关。研究表明,不同年龄大熊猫个体的肠道微生物菌群的表现特征不同,其肠道细菌优势菌的相对丰度与其消化酶等环境因子存在相关性;建议需对亚成年大熊猫加强饮食和生活环境管理,并可以通过添加益生菌等方式加强对老年大熊猫肠道健康的管理。     

大熊猫粪便中微生物与寄生虫的宏转录组学分析

旨在探究大熊猫粪便中微生物组成以及耐药基因和寄生虫的真实情况。采集6只健康成年大熊猫的新鲜粪便,利用宏转录组学测序技术分析大熊猫粪便微生物组成及功能、耐药基因种类、丰度和寄生虫的组成,探讨优势细菌与耐药基因的相关性。结果表明,大熊猫粪便内微生物种类多样,包括细菌、真菌和病毒等,但以细菌为主。在门水平上,细菌类群中厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）为优势菌门,在真菌菌门中担子菌门（Basidiomycota）、子囊菌门（Ascomycota）和毛霉亚门（Mucoromycota）相对丰度较高,雌性和雄性大熊猫粪便菌群丰度没有显著性差异（P>0.05）。Unigenes功能分析表明,大熊猫粪便微生物的功能主要涉及碳水化合物、氨基酸代谢等过程。在大熊猫粪便中共检测出25大类、304种耐药基因,其中,外排泵类基因的种类最多、相对丰度最高。此外,在大熊猫粪便中共发现63属126种寄生虫,寄生虫种包括线虫、绦虫和吸虫,其中,线虫为优势虫种。通过相关性分析发现,链球菌属（Streptococcus）、埃希杆菌属（Escherichia）、肠球菌属（Enterococcus）、苏黎世杆菌属（Turicibacter）与外排泵类、喹诺酮类、四环素类、糖肽类、多肽类和磺胺类耐药基因呈显著正相关性（P<0.05）。本研究从宏转录组水平揭示了大熊猫粪便中微生物、耐药基因组成以及寄生虫种类,对大熊猫微生物相关疾病和寄生虫病防控具有重要意义。     

不同食性动物肠道菌群的ERIC-PCR指纹图谱分析

为了探讨不同食性动物肠道菌群的多样性与相似性。本试验采用ERIC-PCR方法对成年马、梅花鹿、老虎、豹、非洲狮、黑熊、小熊猫及成年大熊猫的新鲜粪便细菌总DNA进行了指纹图谱分析。结果显示,肠道菌群的多样性指数为草食动物（1.27）〉肉食动物（1.23）〉杂食动物（1.04）,而它们的优势度指数则相反,草食动物（0.32）﹤肉食动物（0.41）=杂食动物（0.41）。同一种动物的肠道菌群多样性指数差异不明显。结果表明,动物肠道菌群的多样性在一定程度上与食物有关。     

大熊猫慢性胃肠炎病研究

本文分析了9例大熊猫慢性胃肠炎病及其继发病的发病机理和发病特点，采用中西医结合标本兼治的治疗方法，收到了较好效果。有5只完全恢复了健康，3只有明显疗效。并对患病大熊猎作了血液学检查，与健康大熊猫的肠道菌群、毛发微量元素的测试、分析比较，结果表明：患病大熊猫的电解质水平普遍偏低，血清蛋白较低，白细胞水平大多处于正常范围，在患慢性胃肠炎病大熊猫粪便中未检出肠道病原菌，其双歧杆菌的检出率和数量明显低于健康大熊猫。毛发中Cu、Zn、Mn等元素含量极显著低于健康大熊猫的水平，初步提出了大熊猫慢性胃肠炎病及其继发病的综合预防与治疗措施。     

大熊猫肺炎克雷伯氏杆菌的分子诊断

建立了PCR分子诊断技术 ,并对大熊猫主要肠道病原菌肺炎克雷伯氏杆菌进行检测。结果表明 ,该方法简单、快速、敏感、结果可靠 ,适用于大熊猫肠道病原菌的早期诊断 ,该方法具有广阔的应用前景。     

雌性罗氏鼢鼠肠道微生物群落与功能预测的初步分析

罗氏鼢鼠(Myospalax rothschildi)是陕西南部农区主要害鼠,研究其与当地环境的相互作用对鼠害防控有重要意义。肠道微生物对宿主行为及生理的调控机制是近年来啮齿类动物防控研究新方向。本研究通过Illumina高通量测序技术,对雌性罗氏鼢鼠的盲肠样品进行16S rRNA V3-V4区的高通量测序,分析性别及食物因素对罗氏鼢鼠肠道细菌多样性的影响。结果显示,雌性罗氏鼢鼠的肠道内容物中的细菌隶属10门9纲11目13属。肠道革兰氏阳性厚壁菌门(Firmicutes)和革兰氏阴性菌类的变形菌门(Proteobacteria)的菌种含量较多;埃希氏杆菌属(Escherichia)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、梭杆菌属(Clostridium)和颤螺旋菌属(Oscillospira)为优势菌群属。PICRUSt预测发现,罗氏鼢鼠的肠道微生物参与草本中药材食物在宿主体内的代谢。本研究首次借助生物信息学技术初步分析了罗氏鼢鼠肠道细菌的多样性及其与环境和遗传因素的相互作用,对当地鼠害防控具有一定的理论指导意义。     

阿拉善马鹿冬季肠道菌群组成的性别差异

肠道菌群对于动物消化及健康有着至关重要的作用,但在性别差异上的研究仍然有限。本研究通过高通量测序技术对贺兰山阿拉善马鹿(Cervus elaphus alashanicus)的20个粪便样本进行多样性分析,雌雄各半,并讨论性别因素对肠道菌群的影响。结果表明,阿拉善马鹿雌雄肠道菌群的多样性及结构均存在差异,且雌性肠道菌群的多样性更高。菌群构成的门水平上,雄性肠道菌群的优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes 49.47%)和疣微菌门(Verrucomicrobia 14.21%),雌性肠道优势菌门为厚壁菌门(54.47%)和变形菌门(Proteobacteria 54.41%)。在属水平上,雌雄肠道菌群的优势菌属都为孢杆菌属(Sporobacter),含量为(雌性:6.79%,雄性:7.97%),拟杆菌属(Bacteroides),含量为(雌性:3.87%,雄性:4.42%),NMDS分析及LEfSe分析表明,性别因素对阿拉善马鹿雌雄肠道菌群的影响存在显著差异(P<0.05)。本研究表明性别因素对阿拉善马鹿冬季肠道菌群的多样性及构成存在影响,可为深入研究性别因素对阿拉善马鹿肠道菌群的影响提供依据。     

人工养殖西伯利亚狍肠道微生物组成的雌雄差异

肠道微生物是一个复杂的生态系统,与宿主的健康、疾病以及其他因素有着密切的关系。目前,关于肠道菌群结构和功能的研究较多,但是对西伯利亚狍肠道菌群的研究还未见报道。西伯利亚狍(Capreolus pygargus)属于反刍动物,有独特的消化特性和微生物群来帮助它们适应高纤维的食物。本研究利用高通量测序技术在Illumina MiSeq平台上对14只狍肠道微生物进行16S rRNA基因分析。结果表明:个体样本中门类组成的差异,雌性个体JY3和雄性个体JY9除Firmicutes,Bacteroidetes,Proteobacteria这3类菌群外,其他门类菌群所占比例都很低。在科水平上,雌性个体中Ruminococcaceae在JY7和JY13肠道内含量相对较少,Bacteroidaceae在JY7,JY10和JY13中含量较高。雄性个体中Ruminococcaceae在JY11和JY14肠道内含量较少,Prevotellaceae在JY4中含量较少。在属水平上,雌性个体特有的菌属为Roseburia,Alloprevotella,Lachnospiraceae_incertae_sedis和Coprococcus;雄性个体特有的菌属为Fusobacterium,Succiniclasticum,Streptococcus和Clostridium sensu stricto。Alpha多样性分析表明,Ace指数范围2128.93—772.98,Chao1指数范围2128.89—785.27,Shannon指数范围5.44—3.78,Simpson指数范围0.07—0.01。在不同物种分类水平上,雌雄狍肠道内的优势菌群有些不同。PCoA(principal co-ordinates analysis)分析显示,狍样本几乎混在一起,没有明显差异。