利用EST-SSR标记分析西南扁穗牛鞭草种质的遗传多样性

利用禾谷作物EST-SSR标记对采自我国西南地区的40份野生扁穗牛鞭草和3份扁穗牛鞭草国审品种的遗传变异和亲缘关系进行了研究。试验筛选出23对引物对43份供试材料进行扩增,共获得323条带,其中多态性条带261条,多态性条带比率(PPB)达80.4%,多态信息含量(PIC)为0.354~0.500,平均值为0.474,遗传相似系数(GS)为0.690~0.913,表现出丰富的遗传多样性。聚类分析结果表明,各供试材料间的聚类与其地理来源及形态特征具有一定的相关性。5 个扁穗牛鞭草地理类群间的分子方差分析(AMOVA)揭示了供试的扁穗牛鞭草类群内的遗传变异占总变异的95.32%,类群间变异占总变异的4.68%。表明禾谷作物的EST-SSR能用于扁穗牛鞭草遗传多样性研究,是一种有效的分子标记。本研究结果为扁穗牛鞭草种质的收集、利用及育种提供了理论依据。     

鸭茅EST-SSR标记在4种禾草上的可转移性

为了检验鸭茅EST-SSR标记在几种禾本科植物上的可转移性并筛选出可应用于后续研究的引物,本研究用40对可在鸭茅(Dactylis glomerata)上扩增产物的鸭茅EST-SSR引物,分析了6份多花黑麦草(Lolium multiflorum)、6份高羊茅(Festuca arundinacea)、3份扁穗牛鞭草(Hemarthria compressa)和3份牛鞭草(H.altissima)共18份材料的转移率、遗传多样性和亲缘关系。结果表明,多年生黑麦草和高羊茅可转移率为60%,扁穗牛鞭草和牛鞭草转移率最低,均为50%,26对引物共获得条带128条,多态性条带121条,多态性比(PPB)为94.53%,平均扩增出多态性条带4.92条,平均多态性信息量0.952。18份材料遗传相似系数范围为0.208~0.974,在遗传系数为0.68时,4个物种分别独自聚为一大类。本研究证实利用鸭茅EST序列开发的EST-SSR在有一定亲缘关系的物种间转移是可行的,可转移的引物对未来禾本科遗传育种研究有一定的参考价值。     

基于ISAP标记分析西南扁穗牛鞭草无性系种质遗传多样性和亲缘关系

利用ISAP标记对来自中国西南地区的44份扁穗牛鞭草(Hemarthria compressa)无性系材料的遗传多样性和群体遗传变异进行了分析研究。结果表明:从72对引物中筛选出19对扩增条带清晰、稳定性好的引物,共扩增出432条带,其中有316条带具有多态性,多态性条带比例(PPB)达73.15%,多态性信息量(PIC)在0.161~0.312之间,平均值为0.269,Shannon多样性指数(H)平均值为0.399,标记指数(MI)平均值为4.584,分辨率(RP)平均值为9.419,基因型指数(GI)平均值为0.937。各无性系间的遗传相似性系数(GS)在0.464~0.908之间,平均值为0.614。UPGMA聚类分析与基于模型的STRUCTURE分析结果相似,显示供试材料间的遗传关系与其地理来源无明显的相关性,采用AMOVA分析对2种方法划分的类群发现大部分变异来自于群体内部。表明ISAP标记能有效地用于扁穗牛鞭草遗传多样性以及基因型鉴定,同时为扁穗牛鞭草无性系的保存、鉴定和新品种选育提供理论依据。     

冰草属植物种质资源遗传多样性的ISSR分析

用ISSR标记对来自国内外的33份冰草材料的遗传多样性进行了检测。从93条ISSR引物中共筛出11条能扩增出清晰条带并具有多态性的引物,33个样品DNA共获得84个扩增位点,其中多态性位点59个,平均每个引物扩增位点为7.64个。品种间遗传相似系数在0.083～0.706,表现出丰富的遗传多样性。利用UPGMA聚类分析,以遗传相似系数0.52为界限,33份材料划分为4类,聚类基本符合地理来源相近的材料聚为一类,呈现出一定的地域性分布规律。     

豌豆属种质资源遗传多样性的ISSR分析

用ISSR标记技术对来自国内外的73份豌豆材料进行遗传多样性分析,结果表明,100个ISSR引物中共筛选出11个多态性明显、条带清晰、反应稳定的引物,73份材料DNA共扩增出91条条带,其中78条为多态性条带,平均每个引物扩增的条带数为8.2条,多态性比率为86.4%。Shannon多样性指数平均为0.420 2,每个位点的有效等位基因数为1.451 8,品种间遗传相似系数变幅为0.406 5～0.934 0,表现出丰富的遗传多样性。利用UPGMA聚类分析,以遗传相似系数0.52为界限,73份材料划分为5类,聚类基本符合地理来源相近的材料聚为一类,呈现出一定的地域性分布规律。     

苜蓿种质资源遗传关系的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术研究了来自国内外的30份苜蓿(Medicago L.)材料的遗传多样性,为其遗传改良和分子标记辅助育种提供依据。结果表明:10个ISSR引物共扩增出112条带,其中59条带是多态性谱带,多态性比率平均值为74.5%,平均每个引物扩增出11.2条带。用POPEGENE 32软件分析多态性指数和有效等位基因数的平均值分别为0.3727和1.4280,遗传多样性水平较高。利用扩增结果进行遗传距离分析,构建了分子树状图,可以把30份材料划分为3个类群,第1类包括准格尔、敖汉、肇东等19份种质材料;金达苜蓿单独划分为1类;第3类包括和平、德宝等10份种质材料。     

柞蚕品种资源遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术对66份柞蚕(Antheraea pernyi)品种材料进行了遗传多样性研究。筛出的11个ISSR引物共扩增出118条带,其中多态性条带为107条,多态性比率为90.67%,遗传相似性系数范围在0.390~0.805之间。根据ISSR标记的结果,采用UPGMA聚类分析方法,将供试材料分为4大类群。研究结果表明,柞蚕品种的聚类与体色并没有一定的相关性。     

早熟禾种质资源ISSR分子标记的引物筛选

本研究以早熟禾属的60份早熟禾种质资源为材料,参照加拿大哥伦比亚大学提供的100条ISSR引物对其进行PCR扩增,从中筛选出30条多态性丰富、条带清晰稳定、重复性较好的且适合于早熟禾ISSR分析的引物。30条ISSR引物共扩增出135条带,其中多态性条带为56条,多态率为41.5%。本试验筛选出的核心引物可为早熟禾种质资源遗传多样性及育种的研究奠定理论依据。     

49份野生扁蓿豆种质资源的AFLP遗传多样性分析

应用AFLP标记对采自中国7个省市自治区的49份野生扁蓿豆种质材料进行遗传多样性及遗传结构的分析。研究结果显示:(1)利用4对条带清楚且稳定的AFLP引物组合共扩增出298个条带,其中多态性条带有219个,多态性条带比率为73.5%,每个引物扩增多态性条带数平均为54.8条。(2)49份野生扁蓿豆种质间多态性比率平均为32.70%,Nei’s基因多样性指数平均为0.115,Shannon多样性指数平均为0.172,表明供试种质材料间遗传多样性较丰富,遗传多样性水平较高。(3)河北省的扁蓿豆种质遗传变异最丰富,辽宁省的扁蓿豆种质变异幅度最小,不同地理类群间的扁蓿豆种质遗传多样性指数有显著差异。(4)种质材料间基因分化系数为0.6436,说明64.36%的遗传变异来源于不同种质材料间;地区间基因分化系数为0.2895,说明28.95%的遗传变异来源于不同地区间。表明地区间差异小于种质材料间的遗传变异。(5)UPGMA方法的聚类分析和主成分分析结果表明,49份种质材料间的遗传相似系数(GS)为0.5849~0.9904,遗传距离(GD)为0.0096~0.5363,49份扁蓿豆种质分为6大类,表现出明显的地域性。     

柱花草种质遗传多样性的ISSR分析

应用ISSR标记,对48份柱花草种质的遗传多样性进行研究。从68个ISSR引物中筛选出14个多态性明显、反应稳定的引物,共扩增出156条谱带,平均每个引物能扩增出11.1条带,多态性条带比率达99.36%。材料间遗传相似系数为0.445~0.975,POPGENE结果分析表明,平均Shannon信息指数(I)为0.3553,平均Nei’s基因多样性(H)为0.2279,每位点平均有效等位基因数(NE)为1.3887。利用聚类分析和主成分分析表明,48份供试材料可聚为5类:有钩柱花草类、头状柱花草类、圭亚那柱花草类、西卡柱花草类和灌木柱花草类,其中,圭亚那柱花草类种内材料遗传变异较大。     

云南猪屎豆属遗传多样性的ISSR分析

以云南41份野生猪屎豆属种质为材料,用ISSR进行分析,结果表明, 100个ISSR引物中共筛选出16个多态性明显、反应稳定的引物, 41份材料DNA共扩增出164条条带,平均每个引物的扩增条带数为10.3条,其中多态性条带总数为159条,多态性比率为99.3%。材料间遗传相似系数范围在0.481 7~1.000 0,表现出丰富的遗传多样性;通过正交设计优化,得出适合猪屎豆属野生植物的ISSR-PCR反应体系为:40 ng模板DNA、引物0.2 μmol/L、200 μmol/L dNTP、1×Buffer (Mg²⁺ plus)、0.5 U Taq酶(TaKaRa);ISSR引物最佳退火温度为50或53℃;通过聚类分析,可将41份猪屎豆属种质分为5大类,同一种的种质可以很好的聚成一类;通过对思茅猪屎豆ISSR鉴定,得出它与猪屎豆属的遗传相似系数接近,然而确定该物种属于猪屎豆属需要做更多的鉴定。     

西南区野生狗牙根遗传多样性的ISSR标记与地理来源分析

利用72条ISSR引物对西南区42份野生狗牙根和3份栽培品种的遗传多样性进行研究,发现仅11条引物能产生清晰扩增产物。在45份供试材料中,11个ISSR标记共产生82条扩增片段,每条引物能产生5~10条,平均为7.45条。在这82条扩增片段中,有58条具有多态性,占70.9%,平均每个ISSR标记能产生5.27条多态性片段。ISSR标记揭示的西南区45份材料间的遗传相似系数变化范围为0.69~0.98,其中42份野生狗牙根间的遗传相似系数变化范围为0.77~0.98,表明西南区野生狗牙根具有较丰富的遗传多样性,与栽培品种有较大的遗传异质性。利用UPGMA聚类分析表明,ISSR标记能够将西南区45份材料区分开。供试材料可聚为4类,其中栽培品种单独聚成1类,野生材料聚为3类。基于地理距离和遗传距离的相关分析显示,西南区野生狗牙根材料间的遗传关系与其地理来源间没有严格的一致性关系。     

空间诱变柱花草的ISSR分析

采用改良CTAB法从空间诱变柱花草(Stylosanthes spp.)嫩叶中提取得到高质量的DNA,并对柱花草ISSR反应体系中的影响因子进行优化,建立柱花草ISSR反应的最佳体系。在此基础上,用12条引物对86份柱花草进行遗传多样性分析,结果表明:共获得133条谱带,其中多态性条带数为109条,占总条带数的81.95%,品种中间的遗传相似系数在0.75~0.98,表明其遗传关系比较近。当相似系数在0.81水平时,可将供试86份材料分为5大类,其中只有品系85号与原对照品种(热研2号)聚在一起,说明大部分空间诱变柱花草株系在DNA水平上与原对照品种存在差异。     

基于ISSR分子标记分析陆川猪种群遗传差异

试验旨在探究陆川猪种群之间的遗传差异,对陆川猪种群进行遗传多样性分析,为种质改良与创新提供参考。以29份陆川猪种及部分广西地方猪种样品为试验材料,采用了3条带型清晰、重复性好的ISSR引物,通过对PCR扩增及电泳得到的DNA片段条带进行聚类分析并构建聚类树状图,并对陆川猪种群进行遗传差异分析。结果显示,ISSR分子标记上共发现182条条带,其中84条多态性条带,3条ISSR引物扩增出来的总DNA片段条带与多态性DNA片段条带差异较大且分布不均匀,表明所选择的3个ISSR分子标记在陆川猪种群中具有丰富的多态性;陆川猪种群之间遗传相似系数变异范围为0.43~1.00,表明种群间的遗传差异变化较大,遗传背景丰富;UPGMA聚类分析表明,陆川猪与长陆二元杂猪、巴马香猪、环江香猪均可聚为一类,大陆二元杂猪、三元杂猪和龙宝猪聚为一类。本研究证实了所选的3条ISSR引物可作为有效的遗传标记用于陆川猪种群间的遗传差异分析,丰富了当前的陆川猪ISSR分子标记资源,同时也表明陆川猪种群具有丰富的遗传多样性。     

内蒙古地区草地螟白僵菌不同地区遗传多样性分析

应用ISSR(简单重复序列间隔区)标记对采集自内蒙古3个地区的17株白僵菌(Beauveria Bassiana(Bals.)Vuill.)菌株进行遗传多样性分析,探讨了白僵菌在不同地区之间和地区内部的遗传多样性。结果表明:从21个引物中筛选出15个多态性高、稳定性好的ISSR引物,建立了ISSR的最佳反应体系。在ISSR试验中,15个ISSR引物共扩增出90条带,其中87条为多态性条带,群体多态位点百分率(PPL)为96.67%,Nei’s基因多样性指数(H)为0.4309,Shannon’s信息多样性指数(I)为0.6106。在群体间的遗传相似度聚类分析中,内蒙古中部和西部地区的遗传一致度最高为0.9897,兴安盟地区和鄂尔多斯市地区的遗传一致度最高为0.9621。     

24个白桑(Morus alba L.)地方品种的遗传多样性分析

采用ISSR分子标记技术对山东、河北地区的24个白桑(Morus alba L.)地方品种资源进行了遗传多态性分析。筛选的13条ISSR引物共扩增86条扩增带,其中多态性条带63条,多态性比率为73.25%,ISSR标记遗传相似系数范围在0.6706~0.9529。通过类平均聚类(UPGMA)法分析,24份材料聚分为2大类。     

柳枝稷种质资源遗传多样性的ISSR分析

应用ISSR标记对138份柳枝稷种质的遗传多样性和遗传结构进行研究,为资源保护利用提供理论依据和技术支持。研究结果显示,1)从100个ISSR引物中筛选出16个条带清楚且稳定的引物,共扩增出220条谱带,其中,多态性谱带196条,多态性比率(PPB)为89.09%,平均每个引物扩增条带数为13.75条。2)POPGENE 1.32软件分析结果显示,138份柳枝稷基因多样性指数(H)为0.2498,Shannon指数(I)为0.3880,表明供试的种质间遗传多样性较丰富,遗传多样性水平较高。3)AMOVA 1.55软件方差分析结果显示,43.40%的遗传变异存在于生态型之间,56.60%遗传变异存在于生态型之内,说明遗传结构的变异主要存在于生态型之内。4)NTsys-pc 2.1软件进行UPGMA聚类分析和主成分分析(PCA),供试138份柳枝稷种质间Dice遗传相似系数(GS)值为0.4000~0.8818,平均值0.7237,结果表明,低地型材料聚为一大类,高地型材料聚为一大类。     

贵州野生枇杷资源遗传多样性的ISSR分析

本文采用ISSR标记，构建了贵州39份野生枇杷种质的DNA指纹图谱，并对其遗传多样性进行了评价。结果表明，以筛选出的15条引物进行PCR扩增，获得清晰、重复性好的谱带125条，其中多态性谱带108条，多态性比例为86.4%；应用引物815、825和841的组合，构建了39份枇杷种质的ISSR指纹图谱，可以有效区分所有供试材料；15条引物的谱带数据聚类分析表明，供试种质的遗传相似性系数为0.40~0.98，在相似性系数为0.70时，可将供试种质分成五大类。聚类结果与种质表型相关，与地理分布的相关性不明显。