微卫星标记及其在动物遗传育种中的应用

微卫星技术是20世纪80年代末期发展起来的能有效区别不同物种、不同群体及不同基因型个体的分子标记,可作为第二代分子标记。微卫星标记广泛分布于各真核生物基因组中,且随机分布。微卫星DNA(Microsatellite)是一类以1~6 bp的核苷酸为基本单位,呈串联重复状散在分布于整个基因组的重复序列,具有数量多,分布广且均匀,多态性丰富和     

畜禽微卫星的特性

1微卫星及其研究简史微卫星（Microsatellitte）DNA（以下简称微卫星）是以1—6hP的核着酸序列（称为核心序列，COreSequence）为基本单位，呈串联重复状散在分布于整个基因组中的一种高度重复序列，又称简单串联重复（STR，SimpleTandenlRepeat）或简单序列重复（SSR，SimpleSequenceRepeat），它J一泛存在于真核生物及部分原核生物的基因组中，是多拷贝均匀分布的，就某一微卫星而言，其重复数是可变的，这构成了微卫星多态性的基础。有关微卫星的报道始见于1974年，Skinner等［”1在研究寄生蟹的卫星DNA时发现了一类简单串联重…     

7种家养动物全基因组微卫星分布的差异研究

为了研究7种家养动物全基因组微卫星的分布是否存在差异,本试验利用软件MSDB搜索了猪、马、牛、山羊、绵羊、鸡和犬7种家养动物全基因组微卫星序列,并对其进行了分析研究。初步结果显示,7种家养动物全基因组微卫星在数量、丰度和密度上都存在差异,其中数量、丰度和密度最高的是犬,共1 436 242个位点,数量最少的是鸡,共276 564个位点,但丰度和密度最低的是马,共430 760个位点。对这些微卫星的分析表明,所有物种全基因组中单碱基重复微卫星最丰富,六碱基重复微卫星数量最少,且6种重复类型的优势微卫星都富含碱基A和T。除这些共同点之外,微卫星的分布规律也存在差异。总的来说,牛、山羊、绵羊微卫星的分布规律最为相似,鸡与其他物种微卫星的分布规律相差最远。分析还发现,7种动物微卫星长度大多集中在12~20 bp之间,这可能是受到趋同选择压力的结果。据以上可以推测,物种间微卫星的分布存在差异,但也存在一定的保守性,且物种间亲缘关系越近,微卫星的分布也越相似。以上结果为以后微卫星的功能研究提供依据。     

微卫星分子标记的研究进展

微卫星是指以少数几个核苷酸(一般1～6个)为单位多次串联重复的DNA序列，是1974年Skinner在研究寄居蟹的卫星DNA时发现的。微卫星广泛均匀地分布在基因组上，其重复数和重复单位序列都是可变的，故多态信息含量大。但由于微卫星无位点特异性，无法确切定位。因此以微卫星核心序列为中心，两侧各加上1个侧翼序列，形成所谓的序列示踪微卫星位点(STMS)。由于侧翼序列在基因组中是单拷贝的，具有位点特异性，而微卫星本身又使STMS具有多态性，只需根据微卫星侧翼序列设计一对PCR引物，通过PCR反应从模板DNA中将该位点扩增出来，然后用聚丙烯酰胺凝胶电泳分离，溴乙锭或银染法显色进行研究。     

微卫星标记技术及其在家禽遗传育种中的应用

1 标记的技术原理 微卫星DNA分布在整个基因组不同位置上,由于重复次数或重复程度不完全,而形成每个座位的多态性。SSR所揭示的多态微卫星DNA标记一般不直接用作探针,由于每类微卫星两端的序列多是相对保守的单拷贝序列,因此可根据两端序列设计一对特异引物,通过聚合酶链式反应(PCR)扩增每个位点的微卫星序列,经聚丙烯酰胺凝胶电泳,检测其多态性。其多态信息含量高达0.7以上。     

猪全基因组中微卫星分布规律

利用生物信息学方法搜索猪全基因组中完整型微卫星序列,并对其基因组中微卫星数量、频率以及分布规律进行了研究。搜索到猪全基因组中1⁶个碱基重复类型微卫星位点数为1 149 884个,占其全基因组长度的比率为0.85%,出现频率为1/2.22 kb。猪第1条染色体(143 330个)中微卫星数量最多,其次是第2、6和13条染色体,而较少的是第12、18条染色体和Y染色体。猪性染色体X和Y序列长度差异极显著,X染色体序列长度是Y染色体的88.10倍,其微卫星数量也存在明显差异(58 437 vs 814)。通过检验表明,猪染色体长度与其所含微卫星数量具有高度正相关性(r=0.913,P<0.01)。猪全基因组中完整型微卫星各重复类型中,单碱基重复类型数量最多,占其微卫星总数量的比率为62.95%;其次依次是二碱基、四碱基、三碱基、五碱基、六碱基重复类型。猪全基因组中微卫星重复拷贝类别数量较多的是A、AC、AT、AAC、AAT、AAAT AAAC、AAAG、AAGG,而数量较少的是C、CG、AGC、AGT、ACT、AGCG、AGTC、ACTG和CCGG。     

微卫星标记BMS2508在4个山羊品种中的遗传多样性研究

微卫星DNA又称简单序列重复、短串联重复序列和简单序列长度多态性,广泛存在于真核生物基因组中.微卫星多态性是由于减数分裂过程中不等交换造成变异而产生的,具有保守性,其核心序列为2～6 bp,重复约10～20次,属于等显性遗传.自1989年在人类基因组研究发现微卫星多态性后,目前在马、牛、猪、绵羊和鸡等动物基因组中也筛选出了大量的微卫星标记,但山羊等动物中则相对较少.     

荧光标记通用引物在银狐微卫星基因分型中的应用

微卫星又称短串联重复序列(STR)或简单重复序列(SSR),由侧翼序列和串联重复核心序列组成,一般其串联重复核心序列长度为1～6 bp[1]。由于微卫星遗传标记具有多态信息含量高、基因组内分布广泛及呈共显性遗传等优点,因而已被广泛应用于遗传图谱的构建[2-3]、QTL定位[4]、亲缘关系鉴定[5]及遗传多样性评估等[6]。微卫星标记的基因分型主要     

蓝狐和貉WT1基因第8内含子(GAAA)n微卫星序列的克隆及分析

微卫星又称简单序列重复(SSR)或短串联重复(STR),其核心序列一般由1～6个核苷酸组成[1],例如(CA)n、(GAAA)n或(AG)n。由于微卫星序列广泛分布于真核生物的基因组中,且具有多态性高、呈共显性遗传等特点,因而自M.Litt等[2]首次报道微卫星基因分型以来,很快被广泛应用到遗传图谱构建、数量性状基因座(QTL)定位、遗传多样性分析、亲     

俄罗斯蜜蜂保种群的遗传标识码:基因组微卫星标记谱图

俄罗斯蜜蜂是欧洲人大约在十九世纪中期向俄罗斯符拉迪沃斯托克及其周边海冰边疆(即俄罗斯远东地区)移居时带入的西方蜜蜂;欧洲黑蜂在欧洲向东方向的地理分布极限地域是位于俄罗斯西部平原(欧洲部分)与东部高原、山地(亚洲部分)之间的乌拉尔山脉,即俄罗斯中部地区。为了初步揭示俄罗斯蜜蜂与欧洲黑蜂之间的遗传关系,本研究通过聚合酶链反应体外扩增基因组微卫星标记的方法,对俄罗斯远东地区采样点的俄罗斯蜜蜂(俄罗斯当地人称之为俄罗斯远东黑蜂)和俄罗斯中部地区采样点的欧洲黑蜂(俄罗斯当地人称之为俄罗斯中部蜜蜂)进行了比对分析。聚丙烯酰胺凝胶电泳的结果显示,绝大多数蜜蜂样本在11个基因组微卫星位点均出现等位序列条带,两种蜜蜂样本的等位序列条带数构成了各自特有的基因组微卫星DNA等位序列标记谱图。这提示,俄罗斯蜜蜂样本的基因组微卫星DNA等位序列标记谱图作为俄罗斯蜜蜂保种群的遗传标识码,很可能具有特异性(相对于欧洲黑蜂样本的基因组微卫星DNA等位序列标记谱图)。     

微卫星DNA标记技术在畜禽遗传多样性研究中的应用

20世纪70年代人们已经知道，微卫星位点是广泛分布于真核生物基因组中的一种特殊序列，但直到1982年Hamada等在研究中发现从酵母到脊椎动物中普遍存在着多拷贝的多聚(dT-dG)微卫星DNA，Tautz和Rentz证实了这一发现。尽管从发现到现在只有二三十年的时间，但由于微卫星具有种类多、多态性高、进化速度快以及呈孟德尔共显性遗传等优点，使其     

藏鸡基因组微卫星特征分析

藏鸡为我国高原特有地方品种,为了保护其地方品种资源,开发高原特色产业,本研究采用MISA软件检测藏鸡全基因组序列中存在的微卫星位点,并找出其SSR开始分析。研究结果发现:共找到411 761个微卫星序列,含微卫星的序列共14 295条,微卫星平均每隔2 607.56 kb出现一个序列,其中1 055种重复基元模式在藏鸡DNA序列中被找到,所占比例份额最高的是(TA)n(47.49%),10~15 bp的是微卫星序列长度所在的主要区域。因此,藏鸡微卫星标记的开发利用为藏鸡品种的分子鉴定打下基础,可以加快藏鸡杂交选育进程,以便获得较好的开发前景和产生巨大的经济效益。     

微卫星标记技术的研究进展及其在家兔研究中的应用

微卫星标记DNA是简单串联重复序列(simple sequence repeas,SSR),它的组成基元为1～6个核苷酸,例如(CA)n、(CGA)n、(GACG)n等.由于这些序列广泛存在于真核细胞的基因组中,且由于串联重复的数目是可变的而呈现高度的多态性,以及在单个微卫星点上可作共显性分析.近年来,微卫星序列作为比较理想的分子标记广泛应用于遗体图谱的构建、居群遗传学以及系统发育的研究.     

PCR法筛选大黄鱼微卫星DNA

构建大黄鱼部分基因组DNA文库。以M13通用引物和根据微卫星核心序列所设计的引物，用PER法直接对文库进行扩增，获得15个PER阳性克隆，对阳性克隆测序。测序结果说明，6个阳性克隆中含有微卫星核心序列，用Primer3引物设计软件对侧翼序列进行微卫星引物设计。用6对引物扩增大黄鱼基因组，PER结果经6％聚丙烯酰胺凝胶电泳分析，其中2对引物能得到稳定的扩增。     

微卫星DNA指纹技术在动物遗传育种中的应用

1　ＤＮＡ指纹技术的原理及微卫星的特性ＤＮＡ指纹技术是Ｊｅｆｆｅｒｅｙｓ[1] 等人 1985年在人类遗传研究中发展起来的一种遗传标记方法 ,此后在动物、植物、微生物中得到广泛的发展和应用。其主要原理是真核生物基因组中分布着许多具有串联重复序列的区域 ,在细胞有丝分裂或减数分裂过程中由于ＤＮＡ的不均等交换 ,使串联重复数目发生增加或减少 ,从而演化出高度重复区段长度的多态性。目前 ,被用作遗传标记的串联重复序列一种为小卫星序列 ,重复单位长度一般为 11～ 70ｂｐ ,另一种为微卫星序列 ,重复单位长度一般为 2～ 6ｂｐ。用小卫…     

微卫星标记与动物遗传育种

微卫星技术是20世纪80年代末期发展起来的一种能有效区别不同物种，不同群体及不同基因型个体的分子标记。微卫星标记广泛分布于各真核生物基因组中，且随机分布，本文就微卫星标记的结构特点及其在动物遗传育种中的应用作一综述。     

牦牛Y染色体基因组单纯型微卫星丰度分析

微卫星或简单序列重复（SSRs）广泛分布于真核生物基因组中,其在物种基因组结构组成和功能中发挥着重要作用。本研究以2021年报道的牦牛（Bos grunniens）Y染色体基因组序列为研究对象,利用生物信息学方法系统分析了其单纯型微卫星的丰度状况。结果表明,在牦牛Y染色体基因组（26.36 Mb）中共发现12 699个1～6个碱基重复的单纯型SSRs,总长为0.33 Mb,平均长度为25.68 bp,相对频率和相对密度分别为481.77 loci/Mb和12 371.73 bp/Mb,提示牦牛Y染色体基因组包含约1.25%的单纯型SSRs。6类单纯型SSRs在牦牛Y染色体上分布不均匀,其中二碱基重复的SSRs最为丰富,总数为5 835个（45.95%）,平均长度为27.82 bp,而单碱基和三、四、五、六碱基重复的SSRs所占比例分别为29.79%、9.66%、8.81%、5.57%和0.22%。不同类别的单纯型SSRs其不同重复单元的重复次数存在差异,其中以A、AC、AAC等为重复单元的单纯型SSRs在牦牛Y染色体上所含比例相对较高;各重复单元重复次数的范围分别集中在12～20次（单...     

牛亚科物种TRs分布特点及着丝粒区卫星DNA进化研究

旨在研究牛亚科物种间串联重复序列（tandem repeats sequence，TRs）的分布特点及着丝粒区卫星DNA的进化关系。本研究基于普通牛、瘤牛、牦牛、水牛、野牛、独龙牛6个牛亚科物种的基因组序列，研究了不同物种间TRs的组成、分布及结构特点，并分析了6个牛亚科物种染色体着丝粒区卫星DNA的进化关系。结果表明：1）TRs在牛亚科物种中平均占比为2.03%，平均长度54.93 Mb，其中普通牛的占比最高3.42%（93.00 Mb），瘤牛最低1.42%（37.88 Mb）。2）微卫星DNA在3类TRs中位点数最多，为483 405，占TRs总位点数85.64%，高于小卫星DNA（43 026，7.62%）和卫星DNA（38 180，6.75%）。3）通过对微卫星DNA丰度和平均长度分析发现，二碱基微卫星DNA在牛亚科物种中丰度最高，为70.93 loci/Mb，且以AC拷贝类别为主。4）通过构建着丝粒区1.715和1.723卫星DNA的系统发育树发现，1.715卫星DNA普遍存在于牛亚科物种的基因组中，而1.723卫星DNA在牦牛中不存在，两类卫星DNA在不同物种间或不同染色体上存在不同程度分化，具有较明显的种间特异性。TRs在牛亚科6个物种中平均占比为2.03%，微卫星DNA为TRs主要序列，且二碱基微卫星丰度最高，并以AC拷贝类别为主；1.715卫星DNA普遍存在于6个牛亚科物种的基因组中，但在物种间或染色体间存在不同程度分化。本研究结果为牛亚科物种间TRs分布特征及进化关系研究提供了重要理论依据。     

微卫星多态性与蜜蜂遗传育种

微卫星技术是20世纪80年代末期发展起来的一种能有效区别不同物种、不同群体及不同基因型个体的分子标记,广泛分布于各真核生物基因组中,且随机分布。就微卫星标记及其在蜜蜂遗传育种中的应用和展望作一概述。     

利用PCR技术筛选微卫星标记及其应用

微卫星DNA具有分布广泛、高度多肽性、保守性等特点,已广泛应用于遗传连锁图谱、种群进化、法医科学和人类疾病的鉴别诊断等领域,通过研究微卫星DNA突变机制,可以确定微卫星DNA在真核基因组的排列形态及其相应的生物学特性.其中,利用PCR技术快速筛选微卫星,可以提高微卫星突变分析和多肽性分析的灵敏度和准确性.