2种细菌不同处理对枳壳生长及根系发育的影响

为柑橘砧木枳壳的快速生长及柑橘的产业发展提供参考，对接种棘孢木霉及洋葱伯克霍尔德不同处理的枳壳气体交换、叶绿素荧光、根系发育状况以及生物量累积等各项指标进行测定，分析并探讨棘孢木霉和洋葱伯克霍尔德菌不同处理对枳壳生长及根系发育的影响。结果表明：枳壳净光合速率，接种棘孢木霉和洋葱伯克霍尔德菌＞接种棘孢木霉＞对照；接种棘孢木霉和洋葱伯克霍尔德菌的枳壳叶片电子传递效率与最大光化学效率、总生物量、地上和地下生物量均显著高于对照，枳壳的水分、光能利用效率和羧化效率最高；接种棘孢木霉单、接种棘孢木霉和洋葱伯克霍尔德菌的枳壳总根长显著高于对照。     

2种细菌不同处理对枳壳生长及根系发育的影响

为柑橘砧木枳壳的快速生长及柑橘的产业发展提供参考,对接种棘孢木霉及洋葱伯克霍尔德不同处理的枳壳气体交换、叶绿素荧光、根系发育状况以及生物量累积等各项指标进行测定,分析并探讨棘孢木霉和洋葱伯克霍尔德菌不同处理对枳壳生长及根系发育的影响。结果表明:枳壳净光合速率,接种棘孢木霉和洋葱伯克霍尔德菌接种棘孢木霉对照;接种棘孢木霉和洋葱伯克霍尔德菌的枳壳叶片电子传递效率与最大光化学效率、总生物量、地上和地下生物量均显著高于对照,枳壳的水分、光能利用效率和羧化效率最高;接种棘孢木霉单、接种棘孢木霉和洋葱伯克霍尔德菌的枳壳总根长显著高于对照。     

棘孢木霉F_2菌株对三七灰霉病的生物防治作用

为考察生防菌棘孢木霉F_2菌株对三七灰霉病的防治效果,采用平板对峙法测定棘孢木霉F_2菌株对三七灰霉病病菌等6种药用植物病原菌的抑制作用;研究棘孢木霉F_2菌株无菌发酵液对三七灰霉病病菌菌丝生长及孢子萌发的影响;并通过盆栽试验测定棘孢木霉F_2菌株发酵液对三七灰霉病的防治效果。结果表明,棘孢木霉F_2菌株菌丝体可以通过空间竞争对病原菌进行抑制,对供试病原菌的抑制率均 90%,对三七灰霉病病菌的抑制率达100%;棘孢木霉F_2菌株发酵液稀释5倍对菌丝的生长抑制率为92. 6%、对孢子萌发的抑制率为82. 6%、对离体感病叶片的防治效果为74. 0%;病害发生前使用棘孢木霉F_2菌株发酵液进行预防,接种病原菌7、15 d后的相对防效分别为83. 4%、81. 7%;病害发生后使用F_2菌株发酵液进行防治,相对防效为52. 6%。试验结果表明,棘孢木霉F_2菌株及其发酵液对三七灰霉病病菌均有较强的抑制作用,具有开发为生物农药的潜力。     

发酵法制备黄芪药渣饲料添加剂活性物质

以黄芪药渣为发酵底物,以棘孢木霉为发酵菌种,制备中药渣饲料添加剂,检测产物中各类活性物质。结果表明,黄芪药渣经棘孢木霉发酵后,能产生以β-葡聚糖酶、木聚糖酶和果胶酶为主的丰富酶系;与发酵前相比,黄芪甲苷在发酵液中的释放量增加了4倍;发酵产物对变形杆菌、沙门氏杆菌、枯草芽孢杆菌、金黄色葡萄球菌和大肠杆菌等细菌有较强的抑制作用。表明利用棘孢木霉发酵黄芪药渣制备饲料添加剂具有较好的开发潜力。     

棘孢木霉和超微粉腐殖质改善连作土壤微生态

研究棘孢木霉(Trichoderma asperellum)T-1、超微粉腐殖质及其复配物(腐殖质-T1)对连作土壤微生态的影响,旨在为设施连作土壤调理和土传病害防治提供高效、低成本且环境友好型的方法。采用平板对峙试验,分析棘孢木霉T-1对不同专化型(黄瓜专化型、西瓜专化型、萎蔫专化型)尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum)的抑制效果,进一步在微宇宙土壤培养试验中设空白对照(CK-S),以及添加1%(质量分数)超微粉腐殖质(TS1)、0.5%(质量分数)T-1菌剂(TS2)和1%(质量分数)腐殖质-T1(TS3)4个处理,在黄瓜盆栽试验中设空白对照(CK-C)、添加1%(质量分数)超微粉腐殖质(TC1)和腐殖质-T1(TC2)3个处理,定期取样,利用平板计数法和荧光定量PCR测定分析土壤中尖孢镰刀菌、真菌、细菌、棘孢木霉数量,观察黄瓜发病情况。结果表明,棘孢木霉T-1明显抑制各专化型尖孢镰刀菌的生长,对西瓜专化型尖孢镰刀菌的抑制效果最佳。在微宇宙土壤培养条件下,TS1、TS2和TS3处理均可降低土壤中尖孢镰刀菌的拷贝数,其中TS3处理对尖孢镰刀菌的抑制率最高。超微粉腐殖质与棘孢木霉T-1的复合施用促进了棘孢木霉T-1在土壤中的定殖。黄瓜盆栽试验下,与CK-C相比,TC2处理显著(P<0.05)增加土壤中棘孢木霉和放线菌数量,较TC1处理对尖孢镰刀菌的抑菌作用更长效,黄瓜病死株数量更低,且表现出一定的促生长效应。综上,棘孢木霉T-1、超微粉腐殖质及其复配物均可改善连作土壤微生态,抑制尖孢镰刀菌生长,且以复配使用效果最佳。     

木霉菌对莴苣菌核病防治效果研究

[目的]明确2种木霉对莴苣菌核病的防效差异,为揭示木霉菌的作用机理及应用于莴苣菌核病防治提供科学依据.[方法]在单因素试验基础上,采用响应面法进行木霉固体发酵条件优化试验,获得2种木霉(棘孢木霉和深绿木霉)的最佳发酵优化条件;以碧玉莴笋为材料,进行盆栽莴笋灌根接种木霉发酵液和核盘菌悬浮液处理(处理1:棘孢木霉+核盘菌;处理2:深绿木霉+核盘菌;处理3:核盘菌;处理4:50%多菌灵可湿性粉剂800倍液+核盘菌;处理5:无菌水),观察莴苣生长情况,并分别于接种后第3、6、9、12和15 d测定莴笋叶片抗氧化酶[超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化物酶(POD)和过氧化氢酶(CAT)]活性、丙二醛(MDA)、脯氨酸(Pro)及叶绿素含量.[结果]2种木霉发酵液均能在一定程度上减轻核盘菌对莴苣的侵害,提高植物抗氧化酶活性,其中深绿木霉处理下莴苣叶片的SOD、POD和CAT活性更高,与无菌水处理相比,接种后12 d达最大增长率,分别为85.32%、78.05%和43.50%;与核盘菌处理相比,棘孢木霉和深绿木霉处理的MDA、Pro含量明显下降,最大降幅分别为17.16%、28.41%和29.48%、30.44%;木霉能有效抵御核盘菌对植物造成的侵害,其中深绿木霉的促进作用更明显,处理后6~15 d的叶绿素含量显著高于棘孢木霉处理(P<0.05,下同),最高为刺孢木霉处理组的1.112倍;木霉处理后可降低菌核病的发病程度,对莴苣菌核病具有较好防治效果,其中深绿木霉的防效达71.66%,显著高于棘孢木霉和多菌灵处理组.[结论]棘孢木霉和深绿木霉对核盘菌均具有明显的拮抗作用,可在一定程度上防治莴苣菌核病,其中深绿木霉的防治效果更佳,可将其应用于莴苣菌核病的防治以提高莴苣产量和品质,同时可减少化学防治对环境造成的破坏.     

棘孢木霉活性代谢产物的初步分离及其抑菌与促生长功能

为探究棘孢木霉CBS 433.97(Trichoderma asperellum CBS 433.97)的活性代谢产物在促进植物生长与抑制病原菌等方面的功能,本研究初步分离了棘孢木霉代谢产物,并分析了其活性成分对尖孢镰刀菌MC-1和CS-5的抑菌效果,同时研究了棘孢木霉代谢产物中的活性成分对小麦的株高、根长和发芽率的影响。用不同的萃取剂萃取棘孢木霉发酵液中的活性成分,正丁醇萃取相获得的粗提物对MC-1与CS-5的抑菌效果最好。进一步对正丁醇萃取相获得的粗提物进行薄层层析,获得了4个组分TA_1,TA_2,TA_3和TA_4,4个组分对MC-1与CS-5均无明显抑制作用,但组分TA_3在浓度为1 g·L~(-1)时,对小麦生长具有明显的促进作用。由此可见,棘孢木霉CBS 433.97代谢产物中具有能够抑制病原菌的生长、促进植物生长发育的活性成分,具有较好的开发潜力。     

2株木霉抑菌效果及其促植物生长机制

[目的]探究绿色木霉(Trichoderma viride)和棘孢木霉(T.asperellum)对8种植物病原菌的抑制效果及其促植物生长机制,为木霉防治植物病害和促进植物生长等的田间应用提供理论参考.[方法]采用平板对峙法和固体稀释法,检测2株木霉及其活性代谢产物对8种植物病原菌(棉花枯萎病菌、茄子菌核病菌、番茄链格孢病菌、茄腐镰刀病菌、尖孢镰刀病菌、枸杞炭疽病菌、番茄灰霉病菌和番茄匍柄霉病菌)的抑制率;采用平板透明圈法、Salkowski比色法及钼锑抗比色法测定2株木霉的生防因子、生长素及溶磷效果;通过辣椒盆栽试验,测定2株木霉发酵液不同稀释倍数处理对辣椒叶片叶绿素含量及3种抗性酶[过氧化物酶(POD)、多酚氧化酶(PPO)和苯丙氨酸解氨酶(PAL)]活性的影响.[结果]平板对峙试验结果显示,2株木霉对8种植物病原菌的抑菌率均在60.00%以上;绿色木霉发酵11 d时其无菌滤液对茄子菌核病菌的抑制率达96.78%,但对其他病原菌的抑制率不高;棘孢木霉发酵11 d时无菌滤液对茄子菌核病菌、枸杞炭疽病菌和番茄链格孢病菌的抑制效果较好,抑菌率分别为99.08%、85.33%和68.65%,发酵9 d时无菌滤液对番茄灰霉病菌的抑制率为72.08%;2株木霉均可产生蛋白酶、几丁质酶、纤维素酶和铁载体4种生防因子;绿色木霉发酵9 d时分泌吲哚乙酸(IAA)量为3.389 mg/L,在PKO无机磷液体培养基培养7 d后溶磷量为67.236μg/mL;棘孢木霉发酵11 d时分泌IAA量达11.638 mg/L,在PKO无机磷液体培养基培养7 d后溶磷量达151.905μg/mL;盆栽试验结果表明,喷施不同稀释倍数的棘孢木霉发酵液较绿色木霉发酵液更能提高辣椒叶片叶绿素含量及3种抗性酶活性.[结论]供试2株木霉对8种植物病原菌均具有抑制能力并存在多种生防因子和促植物生长能力,其中棘孢木霉较绿色木霉具有更好的抑菌和促进植物生长及提高植物叶片叶绿素含量和抗性酶活性的能力,具有较好的田间应用潜力.     

棘孢木霉JM-1菌株对麦根腐离蠕孢的拮抗机制

为了研究木霉菌JM-1菌株对麦根腐离蠕孢CY6菌株的拮抗机制,本研究结合形态学和分子生物学鉴定方法,明确JM-1菌株的分类地位,并采用平板对峙培养法和显微观察,分析JM-1菌株对CY6菌株的拮抗作用。结果表明,木霉菌JM-1菌株为棘孢木霉(Trichoderma asperellum),可通过空间和营养竞争抑制CY6菌株的生长,抑菌率为77.22%;显微观察发现,棘孢木霉JM-1对CY6菌株有明显的重寄生作用,同时,JM-1菌株可产生某些抗生物质,使CY6菌株的菌丝、分生孢子发生变形和消解。因此,棘孢木霉JM-1菌株可通过竞争作用、重寄生作用和抗生作用等多重生防机制抑制麦根腐离蠕孢的生长。     

棘孢木霉可湿性粉剂研制及杀菌活性测定

以棘孢木霉分生孢子粉、发酵液冻干粉为有效成分制备混配杀菌剂。在测定助剂对棘孢木霉生物活性的基础上,利用正交试验设计法测定助剂对制剂性能的影响,进一步确定助剂种类和含量;通过机械粉碎法将棘孢木霉分生孢子粉、发酵液冻干粉与助剂混合配比加工成可湿性粉剂。室内离体试验法测定棘孢木霉分生孢子粉和发酵液冻干粉不同配比的制剂对油菜菌核病菌抑菌活性,获得最佳比例,并将其加工成可湿性粉剂。结果表明:棘孢木霉孢子粉和发酵液冻干粉可湿性粉剂最佳配比(质量比)为1∶1,润湿分散剂为1% Morwet EFW、5% TERWET 1010、5% Morwet D425、7%木质素磺酸钙;紫外保护剂为0.3%纳米氧化锌,以硅藻土为载体补足100%。该配方可湿性粉剂的孢子萌发率为88.57%,质量悬浮率达81.79%,孢子悬浮率80.12%,润湿时间10 s,平均粒径27 μm,符合商品制剂的标准。室内生物测定结果表明,不同混配比例制剂均有一定的增效作用,但该配比可湿性粉剂增效作用最为显著,其中1 600倍液对油菜菌核病菌防治效果比孢子粉、发酵液冻干粉单剂分别高21.67%和12.09%,抑制率范围为64.17%～88.67%。该制剂属于环境友好型绿色农药,为农林植物病害的生物防治提供了一种新生防材料。      

玫烟色棒束孢基因组候选效应因子的预测分析

在玫烟色棒束孢（Isaria fumosorosea）全基因组10 061个蛋白质序列的基础上,经过SignalP v4.1分析得到1 112个具有信号肽的蛋白序列;以此为基础用TMHMM v2.0分析得到1 030个跨膜数小于2的蛋白序列;1 030个具有信号肽的蛋白经过TargetP v 1.1分析得到1 001个定位为S的蛋白序列;最后经过ProtComp v 9.0分析,得到929个蛋白质定位于细胞质中的分泌蛋白序列。929个蛋白中包含半胱氨酸含量大于等于6的蛋白序列共495个,其中146个蛋白序列的串联重复序列大于或等于9。共137个蛋白在病原物-寄主互作数据库（Pathogen-host interaction database,PHI）中获得注释,其中91个蛋白为候选效应蛋白。挑取小于300个氨基酸的蛋白序列,共筛选到19个候选效应因子。最终从10 061个蛋白序列中筛选得到19个候选致病效应因子。     

Effects of phosphate solubilization and phytohormone production of Trichoderma asperellum Q1 on promoting cucumber growth under salt stress

Salinity is one of the major abiotic stresses limiting crop growth and yield.This study investigated the underlying mechanisms of Trichoderma asperellum Q1 in promoting cucumber growth under salt stress, including the abilities of the strain to solubilize phosphate and to produce phytohormone.The results showed that T.asperellum Q1 could solubilize inorganic or organic phosphate and the activities of phosphatases and phytase could be detected in the culture supernatant.In hydroponic experiments, the growth of cucumber seedlings was increased in the hydroponic system treated by culture filtrate of strain Q1 with tricalcium phosphate or calcium phytate under salt stress.This strain also exhibited the ability to produce indole acetic acid(IAA), gibberellic acid(GA) and abscisic acid(ABA) in liquid medium without any inducers.The levels of those three phytohormones in cucumber seedling leaves also increased after inoculated with this strain, along with increased root growth and root activities of the plant.These results demonstrated the mechanisms of T.asperellum Q1 in alleviating the suppression effect of salt stress involving the change of phytohormone levels in cucumber plant and its ability of phosphate solubilization.     

大丽轮枝菌分泌蛋白提取方法比较

【目的】采用超滤法（UF）、三氯乙酸沉淀法（TCA）、离子交换富集法（IEX）分别从大丽轮枝菌（Verticillium dahliae）高致病性菌株VdG1培养上清液中提取分泌蛋白,对提取样品进行质谱鉴定。寻找适合大丽轮枝菌分泌蛋白的提取方法,为大丽轮枝菌分泌蛋白组深入研究奠定基础。挖掘大丽轮枝菌分泌蛋白中潜在的致病相关蛋白,为其深入功能验证及致病机理研究提供平台。【方法】3种方法提取大丽轮枝菌VdG1分泌蛋白,shot-gun方法进行质谱鉴定。利用生物信息学软件WoLFPSORT、SignalP、TMHMM、PHOBIUS对其中经典分泌蛋白进行预测。通过CAZy和PHI数据库进行经典分泌蛋白中碳水化合物水解酶（CAZy）和病原菌寄主互作因子（PHI）注释,BLASTp软件进行RxLx、LysM、Cys Pattern等模体蛋白比对分析。提取的蛋白样品接种感病棉种（军棉1号）进行样品生物学活性及致病性检测。【结果】TCA法、IEX法和UF法制备大丽轮枝菌分泌蛋白,其提取效率分别为1.18、0.96和0.56 mg?L-1。SDS-PAGE电泳检测显示UF法提取的蛋白样品条带少而模糊。而TCA法和IEX法提取的蛋白样品条带较多,样品的纯度也较高;经生物信息学软件预测分析,提取的蛋白样品中含有经典分泌蛋白分别为124、112和75个;质谱鉴定的分泌蛋白中含有潜在致病因子分别为98、85和57个;另外,IEX法制备大丽轮枝菌分泌蛋白效果较好,具有小分子偏好性,且能够保持样品的生物学活性,该蛋白样品接种棉花叶片能够引起萎蔫、坏死的症状。【结论】3种方法提取大丽轮枝菌分泌蛋白,UF法提取效率最低,纯度最差,蛋白数量最少,蛋白样品中含有潜在的毒素蛋白数量也最少,而且对于大体积处理相当耗时。TCA法和IEX法都适合大丽轮枝菌分泌蛋白的制备,但是TCA法制备过程中不能保持样品的生物学活性,后续适合于2-D电泳检测等试验。IEX法首次应用于病原菌分泌蛋白的制备,操作简单、方便,全部过程均由仪器系统完成。制备的大丽轮枝菌分泌蛋白具有生物学活性,能够引起棉花叶片的萎蔫、坏死病症。另外,数据库及软件比对分析发现大丽轮枝菌分泌蛋白组中含有CAZy酶类61个、PHI相关蛋白38个、RxLx模体蛋白13个、LysM模体蛋白1个、Cys Pattern的模体蛋白15个、VdNEP蛋白家族2个。该结果将为致病相关蛋白的筛选和深入功能验证提供重要依据。     

一株分泌抗猪γ-干扰素单克隆抗体的杂交瘤细胞的鉴定

[目的]应用杂交瘤技术获得稳定分泌抗猪γ-干扰素单克隆抗体的杂交瘤细胞株。[方法]先将原核表达产物His—PoIFN一γ免疫BALB／c小鼠4次,然后进行细胞融合,再以纯化的GST—PoIFN一1作为包被抗原,用间接ELISA筛选阳性杂交瘤无性系,最终获得能稳定分泌抗猪IFN-γ单克隆抗体的杂交瘤细胞株,对其进行问接ELISA和Westernblot检测。[结果]试验获得l株能稳定分泌抗猪IFN一1单克隆抗体的杂交瘤细胞株,被命名为B3株,经间接ELISA和Westernblot检测,该株分泌的抗体能与融合蛋白His—PoIFN一γ和GST—PoIFN一γ发生特异性反应,而与其他表达鸡γ-干扰素、His和GST蛋白等的重组质粒均不发生反应。B3株分泌的抗体小鼠腹水的ELISA效价达到1：160000,抗体亚型为IgG1型,且轻链为κ链。[结论]该研究为建立猪γ-干扰素检测方法,研究机体的免疫状态及免疫机制提供了技术基础。     

刺激植物响应蛋白基因Epl1的载体构建及酵母转化

[目的]构建刺激植物响应蛋白Epll基因的真核表达载体,筛选多拷贝酵母转化子.[方法]以深绿木霉（Trichoderma atroviride）ACCC30153的cDNA为模板进行PCR获得Epl1基因片段,并将目的片段插入表达载体pPIC9K的相应位置,获得重组表达载体,并将pPIC9K-Epl1转入毕赤酵母（Pichia pastoris）GS115中,并用不同中终浓度的遗传霉素G418筛选多拷贝重组酵母菌株.[结果]对重组载体进行PCR及双酶切检测为阳性;在含有终浓度为2 mg/ml遗传霉素G418的YPD平板上筛选得到7株多拷贝的转化子GS115-Epl1,经PCR鉴定1株转化子呈阳性.[结论]Epl1基因的我体构建及多拷贝酵母转化子筛选为以后大量分离纯化Epl1蛋白并研究其功能奠定基础.     

应用GST pull-down技术筛选番茄SIVQ6互作蛋白

【目的】含有VQ基序（VQ）的蛋白质是植物特异性蛋白质,具有保守的“FxxhVQxhTG”氨基酸序列,调节植物生长和发育。番茄SlMPK1在高温胁迫过程中发挥重要作用,酵母双杂交（Y2H）显示SlVQ6蛋白能够与SlMPK1相互作用,通过GST pull-down技术进一步验证SlMPK1与SlVQ6的互作以及SlVQ6的互作网络,为研究SlVQ6介导的高温应答信号通路奠定基础。【方法】通过pGEX-4T-1-PC-VQ6质粒构建,以含有目的基因SIVQ6的菌液为模板,设计特异性引物,扩增目的基因序列,将获得的目的基因VQ6克隆到载体pGEX-4T-1的BamHⅠ和NotⅠ的酶切位点之间,将获得的重组质粒pGEX-4T-1-PC-VQ6转入TOP10克隆菌株经IPTG（异丙基硫代半乳糖苷）诱导表达,通过GST柱亲和纯化获得目标蛋白PC-VQ6,进而获得预期GST-SlVQ6融合蛋白,通过体外磷酸化进一步确定SlVQ6是否是SlMPK1的下游底物;以GST-SlVQ6为诱饵蛋白固定于GST Sepharose Beads上,与番茄叶片总蛋白孵育后洗脱,收集洗脱液进行SDS-PAGE凝胶电泳验证,通过LC-MS/MS检测SlVQ6可能互作的候选蛋白,并对筛选的SIVQ6互作蛋白通过GO、KEGG和蛋白互作网络进行生物信息学分析。【结果】成功构建pGEX-4T-1-PC-SlVQ6基因重组表达质粒,并获得带有GST标签的GST-SlVQ6融合蛋白,其分子量大小约为54 kD;将GST-SlVQ6和His-SlMPK1进行体外磷酸化试验,SlMPK1能够磷酸化SlVQ6,而作为阴性对照的GST与SlMPK1无相互作用,且SlVQ6不存在自磷酸化的现象,表明GST-SlVQ6和His-SlMPK1具有相互作用,且SlVQ6是SlMPK1的下游底物;以GST-SlVQ6融合蛋白为诱饵蛋白（空GST为阴性对照）,利用pull-down试验筛选番茄叶片组织蛋白中与SlVQ6蛋白结合的蛋白,经SDS-PAGE分离、液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）鉴定以及Mascot与蛋白数据库检索,共鉴定出37个与SlVQ6结合的蛋白,包括蛋白激酶Receptor for Activated C Kinase 1B（RACK1B）,通过GO、KEGG和蛋白互作网络的生物信息学分析,表明这些蛋白参与多种信号通路,其中8个核糖体蛋白可能与高温胁迫密切相关。【结论】SlVQ6是SlMPK1的底物蛋白,且37个蛋白可能与SlVQ6互作,这些蛋白与胁迫反应有着密切的联系,可能会在提高番茄植株高温耐受性等方面发挥重要作用。     

基于全基因组序列预测里氏木霉QM6a的分泌蛋白

里氏木霉(Trichoderma reesei)QM6a为重要的产纤维素酶工业生产菌株,为明确其内存在的分泌蛋白,对该菌分泌蛋白进行预测,并明确其特征。利用SignalP、ProtComp等5个软件对该菌中9 143条蛋白质序列进行分泌蛋白预测,并对上述分泌蛋白的氨基酸大小分布情况、信号肽长度及其切割位点等性质进行分析。里氏木霉中含有分泌蛋白356个,其氨基酸长度、信号肽长度与其他植物病原菌不同;信号肽切割位点属于A-X-A类型,与其他已经报道的植物病原真菌、细菌以及卵菌中分泌蛋白信号肽切割位点一致。通过上述生物信息学分析方法有效地实现了里氏木霉分泌蛋白的预测,也证明了分泌蛋白的信号肽切割位点具有物种保守性特点。     

枯草芽孢杆菌subtilis str.168双精氨酸途径分泌蛋白预测及功能分析

[目的]对枯草芽孢杆菌subtilis str.168双精氨酸转运途径(Tat)分泌蛋白进行预测和功能分析。[方法]从NCBI中选取枯草芽孢杆菌subtilis str.168基因组注释的蛋白质氨基酸序列,然后用Signal P 4.0、Lipo P、Tat P、TMHMM 2.0软件分析该基因组中双精氨酸途径的分泌蛋白,同时采用COG功能数据库对预测的分泌蛋白进行功能注释和聚类分析。[结果]通过分析发现108个有motif没有酶切位点的Tat信号肽蛋白、25个有酶切位点没有motif的Tat信号肽蛋白、124个既有酶切位点也有motif的Tat信号肽蛋白,其中105个蛋白归为Tat途径的分泌蛋白。[结论]对枯草芽孢杆菌Tat途径分泌蛋白的基因组预测和功能分析,将为分析该菌胞外蛋白的分泌机制打下基础。     

粘绿木霉Gv29-8的碳水化合物活性酶类蛋白预测及遗传关系分析

利用CAT(CAZymes analysis toolkit)在线分析程序对Trichoderma virens Gv29-8中碳水化合物活性酶类蛋白(carbohydrate-active enzymes,CAZymes)不同亚家族的分布情况进行分析,结果表明:粘绿木霉Gv29-8中含有185个CAZymes蛋白,分为主要类别和复合类别两种类型;其中,主要类别含有71个GH蛋白、54个CBM蛋白及12个AA蛋白、25个CE蛋白、3个PL蛋白、3个GT蛋白;复合类型含有17个蛋白。遗传关系分析表明,CAZymes分类应进一步细化到更小的类别。     

Extracellular proteome of Trichoderma harzianum to identify proteins with biotechnological value

Trichoderma harzianum strain T22 parasitizes and controls many phytopatogenic fungi and is applied commercially as biological control agent. The production of hydrolitic enzymes appears to be a key factor in the parasitic process. We tested the endo-esochitinolitic and glucanolitic activities of culture filtrates of T22 grown under carbon and nitrogen starvation or in presence of biomass or cell walls of the phytopathogenic fungi Botrytis cinerea, Rhizoctonia solani and Pythium ultimum. …