同一病株西瓜枯萎病菌RAMS分析

利用RAMS (Random amplified microsatellites)分子标记技术对河北省不同地区的3个西瓜枯萎病病株分离物Fon1、Fon2、Fon3各10个单孢菌株进行了基因组多态性分析。10个RAMS引物进行扩增, Fon1共扩增出39条带,其中多态性条带9条;Fon2共扩增出40条带,多态性条带5条;Fon3共扩增出40条带,多态性条带4条。结果分析表明,同一病株分离物的不同单孢菌株之间在分子水平上存在遗传差异性。     

烟草赤星病菌遗传多样性ISSR和RAPD标记比较分析

对分离出的链格孢菌株用ISSR和RAPD分子标记技术分析研究其遗传多样性,比较2种分子生物学方法在链格孢遗传分析中的优劣,为研究烟草赤星病菌遗传多样性及烟草抗病品种的培育奠定基础。采用ISSR和RAPD分子标记方法对来自不同地区的28份烟草赤星病菌进行遗传多样性分析,筛选出10个ISSR引物和10个RAPD引物;ISSR扩增出多态性条带112条,多态性条带比率为86.82%,菌株间相似性系数为0.53~0.97;RAPD引物扩增出多态性条带70条,多态性条带比率为81.39%,菌株间相似性系数为0.57~0.94。用SPSS 17.0 软件对2种标记遗传距离进行相关性分析,发现2种分子标记结果呈显著正相关,表明2种分子标记方法都适合于烟草赤星病菌遗传多样性研究,ISSR是一种多态性优于RAPD的标记技术。根据2种标记的结果,利用NTSYS软件按UPGMA方法进行聚类分析,发现烟草赤星病菌遗传多样性与地理差异没有显著相关性。     

蓖麻种质资源多样性AP-PCR与RMAPD分析

为了研究国内主要商业蓖麻品种的种质资源多样性,采用AP-PCR与RMAPD分子标记方法,对来自国内不同地区的31份蓖麻品种进行分析。AP-PCR分子标记的研究结果表明,9条引物扩增的条带为5~12条,共计82条带,平均每条引物扩增出9.1条带,扩增的多态性条带为2~10条,多态率为40%~90.91%,共计53条带,平均每条引物扩增出5.89条多态性带。在9条引物中,引物S3扩增出多态性条带最高,多态率达90.91%。蓖麻种质资源的RMAPD分析结果表明,84对引物扩增的条带为5~12条,共计85条带,平均每对引物扩增出8.5条带,扩增的多态性条带为3~10条,共计56条带,平均每条引物扩增出5.6条多态性带。在84对引物中,引物A3+B4扩增出的条带最多,多态性最高,多态率达83.3%。对AP-PCR与RMAPD分子标记的数据进行联合聚类分析表明,在遗传系数为0.56处,31份蓖麻种质被分成3大类群。2种分子标记之间的相关系数不显著(R=0.009 3)。     

黑龙江省马铃薯早疫病菌遗传多样性分析

为了解黑龙江省侵染马铃薯的早疫病菌菌株的遗传特性,利用RAPD和ISSR分子标记对来自黑龙江省马铃薯主产区不同地点的67株早疫病菌的遗传多样性进行分析,结果表明,用5条RAPD引物共扩增出53个条带,多态性位点占75.4%;用10条ISSR引物共扩增出93个条带,多态性位点占88.2%。聚类分析结果显示,RAPD和ISSR分子标记均可将供试早疫病菌株划分为不同的组,说明早疫病菌具有明显的遗传分化现象,但菌株聚类组群的划分与地理来源关系不大。研究结果可为黑龙江省马铃薯抗病育种和早疫病防治提供理论依据。     

茄子ISSR和SSR分子标记的鉴定技术分析

以茄子为研究对象,初步建立起茄子的ISSR和SSR分子标记技术体系,包括DNA提取、退火温度、循环次数和引物筛选等。结果表明,ISSR分子标记体系中,从49条引物中筛选出3个条带清晰的引物对6个品种进行扩增,共检测出26条带,其中多态性带21条,多态性比例为80.77%;SSR分子标记体系中,从4对引物中筛选出3个条带清晰的引物对6个品种进行扩增,共检测出17条带,其中多态性带5条,多态性比例为29.41%,2种方法均能把6个茄子品种区分开来,本实验为茄子品种鉴定和新品种选育提供理论依据。     

柳州汪洞乡古茶树种质资源遗传多样性的ISSR分析

本研究利用ISSR分子标记技术对柳州融水县汪洞乡古茶树种质资源的遗传多样性和亲缘关系进行分析,选取10个ISSR引物对87株柳州汪洞乡古茶树单株及4个对照茶树品种的基因组DNA进行扩增。10条引物共扩增出67条谱带,其中多态性条带共64条,多态性比率达95.5%,每条引物扩增条带为5~9条,平均多态性条带6.4条。每条引物扩增条带的多态性为80%~100%,扩增条带大小在100~2 000 bp。供试样品的Jaccard相似系数在0.35~0.85之间,平均值为0.60。在相似系数0.6处可将全部91份样品划分为10大类群。本研究从分子水平上揭示了该古茶树群体资源单株间的亲缘关系,可为该资源的进一步开发利用提供研究基础。     

利用RAPD分子标记分析玉米种质遗传多样性

以RAPD分子标记技术对玉米的10个品种的全基因组DNA进行PCR扩增,再用Popgene32软件和SPSS 13.0软件分析扩增结果,研究10个玉米的种质资源遗传关系。结果表明：（1）所选20个引物可扩增出214条RAPD条带;（2）所选引物扩增条带的多态性比率为86.4%,RAPD分子标记扩增10个玉米品种间的相似性系数分别在0.316-0.654之间;（3）用RAPD-PCR扩增条带的分析结果建立了遗传相关系数矩阵、构建了分子树状图、可将10个玉米品种分为3个类群;（4）RAPD分子标记适合于构建玉米的DNA指纹图谱,进行品种鉴定和遗传分析。     

葡萄炭疽病菌SRAP遗传多样性分析

探讨葡萄炭疽病菌的变异和群体结构,为进一步深入研究葡萄炭疽病的发生、流行及防控技术提供理论依据。采用SRAP分子标记技术对不同地区的25个葡萄炭疽菌(Colletotrichum gloeosporioides)菌株进行遗传多样性分析。利用4个菌株从100对引物组合中筛选出6对扩增条带多样性丰富、稳定性较好的引物组合;对供试的25个菌株进行SRAP扩增,共得到164条清晰可辨的条带,其中多态性条带为156条,多态性比率为95.12%;利用NTSYS-2.1软件进行病原菌的聚类分析,其相似性系数在0.61~0.95之间。不同地区葡萄炭疽菌的亲缘关系较近,遗传多样性丰富,但各菌株间存在遗传差异,且菌株之间的差异与地理来源无明显相关性。     

西洋梨二倍体及其人工诱导同源四倍体遗传差异的SSR分析

以西洋梨‘丰产’二倍体及其10个同源四倍体株系为材料,通过微卫星(SSR)分子标记技术对西洋梨二倍体与同源四倍体之间的遗传差异性进行了研究。应用10对SSR引物对11份材料进行扩增,共扩增出23条谱带,其中有8条呈多态性,多态性比例为34.78%;10对引物中有3对引物为多态性引物。聚类分析显示,不同同源四倍体株系与二倍体的遗传差异大小亦不同;在10个同源四倍体株系中有3个株系扩增的条带与二倍体完全相同,7个同源四倍体株系与二倍体相比产生了差异性条带。研究结果表明,西洋梨二倍体与其同源四倍体之间以及10个同源四倍体株系之间在DNA水平上表现出了一定的多态性。本研究能够为进一步进行西洋梨多倍体的育种实践提供理论指导。     

大白菜的适宜AFLP-Pst I/Mse I引物组合

基于PCR的DNA指纹鉴定技术AFLP广泛应用于生物多样性、遗传图谱构建、基因定位、分子系统发育和品种鉴定等方面.为了筛选出大白菜适宜的AFLP引物组合,研究以抗根肿病大白菜双单倍体CR Shinki、感病自交系94SK及其后代F2构成的纯合抗病和纯合感病DNA混合池为材料,利用256对Pst I/Mse I引物组合进行了AFLP分析.结果表明:平均每个组合检测到55条带,共扩增13 079条带,平均每1 000条带检测到1.30个根肿病抗性基因连锁标记;多态性带数为3 167条,双亲间多态性频率约为0.24;扩增带数与多态性带数呈线性正相关,引物组合中的不同GC含量与扩增带数和多态性带数存在显著性差异,并表现出线性负相关.筛选出的适宜53对引物组合共扩增出4 381条带,占总扩增片断的33.50%,平均每对扩增出83条,其中9个组合扩增出与抗根肿病基因连锁标记.     

Stability and potential use of RAPD markers in a sugarcane genealogy

Summary A complete ancestral history of the recently developed and closely related South African commercial sugarcane varieties N11 and NCo376, which differ markedly in their response to sugarcane mosaic virus (SCMV), was elucidated from archival records. The genealogy spans seven generations, starting with early intraspecific crosses between varieties of Saccharum officinarum and interspecific crosses between S. officinarum and either S. spontaneum or S. barberi. In total, the genealogy comprises 38 different varieties. Genomic DNA samples from N11 and NCo376 respectively were screened for polymorphisms using the PCR-RAPD technique. Ten polymorphic fragments ranging in molecular size from 317 to 1263bp were identified from a total of 1159 loci amplified with 100 random decamer primers. Two of the 10 polymorphic fragments were shown to be consistently present in N11 (resistant) and absent in NCo376 (susceptible), while 8 showed the reverse occurrence. The primers producing the polymorphisms were used to screen genomic DNA samples from all 19 varieties representing the genealogy. Results have indicated that (1) specific PCR-RAPD generated polymorphic fragments can indeed be identified across the seven generations; (2) certain fragments are sufficiently definitive to be used as markers to trace parentage; (3) the validity of documented crosses and/or the authenticity of germplasm material may be questioned using this technique, and (4) there is the potential to subject the markers to linkage analysis once a full and accurate assessment of the SCMV resistance phenotype is obtained.     

亚洲棉EST-SNP的挖掘及其在陆地棉中的验证

【目的】随着不同棉种序列数据库的逐步完善以及高通量测序技术的发展,棉花单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)标记开发可利用的公共数据资源逐步增加。【方法】本研究基于陆地棉祖先基因组的现代种亚洲棉表达序列标签(Expressed sequence tag,EST)数据库,利用CAP3对亚洲棉EST数据库进行拼接。拼接获得7 187个重叠群(Contig),再利用Quality SNP软件进行SNP位点分析。【结果】在807条含有4条以上EST序列的Contig中查找到2 690个SNP位点。通过筛选次要等位基因频率大于30%的位点,获得953个可靠度较高的候选SNP,通过电子筛选,最终获得可用于陆地棉分析的SNP 149个,利用位点特异性聚合酶链式反应以及酶切扩增多态序列验证了EST-SNP的准确性。【结论】本研究证实基于亚洲棉EST数据库挖掘用于陆地棉研究的EST-SNP切实可行,并有望将EST-SNP用于陆地棉遗传图谱构建、重要性状的基因定位以及分子标记辅助育种。     

新陆早棉花品种DNA指纹图谱的构建及遗传多样性分析

以新疆2013年前审定的51个新陆早常规棉花品种为材料, 从5000对SSR引物中筛选出多态性高、稳定性好、且定位在棉花26条染色体上(每条染色体上选择2~3对)的75对核心引物,检测到多态性位点226个, 每个标记检测到的基因型位点数在2~12之间, 平均为3.01个;引物多态信息量(PIC)值介于0.0799~0.8752之间, 平均值为0.6624。结果显示, 在51份新陆早棉花常规品种中, 可利用特征引物将21份品种一次性区分开。利用40对引物可以完全区分开新陆早51份常规品种, 并构建供试品种的指纹图谱。同时利用NTSYS-pcV2.10软件聚类分析表明, 51个新陆早棉花品种遗传相似系数变化范围为0.4269~0.9873, 平均值为0.7071, 说明新陆早棉花品种之间遗传多样性较狭窄;遗传相似系数矩阵和聚类分析将51个新陆早品种分为4大类型, 与原品种选育系谱高度吻合。     

温州盘菜地方品种鉴定与指纹图谱的分子标记分析

利用基因组DNA的RAPD、ISSR与SRAP等3种分子标记技术,以日本芜菁品种作为外类群,对来自于温州不同地区具有代表性的10个盘菜品种进行品种鉴定与遗传多样性分析。10个RAPD引物共产生多态性条带70条,多态率为71．7％;12个ISSR引物共产生142条清晰带,其中多态性条带70条,多态率为49．3％;8个SRAP引物组合共产生105条谱带,其中多态性谱带78条,多态性比率为74．3％,表明品种间存在较高的多态性。用单个引物NAURP299、NAUISR43以及SRAP引物组合mel／em2,都可以将11个品种完全区分开来。基于3种标记的聚类分析结果表明,11个材料可以分为3大类,一定程度上能够揭示品种之间园艺学性状的相似性及亲缘关系远近。     

广西野生桃金娘亲缘关系的SRAP分析

为弄清广西桃金娘资源的亲缘关系并发掘其优异种性,进行驯化或为将来选育种提供优异亲本材料。本研究采用SRAP技术对8份野生桃金娘种质进行亲缘关系分析,从99对SRAP引物中筛选出18对多态性好、分辨率高的引物。结果显示,18对引物共获得142条带,其中多态性位点107个,多态条带比率为75.35%,表明不同桃金娘种质基因型间存在着较丰富的遗传多样性;8份桃金娘种质的相似系数在0.6800~0.7950之间。在相似系数0.7203处可将8份种质分为3大类群:类群1包括岑溪、昭平、容县;类群2包括北海、龙州小连城、桂林;类群3包括龙州大青山和龙州彬桥。试验材料中亲缘关系最近的是龙州大青山与龙州彬桥,亲缘关系最远的是桂林与岑溪。研究表明,SRAP分子标记可有效地应用于桃金娘种质亲缘关系研究,结果可为桃金娘种质的资源保存鉴定、亲本选配和遗传改良提供理论依据。     

提莫菲维小麦与葡萄牙野燕麦远缘杂交后代的SRAP分析

采用SRAP技术分析提莫菲维小麦与葡萄牙野燕麦远缘杂交后代的真实性及其特点。结果表明,22对SRAP引物中,20对引物在双亲间扩增出多态性条带,其多态性比率为73.81%。me4-em1、me3-em5、me4-em3和me3-em3四对引物在提莫菲维小麦与葡萄牙野燕麦杂交F3株系中扩增出双亲特异带,表明该F3株系具有双亲的遗传物质,该F3株系是提莫菲维小麦和葡萄牙野燕麦成功属间杂交的真实杂种后代。在F3株系的扩增结果中部分双亲带型消失,并且提莫菲维小麦消失的带数远少于野燕麦的;同时有非父母标记新带型出现。杂种后代DNA序列的这种变化可能有利于新形成异源多倍体小麦的快速进化、遗传协调和遗传稳定性。     

陆地棉半野生种系的遗传多样性和亲缘关系分析

2000-2010年以陆地棉标准系TM-1和海岛棉标准系3-79作为对照,将陆地棉的7个半野生种系64份种质资源进行了简单重复序列(SSR)分子标记的遗传多样性和亲缘关系研究.112对SSR引物共检测出502个等位位点,其中多态性位点392个,约占总位点数的78%.每对引物扩增出2～10个等位位点,平均约为4.5个,其...     

四川省丁香假单胞猕猴桃致病变种的遗传多样性分析

为明确四川省猕猴桃溃疡病菌丁香假单胞菌猕猴桃致病变种(Pseudomonas syringae pv. actinidiae,Psa)的遗传多样性及群组划分与地理来源的相关性。以四川省不同地理来源的40个Psa菌株为研究试材,用rep-PCR技术进行分子标记,NTSYS软件分析UPGMA聚类。3对rep-PCR检测引物(REP、ERIC和BOX)共获得42个位点,其中38个为多态位点,占90.5%。UPGMA聚类结果显示,以相似系数为0.70阀值时,40个Psa菌株被分为2个类群(Ⅰ、Ⅱ),其中85.0%的菌株属于第Ⅱ类群;在相似性系数为0.80时,第Ⅰ类又可分为2个亚类(Ⅰ-1、Ⅰ-2),第Ⅱ类则分为5个亚类(Ⅱ-1、Ⅱ-2、Ⅱ-3、Ⅱ-4、Ⅱ-5),菌株无明显的采集地聚类。以上结果表明,四川省各地区的猕猴桃溃疡病菌菌株具有较高的遗传多样性,但其遗传变异与菌株地理来源无明显相关性。     

ET-ISJ标记的开发及陆地棉遗传图谱构建

根据植物结构基因外显子拼接位点的保守序列,设计扩增外显子的ET-ISJ (exon targeted intron-exon splice junction)标记引物。利用1 280对ET-ISJ引物组合,在陆地棉品种渝棉1号和T586中,筛选获得69对多态性引物组合,占引物组合的5.4%。用多态性ET-ISJ引物组合检测(渝棉1号×T586)F_2:7重组近交系群体,得到70个位点。以70个ET-ISJ标记位点与523个SSR、59个IT-ISJ、29个SRAP和8个形态标记进行连锁分析,构建的遗传连锁图谱包括59个连锁群和673个位点(68个ET-ISJ、510个SSR、58个IT-ISJ、29个SRAP和8个形态标记)。连锁图覆盖3 216.7 cM,占棉花基因组的72.3%,标记间平均长度为4.8 cM。68个ET-ISJ标记分布于20条染色体。研究表明ET-ISJ标记多态性较高、稳定性好,可有效用于棉花与其他植物遗传连锁图谱构建。     

Development of markers for the use of the PEF1 cytoplasm in sunflower hybrid breeding

The use of the new cytoplasmic male sterility (CMS) source PEF1 in sunflower hybrid breeding requires markers closely linked to the restorer gene Rf_PEF1 necessary for fertility restoration of hybrids based on the PEF1 cytoplasm as well as diagnostic markers to distinguish the PEF1 cytoplasm from other cytoplasms. Bulked segregant analyses of 256 AFLP primer combinations identified 35 polymorphic primer combinations with 1–3 polymorphisms, resulting in 40 polymorphisms. Eighteen AFLP markers mapped together with the Rf_PEF1 gene covering 119.9 cM. The closest markers, E39M51_300R and E44M56_112A, mapped 3.9 and 6.0 cM to the Rf_PEF1 gene, respectively. Six SSR markers, which belong to the linkage group 13, were screened for polymorphisms between the parental lines. Only ORS630 was polymorphic, but did not map to the same linkage group as Rf_PEF1, indicating that Rf_PEF1 is not located on linkage group 13 where the restorer gene Rf1 for the PET1 cytoplasm is located. Diagnostic markers to distinguish the PEF1 cytoplasm from the PET1 and the fertile cytoplasm in sunflower were obtained using primer combinations for the atp9 gene and orfH522.