丝瓜种质资源遗传多样性的SSR与SRAP分析

利用SSR和SRAP标记对30份丝瓜种质资源进行遗传多样性分析,分别从52对SSR和48对SRAP引物中选取10对和12对多态性好的引物,其中10对SSR引物共扩增出32条多态性带,12对SRAP引物扩增出118条多态性带。30份种质间的平均遗传相似系数为0.761,说明丝瓜间种质遗传背景比较狭隘。聚类分析显示,30份丝瓜种质被划分为普通丝瓜与有棱丝瓜两大类。     

部分香蕉品种SSR指纹图谱的构建

采用SSR标记技术构建香蕉品种的分子指纹图谱,为香蕉品种鉴定提供依据。以56份香蕉种质为材料,从199对引物中筛选出5对多态性及稳定性较高的SSR引物进行PCR扩增。5对引物在56个品种中扩增出的多态性带数在11～16个,平均为13.8条;引物的多态信息含量(PIC)在0.8490～0.9022,平均0.8727。依据香蕉SSR带型特征,对每个引物生成的不同带型直接编号,简化香蕉SSR带型记录方法,并利用每个品种的带型编号,建立其DNA分子指纹图谱,5对引物可将56份供试香蕉材料完全区分开。表明SSR标记技术可用以鉴定香蕉种质。     

利用荧光标记SSR构建百合种质资源分子身份证

以96份百合种质资源为材料,使用SSR标记进行百合种质分子身份证构建试验。从172对百合SSR引物中筛选出20对多态性好的核心引物,采用四重荧光毛细管电泳技术检测扩增条带分子量的方法对百合资源进行标记分析,获得供试样品相应的扩增带型。采用个位数字和小写英文字母对不同带型进行编码,按照20对引物扩增带型数由少到多顺序串联排序的方式构建供试样品的分子身份证。结果显示：20对SSR引物共检测到69个SSR等位位点和170个带型,平均每对引物对品种扩增的等位位点3.45个,带型8.50个。对带型进行编码的结果表明：96份百合种质资源的SSR分子身份证互不相同,可以将材料完全区分开。     

山葡萄种质资源SSR遗传多样性分析

对360份山葡萄种质资源进行了遗传多样性分析研究。从245对引物中筛选出18对用于供试材料的SSR扩增;单条引物扩增条带为4~13条,平均9.44条;扩增产物长度介于150~1 000 bp,以200~750 bp的扩增片段居多;18对引物共扩增出170条带,其中多态性条带167条,多态性百分率为98.2%;Shannon’s多样性指数(I)为1.778051。某些品种(系)产生了特有SSR标记带,共5条,占2.95%。     

基于SSR标记的黄桃种质资源亲缘关系分析

利用SSR标记技术对12个黄桃品种（系）进行遗传多样性检测.结果发现,SSR标记能够揭示材料间的遗传多样性,从蔷薇科苹果属35对SSR引物中筛选出8对扩增稳定的特异性引物,构建其指纹图谱.8对SSR引物共扩增出78条DNA片段,其中44条具有多态性,多态性比率为54.6％,材料间的遗传相似系数在0.64 ～0.88之间,平均为0.759.通过聚类,从分子水平对黄桃品种（系）的遗传关系进行分析,并对12份黄桃种质材料进行了SSR标记分类,为黄桃种质资源的研究利用提供参考.     

不同栽培类型蓝莓遗传多样性的SSR分析

以南方地区的蓝莓品种为主要对象,利用SSR标记分析现有品种种质的遗传多样性。设计合成了56对蓝莓SSR分子标记引物,进行扩增和多态性引物筛选,将多态性好的引物用于66份蓝莓不同类型种质的遗传多样性分析。结果表明,56对引物均能扩增出预期大小条带,其中条带清晰多态性较好的引物为25对,占引物数的44.64%,多数引物扩增的位点数在5~7个。25对引物在66份蓝莓供试种质中检测多态性,共检测到165个等位变异,平均每个位点有6.6个等位变异,PIC值变幅为0.656~0.947,平均值为0.777。多态性最好的引物Vc26可以检测到15个等位基因数目。北高丛、南高丛和兔眼类型66份蓝莓种质的遗传相似系数为0.60~0.96,品种间遗传差异较丰富。利用UPGMA聚类将3种类型种质进行分析,发现除了兔眼类型品种"红粉佳人"外,其余明显分为3个类群,且同一类型的种质基本聚在一起。结合不同类型种质的系谱分析,发现分类与品种种质的遗传成分相似有一定的相关。研究利用SSR分子标记揭示了蓝莓不同类型种质的遗传多样性,对今后杂交育种亲本选择利用有一定借鉴意义。     

黄瓜23对高多态性SSR标记的筛选与评价

 目前在黄瓜种质研究中仍然缺乏可用的引物。利用黄瓜基因组连锁遗传图谱开发的995对备选SSR引物,挑出在7条染色体上均匀分布且能扩增出清晰稳定单一条带的多态性引物23对,并利用这些引物对黄瓜种质遗传多样性进行了探讨。通过来自不同国家和地区的30份代表性黄瓜种质资源进行SSR扩增分析,从中能够得到153条多态性条带。不同引物分析得到的种质遗传多样性差异较大,供试种质间平均期望杂合度为0.57,平均PIC值（多态性信息量）为0.60。23对引物可以清晰检测出亚洲、欧美和印度群体遗传多样性,较客观地反映了群体结构和地域性差异等信息。     

芥菜种质资源的RAPD和ISSR分析

利用RAPD和ISSR标记对28份芥菜种质资源进行遗传多样性分析,20个RAPD引物共扩增出162条清晰的谱带,其中140条显示多态性,平均每个引物扩增出7.0条多态性谱带.18个ISSR引物共扩增出143条清晰的谱带,其中多态性谱带124条,平均每个引物扩增出6.9条多态性谱带.基于RAPD和ISSR两种标记,利用UPGMA分别构建了28份芥菜资源的聚类树状图.结果表明,RAPD和ISSR分别聚类以及两种标记混合聚类均将28份芥菜种质分为3类:第Ⅰ类群中包括了15份种质;第Ⅱ类群中包括了9份种质;第Ⅲ类群中包括了4份种质.     

不同产地人参种质资源RAPD和SSR分析

以15个产地人参种质资源为试材,采用RAPD和SSR分子标记技术对其遗传多样性进行分析。结果表明:2种分子标记均能揭示不同地区人参种质间的遗传多样性。共筛选出11条RAPD随机引物,平均每条引物可扩增出3~17条DNA片段,共扩增出104条清晰条带,多态性条带100条,多态性百分率为96.15%,揭示供试材料间遗传相似系数(GS)为0.505 3~0.989 5,平均值为0.760 4。筛选出5对SSR引物,平均每对引物可扩增出1~8条DNA片段,共扩增出38条清晰条带,多态性条带35条,多态性百分率为92.11%,揭示供试材料间遗传相似系数(GS)为0.400 0~0.960 0,平均值为0.742 1。RAPD和SSR标记的聚类分析在分类上稍有差异,但总体趋势一致,RAPD、SSR及RAPD+SSR均将样品聚为三大类,均能揭示它们之间的亲缘关系,为人参种质资源的收集与利用奠定了基础。     

梨属植物SSR分子标记核心引物的筛选及其聚类分析

【目的】筛选适合梨种质资源遗传多样性研究、品种鉴定分析的SSR核心引物。【方法】利用来源于不同系统、遗传背景差异较大的12份梨种质资源对已报道的800对梨和苹果的SSR引物和本课题组开发的534对SSR引物进行初步筛选,再利用48份不同地理来源的梨种质资源对初筛引物进行复筛,筛选一套适合梨种质资源遗传多样性研究、系统发育和品种鉴定分析的SSR核心引物,并通过遗传多样性分析和聚类分析验证引物的有效性。【结果】初筛出SSR引物131对,进一步复筛筛选出25对清晰稳定、多态性高的核心引物。25对核心引物对48份梨种质资源进行遗传多样性分析,共得到387个等位基因,平均每个位点等位基因数15.48个。各位点杂合度变幅为0.44~0.92,均值0.76;多态性信息含量变幅为0.70~0.92,均值0.85;基因多样性变幅为0.73~0.92,均值为0.87,说明引物的多态性高,能够有效揭示48份梨种质资源的遗传多样性。48份梨种质资源的聚类分析结果显示,西洋梨和东方梨分别聚成了2个类群,东方梨类群中的栽培种和野生种分别聚成了2个亚群;栽培种中的秋子梨品种聚在了一起,白梨和砂梨聚在了一起。【结论】筛选出的25对梨SSR引物,带型清晰、稳定,多态性信息含量均在0.70以上,可作为核心引物用于梨种质资源鉴定和遗传多样性分析等研究。     

菠萝种质鉴定及亲缘关系的AFLP分析

从FISH-AFLP试剂盒(PSTI/MseI型)64对引物中,筛选出8对AFLP选择性引物P-GAA/M-CTA、P-GAC/M-CTG、P-GAC/M-CTT、P-GAG/M-CAT、P-GAG/M-CTA、P-GAT/M-CAT、P-GAT/M-CTA、P-GAT/M-CTC,对39份菠萝种质进行了AFLP分析,都得到了清晰的多态性指纹图谱。8对引物共获得454个遗传位点,其中多态性位点332个,多态性比例平均为73.1%。UPGMA聚类表明,各种质间的相似系数为0.73～0.98,说明39份菠萝种质遗传关系相对较近。依相似系数0.80的水平,将供试的39份菠萝种质分为4类。研究结果可以作为菠萝分类的理论依据和基础。     

秋甘蓝品种的SSR指纹图谱的构建

 为实现对甘蓝品种进行快速准确鉴定,利用SSR分子标记技术对目前广泛栽培的‘京丰一号’、‘晚丰’、‘中甘8号’、‘中甘18’、‘中甘19’和‘中甘22’等6个秋甘蓝品种及其亲本共18份材料构建指纹图谱。基于先前的甘蓝EST-SSR标记开发研究,选取26对多态性较好的甘蓝EST-SSR引物对其进行扩增分析,通过对这26对EST-SSR引物的电泳检测统计分析,利用BoE974、BoE916、BoE337、BoE316和BoE222等5对引物构建了这6个甘蓝杂交种及其亲本的指纹图谱,实现了这18份材料的分子鉴定。利用引物BoE222对一份‘京丰一号’的商品种子进行纯度鉴定,结果显示90粒种子为真杂种,9粒为假杂交种,种子纯度为90%。     

基于SCoT 标记的芥菜种质遗传多样性与指纹图谱

利用SCoT 标记对46 份芥菜种质资源进行遗传多样性分析。从70 条引物中筛选出21 条用于PCR 扩增,共扩增出200 条条带,其中多态性条带140 条,多态性比率为70%。供试材料相似系数介于0.77～0.95 之间,平均Nei’s 基因多样性为0.198,平均Shannon 信息指数为0.301,平均多态信息含量为0.822 7。利用UPGMA 构建46 份芥菜种质资源的聚类树状图,在相似系数D1=0.780 处,可以将46 份芥菜种质分为两大类;而在D2=0.807 处,第Ⅱ类可进一步细分为5 个亚类。选出清晰的16 个多态性位点,构建46 份芥菜种质的SCoT 指纹图谱,结果由引物SP4、SP19、SP20、SP23、SP30 所构建的DNA 指纹图谱可将供试材料完全区分开。     

辣椒属5个栽培种部分种质亲缘关系的RAPD分析

 采用31个10 bp随机RAPD引物对辣椒属(Capsicum ) 5个栽培种31份材料进行PCR扩增,共扩增出276条带, 其中多态性带244条, 占88.41%。C. annuum 多态性位点比例( PPB) 和Shannon多样性指数( I) 分别为32.97%和0.1599, 表明其遗传多态性较低。31份材料两两不同种质间Jaccard相似系数在0.349～0.952之间, 平均为0.729。聚类分析结果显示: C. annuum 与其它4个栽培种的亲缘关系由近至远分别是C. chinense、C. frutescens、C. pubescens和C. baccatum。对C. annuum 24份不同类型材料聚类分析的结果与形态分类不能完全对应, 说明我国现行主要基于果实形态的变种分类体系不能准确反映C. annuum种质的遗传差异。本研究还发现中国云南西双版纳C. frutescens种质与美洲C. frutescens种质具有较大的扩增片段差异, 为进一步考证我国云南西双版纳地区也是辣椒起源地之一提供了新的证据。     

甜瓜种质资源多样性分析与指纹图谱的构建

采用15个形态学标记和32个CAPS( Cleaved Amplified Polymorphism Sequences,CAPS) 标记鉴别73份甜瓜材料。通过15个形态学标记,在遗传相似系数为0.82时将73份甜瓜材料分为3种类型。在分子标记中,被筛选的32对CAPS引物多态性比率为 29.63%,PIC值分布在0.22~0.38,平均值为0.34;经过CAPS标记聚类分析,73份甜瓜材料间的遗传相似系数在0.50~0.97之间,当相似系数在0.60时,可以将供试材料分为3种类型。通过构建指纹图谱代码与QR编码,为73份甜瓜材料建立了独特的核酸指纹图谱,每份材料可以相互区别,以便快速对种质资源进行鉴定。     

应用RAPD 标记和细胞质基因组PCR-RFLP技术研究大花蕙兰的遗传多样性

 利用RAPD、叶绿体和线粒体基因组PCR-RFLP标记系统评价了大花蕙兰20个品种的遗传多样性。在50个RAPD引物分析中, 有36个引物(72.0% ) 能揭示材料间的多态性, 材料间遗传相似系数为0.503～0.765, 平均0.598, 根据遗传相似系数进行聚类分析表明, RAPD标记能将所有材料区分开。在7个叶绿体基因组( cpDNA) 的PCR-RFLP分析中, 6个标记(87.5% ) 可扩增出1至多条清晰的谱带; 扩增产物经7种限制性内切酶消化后, 6个标记的19种引物/酶组合共检测到53条DNA片段, 其中多态性片段有37条, 占69.8%; 材料间遗传相似系数变化范围为0.571～0.949, 平均值为0.766。在8个线粒体基因组(mtDNA) 的PCR-RFLP标记分析中, 只有3个(37.5%) 标记能得到1条清晰的谱带; 利用7种限制性内切酶对3个标记的扩增产物消化后, 在10种标记/酶组合中, 共检测到33条酶切片段, 其中21条(63.6%) 具有多态性; 遗传相似系数为0.634～1.000, 平均0.829。这些结果表明, RAPD标记揭示的大花蕙兰遗传多样性最高, 其次为cpDNA PCR-RFLP标记, 而mtDNA PCR-RFLP标记揭示的遗传多样性最低。     

Diversity,relationships, and genetic fingerprinting of the Listada de Gandía eggplant landrace using genomic SSRs and EST-SSRs

Listada de Gandía is one of the most renowned Spanish eggplant (Solanum melongena L.) landraces. Assessing its genetic diversity and relationships, as well as devising tools for its identification, is of great relevance for the enhancement and protection of this landrace. Forty-two eggplant accessions, which included 25 Striped accessions, of which 19 were of the Listada type (six accessions of Listada de Gandía, eight of Other Spanish Listada, and five of Non-Spanish Listada) and six of the Other Non-Spanish Striped group, and 17 Non-Striped accessions were characterized with 17 genomic SSRs and 32 EST-SSRs. Genomic SSRs had, as a mean, a greater polymorphism and polymorphic information content (PIC) than EST-SSRs. Although Listada de Gandía proved to be genetically diverse, specific and universal alleles for two SSR markers were found for this landrace. All the Listada accessions cluster together in the multivariate PCoA and UPGMA phenograms performed, and are separated from the Other Non-Spanish Striped and Non-Striped accessions. Also, Listada de Gandía accessions were clearly differentiated from the Other Spanish Listada and Non-Spanish Listada accessions in these analyses. SSR markers revealed of great utility to obtain a specific fingerprint for the Listada de Gandía eggplant as well as to establish the uniqueness and distinctness of this landrace. This information will be very helpful for the enhancement and protection from imitation of Listada de Gandía, and contributes to support its potential recognition with a Protected Designation of Origin (PDO) status.     

Further Work on Plant Injection for Diagnostic and Curative Purposes

Summary

Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD) markers were used to evaluate genetic similarity and inter-relationship among31 acid citrus species and cultivars, including sour oranges (six accessions); ‘Yuzu’ (four accessions) andits relatives (21 accessions). Out of the 60 decamer primers screened, 27 were selected which produced 108 markers; 76 of which were polymorphic. Species or cultivar-specific RAPD markers were also found. A dendrogram based on genetic distance implied that sour oranges were very distinct from ‘Yuzu’ and its relatives. ‘Yuzu’ accessions were very closely linked to each other, however; for the other specimens genetic polymorphism could easily be detected by RAPDs and the genetic variation between accessions was quite high and revealed their different origins. In this study some RAPDs allowed the distinction of very close cultivars, for instance ‘Kabosu’ from ‘Aka kabosu’.     

Isolation and characteristics of eight novel polymorphic microsatellite loci from the genome of garlic (Allium sativum L.)

Here we characterized eight novel polymorphic SSR markers, developed from an enriched genomic library of garlic (Allium sativum L.). These SSRs produced a total of 64 alleles across 90 garlic accessions, with an average of 8 alleles per locus. Values for observed (H_O) and expected (H_E) heterozygosity ranged from 0.16 to 0.77 (mean = 0.44) and from 0.22 to 0.86 (mean = 0.65), respectively. Six loci deviated significantly (P < 0.05) from Hardy–Weinberg equilibrium (HWE). The averages of gene diversity and PIC values were 0.65 and 0.62, respectively. The mean genetic similarity coefficient was 0.4380, indicating that among garlic accessions existed wide genetic variation. Based on 64 alleles obtained by 8 SSRs, a phenogram was constructed to understand the relationships among the 90 accessions. These newly developed SSRs should prove very useful tools for genotypes identification, assessment of genetic diversity and population structure in garlic.