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相似文献
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1.
基于SCAR标记的小麦禾谷孢囊线虫快速分子检测技术   总被引:3,自引:2,他引:1  
【目的】建立从禾谷孢囊线虫及其近缘种的混合群体中检测禾谷孢囊线虫的快速分子检测方法。【方法】使用随机扩增多态性DNA(RAPD)和特征序列扩增区域(SCAR)标记的方法,运用PCR技术进行特异性检测。【结果】用本研究建立的SCAR标记快速分子检测体系对9种32个线虫种群进行检测,能够直接从混合线虫样品中检测出禾谷孢囊线虫。该检测方法对禾谷孢囊线虫的孢囊、2龄幼虫具有扩增能力,最低检出阈值为1/2000个孢囊,1/80头2龄幼虫。【结论】本研究设计的SCAR标记快速分子检测体系能够从禾谷孢囊线虫及其近缘种的混合种群中快速检测出禾谷孢囊线虫,且检测准确、灵敏度高。  相似文献   

2.
【目的】设计禾谷孢囊线虫(Heterodera avenae)和菲利普孢囊线虫(Heterodera filipjevi)特异性引物,建立同步快速检测这两种线虫的双重PCR体系,为中国小麦孢囊线虫(cereal cyst nematodes,CCN)的田间快速诊断与综合治理提供技术支持。【方法】通过比对分析10种植物寄生线虫24个群体的线粒体DNA(mtDNA)COI序列,分别设计并筛选禾谷孢囊线虫和菲利普孢囊线虫的上游特异性引物HaF8和HfF9,以及下游通用引物HafR8;通过引物浓度比和退火温度的优化,建立针对这两种CCN的双重PCR检测体系;利用该体系对中国黄淮麦区部分CCN样品进行种类鉴定。【结果】筛选并获得的特异性引物HaF8/HafR8及HfF9/HafR8,可在一步PCR反应中实现对禾谷孢囊线虫和菲利普孢囊线虫的特异性检测。引物HaF8/HafR8对禾谷孢囊线虫的特异性扩增产物为200 bp,而HfF9/HafR8对菲利普孢囊线虫的特异性扩增产物为320 bp,条带区分较明显。对双重PCR检测体系的优化发现,引物HaF8、HfF9、HafR8的退火温度为58℃时,该检测体系具有较高的特异性和扩增效率;引物HaF8﹕HfF9﹕HafR8浓度比为0.24﹕0.16﹕0.4 μ·L-1时,该检测体系能从不同供试线虫中同时特异性地检测出禾谷孢囊线虫和菲利普孢囊线虫,且扩增效率较高。该检测体系对禾谷孢囊线虫和菲利普孢囊线虫单孢囊的检测灵敏度为1/2 000 000个孢囊,而对2龄幼虫的检测灵敏度则分别为1/640条线虫和1/1 280条线虫。对采集自中国黄淮麦区CCN病田的14份土样进行双重PCR检测,发现有8个样本只扩增出200 bp的条带,表明这些样本的CCN种类为禾谷孢囊线虫,有4个样本只扩增出320 bp的条带,表明CCN种类为菲利普孢囊线虫,2个样本同时扩增出200和320 bp两个条带,表明样品为禾谷孢囊线虫和菲利普孢囊线虫的混合发生。以上结果表明,该检测体系可以成功用于两种小麦孢囊线虫田间复合侵染情况的快速诊断。【结论】基于mtDNA-COI序列开发的特异性引物以及建立的双重PCR检测体系,可用于禾谷孢囊线虫和菲利普孢囊线虫田间单一和混合发生样本的同步快速检测。  相似文献   

3.
根据旱稻孢囊线虫(Heterodera elachista)和常见孢囊线虫的ITS序列比对分析,设计1对旱稻孢囊线虫特异性引物He–F/He–R,特异性片段长度为281 bp。运用该特异性引物及建立的DNA提取方法和PCR体系,可特异性检测旱稻孢囊线虫单条2龄幼虫,可以从混合有1条旱稻孢囊线虫的0.1 g水稻根组织中特异性检测出目的DNA片段。特异性引物He–F/He–R与通用引物D2A/D3B结合,运用一步双重PCR检测方法可快速鉴定单孢囊,也可从初始分离的田间土壤总线虫样品中直接检测出旱稻孢囊线虫。  相似文献   

4.
 【目的】建立直接从多种线虫混合样品以及香蕉和红掌根组织中检测鉴定香蕉穿孔线虫的PCR方法。【方法】使用Primer Premier 5.0在香蕉穿孔线虫的ITS区设计1对特异性引物,运用PCR技术对目的线虫DNA进行特异性检测。【结果】通过对17种24个种群线虫的检测表明,所设计的引物只能从香蕉穿孔线虫种群中特异扩增出rDNA-ITS片段,产物大小为518 bp。利用该特异引物以及建立的DNA提取方法和PCR体系,可以直接从香蕉穿孔线虫与短体线虫、螺旋线虫、肾状线虫、根结线虫、茎线虫、矮化线虫、纽带线虫、丝尾垫刃线虫、滑刃线虫和小杆线虫混合样品中特异扩增出目的线虫的rDNA-ITS片段,并可以分别从混合有不少于3条香蕉穿孔线虫的2 cm香蕉或红掌根组织(约0.1 g)中特异检测出目的线虫的DNA片段。【结论】本研究设计的特异性引物以及建立的DNA提取方法和PCR体系可直接从多种线虫混合的样品以及香蕉和红掌根组织中快速检测鉴定出香蕉穿孔线虫。  相似文献   

5.
【目的】为建立蜂及蜂产品中美洲幼虫腐臭病(AFB)二温式PCR诊断方法。【方法】选取幼虫芽孢杆菌基因保守序列设计一对特异性引物,优化反应参数,进行特异性、敏感性和重复性试验验证,建立了诊断AFB的二温式PCR方法。【结果】扩增出130 bp的特异性片段,与参考株序列相似性为100%,DNA灵敏度检测幼虫芽孢杆菌达到33 fg/PCR体系,重复性良好。应用该方法对40份实验室模拟样本和50份临床样本进行了检测,与预期结果一致。【结论】该方法具有特异、灵敏、准确等优点,可用于蜂及蜂产品中AFB的快速诊断。  相似文献   

6.
腐烂茎线虫种内群体特异性检测研究   总被引:1,自引:0,他引:1       下载免费PDF全文
对腐烂茎线虫(Ditylenchus destructor Thorne)7个不同地理群体rDNA 中的ITS区进行PCR-RFLP和序列测定, 发现种内群体间无论在序列长度还是酶切图谱均存在一定的变异.根据其序列特征设计出种特异性引物, 对所供试的腐烂茎线虫群体及属间不同种群体样品的rDNA ITS区相应区段扩增以验证其特异性, 同时对分别由1~5条腐烂茎线虫成虫和幼虫提取的DNA进行特异性扩增以验证其灵敏度. 结果表明: 所有供试的腐烂茎线虫群体均可以特异性扩增一个346 bp的片段, 而所有供试的属外种均没有扩增片段;由1~5条腐烂茎线虫成虫和4~5条幼虫进行的特异性扩增也获得稳定的目的片段. 显示该特异性引物具有较高的稳定性、特异性和灵敏度, 能快速、准确地检测出腐烂茎线虫.  相似文献   

7.
为实现菊花滑刃线虫的高效准确鉴定,利用重组酶聚合酶等温扩增技术(RPA),根据菊花滑刃线虫核糖体28S rRNA-D2/D3片段的保守区域设计特异性引物,建立了菊花滑刃线虫的RPA检测方法.结果表明:建立的RPA检测方法对菊花滑刃线虫具有高度的特异性,扩增出202 bp的特异性目标片段,检测灵敏度可达单条线虫DNA的1...  相似文献   

8.
特异性检测植物乳杆菌的多重PCR方法   总被引:1,自引:0,他引:1  
【目的】建立特异性检测植物乳杆菌的方法,排除近缘菌的干扰。【方法】利用SMM系统筛选植物乳杆菌种特异序列,根据特异序列设计引物进行不同乳制品的多重PCR检测。【结果】设计的7对引物具有良好的种特异性,其中3对引物可以排除戊糖乳杆菌和副植物乳杆菌的干扰,可扩增获得植物乳杆菌的特异条带101bp(引物LP-1和LP-2)、189bp(引物LP-5和LP-6)、378bp(引物LP-9和LP-10)。该方法的检测限为2.2×10CFU/mL。采用多重PCR检测与琼脂糖凝胶电泳图谱分析对自制含有各种乳酸菌酸奶产品、自然发酵产品及市售酸乳产品中植物乳杆菌进行定性检测,可以特异性检测出植物乳杆菌,准确区分植物乳杆菌的近缘菌株。【结论】该多重PCR方法成本低、步骤简单、耗时短、灵敏度高,具有特异性,可作为快速检测植物乳杆菌种的方法在生产中使用。  相似文献   

9.
【目的】明确在云南省马铃薯产区部分种植地发现的马铃薯孢囊线虫(Globodera spp.)的种类,为制定病害防治措施提供依据。【方法】田间观察植株地上部症状及根部为害症状,采集根际土壤和受害根系作为样本并从中分离孢囊线虫,采用形态学和分子生物学方法进行种类鉴定。【结果】形态鉴定表明:线虫孢囊和2龄幼虫(the second stage juvenile,J2)的形态特征及测量值与国际报道描述的马铃薯金线虫(G. rostochiensis)一致。分子鉴定表明:该线虫28S rDNA-D2/D3区PCR扩增产物为784 bp,核酸序列与NCBI数据库中登录的马铃薯金线虫相似度为99.11%~100.00%;其mtDNA-cox1区扩增产物为447 bp,序列与NCBI数据库中登录的马铃薯金线虫相似度为99.28%~99.33%。系统进化树分析表明:该线虫28S rDNA-D2/D3区序列和mtDNAcox1区序列均以100%的支持率与马铃薯金线虫聚于同一分支。经马铃薯金线虫特异性引物ITS5/PITSr3鉴定,该线虫能扩增出约430 bp的条带,与已报道的马铃薯金线虫一致。【结论】确定...  相似文献   

10.
我国黄淮麦区10个短体线虫样品种类的分子鉴定   总被引:1,自引:0,他引:1  
【目的】短体线虫(Pratylenchus spp.)是植物根系内迁移性寄生线虫,可引起许多作物的根腐线虫病,给世界农业生产造成了极大的危害。为明确我国黄淮麦区与禾谷孢囊线虫复合侵染小麦的短体线虫种类,本研究对采自黄淮4省麦区的10个短体线虫样品进行种类的分子鉴定,分析种群系统进化关系及种内遗传变异,以期为我国小麦根部线虫病害的综合防治提供指导。【方法】对采自江苏、安徽、河南和山东4省小麦孢囊线虫发病田中的10个小麦短体线虫样品进行线虫分离,从各样品中随机挑取5条短体线虫,分别提取单条线虫DNA,扩增r DNA 18S片段并进行测序比对,选取序列有代表性的2个DNA样本进一步扩增其r DNA 28S D2-D3区以及mt DNA-COI基因片段,经序列比对分析后,利用MEGA4.0软件采用邻接法分别构建基于r DNA 18S、28S D2-D3和mt DNA-COI序列的系统进化树,通过聚类关系及相似度分析确定线虫种类,同时利用种特异性引物进行验证。【结果】扩增挑取的50条短体线虫的r DNA 18S区片段,测序得到片段长度在857—935 bp,BLAST比对分析揭示部分样品可能为短体线虫的混合种群;进一步测定的20个代表性DNA样本的r DNA 28S D2-D3区和mt DNA-COI基因的片段长度分别在771—784 bp和415—417 bp;系统进化树以及相似度分析揭示我国黄淮流域4省麦区10个短体线虫样品中有咖啡短体线虫(P.coffeae)、落选短体线虫(P.neglectus)和斯克里布纳短体线虫(P.scribneri),其中,江苏沛县样品JS2和山东潍坊样品SD1是落选短体线虫单一侵染样品,河南永城样品HN2和安徽淮北样品AH3是咖啡短体线虫单一侵染样品,安徽萧县样品AH2、AH5和淮北样品AH4以及河南永城样品HN1和HN3均为落选短体线虫和咖啡短体线虫的混合侵染样品,江苏徐州样品JS1是落选短体线虫和斯克里布纳短体线虫的混合侵染样品。用SCAR特异性引物扩增20个短体线虫单条DNA样本,结果显示,用落选短体线虫特异性引物PNEG-F1/D3B5能够从JS1-2、JS2-1、JS2-2、AH2-2、AH4-1、AH5-1、HN1-2、HN3-2、SD1-1和SD1-2等10个样本中扩增出140 bp的单一条带,用咖啡短体线虫引物PC1/PC2能够从AH2-1、AH3-1、AH3-2、AH4-2、AH5-2、HN1-1、HN2-1、HN2-2和HN3-1等9个样本中扩增出630 bp的单一条带,用斯克里布纳短体线虫引物Ps F7/Ps R7从JS1-1中扩增出130bp的单一条带,种类鉴定结果与上述序列分析结果相一致。【结论】我国黄淮流域4省小麦孢囊线虫发病田中的短体线虫种类有咖啡短体线虫、落选短体线虫和斯克里布纳短体线虫,其中落选短体线虫是优势种,证实了短体线虫不同种群复合侵染小麦的现象较为普遍。基于mt DNA-COI基因构建的系统进化树可以有效区分短体线虫的近缘种,相比r DNA 18S和28S基因更适于作为短体线虫种类鉴定的分子靶标。  相似文献   

11.
沙门氏菌内标PCR快速检测试剂盒的研制与应用   总被引:4,自引:1,他引:3  
 【目的】研制一种能有效指示假阴性的PCR检测产品,用于沙门氏菌快速、准确、灵敏的检测。【方法】针对沙门氏菌invA基因、stn基因序列分别设计引物与扩增内标,建立添加扩增内标的沙门氏菌PCR检测方法,组装试剂盒,并对试剂盒的各项性能进行评价。【结果】试剂盒对147株沙门氏菌和28株非沙门氏菌的检测结果显示,所有沙门氏菌均能扩增出362 bp的目标条带,非沙门氏菌仅扩增出520 bp的内标条带。试剂盒检测沙门氏菌基因组DNA的检测限为8.0 fg/PCR,检测染菌量为4—5 CFU/10 mL的牛奶样品,增菌8—10 h即得到阳性结果。反复冻融60次或-20℃下贮存1年,均不影响试剂盒的使用效果。对食品样品的检测结果显示,阳性检出率为2/30,与国标法的检测结果相符,比未添加扩增内标的PCR检测结果(阳性检出率为1/30)准确。【结论】采用添加扩增内标的PCR试剂盒检测沙门氏菌,特异性强、灵敏度高、稳定性好,并能有效指示假阴性,提高检测的准确性,适用于食品中沙门氏菌的快速筛检。  相似文献   

12.
【目的】研究利用分子检测技术评价棉田多异瓢虫对日本通草蛉的集团内捕食作用。【方法】根据基因库 NCBI 中的日本通草蛉的线粒体细胞色素氧化酶 I(COI)的基因序列(登录号为 KY806757),设计日本通草蛉的特异引物,并测定特异引物的灵敏度。利用 DNA 检测技术,在室内以该引物检测喂食5粒日本通草蛉卵的多异瓢虫成虫中肠内靶标食物的衰变情况,估算多异瓢虫对日本通草蛉的半衰期。【结果】所设计引物只对日本通草蛉DNA具有扩增效果,对与其同域发生的其它害虫和天敌不具扩增作用,其扩增片段大小约为220 bp,其最低检出浓度为0.117 ng/μL。多异瓢虫成虫喂食日本通草蛉卵后,检出率随消化时间呈现逐渐下降的趋势,到16 h检出率为0,多异瓢虫成虫半衰期为8.32 h。【结论】利用该技术可定量评价多异瓢虫与日本通草蛉集团内竞争。  相似文献   

13.
【目的】研究南方根结线虫(Meloidogyne incognita)Me3毒性变异群体的分子标记,用快速有效的分子方法来鉴定毒性变异的发生。【方法】以南方根结线虫的无毒群体以及抗性基因Me3毒性群体为材料,用根据南方根结线虫基因组设计的100对引物和19对来自文献的引物进行扩增,筛选出在3个种群中扩增的差异条带,设计SCAR引物,并建立多重PCR反应体系。【结果】得到了7对能在3个群体稳定扩增出差异条带的多态性引物,把其中的2个位点开发为SCAR标记,能够区分开3个线虫群体。多重PCR反应体系在无毒群体和Me3毒性群体中分别扩增出1条999 bp和1条629 bp的条带,在混合群体扩增出999和629 bp的2条带。【结论】成功开发了对Me3表现毒性的南方根结线虫变异群体的分子标记,可用多重PCR体系一次性鉴定Me3毒性变异的发生。  相似文献   

14.
黄淮海夏玉米主产区茎腐病主要病原菌及优势种分析   总被引:2,自引:1,他引:1  
【目的】 明确黄淮海夏玉米主产区玉米茎腐病的主要病原菌组成及优势种,为病原菌致病机制、抗性育种及茎腐病防治提供依据。【方法】 于2014—2017年采集黄淮海夏玉米主产区3个省(河北、河南、山东)的玉米茎腐病样本850份。通过形态学、通用引物和特异引物对病组织分离物进行鉴定,并采用上述引物直接检测病组织。整合分析分离物鉴定法和组织分子检测法的结果以确定玉米茎腐病的主要病原菌及优势种;分析主要病原菌在各省间以及同一省份不同年度的检出率,揭示主要病原菌的种群动态变化;分析单个样本中病原菌的检出率,探讨多种病原菌的共存模式。【结果】 有667份样本检测出真菌或卵菌,占总样本的78.47%;年度间样本检出率存在差异,2014年的检出率不足50%,而2015—2017年的检出率相近,均高于90%。在所有样本中共检出20属46种真菌或卵菌,其中镰孢菌(Fusarium spp.)的检出率最高,为89.96%,包括禾谷镰孢复合种(F. graminearum species complex)、层出镰孢(F. proliferatum)、拟轮枝镰孢(F. verticillioides)、厚垣镰孢(F. chlamydosporum)、亚粘团镰孢(F. subglutinans)、尖镰孢(F. oxysporum)、黄色镰孢(F. culmorum)、藤仓镰孢(F. fujikuroi)、变红镰孢(F. incarnatum木贼镰孢(F. equiseti)和茄镰孢(F. solani)11个种;腐霉菌(Pythium spp.)的检出率为34.18%,包括芒孢腐霉(P. aristosporum)、禾生腐霉(P. graminicola)、棘腐霉(P. acanthicum)、孤雌腐霉(P. amasculinum)和寡雄腐霉(P. oligandrum)5个种。拟轮枝镰孢、禾谷镰孢复合种、芒孢腐霉和层出镰孢为4种主要病原菌,检出率依次为62.07%、46.93%、29.09%和28.04%,其中拟轮枝镰孢为优势种。各省之间,上述4种主要病原菌的检出率存在一定差异。拟轮枝镰孢在河北省的检出率为73.98%,明显高于该菌在河南省和山东省的检出率;禾谷镰孢复合种在3个省的检出率相近;层出镰孢和芒孢腐霉在山东省的检出率分别为35.78%和34.31%,均高于在其他两省的检出率。同一省份不同年度上述4种主要病原菌的检出率呈动态变化,其中任何一种病原菌均有可能上升为优势种。进一步分析表明,单个样本中可以检测出一种或多种病原菌,检测出1种菌的样本占38.38%,检出2种和3种病原菌的样本分别占29.24%和19.04%;2种及以上病原菌共存以镰孢菌和腐霉菌、镰孢菌和镰孢菌模式为主。【结论】 黄淮海夏玉米主产区茎腐病主要病原菌为拟轮枝镰孢、禾谷镰孢复合种、芒孢腐霉和层出镰孢,其中拟轮枝镰孢为优势种;拟轮枝镰孢在河北省的检出率最高,层出镰孢和芒孢腐霉在山东省的检出率最高,禾谷镰孢复合种在3个省的检出率相近;单个样本中存在多种病原菌共存的模式。  相似文献   

15.
Meloidogyne vitis is a new root-knot nematode parasitic on grape root in Yunnan Province, China.  In order to establish a rapid, reliable and specific molecular detection method for Mvitis, the species-specific primers were designed with rDNA-ITS (ribosomal DNA internal transcribed spacer) gene fragment as the target.  The reaction system was optimized and the reliability, specificity and sensitivity of primer were testified, therefore, a rapid PCR detection method for Mvitis was established.  The result showed that the optimal annealing temperature of the primers was 53°C, which was suitable for the detection of different life stages of Mvitis.  Specificity test showed that the specific fragment size of 174 bp was obtained from Mvitis, but other five non-target nematodes did not have any amplification bands, thus effectively distinguish Mvitis and the other five species, and could specifically detect the Mvitis from mixed populations.  Sensitivity test showed that this PCR technique could detect the DNA of a single second-stage juvenile (J2) and 10–4 female.  Futhermore, this PCR technique could be used to detect directly M. vitis from soil samples.  The rapid, sensitive and specific PCR molecular detection technique could be used for the direct identification of a single J2 of Mvitis and the detection of Mvitis in mixed nematode populations and the detection of two J2s or one male in 0.5 g soil samples, which will provide technical support for the investigation of the occurrence and damage of Mvitis and the formulation of efficient green control strategies.  相似文献   

16.
【目的】刺盘孢属(Colletotrichum)真菌是重要的植物病原菌,引起植物炭疽病。建立刺盘孢属真菌PCR检测方法。【方法】比对分析刺盘孢属及其近似属的ITS序列,设计刺盘孢属特异性引物,建立PCR扩增体系,验证引物的特异性和灵敏度。【结果】设计出刺盘孢属特异性引物ITS-c3/c4,建立了刺盘孢属常规PCR检测体系。建立的PCR体系能从刺盘孢属菌株中扩增出449 bp的特异性条带,刺盘孢属的近似属菌株未能扩增到条带。灵敏度试验可检测到DNA的浓度为2.2 pg/µL。【结论】用建立的PCR体系对炭疽病梨果实样品进行检测,可从发病组织中检测到刺盘孢属真菌。建立的PCR方法可靠、灵敏度高,能够快速、准确检测出刺盘孢属真菌。  相似文献   

17.
目的】研究四氯虫酰胺对棉铃虫生物活性的温度效应及其影响程度,分析棉铃虫体内4种解毒酶系对该温度效应的影响机制。【方法】采用浸叶法,分别测定15、20、25、30和35℃条件下,四氯虫酰胺对棉铃虫的室内生物活性,测定四氯虫酰胺亚致死剂量下,棉铃虫体内羧酸酯酶(CarE)、谷胱甘肽S-转移酶(GST)、多功能氧化酶(MFO)和尿苷二磷酸糖基转移酶(UGT)比活力的变化。【结果】四氯虫酰胺对棉铃虫的生物活性具有明显的正温度效应,与15℃时相比,其温度系数从+5.52增长为+1 257.35。四氯虫酰胺对棉铃虫的正温度效应可能与GST和MFO有关,其中GST在较低温下的活性变化尤为显著,而CarE和UGT则未发现与四氯虫酰胺生物活性的正温度效应明显相关。【结论】四氯虫酰胺对棉铃虫表现为明显的正温度系数药剂,高温时使用生物活性最佳,低温时抑制GST活性,可能会提高四氯虫酰胺对棉铃虫的生物活性。  相似文献   

18.
【目的】评价不同糖类物质对多异瓢虫捕食能力和飞行能力的影响,为发挥多异瓢虫的控害效能提供理论依据。【方法】在补充不同糖类营养后,室内测定多异瓢虫成虫在不同棉蚜密度条件下的捕食量,通过室内飞行磨系统测定不同处理下多异瓢虫的各项飞行参数。【结果】补充不同糖类营养后多异瓢虫成虫对棉蚜4龄若虫的捕食功能反应属于Holling-Ⅱ型。补充糖类营养后,随猎物密度逐渐增加,多异瓢虫对猎物的捕食能力增加,搜寻能力逐渐下降,与清水处理相比,葡萄糖、蔗糖处理下多异瓢虫捕食能力和搜寻能力均有提高,雌成虫日最大捕食量分别可达675.68、757.58头,雄成虫日最大捕食量可达374.53、609.76头;补充葡萄糖、果糖、蔗糖、麦芽糖、棉子糖后多异瓢虫累计飞行时间及累计飞行距离均显著延长,雌成虫累计飞行时间分别为7.78、6.17、7.58、6.80和6.63 h,累计飞行距离分别为9.51、7.70、8.46、6.94、7.12 km,雄成虫累计飞行时间分别为4.69、4.99、5.17、5.09和5.20 h,累计飞行距离分别为4.53、5.41、5.28、4.72和5.52 km;多异瓢虫雌虫在补充葡萄...  相似文献   

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