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1.
试验旨在探究GnRHRINHA基因遗传变异及其互作效应对绵羊产羔数的影响。参考GenBank发布的绵羊GnRHR基因(登录号:AH004943)和牛INHA基因(登录号:U16237)的DNA序列设计引物,采用PCR-SSCP技术检测GnRHRINHA基因在乌湖羊、湖羊、乌骨绵羊中的遗传多态性,分析多态位点与产羔数的相关性,以及GnRHRINHA基因间互作效应。结果显示,乌湖羊和湖羊群体GnRHRINHA基因均存在多态位点,分别检测到GG、GC、CC和AA、AB、BB基因型,乌骨绵羊因样本较少,未发现多态位点。测序发现,GnRHR基因编码区198 bp处发生G→C突变,导致甘氨酸变为精氨酸,为错义突变;INHA基因877 bp处发生T→C突变,为同义突变(仍为天冬氨酸)。遗传学分析显示,GG和AA为优势基因型,G和A为优势等位基因;χ2适合性检验显示,试验羊群体GnRHR和INHA基因型分布处于Hardy-Weinberg平衡(P>0.05);分析GnRHRINHA基因互作效应发现,基因互作效应在乌湖羊和湖羊群体差异显著(P<0.05),ABCC互作基因型互作效应最大,AAGG互作基因型互作效应最小。乌湖羊ABCC互作基因型的平均产羔数比AAGG互作基因型多1.68只,湖羊ABCC互作基因型产羔数比AAGG互作基因型多1.32只,ABCC互作基因型比AB和CC基因型的产羔数都高,表明互作效应与羊产羔数呈正相关。本研究认为,INHA基因T877C位点与GnRHR基因G198C位点互作基因型与绵羊产羔数紧密关联,对试验羊群体产羔数影响显著。  相似文献   

2.
绵羊GTF2A1基因多态性及其与产羔数的关联分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
本研究旨在探究绵羊GTF2A1基因g.89505005G>A位点多态性与产羔数之间的关系,以期寻找与绵羊产羔数有关的分子标记。基于前期利用全基因组选择信号分析获得的候选基因GTF2A1,采用Sequenom MassARRAY~?SNP技术对多羔和单羔的绵羊群体及产羔数存在差异的小尾寒羊群体进行g.89505005G>A位点多态性检测,并与产羔数进行关联分析。结果表明:GTF2A1基因g.89505005G>A位点存在3种基因型:AA、AG和GG,且基因型频率和等位基因频率在单、多羔品种间差异均达到显著水平;该位点在小尾寒羊、滩羊、苏尼特羊、萨福克羊、杜泊羊以及草原藏羊6个品种中均处于哈代温伯格平衡状态;关联分析表明:g.89505005G>A位点多态性与小尾寒羊第1、第2以及第3胎产羔数均存在显著关联,AA型各胎产羔数均高于GG型(P<0.05)。综上,A等位基因可能是提高绵羊产羔数的一个潜在有效的DNA标记。  相似文献   

3.
为探究TBC1蛋白家族第7成员(TBC1 domain family member 7,TBC1D7)基因单核苷酸多态性(SNP)对关岭牛生长性状的影响,试验选取116头贵州关岭牛,测定其8项生长性状指标,提取血液基因组DNA,并利用DNA混池扩增TBC1D7基因全部外显子,通过直接测序法筛查SNP。利用不同独立样本DNA扩增SNP位点对应外显子并测序,以验证位点并进行基因分型。利用SPSS 19.0软件单因素方差分析TBC1D7基因不同基因型和关岭牛生长性状之间的相关性。结果显示,在TBC1D7基因第5、6和8外显子上共发现5个SNPs位点:g.12972 T>C、g.12984 A>G、g.20538 C>T、g.20577 T>C和g.24807 G>A,均存在3种基因型;χ2检验结果显示,5个SNPs位点均显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05);群体遗传参数分析发现,5个SNPs位点杂合度较高,多态信息含量均表现为中度多态(0.25<PIC<0.5)。关联性分析结果发现,关岭牛TBC1D7基因g.24807 G>A位点GA基因型个体体斜长、胸围和后臀围均显著高于AA基因型个体(P<0.05)。在本试验群体中,5个SNPs存在6种单倍型(H1~H6)和9种双倍型(H1H1、H2H2、H2H3、H2H6、H3H3、H3H4、H3H5、H3H6和H5H5),其中H3和H2为优势单倍型,H3H3、H2H2和H2H3为优势双倍型;双倍型关联分析结果显示,H3H6和H5H5个体体斜长和后臀围相比其他双倍型个体占有明显优势,可能是有利基因型。结果表明,TBC1D7基因g.24807 G>A位点为影响关岭牛生长发育的重要多态位点,本研究为筛选有助于关岭牛生长发育的分子标记提供了理论参考。  相似文献   

4.
为探究延边黄牛脂蛋白脂肪酶(lipoprteinlipase,LPL)基因遗传多态性及其对肉质性状的影响,本试验以80头健康的30月龄延边黄牛背最长肌作为试验材料,运用PCR直接测序法和高分辨率熔解曲线技术(HRM)对LPL基因的SNP位点进行检测,分析了试验群体的遗传效应,并与延边黄牛的肉质性状数据进行关联分析。PCR直接测序结果表明,延边黄牛LPL基因存在2个多态性位点(g.6215 A>G和g.18341 C>T),其中g.6215 A>G位点表现为2种基因型:AA与AG,优势等位基因为A;g.18341 C>T位点表现为2种基因型:CC和CT,C为优势等位基因;对文献中2个位点的检测结果表明,g.355427 T>A位点表现为2种基因型:AA与AT,A为优势等位基因;c.322 G>A位点的HRM分型结果显示并未分型。这些多态性位点全部呈中度多态(0.25<PIC<0.5),并处于Hardy-Weinberg平衡状态。HRM分型结果显示,这3个SNPs位点与延边黄牛肉质性状存在显著相关:g.6215 A>G位点与延边黄牛胴体重及脂肪、蛋白、水分含量有显著关联,表现为AG基因型个体胴体重、脂肪含量显著高于AA基因型个体(P<0.05),AA基因型个体蛋白及水分含量显著高于AG基因型个体(P<0.05);g.18341 C>T位点与延边黄牛宰前活重、胴体重及背膘厚有显著关联,表现为CT基因型个体这些性状均显著高于CC基因型个体(P<0.05);g.355427 T>A位点AT基因型个体宰前活重、背膘厚和脂肪含量均高于AA基因型个体(P<0.05)。综上,LPL基因g.6215 A>G、g.18341 C>T和g.355427 T>A位点对延边黄牛的肉质有显著影响,LPL基因可以作为延边黄牛品种选育改良工作的优势候选基因和有效分子标记。  相似文献   

5.
试验旨在探讨PRKAA2基因在摩拉水牛群体中的遗传多态性及其与生长性状的关联性,进而得到显著相关的遗传标记,为摩拉水牛的分子标记辅助选择提供理论依据。利用DNA测序法等技术进行候选基因PRKAA2外显子4及部分内含子3单核苷酸多态性(SNPs)检测,并采用生物信息学方法结合统计软件分析PRKAA2基因与摩拉水牛生长性状的关联性。结果显示,摩拉水牛PRKAA2基因中共检测到4个SNPs位点:c.462 G>A、IVS3.557 T>C、IVS3.560 C>T和IVS3.565 G>A,均包含3种基因型,且符合Hardy-Weinberg平衡。4个SNPs位点在水牛群体中均为中度多态,可以构建3种单倍型,T-C-G-G为优势单倍型,其中IVS3.560 C>T与c.462 G>A位点之间存在完全连锁不平衡,关联分析结果显示,单倍型H2与摩拉水牛体斜长和腰角宽呈显著相关(P<0.05)。c.462 G>A位点与摩拉水牛体高、十字部高、尻长、坐骨端宽和腰角宽呈显著相关,其中GG和AA基因型个体的体高和十字部高均显著高于GA基因型个体,GG基因型个体的尻长显著高于GA和AA基因型个体,AA基因型个体的坐骨端宽和腰角宽显著高于GA基因型个体(P<0.05);IVS3.557 T>C位点与摩拉水牛的生长性状指标未达到显著相关(P>0.05);IVS3.560 C>T位点与摩拉水牛体高、十字部高和尻长呈显著相关,其中CC和TT基因型个体的体高和十字部高均显著高于CT基因型个体,CC基因型个体的尻长显著高于CT基因型个体(P<0.05);IVS3.565 G>A位点与体斜长呈显著相关,其中GG和GA基因型个体的体斜长显著高于AA基因型个体(P<0.05)。综上,PRKAA2基因的c.462 G>A、IVS3.560 C>T和IVS3.565 G>A位点对摩拉水牛部分生长性状均有显著影响,可作为摩拉水牛品种早期选育的候选基因和分子辅助标记。  相似文献   

6.
【目的】 试验旨在研究多形性腺瘤基因1(plemorphic adenoma gene 1,PLAG1)基因序列特征、多态性以及对山羊出生体重、体尺的影响。【方法】 以波尔山羊为研究对象,克隆PLAG1基因序列并测序,采用实时荧光定量PCR鉴定其在不同年龄和体重波尔山羊组织中的表达模式,采用Western blotting方法检测PLAG1在不同体重羔羊腿肌中的表达水平,进一步筛选PLAG1基因CDS和3'-UTR区SNP,并分析各位点不同基因型与波尔山羊出生体重、体尺的相关性。【结果】 波尔山羊PLAG1基因CDS全长1 500 bp,编码499个氨基酸,PLAG1蛋白相对保守。组织表达谱显示,PLAG1基因在出生体重较大的羔羊心脏、小肠和腿肌中表达水平显著或极显著高于出生体重较小的羔羊,在胎羊各组织中mRNA表达水平均显著或极显著高于成年母羊(P<0.05;P<0.01);PLAG1蛋白在出生体重较大的羔羊腿肌中表达量极显著高于出生体重较小的羔羊(P<0.01)。在波尔山羊PLAG1基因3'-UTR区共筛选到6个SNPs位点,分别为:2664 A>G、2712 A>G、2721 T>C、2879 T>A、2990 A>T和3270 A>G。关联分析发现,2664 A>G位点AG基因型个体出生管围显著大于GG基因型(P<0.05);2721 T>C位点TT基因型个体出生体长显著大于TC基因型(P<0.05);2879 T>A位点TA基因型个体出生管围显著大于AA基因型(P<0.05);2990 A>T位点AA基因型个体出生体重显著高于AT基因型(P<0.05);3270 A>G位点GG基因型个体出生体长显著大于AA基因型,AG基因型个体出生胸围显著大于AA基因型(P<0.05)。【结论】 PLAG1基因在波尔山羊胎羊各组织中表达水平均高于成年母羊,发育早期的表达水平与出生羔羊体重相关。PLAG1基因可作为分子标记用于波尔山羊早期生长选育。  相似文献   

7.
试验旨在研究延黄牛富含AT相互作用功能域5B(AT-rich interactive domain 5B,ARID5B)基因多态性及其与体尺和肉质性状的相关性。选取18月龄的99头延黄牛母牛为研究对象,利用PCR测序查找ARID5B基因13个外显子的SNP位点,通过HRM分型的方法分析SNP位点的多态性,使用SPSS 19.0软件分析该基因多态性与延黄牛体尺和肉质性状的关联性。结果表明,延黄牛ARID5B基因外显子10 Chr28:18186635 bp处存在A/G突变,有3种基因型:AA、AG和GG,其中AA基因型为优势等位基因型,A为优势等位基因;经卡方适合性检验,该SNP位点在延黄牛群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),但A/G突变位点的杂合度相对较低,在延黄牛群体中的变异较小,属于中度多态(0.25 < PIC < 0.5)。关联分析结果表明,ARID5B基因外显子10 GG基因型与延黄牛体尺性状中的体高、胸围和腹围以及肉质性状中的肌内脂肪含量存在显著差异(P<0.05)。本试验揭示了ARID5B基因与牛肉用性状的相关性,为探讨其作为有效遗传标记的可行性提供了参考,为延黄牛分子育种提供试验依据。  相似文献   

8.
【目的】 探究磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸3-激酶催化亚单位β(PIK3CB)基因多态性及其与中国荷斯坦牛繁殖和产奶性状的关系。【方法】 通过混池测序对中国荷斯坦牛PIK3CB基因进行单核苷酸多态性(SNP)位点筛选,采用竞争性等位基因特异性PCR (KASP)技术在1 160头健康泌乳中国荷斯坦牛中进行SNP分型并进行群体遗传学分析,采用线性模型进行SNP与11个繁殖和产奶性状基于单位点和单倍型组合的关联分析。【结果】 在PIK3CB基因中共检测到了17个SNPs,筛选出7个SNPs用于后续分析。关联分析发现,7个SNPs与多个目标性状存在显著或极显著的关联(P<0.05;P<0.01);位于外显子区域的g.130433743 A>G位点AA基因型个体和位于可变剪接区域的g.130448069 G>A位点GG基因型个体,其经产牛首末次配种间隔、产奶量、乳蛋白量和乳脂量最低,体细胞评分最高,上述基因型个体具有较短的首末次配种间隔,而产奶性能相对较差;g.130387717 G>A位点AA基因型个体,其初配日龄和青年牛首末次配种间隔最低,产奶量、乳蛋白量和乳脂量最高,该基因型个体的繁殖和产奶性能均较好,上述3个SNPs位点可作为中国荷斯坦牛繁殖和产奶性状的候选位点重点关注。单倍型分析发现,PIK3CB基因的g.130387717 G>A、g.130430832 A>-、g.130433743 A>G、g.130433982 C>T、g.130446073 C>T和g.130448069 G>A 6个SNPs紧密连锁形成一个单倍型块,且与多个目标性状存在显著或极显著关联(P<0.05;P<0.01),其中H2H3和H2H4单倍型组合个体的繁殖和产奶性能较好,为优势单倍型组合。【结论】 中国荷斯坦牛PIK3CB基因存在丰富的遗传变异,其多态性与繁殖和产奶性状存在关联,g.130433743 A>G、g.130448069 G>A和g.130387717 G>A位点可作为潜在分子标记,为中国荷斯坦牛的平衡育种提供理论依据。  相似文献   

9.
试验旨在探究甘油二酯酰基转移酶(diacylglycerol acyltransferase 1,DGAT1)基因g.13504098 C>T位点、核受体辅抑制子1(nuclear receptor subfamily 6 group A member 1,NR6A1)基因g.11204707 A>C位点和α-甘露糖苷酶(alpha-mannosidase,MAN1A1)基因g.18795097 C>T位点的多态性与乌珠穆沁羊生长性状之间的关系,为高产乌珠穆沁羊分子选育提供新的遗传标记。运用Sequenom MassARRAY®SNP技术对乌珠穆沁羊DGAT1、NR6A1和MAN1A1基因的3个多态位点g.13504098 C>T、g.11204707 A>C和g.18795097 C>T进行检测,同时利用线性混合模型分析基因型与其4、6月龄生长性状的关联性。结果显示,在这3个位点中均检测到3种基因型,具体为:g.13504098 C>T位点的基因型为:CC、CT和TT,优势基因型为CC (0.49),优势等位基因为C (0.70);g.11204707 A>C位点的基因型为:AA、CA和CC,优势基因型为AA (0.54),优势等位基因为A (0.73);g.18795097 C>T位点的基因型为:CC、TC和TT,优势基因型为TC (0.51),优势等位基因为C (0.55)。卡方检验显示,g.13504098 C>T、g.11204707 A>C和g.18795097 C>T位点在乌珠穆沁羊群体中均处于哈代-温伯格(Hardy-Weinberg)平衡状态(P>0.05)。群体遗传学分析表明,这3个位点在乌珠穆沁羊种群中属于中度多态性(0.25<PIC<0.50)。关联分析结果显示,g.13504098 C>T位点与乌珠穆沁羊4、6月龄的体重、体高、胸围、管围及6月龄的胸宽均呈极显著相关(P<0.01);g.11204707 A>C位点与乌珠穆沁羊4、6月龄的体高、体斜长及4月龄的体重、6月龄的胸围均呈极显著相关(P<0.01),与6月龄的体重、管围均呈显著相关(P<0.05);g.18795097 C>T位点与乌珠穆沁羊4月龄的体高、6月龄的胸围均呈极显著相关(P<0.01),与4月龄的体重、胸围以及6月龄的胸宽均呈显著相关(P<0.05)。综上所述,DGAT1基因g.13504098 C>T、NR6A1基因g.11204707 A>C和MAN1A1基因g.18795097 C>T位点多态性与乌珠穆沁羊群体部分生长性状具有显著的关联性,可以作为乌珠穆沁羊遗传选育的候选分子标记。  相似文献   

10.
为寻找伊犁马肉质性能的分子标记,试验以38匹伊犁马为材料,测定肉质性状(失水率、熟肉率、剪切力)和肌纤维性状(肌纤维横截面积、肌纤维直径、肌纤维密度),利用PCR直接测序法检测肌细胞生成素(meyogenin,MyoG)基因外显子1在伊犁马群体中的多态性,并对MyoG基因SNPs不同基因型与肉质、肌纤维性状进行关联分析。结果表明,MyoG基因外显子1检测出5个突变位点,分别为SNP1(g.31187343 A>C)、SNP2(g.31187333 G>A)、SNP3(g.31187132 C>T)、SNP4(g.31187105 C>G)和SNP5(g.31187099 C>T),其中SNP1为错义突变,碱基A突变为C使得氨基酸由苏氨酸突变为脯氨酸,其他位点均为无义突变。SNP3和SNP4为中度多态位点,SNP1和SNP2为低度多态位点,这4个位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。MyoG基因外显子1中SNP1和SNP4不同基因型个体失水率、熟肉率、肌纤维横截面积、肌纤维直径、肌纤维密度差异显著(P<0.05);SNP3不同基因型个体熟肉率、肌纤维横截面积、肌纤维密度差异显著(P<0.05);SNP2不同基因型个体各指标差异均不显著(P>0.05)。综上,伊犁马MyoG基因外显子1检测到5个多态位点,其中SNP1(g.31187343 A>C)、SNP3(g.31187132 C>T)和SNP4(g.31187105 C>G)位点不同基因型对肉质及肌纤维性状有显著影响,这些位点可作为伊犁马肉质性能潜在分子标记。  相似文献   

11.
【目的】试验旨在分析山羊Z-DNA结合蛋白(Z-DNA binding protein 1,ZBP1)基因3′-端非翻译区(3′-UTR)、内含子1和外显子7区域中单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点与产羔性能之间的关联性,为高繁殖力山羊分子育种提供新的遗传标记。【方法】选取麻城黑山羊、黑头羊和波尔山羊作为研究样本,采集血样提取DNA,根据转录组数据所选SNP位点在山羊ZBP1基因序列中的位置信息设计引物,利用多重单碱基延伸SNP分型技术(SNaPshot)分析所选SNP位点的遗传多样性,采用一般线性模型(GLM)对ZBP1基因SNP位点与3个品种山羊的产羔性能进行关联分析。【结果】山羊ZBP1基因中存在12个潜在的SNPs位点,其中7个SNPs位点(g.9734 A>G、g.9772 T>C、g.352 C>T、g.955 C>T、g.1880 G>A、g.2566 T>C和g.7919 G>A)具有多态性,除g.9734 A>G在麻城黑山羊群体中仅有AA和GA 2种基因型外,其余...  相似文献   

12.
【目的】 研究骨形态发生蛋白受体Ⅱ(bone morphogenetic protein receptor Ⅱ, BMPRⅡ)基因多态性及其单倍型与藏羊产羔性状的相关性。【方法】 以433只藏羊母羊为研究对象, 采用改良多重高温连接酶检测反应技术(improved multiple ligase detection reaction, iMLDR)对BMPRⅡ基因9个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点在藏羊群体中的多态性进行检测, 使用Haploview 4.2软件分析其连锁不平衡性并构建单倍型, 应用基因关联分析探究BMPRⅡ基因多态性及单倍型与藏羊产羔性状的关联。【结果】 藏羊BMPRⅡ基因外显子12中存在6个SNPs, 分别为: g.90192 T>C、g.142532 C>T、g.142614 A>G、g.142751 T>C、g.143138 A>G和g.143189 G>A, 外显子3、9和13中各存在1个SNP, 分别为: g.143570 C>G、g.124843 A>C和g.145233 A>G, 这9个SNPs均为同义突变。9个SNPs中, 除g.90192 T>C外, 均存在3种基因型。多态信息含量分析显示, 群体在g.90192 T>C、g.142614 A>G和g.145233 A>G位点处于低度多态(PIC<0.25), 在g.124843 A>C、g.142532 C>T、g.142751 T>C、g.143138 A>G、g.143189 G>A和g.143570 C>G位点均处于中度多态(0.25<PIC<0.5)。χ2适合性检验结果显示, 所有突变位点均未偏离哈代-温伯格平衡状态。相关性分析显示, 不同位点不同基因型与藏羊产羔性状均无显著相关(P>0.05), 但g.142532 C>T位点CT基因型平均产羔数高于CC和TT基因型, g.142751 T>C位点CC基因型平均产羔数高于TT和TC基因型, g.143189 G>A位点GA基因型平均产羔数高于GG和AA基因型, g.143570 C>G位点CG基因型平均产羔数高于CC和GG基因型, g.145233 A>G位点GG基因型平均产羔数高于AA和AG基因型, 差异均不显著(P>0.05)。BMPRⅡ基因中除g.90192 T>C位点外的8个SNPs位点在藏羊群体中共形成14种单倍型(H1~H14), 单倍型与藏羊产羔数间均无显著相关(P>0.05)。【结论】 BMPRⅡ基因g.142532 C>T、g.142751 T>C、g.143189 G>A、g.143570 C>G和g.145233 A>G位点对藏羊产羔数有一定潜在的影响。  相似文献   

13.
为探究寡腺苷酸合成酶1(oligoadenylate synthase 1,OAS1)基因多态性与松辽黑猪繁殖性状的关联性,试验选取130头松辽黑猪母猪为研究对象,利用Sanger直接测序法测序查找OAS1基因外显子1~8的SNP位点,使用SPSS 19.0软件分析OAS1基因SNP位点与松辽黑猪繁殖性状的关联性。结果显示,在松辽黑猪OAS1基因外显子2、3和6上共检测到33个突变位点;其中在外显子2的110 bp处存在1个SNP位点(G110C),存在3种基因型:GG、GC和CC;在外显子3的176 bp处存在1个SNP位点(C176T),存在3种基因型:CC、CT和TT;在外显子6的145 bp处存在1个SNP位点(C145T),存在3种基因型:CC、CA和AA;在166 bp处存在1个SNP位点(G166A),存在3种基因型:GG、GA和AA;在206 bp处存在1个SNP位点(A206G),存在3种基因型:AA、AG和GG。卡方适合性检验结果显示,松辽黑猪OAS1基因G110C突变位点符合Hardy-Weinberg平衡状态,C176T、C145A、G166A和G206A位点均偏离Hardy-Weinberg平衡状态。群体遗传参数分析结果显示,各SNPs位点遗传杂合度均位于中等水平,为中度多态(0.25<PIC<0.5)。关联分析结果发现,G110C位点GC基因型个体总产仔数、产活仔数和断奶仔猪数均显著高于GG基因型个体(P<0.05);C176T位点CT基因型个体断奶仔猪数显著高于CC基因型个体(P<0.05);C145T位点CC基因型个体总产仔数和产活仔数均显著高于AA基因型个体(P<0.05);G166A位点GA基因型个体断奶仔猪数显著高于GG基因型个体(P<0.05);A206G位点GG基因型个体总产仔数和产活仔数显著高于AA基因型个体(P<0.05)。结果表明,OAS1基因外显子区存在突变位点,对松辽黑猪部分繁殖性状有显著性影响。  相似文献   

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