悬铃木SSR反应体系建立及引物筛选

以三球悬铃木组培苗为试验材料,对影响SSR-PCR扩增效果的退火温度、dNTP、引物浓度、Taq酶量及悬铃木DNA等因素的筛选,建立适宜的悬铃木SSR-PCR分子标记反应体系。结果表明,在20μL-1体积中,50℃退火温度、4 ng.μL-1模板DNA、0.2 mmol.L-1 dNTP、0.05 U.μL-1 Taq酶量和0.6μmol.L-1引物浓度是悬铃木的最适SSR反应体系。此外,利用该体系筛选出了54对适合悬铃木SSR扩增的引物。     

蜡梅SSR反应体系建立及引物筛选

以素心蜡梅为材料,分别通过对影响蜡梅SSR扩增效果的模板DNA,dNTP,引物浓度,Taq酶和退火温度等因素的筛选,建立了其适宜的蜡梅SSR分子标记反应体系,同时筛选了适宜蜡梅SSR扩增引物.结果表明,蜡梅SSR扩增的适宜退火温度为55 ℃,在20μL反应体系中,蜡梅模板DNA质量浓度、dNTP引物浓度分别为5mg·L...     

利用正交设计优化白桦的SSR-PCR反应体系

利用正交设计L16(45)对白桦SSR-PCR反应体系的5因素(Taq酶,Mg2 ,模板DNA,dNTP,引物)在4个水平上进行优化试验,筛选出各反应因素的最佳水平,建立了白桦SSR-PCR反应的最佳体系(20μL):DNA100ng,Mg2 浓度为3mmol·L-1,Taq酶0.5U,dNTP浓度为0.5mmol·L-1,引物浓度为0.4μmol·L-1。对白桦SSR-PCR最佳反应体系进行了梯度退火温度,得到的最佳退火温度为59.9℃。     

梨SSR反应体系的优化

为了丰富梨分子遗传图谱的SSR标记,以鸭梨、京白梨及鸭梨×京白梨的实生后代为试材,对影响梨SSR技术PCR反应体系中的模板DNA用量、Mg2+浓度、dNTP浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶用量以及每对引物的退火温度进行了探索,确立了适宜梨的SSR反应体系,即在20 μL反应体系中, 模板DNA用量为30 ng,Mg2+、dNTP和引物的最适浓度分别为1.2 mmol/L、0.15 mmol/L、0.8 μmol/L.Taq DNA聚合酶的最适用量是1.0 U.最后利用该反应体系筛选出了19个适宜梨遗传分析的SSR引物,引物的最佳退火温度为49～55℃,通过8%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳进行检测,表明该反应体系扩增的多态性条带清晰稳定可靠.     

分蘖洋葱ISSR-PCR扩增体系的建立

以分蘖洋葱幼嫩叶片DNA为试材,采用单因素试验,对ISSR-PCR扩增体系中的退火温度、模板DNA量、Mg2+浓度、dNTP浓度、Taq酶含量以及引物浓度等各因素进行优化.结果表明,在反应体系为25μL反应液中,包含DNA模板40 ng(2μL),10×PCR Buffer 3μL,Mg2+(2.5 mmol·L-1)2μL,dNTPs(2.5 mmol·L-1)3μL,引物(5 mmol·L-1)3μL,Taq酶(5 U·μL-1)0.4μL,退火温度为56℃时,分蘖洋葱ISSR-PCR扩增获得最佳效果,初步建立分蘖洋葱叶片最佳ISSR-PCR扩增体系,为ISSR分子标记技术应用于分蘖洋葱种群遗传多样性分析、遗传图谱构建、核心种质资源保存利用等奠定分子生物学的理论基础和技术支撑.     

珍稀濒危植物香果树ISSR-PCR反应体系的筛选与优化

以珍稀濒危植物香果树(Emmenopterys henryi)基因组DNA为研究对象,测试了ISSR-PCR反应体系的最适退火温度,并通过对反应体系中的Mg2 、dNTP浓度、模板DNA含量,Taq DNA聚合酶量、BSA浓度、引物浓度的筛选和优化,获得了香果树ISSR分析较适宜的扩增条件是:10 μL PCR反应体积,1×Taq酶配套缓冲液(10 mmol·L-1 Tris·HCl pH9.0,50 mmol·L-1 KCl,0.1%Triton X-100),2.0 mmol·L-1 MgCl2,0.75 U Taq酶,10 ng模板DNA,12 pmol引物;dATP、dCTP 、dGTP 、dTTP 各0.2 mmol·L-1,2 mg·mL-1牛血清白蛋白.香果树的合适退火温度为48.5℃.     

七筋菇植物ISSR-PCR反应体系研究

为建立适宜于七筋菇Clintonia udensis Trautv.et Mey.ISSR-PCR分析的扩增体系,确定引物适宜的退火温度,利用正交试验设计,从Mg2+浓度、dNTP浓度、Taq DNA聚合酶单位、引物浓度4种因素4个水平,对七筋菇ISSR-PCR反应体系进行优化.结果表明,根据Tm-5℃±5℃设定引物的退火温度梯度,确定出不同引物的最适退火温度.对引物873来说,其最适退火温度为53℃.按照正交试验设计,测试不同引物各因子之间在不同水平的组合情况,确定不同引物的最佳组合体系.引物897在第10组合反应最佳即3.0 mmol · L-1Mg2+;0.2mmol · L-1dNTP;0.1μL Taq DNA聚合酶; 0.2μmol · L-1引物浓度.确定10μL的反应体系中,Mg2+为2.5～3.0mmol · L-1,dNTP为0.15～0.20mmol · L-1,引物浓度为0.20～0.25μmol · L-1,Taq DNA聚合酶为0.1μL,模板DNA用量为50ng.适宜的退火温度为48～62℃.     

树莓SSR体系的建立及优化

为建立适宜树莓(Rubus idaeus L.)的SSR分析体系,设计Taq DNA聚合酶、Primer、Mg2+、dNTP和DNA的5因素4水平正交试验,对SSR反应体系进行筛选和优化.结果表明:适宜树莓的SSR分析体系为15μL反应体系中含Taq DNA聚合酶0.5U.Primer 0.21μmol·L-1,Mg2+0.9mmol·L-1,dNTP 0.25 mmol·L-1,DNA 60ng;Primer Rubus285a的最佳退火温度为54～59℃.利用此反应体系对部分树莓品种进行SSR-PCR扩增并电泳检测,扩增谱带清晰且多态性较好,证明此体系稳定可靠.     

瓠瓜ISSR—PCR反应体系优化

利用正交设计L9(34),对瓠瓜ISSR-PCR反应体系的4因素(dNTP、引物、Mg2 、Taq酶)在3水平上进行优化试验,建立适合瓠瓜ISSR-PCR反应体系,结果表明,在25μL反应体系中,含1×PCR buffer、200μmol·L-1dNTP、0.5μmol·L-1引物、2.5mmol·L-1 MgCl2、30ng模板DNA、0.75U的Taq酶为最佳处理;通过PCR梯度测验,瓠瓜ISSR扩增适宜的退火温度比Tm值高2~6℃。     

濒危植物七子花ISSR反应体系的优化

以濒危植物七子花基因组DNA为研究对象,测试了ISSR-PCR反应体系的最适退火温度,并利用单因素试验测试了镁离子浓度,dNTP浓度,模板DNA含量,Taq DNA聚合酶量、BSA浓度、引物用量、甘油浓度对反应结果的影响,可知七子花ISSR分析较适宜的扩增条件是:10μL PCR反应体积,1×Taq酶配套缓冲液(10 mmol.L-1Tris.HC l pH 9.0,50 mmol.L-1KC l,0.1%Triton X-100),2.0 mmol.L-1MgC l2,0.75 U Taq酶(上海华美公司),10 ng模板DNA,6 pmol引物(上海Sangon公司);dATP、dCTP、dGTP、dTTP各0.2 mmol.L-1.