可乐猪Ghrelin基因多态性及其对肉质性状的遗传效应分析

根据GenBank上的Ghrelin基因序列设计1对引物,应用PCR技术直接从可乐猪肌肉组织基因组中扩增出了包含Ghrelin基因全序列的特异片段,包括第一、第二外显子和第一内含子DNA序列,并进行直接测序,分析该基因与可乐猪12项肉质性状的关联性,结果表明：在Ghrelin基因第一内含子上检测到1个单碱基突变：G252A,表现出纯合型GG和杂合型GA两种基因型,其中GG基因型频率高于GA基因型频率,达65.4%,等位基因G为优势等位基因,表现为低度多态。χ2检验表明,该SNP位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P﹥0.05)。最小二乘分析显示,Ghrenlin基因252位点对可乐猪的肉质性状无显著影响(P>0.05)。     

秦川牛CS-1 基因SNPs 检测及其与胴体、肉质性状相关性研究

【目的】检测秦川牛CS-1基因的SNPs多态性,并将其与秦川牛胴体和肉质性状进行关联分析。【方法】采用PCR-SSCP方法对485头秦川牛CS-1基因第3外显子进行SNPs多态性检测,分析其与部分胴体、肉质性状的关系; 【结果】在CS-1基因第3外显子191碱基处发现C→A突变,201碱基处发现C→T突变。检测到A和C两个等位基因,其基因频率分别位0.1381和0.8619。方差分析结果表明：胴体性状方面, AC 型个体背部皮下脂肪厚显著高于CC 型个体(P＜0.05);在肉质性状方面,AC 型个体的大理石花纹显著高于CC 型个体（P<0.05）,AA 型和AC 型个体的嫩度要显著优于CC 型个体(P＜0.05);其余性状差异不显著; 【结论】揭示可以用该多态性位点(CS-1 Exon3) 对秦川牛的胴体性状和肉质性状进行标记辅助选择。     

甘肃高山细毛羊和湖羊HIF-2α基因遗传特性与高原低氧适应性分析

为探讨HIF-2α基因核苷酸序列变异与绵羊高原适应的相关性,以540只(甘肃高山细毛羊200只,湖羊340只)绵羊为研究对象,采用PCR-SSCP技术分析HIF-2α基因第11外显子和内含子部分区段在甘肃高山细毛羊和湖羊中单核苷酸多态性(SNPs)。结果显示:HIF-2α基因扩增片段在2个绵羊品种中共检测到4种等位基因(A、B、C和D)和10种基因型(AA、BB、CC、DD、AB、AC、BC、AD、BD和CD),存在6个SNPs位点,其中外显子11检测到5个SNPs位点(G/A、G/C、C/T、T/C、G/A、),内含子11检测到1个SNPs位点(G/A),甘肃高山细毛羊未检测到DD基因型。2个绵羊品种的优势基因型均为AB,基因型频率分别为34.50%和16.47%。HIF-2α基因在2个绵羊品种中具有丰富的多态性,且等位基因频率在品种间存在极显著差异(P0.01)。推测在高海拔低氧适应过程中,HIF-2α基因的基因型可能受到了选择,随着长期的高海拔低氧环境的选择,有利于低氧适应的基因型在高海拔绵羊品种中受到选择并富集,携带基因型AA、BB和AB的绵羊可能更加适应高海拔低氧环境,而携带基因型CD、BD和DD的绵羊对高海拔低氧环境适应的能力可能较差。     

马铃薯StDRO1基因的多态性鉴定及其与根系性状的关联分析

为鉴定与马铃薯根系性状相关联的StDRO1基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点,本研究对110份同源四倍体马铃薯材料StDRO1基因的编码区进行了克隆和测序,筛选其SNP,并对StDRO1的SNP位点与马铃薯总根表面积、总根体积和平均根系直径等主要根系性状参数进行了关联分析。结果显示,StDRO1第2外显子上检测到1个SNP位点,命名为G64C;第3外显子上检测到10个SNP位点,分别命名为G152A、A214G、A297G、C314T、A337T、T353C、T560A、C577A、C620A和C625A;在第4外显子上检测到1个SNP位点,命名为T793A。关联分析结果表明,StDRO1基因G152A位点在总根体积表现为GA类基因型>GG类基因型(P<0.05);C314T位点在平均根系直径表现为CC类基因型>CT类基因型(P<0.05); A337T位点在总根表面积、鲜重和干重均表现为AT类基因型>AA类基因型(P<0.05),而在平均根系直径则表现为AA类基因型>AT类基因型(...     

牦牛脂肪型脂肪酸结合蛋白基因(A-FABP)多态性分析

脂肪型脂肪酸结合蛋白(A-FABP)属脂肪酸结合蛋白家族(FABPs)成员,参与调节哺乳动物细胞内脂肪浓度,进而影响肌肉内脂肪含量(IMF),因此A-FABP可作为影响IMF的候选基因。本研究采用PCR-SSCP技术检测甘南牦牛、青海牦牛、天祝白牦牛(Bos grunniens)A-FABP基因部分第3内含子、第4外显子及部分3’-UTR区单核苷酸多态性(SNPs),分析检测区域分子遗传特征。结果表明,3类群牦牛引物扩增区域发现5种等位基因A-E;同普通牛A-FABP基因序列比对发现6处SNPs,其中第4外显子区存在c.4222A>G的同义突变;3’-UTR区c.*94T>A只存在于牦牛群体,是其区别于普通牛的遗传特征之一。各等位基因在群体间分布差异较大,其中天祝白牦牛只发现3种等位基因,而青海牦牛发现4种等位基因,这可能与牦牛类群的地域分布及选育程度有关。3类群牦牛A-FABP基因检测位点表现为中度多态(PIC为0.29～0.36),有效等位基因数较高,可作为潜在的牦牛肉质性状分子标记位点。     

糖皮质激素受体（GR）基因内含子7长度多态性与猪脂肪性状相关研究

应用特异PCR技术检测了猪糖皮质激素受体（GR）基因内含子7长度多态性,并分析其与脂肪性状的相关性。结果表明：凉伞猪、龙潭猪群体中GR基因内含子7长度多态性发现有A和B两个等位基因存在,该两种等位基因A/B频率在两个群体中分别为0.2286/0.7714和0.2008/0.7992。B等位基因是群体中的优势等位基因,该基因座在两群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态。建立混合模型方程组分析该长度多态对猪脂肪性状的效应,结果显示,猪GR基因内含子7长度多态的不同基因型与肌内脂肪、肩部膘厚、腰部膘厚、6～7肋膘厚、板油质量等性状显著相关（P<0.05）。表明猪GR基因内含子7长度多态对猪脂肪沉积有一定的影响。     

甘肃肉牛CAST基因的多态性及其与肉质性状的相关性研究

为研究甘肃肉牛CAST基因的多态性及与肉质性状的相关性。利用PCR-RFLP对甘肃肉牛CAST基因多态性检测并利用最小二乘法拟合线性模型探索不同基因型与肉质性状间的关系。结果表明：在CAST基因3个SNP位点中发现T750C、A557G、G556T、351处DelGTT的T/C;相关分析表明：Hga I位点的各基因型与肉质性状均差异不显著;Hpy188III位点的剪切力值,AT基因型显著高于AA基因型;Acl I位点在剪切力值上Hh基因型显著高于HH基因型,HH基因型在失水率上显著高于hh基因型。鉴定了CAST基因是影响肉质性状的候选基因。     

牛Src基因三个内含子单核苷酸多态性

采用巢式PCR、DNA测序、创造酶切位点法PCR(Created restriction site-PCR,CRS-PCR)及PCR-RFLP(Poly-merase chain reaction-restriction fragment length polymorphism assay)方法,研究中国荷斯坦牛、鲁西黄牛及渤海黑牛的Src基因内含子6,8,9的单核苷酸多态性(SNPs),发现了14062(C/T)、17302(G/A)和18107(T/C)共3个SNPs,均为首次报道的位点。Src基因14062(C/T)、17302(G/A)和18107(T/C)3个位点在中国荷斯坦牛和鲁西黄牛两个群体中的优势等位基因相同,分别为C、G、C,其等位基因频率分别为0.671/0.647、0.583/0.640、0.558/0.577,而渤海黑牛在这三个位点的优势等位基因分别为T、G、C,其等位基因频率分别为0.525,0.913,0.763。经χ2适合性检验,中国荷斯坦牛、鲁西黄牛和渤海黑牛三个群体在14062(C/T)位点均达到Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05);在17302(G/A)位点则均未达到Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05);中国荷斯坦牛和鲁西黄牛在18107(T/C)位点均达到Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05),而渤海黑牛未达到Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。中国荷斯坦牛和鲁西黄牛在14062(C/T)和18107(T/C)位点均表现为中度多态(0.25PIC0.5);渤海黑牛在17302(G/A)位点表现为低度多态,而其他2个品种牛表现为中度多态。     

草原红牛CAPN3基因多态性及与胴体性状的关联分析

采用PCR-SSCP方法对58头草原红牛钙激活中性蛋白酶3基因(CAPN3)的单核苷酸多态性进行研究分析,发现其外显子1存在三种基因型AA、AB和BB,测序发现,在外显子1的124位存在碱基突变,由原来的A突变为G,氨基酸水平由天冬氨酸Asp变为天冬酰胺Asn,此SNP位点在此前的研究中未见报道.经遗传多样性分析表明,该位点等位基因A占优势地位,且三种基因型分布符合Hardy-weinberg平衡.通过显著性差异检验发现,CAPN3基因此位点的多态性对该牛群的屠宰率、净肉率和大理石花纹这三个性状有显著影响(P＜0.05),这将为CAPN3作为牛肉肉质性状候选基因提供进一步依据.     

地产狐和芬兰狐GH基因多态性的研究

为研究蓝狐GH基因多态性及其与生长性状的关系,为蓝狐的选种及选育提供一定的理论依据。选取体质量、体长具有明显差异的芬兰狐和地产狐构建DNA池,采用PCR产物直接测序法对GH基因的全长进行单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNPs)位点的检测,并将发现的SNPs位点与生长性状进行关联分析。结果检测到2个SNPs,GH基因A306G和C1144T位点在芬兰狐和地产狐群体中存在多态性。遗传多样性分析表明,2个位点在芬兰狐中多态信息含量为0. 057 9,属于低度多态位点,地产狐多态信息含量为0. 573 1,属于高度多态位点。2个SNPs位点的遗传多样性参数、基因型频率和基因频率在同一群体中高度一致,说明这2个SNPs位点之间完全连锁,形成了AACC、ABCD和BBDD 3种单倍型。方差分析表明,芬兰狐和地产狐多态位点的基因型频率差异极显著(P 0. 01)。关联分析表明,公狐AACC基因型个体体质量显著高于ABCD基因型(P 0. 05),但与体长差异不显著(P 0. 05);母狐AACC基因型个体体质量极显著高于ABCD基因型个体(P 0. 01)且体长显著高于ABCD基因型个体(P 0. 05)。结果提示:2个SNPs与其生长性状可能相关。