紫薇属种间杂种SSR分子鉴定与遗传分析

以紫薇品种及优良无性系为母本,以大花紫薇和福建紫薇为父本进行杂交,随机选择ZD(紫薇×大花紫薇)和ZF(紫薇×福建紫薇)2个杂种群体51个优良单株为试材,从51对SSR引物中筛选出15对在亲本间具多态性的引物对子代进行真实性鉴定,以遗传相似系数和遗传距离对亲子代个体进行UPGMA聚类分析。结果表明:ZD和ZF 2个群体各19个单株被至少2对引物鉴定为真杂种,群体平均等位基因数(Na)分别为4.6和5.0,平均期望杂合度(He)为0.573 2和0.657 3,平均Shannon′s信息指数(I)为1.044 5和1.215 2,平均多态信息含量(PIC)为0.504 7和0.586 0,说明2个子代群体遗传多样性较高。亲子代间的遗传相似系数在0.62～1.00,存在遗传差异。聚类树结果显示ZD群体与母本紫薇聚在一起,亲缘关系较近,ZF群体则与父本福建紫薇亲缘关系较近。     

栗杂交F_1代SSR标记遗传多样性分析

为深入了解栗属植物种内、种间杂交F_1代群体遗传多样性和变异规律,以及不同亲本遗传效应和配置方式对杂交F_1代的影响,以锥栗种内、锥栗和板栗种间9个杂交组合235份F_1代单株及其亲本为材料,利用32对高多态性栗属SSR标记对其基因组DNA进行PCR扩增和毛细管电泳,统计数据并进行遗传参数、分子方差、UPGMA聚类和PCA分析。结果表明:32对SSR引物在235个子代中共扩增出278个多态性位点,平均观测等位基因数8.69个,Shannon’s多样性指数(I)、基因遗传多样性(H_s)和基因流(N_m)平均值分别为1.3707、0.6574和1.5951,遗传分化系数(F_(st))显示杂交F_1代85.18%的变异存在于组合内;不同组合Shannon’s多样性指数范围为0.8816～1.1317,显示其子代均存在丰富的遗传多样性,且子代遗传多样性水平受不同父、母本遗传效应以及亲本配置影响;分子方差分析表明栗杂交F_1代群体遗传变异主要来源于组合内(78.06%),与遗传分化系数结果较为一致;不同杂交组合遗传距离和UPGMA聚类显示,具有相同亲本的正反交组合C3和C5遗传距离最近,最先聚到一起,其次是具有相同母本或相同父本的组合,分别聚到一起;杂交子代PCA散点图进一步验证了杂交组合聚类分析结果,同一组合内或遗传距离较近的组合多数子代能聚到一起,同时,不同组合子代又存在交叉重叠现象,说明存在较为广泛的基因交流,且子代分离现象明显。     

基于中国樱桃转录组的SSR分子标记开发与鉴定

对中国樱桃(Prunus pseudocerasus Lindl.)休眠芽转录组数据进行了SSR位点搜索和分析,发现了7 197个SSR位点,总的发生频率为15.62%。SSR重复类型以二核苷酸发生频率最高(58.65%),三核苷酸次之(34.72%)。利用8对多态性引物在24份樱桃种质中进行了引物有效性验证和遗传多样性分析,结果表明有效等位基因数最大值为2.92(Pp SSR2),最小值为1.09(Pp SSR8),平均值为1.73;香农多样性指数变化范围是0.202~1.290,平均值为0.755。观察杂合度和期望杂合度的变化范围分别是0.083~0.917和0.082~0.671;平均值分别为0.391和0.384。香农多样性指数、观察杂合度和期望杂合度3个多样性指数最大值均出现在位点Pp SSR2,最小值出现在位点Pp SSR8。基于SSR标记的24份樱桃种质的聚类结果与经典的形态学分类不完全一致,但聚类结果清晰地划分出5个不同组别,说明浙江省的中国樱桃种质资源遗传多样性丰富。两个龙泉地方品种与其他的浙江樱桃种质资源明显不同,它们与山樱和浙闽樱有着更紧密的遗传关系,该地方品种可以作为樱桃新品种选育的优良材料,有利于拓宽现有樱桃栽培品种的遗传背景。     

167份西瓜种质材料的遗传多样性分析

以来自世界各地的167份西瓜种质资源为材料,利用形态学标记和SSR标记,结合多样性分析、聚类分析和主坐标分析等方法,对其遗传多样性进行了系统全面的研究。结果表明,29个表型性状Shannon多样性指数的变化范围是0.54~2.03,平均值为1.50,其中质量性状平均值为1.16,数量性状为1.71;18个数量性状的变异系数变化范围为16.43%~90.73%,平均值为34.12%。不同地区西瓜种质遗传多样性比较结果显示,非洲地区的种质遗传多样性丰富,亚洲、北美洲次之,南美洲和欧洲的遗传多样性相对较低。同时,利用22对SSR标记对西瓜种质进行了遗传多样性分析,平均每对引物扩增4.86个等位基因,平均有效等位基因数(Ne)是2.20,平均Shannon多样性指数(I)为0.94,平均观测杂合度(Ho)为0.27,平均期望杂合度(He)为0.52,平均多态性信息含量(PIC)为0.45。进一步分别利用表型标记和SSR标记对167份西瓜种质材料进行分类,结果显示SSR标记的稳定性强,能够很好的对种质材料进行分类。     

湖南省草莓灰霉病菌遗传多样性研究

为探明湖南省草莓灰霉病菌群体遗传结构、分化及变异规律,采用荧光标记技术对湖南省9个地理菌群的180株草莓灰霉病菌基因组DNA进行SSR分析。结果表明:9对SSR引物共检测到56个观察等位基因(Na),平均值为6.22;有效等位基因(Ne)为1.27~4.89,平均值为3.44;不同位点的基因多样性指数(H)为0.21~0.80,平均值为0.65;不同位点Shannon’s信息指数(I)为0.37~1.83,平均值为1.34。供试180株样品9个SSR多态性位点上多态性信息量PIC变化范围为0.13~0.91,不同位点PIC差异大,这一规律与I和H基本一致。不同SSR位点总的遗传多样性(Ht)为0.21~0.77,平均值为0.65;群内遗传多样性(Hs)为0.19~0.50,平均值为0.40;遗传分化系数(Gst)为0.10~0.46,平均值为0.37;基因流(Nm)为0.58~4.47,平均值为1.16。不同地理菌群平均观察等位基因(Na)、有效等位基因数目(Ne)分别为2.93和2.07,Shannon’s信息指数(I)平均为0.67,基因多样性指数(H)平均为0.40,平均多态性位点数(NP)、多态位点百分率(P)分别为6.78和75%。依据不同地理菌群之间的遗传距离(0.2797~1.9225),将供试湖南省9个地理菌群分为4大类:第Ⅰ大类主要由长沙、邵阳、岳阳、衡阳、张家界、湘潭种群组成;第Ⅱ大类主要由郴州种群组成;第Ⅲ大类主要由株洲种群组成;第Ⅳ大类由常德种群组成。总之,湖南省各地草莓灰霉病菌群体遗传多样性丰富,但地理群体间差异小,病菌遗传变异主要来自群体内部,不同地区间存在病菌的移动。     

26份椪柑资源遗传多样性分析

利用SSR和InDel分子标记对来自不同国家与地区的26份椪柑资源进行了遗传多样性分析。21对引物共获得62个标记位点,产生了105条多态性条带。多态性标记位点的平均PIC值为0.32,平均期望杂合度为0.30。群体遗传结构和主坐标分析均表明,椪柑资源内部遗传多样性水平低,遗传变异较小。印度酸桔与椪柑遗传关系较远;Emperor、濑户见及早香等椪柑杂交后代,与椪柑存在明显遗传差异。采用筛选的分子标记组合(SSR14、SSR16、InDel2、InDel6、SSR5和SSR20)可有效鉴别椪柑材料。     

刺槐群体引种试验及遗传多样性分析

分析来源于不同产地的刺槐群体生长和遗传多样性,以期了解刺槐在中国的地理变异模式,为其良种选育和栽培利用提供参考。用全国19个刺槐产地种子育苗,在河北保定营建对比试验林,对其生长性状进行调查分析,并对19个群体共570个样本进行SSR标记分析。对5年生试验林的调查结果表明,19个刺槐群体间在存活率、树高和胸径上均表现为显著差异,存活率为53.33%~83.33%,树高区间为5.65~6.61 m,胸径为4.28~5.48 cm。不同产地的群体间生长性状存在显著差异,表现为以试验林栽植地区为中心向外辐射,距离试验地点越远的群体,存活率和生长量越低,表明刺槐在生长性状上形成地理变异,具有丰富的遗传多样性。SSR分析表明,总的基因多样性(H_T)的变化幅度为0.5154~0.7569,遗传分化系数(G_(ST))平均值为0.0128,种群间的变异只占1.28%,绝大部分变异存在于种群内。19个刺槐群体的有效等位基因数、预期杂合度和观测杂合度均表现为由北向南增加趋势。群体的生长指标和SSR遗传参数与产地地理因素显著相关;树木存活率和遗传参数显著相关。试验结果表明,来自不同产地刺槐群体遗传多样性丰富,已初步形成地理变异,表现为产地距离试验地点越远的群体,存活率和生长量越低;受纬度和年均温的影响,群体遗传参数均表现为由北向南增加的趋势。     

菊花脑×甘菊种间F_1杂种的鉴定和遗传多样性分析

利用SSR和SRAP标记及表型性状研究了二倍体菊花近缘种菊花脑(Chrysanthemum nankingense)与甘菊(Chrysanthemum lavandulifolium)种间杂种的真实性和遗传多样性。结果表明,131个杂交F_1代单株中,122个为真杂种,真杂种率为93.13%。42对SSR引物组合在菊花脑、甘菊及其122个F_1杂种中扩增得到123个多态性条带,平均每对引物扩增出3条多态性条带;18对SRAP引物组合扩增得到55个多态性条带,平均每对引物扩增出3条多态性条带。菊花脑×甘菊种间F_1杂种之间的遗传相似系数介于0.44～0.90,表型变异系数在10.16%～16.67%之间,且存在超亲个体,说明种间杂种的遗传变异丰富;杂种的叶片表型偏向于母本。基于表型性状和SSR、SRAP分子标记的UPGMA聚类分析将亲本和122个杂交后代都分为7类,绝大多数杂种后代与母本菊花脑聚在一起,而父本甘菊和少部分杂种株系分别单独聚在一起,表明F_1代与母本更为相似。母本与种间杂种的平均遗传相似性系数(0.62)高于父本(0.54),说明该杂种群体在遗传上更接近母本,与表型观察结果相吻合。     

香水柠檬×白花柠檬群体子代表型及遗传变异分析

【目的】利用简单重复序列标记(simple sequence repeats,SSR)和目标起始密码子多态性(start codon targeted polymorphism,SCoT)标记和表型性状分析探究香水柠檬×白花柠檬群体子代遗传多样性,为后续柠檬遗传连锁图谱构建、数量性状座位(quantitative trait locus,QTL)定位及遗传育种提供参考。【方法】对香水柠檬×白花柠檬群体子代的叶、花和果等15个表型性状进行观测描述,并结合SSR和SCoT标记,通过遗传多样性参数、相关性分析和非加权组平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)聚类分析等方法进行遗传多样性分析。【结果】香水柠檬×白花柠檬群体子代表型性状遗传变异丰富,变异系数为9.76%~45.37%,其中单果质量变异系数最大;叶形指数、果形指数、单果质量等13个性状在杂种后代中符合数量性状遗传特点,各性状中均存在一定比例超亲个体;嫩叶色和花色性状分离广泛;叶、花和果实之间存在多对性状呈极显著或显著相关。20对SSR标记扩增出57个等位基因位点,多态性为100%;11个SCoT标记共检测到49个等位基因位点,多态性位点35个,占71.43%。基于SSR和SCoT标记得到的基因多样性指数均值分别为0.460 9和0.158 3,这2个标记在杂种群体间的Nei’s遗传距离均值分别为0.247 7和0.176 2;聚类结果显示,在遗传距离小于0.1时,2个标记均表现出较少杂种后代与亲本聚为一组,单株间变异丰富;Mantel检验显示,SSR和SCoT标记在杂种群体的遗传距离相关性不显著(r=0.302 1,p=1.000)。【结论】香水柠檬×白花柠檬群体子代表型性状分离广泛,杂种群体内存在一定的基因重组,遗传多样性丰富。     

二倍体月季F_1群体的SSR鉴定与遗传分析

以中国古老月季品种‘月月粉’(Rosa chinensis‘Old Blush’,用OB表示)为母本,‘无刺光叶蔷薇’(Rosa wichuriana‘Basye’s Thornless’,用W表示)为父本,构建F_1代共296个单株。从146对SSR标记中筛选出亲本间多态性好且条带清晰的23对SSR标记,对随机选择的94株F_1进行杂种鉴定和遗传分析。结果表明:筛选到3个纯合显性标记分别为Fv512、Fv609和305,可单独一次性鉴定全部杂种真实性;随机筛选的94株子代均为真杂种;20个SSR标记用于基因型分析,有9个标记出现了偏分离,并在统计上达到显著或极显著水平,偏分离率45%,说明该F_1群体基于SSR位点的基因型偏分离率较高,在进行高密度遗传图谱构建时应重视偏分离标记对作图的影响;UPGMA聚类分析显示,94株F_1的遗传变异大,且遗传多样性丰富,可划分为2个大类7个亚类。     

卡特兰DUS测试性状与SSR标记的关联分析

为挖掘与卡特兰（Cattleya）表型性状显著相关的分子标记,对160份卡特兰品种的63个DUS（特异性、一致性和稳定性）测试性状进行鉴定描述,用筛选得到的22对核心SSR引物对这些品种进行遗传多样性分析,并利用TASSEL2.1软件的一般线性模型（generallinearmodel,GLM）和混合模型（mixed linear model,MLM）依次对供试品种8个主要观赏性状进行关联分析。研究结果显示,22对核心SSR引物共得到293个等位变异位点,变异幅度在3～28之间,PIC值平均为0.8531,平均Shannon’s信息指数（I）为2.3280。基于Nei’s遗传距离进行聚类分析,可将160份卡特兰品种分为两大种群。GLM模型分析共检测到17个标记分别与4个性状相关联;MLM共检测到15个标记分别与6个性状相关联;共有15个标记被两种模型同时检测到与表型性状相关联。SSR42和SSR9这两个标记在两种模型中多次出现,与花长度、花颜色和中萼片性状等多个性状相关联,体现了“一因多效”现象。     

榧树转录组SSR信息分析及其分子标记开发北大核心CSCD

【目的】基于‘细榧’(Torreya grandis‘Xifei’)和‘圆榧’(T.grandis‘Dielsii’)种子转录组数据,开发SSR分子标记,为榧属植物遗传多样性研究奠定基础。【方法】利用MISA软件对筛选得到的1 kb以上的Unigene做SSR分析,利用Primer 3.0设计引物,随机选择49对引物进行多态性扩增。【结果】在22 976条评估数目中,包含SSR位点5 458个,共鉴定出6种类型的SSR。单核苷酸重复、三核苷酸重复和二核苷酸重复分别占SSR总数的64.9%、18.56%和14.77%。对5 458个SSR位点设计出4 633对SSR引物,随机选择49对在10份榧属植物中进行多态性扩增,其中16对引物表现出多态性,各个位点的等位基因数为2~6个,平均等位基因数3个,多态信息含量PIC、观测杂合度Ho、期望杂合度He的平均值分别是0.464 4、0.283 7和0.500 6。【结论】榧树转录组测序数据能够提供丰富的SSR位点,用于快速高效地开发SSR引物。所开发的引物能为榧树遗传多样性研究、品种指纹图谱构建和分子标记辅助选择育种提供标记选择。     

榧树转录组SSR信息分析及其分子标记开发

【目的】基于‘细榧’(Torreya grandis‘Xifei’)和‘圆榧’(T.grandis‘Dielsii’)种子转录组数据,开发SSR分子标记,为榧属植物遗传多样性研究奠定基础。【方法】利用MISA软件对筛选得到的1 kb以上的Unigene做SSR分析,利用Primer 3.0设计引物,随机选择49对引物进行多态性扩增。【结果】在22 976条评估数目中,包含SSR位点5 458个,共鉴定出6种类型的SSR。单核苷酸重复、三核苷酸重复和二核苷酸重复分别占SSR总数的64.9%、18.56%和14.77%。对5 458个SSR位点设计出4 633对SSR引物,随机选择49对在10份榧属植物中进行多态性扩增,其中16对引物表现出多态性,各个位点的等位基因数为2~6个,平均等位基因数3个,多态信息含量PIC、观测杂合度Ho、期望杂合度He的平均值分别是0.464 4、0.283 7和0.500 6。【结论】榧树转录组测序数据能够提供丰富的SSR位点,用于快速高效地开发SSR引物。所开发的引物能为榧树遗传多样性研究、品种指纹图谱构建和分子标记辅助选择育种提供标记选择。     

利用简单重复序列分子标记分析我国侧耳栽培菌株的遗传多样性(英文)

采用FIASCO方法,从糙皮侧耳(Pleurotus ostreatus)菌株ACCC 50838分离简单重复序列分子标记(Simple sequence repeat,SSR),所得标记用于分析我国52个侧耳(平菇)栽培菌株多样性,对于SSR标记相同的菌株再进行ISSR PCR分析。结果表明:18个SSR标记在供试菌株中的等位基因的数量为3～12个,多态性指数(PIC)为0.34～0.84;除了2组(ACCC50618,ACCC 50866和ACCC 50915;ACCC 50249和ACCC50476)共5个菌株之外,其他47个菌株都能利用这18个SSR标记进行有效的鉴别。SSR标记相同的的菌株,其ISSR、体细胞不亲合性和出菇性状(温型、菌盖颜色)也相同,这些菌株可能是同物异名。利用这18个SSR标记分析52个菌株的遗传多样性,相似性指数为0.755～0.9995。根据相似性指数进行聚类分析,52个菌株分成两个大的类群,分别为糙皮侧耳(P.ostreatus)和肺形侧耳(P.pulmonarius)。结合这些栽培菌株的农艺性状和SSR分子标记的聚类分析结果,我国平菇栽培菌株的遗传多样性非常丰富。研究表明SSR分子标记技术在平菇遗传多样性和菌株鉴别中具有广泛的应用前景。     

广西梨种质资源遗传多样性和群体结构分析

【目的】阐明广西地方梨种质的遗传多样性、亲缘关系及群体结构,加快梨种质的鉴定、评价和保护,促进地方优质梨种质资源的合理有效利用,助推品种改良和种质创新。【方法】利用筛选获得的15个SSR分子标记对71份广西地方梨种质和48份外地梨种质进行遗传多样性和群体结构分析。【结果】共检测出190个等位基因（Na）,平均等位基因数（Na）为12.667,平均有效等位基因数（Ne）为5.454,位点多态性信息指数（PIC）平均值为0.762,较好地揭示了梨的遗传多样性;观测杂合度（Ho）和期望杂合度（He）平均值分别为0.682和0.788,说明梨群体内存在近缘交配;香农指数（I）平均值为1.876,反映梨群体的遗传多样性丰富。广西地方种质的平均等位基因数为11.53,平均有效等位基因数为5.606,香农指数（I）为1.894,均高于外地种质,说明广西地方种质的遗传多样性更丰富。聚类分析显示大部分广西地方种质与外地种质的亲缘关系较远,隶属两个不同类群,但二者存在少量的相互交叉,少数的广西梨和外地梨聚为一类,有较近的亲缘关系。群体遗传结构分析也表明大部分广西梨和外地梨的遗传结构差异较大,并且2个居群的...     

盛暑骄子——大花紫薇与紫薇

正大花紫薇,亦名大叶紫薇,为千屈菜科紫薇属植物。落叶大乔木,高可达15米,叶片宽大、革质、互生、矩圆状椭圆形或卵状椭圆形。树冠半球形,叶多而密,正值夏季炎热少花时节盛开,圆锥花序顶生或腋生,长长的花序上依次着生紫红色艳丽的大花朵,迎风摇曳,格外显得鲜艳夺目(图1)。花萼有棱12条,花瓣6枚,矩圆状倒卵形,边缘有波纹皱折,雄蕊黄色,密集多数     

菜薹品质性状与SSR标记的关联分析

为挖掘与菜薹品质性状相关的分子标记,选用具有多态性的84个SSR标记分析了81份菜薹种质材料的遗传多样性,并采用TASSEL3.0软件中混合线性模型(MLM)对菜薹群体材料的单株质量、叶绿素含量、维生素C含量、可溶性总糖含量、可溶性蛋白含量和硝酸盐含量等6个品质性状进行关联分析。结果显示,84个SSR标记在81份菜薹种质材料中共检测出310个等位位点,引物多态信息量(PIC)在0.1878～0.9902,平均值为0.6119;81份菜薹种质材料的遗传相似系数(GS)在0.4742～0.8958,平均值为0.6294;在GS值为0.596水平上,81份菜薹种质可聚为4个类群。关联分析显示,10个等位位点与菜薹4个品质性状显著相关(P 0.01),对表型变异的贡献率为8.59%～11.50%,其中5个等位位点表现为增效表型效应,其余5个等位位点为减效表型效应。基于等位位点的分析结果,鉴定出典型的载体材料11份,分别携带有4～8个优异等位位点。本研究发掘的与菜薹品质性状相关的优异等位位点及载体材料,可为高品质菜薹的分子标记辅助育种提供参考。     

基于ISSR标记的江西野生寒兰居群遗传多样性研究

采用ISSR分子标记对江西省主要山脉12个野生寒兰居群共185个体进行遗传多样性和群体遗传结构研究。结果表明:12条ISSR引物共扩增出123个条带,其中多态性条带97个,多态性条带百分率(PPB)为78.9%。12个寒兰居群在物种水平上的遗传多样性较高,群体总观测等位基因数(N_a)为1.7967,有效等位基因数(N_e)为1.4461,N_ei’s基因多样性(H_e)为0.2649,Shannon’s信息多样性指数(I)为0.3995;在居群水平上遗传多样性较低,PPB平均值为43.97%,N_a平均值为1.4397,N_e平均值为1.2478,H_e平均值为0.1462,I平均值为0.2204;遗传分化系数(G_(ST))为0.4415,居群间基因流(N_m)为0.6325,表明居群内的遗传分化大于居群间的遗传分化;UPGMA聚类结果显示12个寒兰居群可聚为两支,第一支由资溪、武夷山大叶、武夷山小叶、崇义小叶、靖安、宜丰、井冈山、邵武大叶和邵武小叶9个居群组成;第二支由石城、安远和崇义大叶3个居群组成,聚类结果没有呈现出山脉分布的特点;Mantel检验结果表明遗传距离和地理距离之间无显著相关性(r=0.3791)。     

紫薇盆景的制作和养护

紫薇是千屈菜科紫薇属落叶乔木或灌木 ,小枝近四棱 ,圆锥状花序顶生。花期 6～ 9月 ,花色艳丽多样 ,花序硕大 ,花朵纷繁 ,花期长 ,故有“盛夏绿遮眼 ,此花满堂红”的美名 ,有红色的紫薇、白色的白薇、蓝色的翠薇等品种 ,在园林绿化中广泛应用 ,大树可孤植、片植、丛植于街道、公园、绿地等景点 ,也可人工矮化盆栽或制作盆景 ,紫薇可用播种、枝插、根插、嫁接等方式繁殖。制作盆景、好的树桩和苗木主要来源靠扦插繁殖 ,特别是老茎扦插 ,能缩短育桩时间 ,插条可从露地多年绿化苗株选取。1　繁殖方式1 1　播种4月上中旬 ,用 30～ 35℃的温水浸…     

大别山三种杜鹃花资源遗传多样性和遗传结构分析

大别山独特的地理环境为杜鹃花资源提供了独特的生境地,是中国杜鹃花资源重要的多样性分布中心。该研究以大别山黄杜鹃、云锦杜鹃、满山红3个种群为试验材料,采用9个SSR标记对其进行扩增,以期探究种群遗传多样性和遗传结构的特征。结果表明:9个标记位点共扩增出45个等位基因,每个位点的等位基因数为3~7;3个种群中Shannon信息指数平均值为0.87~0.91;平均观察杂合度和期望杂合度为0.523~0.651和0.517~0.536;总近交系数Fit和种群内近交系数Fis平均值分别为0.075 9和-0.173 3,即3个种群内均存在近交现象;9个位点的平均基因流为0.927 0;在聚类分析中,黄杜鹃和云锦杜鹃亲缘关系最近,与满山红最远。该研究为杜鹃花属植物的进化研究奠定了基础。