辣椒环斑病毒提纯及抗血清制备

为获得高效、灵敏的辣椒环斑病毒（Chilli ringspot virus,ChiRSV）多克隆抗体,通过差速离心、密度梯度离心等方法首次对辣椒环斑病毒进行了分离纯化,并将获得的高纯度病毒粒子用于免疫新西兰大白兔,制备了该病毒的多克隆抗血清。获得的抗血清经间接法酶联免疫吸附测定（ID-ELISA）,效价高达1 ∶ 125 000,且特异性高,与黄灯笼辣椒中另一种亲缘关系很近的同属病毒辣椒脉斑驳病毒（Chilli veinal mottle virus,ChiVMV）不发生血清交叉反应、可有效鉴别这2种Potyvirus病毒。获得的抗血清可用于ChiRSV的检测及后续实验,最适工作浓度在1 ∶ 5 000~1 ∶ 25 000之间。     

甜椒脉斑驳病毒（PVMV）在海南的发现与检测

2014年在海南辣椒病毒病调查过程中发现了一种疑似病毒感染的辣椒样品,主要表现为叶片黄化、绿斑驳、叶脆易折断,且在田间发生较多。利用马铃薯Y病毒属的简并引物对其叶片总RNA进行RT-PCR检测,并将约1 700 bp目的片段克隆到pMD18-T载体上进行测序和BLAST分析。结果表明：该条带序列（包含部分NIb和部分cp基因）与已收录的甜椒脉斑驳病毒（Pepper veinal mottle virus,PVMV）（GenBank登录号：FM202327）序列相似性最高,达99％。设计cp基因的特异引物,对上述样品进行cp基因扩增并构建以cp基因序列为基础的系统进化树,发现海南辣椒上的PVMV与台湾的PVMV分离物ns1株同源性最高。田间检测结果表明：海南黄灯笼辣椒上PVMV的检出率高达74.07％,说明PVMV可能成为海南辣椒生产上的潜在威胁。     

台湾甜椒种子中辣椒轻斑驳病毒检测及其致病型鉴定

利用双抗体夹心酶联免疫吸附法(DAS-ELISA)、反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)和基因序列分析法对一批台湾进境的辣椒种子进行病毒检测及致病型鉴定,同时使用特征序列扩增区域(SCAR)标记引物利用PCR方法对该辣椒品种进行L抗性基因检测。DAS-ELISA及RT-PCR结果表明,从该批种子中检测到辣椒轻斑驳病毒(Peppe rmild mottle virus,PM MoV)。PCR产物测序分析表明,该序列为PM MoV的外壳蛋白(CP)基因,与已报道的PM MoV序列同源性为92.4%～99.8%。CP蛋白氨基酸序列分析表明,该分离物(命名为TW分离物)属于PM MoV的P1,2,3致病型。抗性基因检测表明,该辣椒品种携带有L3抗性基因。TW分离物能够系统侵染该辣椒品种,意味着该分离物已经克服L3基因介导的抗性。本研究报道的PM MoV的P1,2,3致病型在中国大陆尚属首次,这对于抗病辣椒品种的选育具有重要的指导意义。     

海南岛长蒴母草和金腰箭上存在粉虱传双生病毒的侵染

从海南儋州的长蒴母草（Lindernia anagallis）上采集了呈现叶脉黄化、叶背叶脉突起的3个病样,从金腰箭（Synedrella nodiflora）上采集到叶片不均匀褪绿、叶背叶脉突起的3个病样.利用根据粉虱传双生病毒基因组DNA基因间隔区及外壳蛋白基因保守序列设计的简并引物,对这6个样品进行了PCR检测,结果发现所有样品均能扩增到预期大小的DNA片段.PCR产物经克隆后进行序列测定,BLAST结果表明,该序列为双生病毒基因组DNA序列,该2种杂草上均存在双生病毒的侵染.     

海南黄灯笼辣椒顶死病病原病毒的分离鉴定

从海南省黄灯笼辣椒顶死病株上分离纯化得到一个病毒分离物.研究结果表明,该病毒分离物能通过汁液磨擦接种侵染供试植物中的4科11种植物,可由桃蚜传播;提纯病毒粒子呈球形,直径28～30 nm,外壳蛋白分子量约为28 ku;分离物与CMV抗血清在ELISA测定中呈阳性反应;提取病毒分离物RNA,应用RT-PCR方法克隆了病毒外壳蛋白（CP）基因.CP基因675 bp,编码218个氨基酸.对CP基因序列分析表明,该病毒分离物的CP基因核苷酸序列与黄瓜花叶病毒亚组Ⅰ分离物的同源性均在92.1%以上,所推导的氨基酸序列同源性在96.3%以上,而与亚组Ⅱ分离物的核苷酸序列同源性均低于77.3%,所推导的氨基酸序列同源性均低于80.7%.据此将该病毒分离物鉴定为黄瓜花叶病毒,归属于亚组Ⅰ.     

我国植烟土壤中TMV的污染与检测分析

比较分析了病毒生物学测定、DAS-ELISA、胶体金试纸条检测和RT-PCR等4种方法检测TMV的灵敏度及特异性,发现病毒生物学测定比其它3种方法具有更高的灵敏性,但耗时较长,胶体金试纸条检测耗时最短,但其灵敏性显著低于RT-PCR,ELISA操作时间长且灵敏度低。因此,确定了RT-PCR作为植烟土壤中TMV检测的主要方法。对我国主要植烟区土壤TMV的污染状况进行了分析。检测结果表明,我国植烟区土壤TMV污染严重,TMV检出率达55.6%,以旱地植烟土壤TMV污染最为严重。     

南方番茄病毒在海南省的发生分布及全基因组序列分析

病毒病是海南番茄生产中危害最严重的病害之一,在利用小RNA深度测序技术鉴定海南番茄病毒病病原时发现,南方番茄病毒（Southern tomato virus, STV）在海南省多个市（县）的样品中存在,而且发现1株STV单独侵染的样品。为了解STV在海南省的发生分布情况,利用RT-PCR技术,对2015—2021年采自海南省的987份疑似病毒侵染的番茄叶片样品进行检测,结果表明：在9个市（县）的142份样品中检测到STV,早在2015年STV就已经在海南番茄上存在,检出率从2015年（8.82%）到2021年（22.45%）呈逐年上升趋势。同时结合RACE和RT-PCR技术扩增到4个STV海南分离物的全长基因组,长度均为3446 nt,包含2个部分重叠的ORFs,ORF1(147～1280 nt)和ORF2(1048～3336 nt)分别编码p42蛋白（377 aa）和RdRp蛋白（762 aa）,5′UTR和3′UTR的长度分别为146 nt和110 nt。序列一致性分析表明,4个STV海南分离物间基因组序列一致性为99.86%～100.00%,与目前GenBank公布的所有STV分...     

建兰花叶病毒RT-LAMP检测方法的建立

建兰花叶病毒（Cymbidium mosaic virus,CyMV）是侵染兰花的主要病毒,严重影响其观赏价值,建立快速、灵敏的检测方法显得尤为重要。根据CyMV的外壳蛋白基因序列设计4对特异性引物,经过优化反应条件,建立该病毒的RT-LAMP 检测方法,并进行LAMP检测的特异性、敏感性检测。该方法能特异扩增CyMV,与其他4种病毒（齿兰环斑病毒、菜豆黄花叶病毒、黄瓜花叶病毒和小苍兰花叶病毒）不发生反应;灵敏度为RT-PCR的10倍。田间检测20份样品中,RT-LAMP和RT-PCR检测结果一致,检出率为60%。在产物中加入荧光染料SYBR GreenⅠ,直接用肉眼观察就可判断样品是否感染CyMV,可省去电泳分析的时间。针对CyMV建立的RT-LAMP方法具有特异性强、灵敏度高、操作简单、快速等特点,适用于在进境检疫及种苗繁育过程中的检测鉴定。     

应用三重RT-PCR技术检测三种马铃薯病毒

马铃薯X病毒(PVX)、马铃薯M病毒(PVM)和马铃薯A病毒(PVA)是导致马铃薯种薯退化的重要病毒,有时复合侵染,因此建立快速、准确检测体系尤为重要。试验从中、英文文献中查找引物,通过筛选和综合评价,每种病毒确定1对特异性引物,再通过对PCR部分Mg2+、d NTPs、Taq DNA聚合酶浓度梯度优化,最终建立了稳定的三重RT-PCR反应体系,得到长度分别为711、520、273 bp的特异性条带。应用该体系和DAS-ELISA方法同时对田间150份马铃薯毒源样品进行检测,两种方法检测结果吻合,三重RT-PCR体系的灵敏度更高、特异性更强,可以用于马铃薯田间样品检测。     

辣椒疫霉作用下叶绿素a/b结合蛋白的表达

从基于cDNA-AFLP分析的辣椒应答疫霉侵染的表达谱中找到1个特异表达基因的序列;利用这个序列设计引物,采用基于PCR技术的96孔文库筛选方法,从疫霉处理的辣椒cDNA文库中筛选出这个应答辣椒疫霉侵染的候选基因的全长cDNA;经生物信息学分析,推测这个长度为1022 bp的候选基因为辣椒叶绿素a/b结合蛋白（chlorophyll a/b binding protein,cab）基因;并利用荧光定量PCR法检测cab在疫霉侵染下的表达情况。     

槟榔隐症病毒1型TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的建立

为了建立一种快速、精准且能定量分析槟榔隐症病毒1型（Areca palm velarivirus 1, APV1）的检测方法。本研究参照GenBank中已登录的APV1全基因组序列,在p21蛋白基因保守区域和p60蛋白基因保守区域之间设计1对特异性RT-PCR引物,并构建阳性重组质粒;在p60蛋白基因保守区域部分设计荧光定量PCR特异性引物和TaqMan-MGB探针,利用阳性重组质粒,构建标准曲线,并对该检测方法的敏感性、特异性、稳定性及其应用效果进行验证。结果显示：该方法对阳性质粒标准品检测的敏感性达3.0×10¹ copies/μL级别,是常规RT-PCR敏感性的100倍;标准曲线显示,C_t值与拷贝数的对数呈线性关系,其标准曲线方程为y=-3.2748x+42.957,扩增效率为102%,相关系数R²为0.9992;该方法对APV1的检测具有较好的特异性,其他槟榔病原物及内生菌不会对本方法产生非特异性干扰;批内与批间重复性试验结果显示,该方法对APV1的检测具有较好的重复性和稳定性;利用该方法对海南万宁、琼海、定安、文昌等4个市（县）采集的181份疑似样品进行检测,阳性率分别为91.95%、86.95%、89.65%、73.68%,其阳性的病毒拷贝数最高达1.59×10⁷copies/μL,表明海南部分地区APV1病毒载量较高、流行情况比较严重。     

双重RT-PCR方法检测花生条纹病毒和黄瓜花叶病毒

为了建立花生条纹病毒(PStV)和黄瓜花叶病毒(CMV)的双重RT-PCR检测方法,根据Gen-Bank中登陆的PStV和CMV的核苷酸保守序列分别设计特异性引物,以感病叶片总RNA反转录物为模板,建立了双重RT-PCR反应体系,并对双重RT-PCR的特异性和灵敏性进行了验证。结果表明:此方法能够特异地从感染PStV和CMV的样品中扩增出PStV(300bp)和CMV(1054bp)2个条带,与实验设计相符;扩增产物测序结果表明,PStV扩增产物与GenBank中其它株系或分离物的核苷酸序列同源性为93%～99%,CMV扩增产物与GenBank中其它株系或分离物的核苷酸序列同源性为90%～99%,证明了检测结果的准确性;该方法特异性良好,灵敏性与单一扩增相同,能够特异、灵敏、准确地检测花生CMV和PStV。     

马铃薯Y病毒一步RT-PCR检测试剂盒的研制

马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)对马铃薯的危害最大,可导致马铃薯退化,降低马铃薯产量。解决这一问题的重要途径就是培养脱毒种薯,但是否完全脱毒需要经过检测才能证实。本研究依据PVY CP基因序列设计合成了一对引物PY1、PY2,以带毒样品植物总RNA为模板,在同一个反应中同时加入反转录和PCR反应所需试剂,反应程序中包括反转录和PCR反应所需条件,进行反应扩增,带毒样品扩增得到340 bp的目的条带,而健康对照无此目的条带,从而建立了PVY的一步RT-PCR检测技术,并组装成试剂盒。该试剂盒具有良好的稳定性和特异性,灵敏度可以检测到带毒植物组织下限的6.25μg,高于ELISA(100μg)和NASH(15μg)的灵敏度,虽然和常规方法的灵敏度相同,但更为快速、简便、易于操作,适合脱毒苗和脱毒种薯生产单位做大量样品的检测。     

海南50个甘蔗品种黄叶病毒的分子鉴定

为明确国家甘蔗体系集成示范及区试甘蔗品种在海南省被甘蔗黄叶病毒(SCYLV)侵染情况及病毒基因型类型,从集成示范及区试的50个甘蔗品种上采集带有显著病症或不显病症样品50份,采用特异引物通过RT-PCR方法进行甘蔗黄叶病毒检测和病毒基因型鉴定。结果表明:50个甘蔗品种中有31个被检测到SCYLV,检出率为62%;病毒基因型有古巴(CUP)基因型、巴西-秘鲁(BAR-PER)基因型和留尼汪岛(REU)基因型3种,主要以CUP基因型为主,占58.06%,其次是BAR-PER基因型,占51.61%,REU基因型最少,占29.03%;未发现CHN1、CHN2、CHN3基因型。另外,不同基因型混合侵染现象普遍存在,总混合侵染率达32.26%。可见,海南国家甘蔗体系集成示范及区试甘蔗品种严重感染甘蔗黄叶病毒(SCYLV),且存在不同基因型混合侵染,建议推广种植脱毒种苗来控制甘蔗黄叶病的发生。本研究为在海南蔗区推广和种植甘蔗脱毒种苗及抗病育种提供了理论支持。      

应用RT-PCR检测水仙潜隐病毒

根据已报道的水仙潜隐病毒(Narcissus latent virus,NLV)外壳蛋白(Coat protein,CP)基因序列,设计一对特异性引物,以提取的水仙样品总RNA为模板进行RT-PCR,并进行特异性和灵敏度测定。结果表明,此法能够从携带NLV的水仙样品中成功扩增出大小约829 bp的特异性目的片段,具有良好的特异性和较高的灵敏度,可有效地应用于水仙样品中NLV的检测。     

海南蔗区甘蔗黄叶病与花叶病发生情况的分子鉴定

于2010年甘蔗生长季节,对海南甘蔗产区8个县(市)24个乡镇进行甘蔗病毒病的调查和检测,初步明确海南蔗区甘蔗病毒病种类主要有2种,即由甘蔗黄叶病毒(Sugarcane yellow leaf virus,ScYLV)引起的甘蔗黄叶病和由高粱花叶病毒(Sorghum mosaic virus,SrMV)引起的甘蔗花叶病。其中甘蔗黄叶病最为普遍,检出率达到75%,可能是影响海南蔗区甘蔗产量的重要因素之一,而由高粱花叶病毒引起的甘蔗花叶病次之。同时针对甘蔗病毒病提出推广甘蔗脱毒健康种苗是其防治的主要措施,对指导海南蔗区乃至全国甘蔗生产具有重要的意义。     

番茄斑驳花叶病毒海南分离物全基因组序列分析

本研究采用小RNA深度测序及RT-PCR检测技术鉴定海南省陵水县冬种番茄(圣女果)病株受到烟草花叶病毒属的番茄斑驳花叶病毒(Tomato mottle mosaic virus,ToMMV)侵染。通过机械摩擦接种,将该病原病毒保存于本生烟植株上,命名为番茄斑驳花叶病毒海南分离物(ToMMV-HN)。采用RT-PCR分段扩增获得了该病毒分离物的全基因组序列。测序结果表明,该病毒分离物基因组全长6399 nt,含有4个开放阅读框,编码4种蛋白,与已报道的ToMMV9个分离物核苷酸和编码产物氨基酸序列相似性分别为98.0%～100%和99.2%～100%;与同属的番茄花叶病毒(Tomato mosaic virus,ToMV)、番茄棕色皱果病毒(Tomato brown rugose fruit virus,TBRFV)和烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV)代表分离物核苷酸序列相似性分别为84.7%、80.7%和79.0%。系统进化分析结果表明,ToMMV-HN与该病毒中国西藏和云南辣椒分离物亲缘关系最近,与美国加州和南卡州番茄分离物次之,与西班牙和巴西番茄分离物亲缘关系相对较远。本研究为我国番茄病毒病诊断和防控,尤其是抗病品种选育提供了基础资料。     

应用RT-PCR技术检测马铃薯A病毒

参考GenBank中马铃薯A病毒(potato virus A,PVA)的保守序列,利用Primer6.0引物设计软件设计并合成了一对特异性引物PVAF、PVAR,以此引物利用RT-PCR方法对PVA保守序列基因进行了特异性扩增。结果表明:引物PVAF、PVAR能从已知的感染PVA病毒的植株中扩增出834bp的cDNA特异性片段;该RT-PCR的检测灵敏度为1pg的病毒核酸,特异性强,重复性好,可用于PVA病毒的快速检测。