黄瓜绿斑驳花叶病毒山西西瓜分离物外壳蛋白基因序列分析

通过病毒dsRNA分离技术、非序列依赖性PCR扩增(sequence-independent amplification,SIA)技术和RTPCR等手段对采自山西太谷的西瓜病样进行了检测与鉴定,确定其为黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)所侵染。为明确CGMMV西瓜分离物(CGMMV-SXTG)的分类地位,本研究进一步克隆了CGMMV-SXTG的外壳蛋白基因(coat protein,CP)全序列并进行序列分析,系统进化树分析显示该分离物与亚洲分离物亲缘关系较近,而与欧洲分离物亲缘关系较远,表明该病毒的不同分离物在分组上可能与地域有一定的关系;接着对不同分离物的CP基因核苷酸序列和氨基酸序列进行同源性比对分析,结果表明该分离物与中国山东分离物(TANG)同源性最高,分别达到99.8%和99.6%。     

黄瓜绿斑驳花叶病毒北京和山东分离物的生物学测定及其基因组比较

为揭示黄瓜绿斑驳花叶病毒的分子流行学特征,通过RT-PCR和cDNA克隆技术获得并分析了从北京甜瓜和山东西瓜上分离的2个黄瓜绿斑驳花叶病毒(CGMMV)分离物CGMMV-Beijing和CGMMV-Shandong的全序列.结果表明CGMMV-Beijing和CGMMV-Shandong的基因组分别由6423和6427个核苷酸组成,包括5'及3'端非编码区和4个开放性的阅读框,分别编码129kDa和186kDa复制相关蛋白、29kDa的移动蛋白及17.4kDa的外壳蛋白.寄主范围测定显示在供试的6科11种植物中CGMMV-Beijing和CGMMV-Shandong均可侵染葫芦科的葫芦、南瓜和西瓜以及茄科的本氏烟和藜科的苋色藜,不侵染供试的其它植物.CGMMV-Beijing和CGMMV-Shandong基因组的核苷酸同源性为99.5%,186kDa蛋白的核酸和氨基酸同源性分别为99.7%和99.8%,移动蛋白的核酸和氨基酸同源性分别为99.3%和98.1%,外壳蛋白的核苷酸同源性为100%.多序列比对分析结果显示,CGMMV的各分离物之间的分子差异并不明显,核苷酸同源性均在98%以上.将CGMMV-Beijing和CGMMV-Shandong与侵染葫芦科植物的烟草花叶病毒属其它成员比较,结果显示其亲缘关系较远,基因组的核苷酸同源性介于56.7%～59.6%,外壳蛋白的氨基酸同源性在44.7%～54.0%之间.综合分析显示,CGMMV分离物之间的差异并不明显,可能具有共同的侵染来源.     

黄瓜绿斑驳花叶病毒的分子鉴定及葫芦科不同品种对其抗性评价

黄瓜绿斑驳花叶病毒(CGMMV)在世界范围内对葫芦科作物造成严重危害,其危害症状因寄主而异,包括严重花叶、变色及畸形。运用RT-PCR技术,对黄瓜绿斑驳花叶病毒进行分子鉴定,并与其他CGMMV分离物进行系统发育分析。同时,以14个不同的葫芦科品种为试材,在苗期人工摩擦接种CGMMV,通过Dot-ELISA技术对接毒幼苗进行带毒率检测。结果表明,本实验(浙江杭州)CGMMV分离物与我国其他省份(海南、广东、辽宁、安徽)及韩国的分离物亲缘关系较近,相似度为99.9%~100%,与来自中国浙江杭州地区(建德、萧山)、江苏、山东的分离物相似度为99.5%~99.6%,与俄罗斯、美国的分离物亲缘关系较远,相似度在95.3%~95.4%之间,表明本实验分离物可能与同源性较高的其他地区的分离物具有相同的侵染来源。抗性评价结果显示,在西瓜的9个品种中,浙蜜二号、丰乐五号为中度抗病,而最易感病的品种是抗病京欣,为中度感病;而在其他瓜类品种中,黄瓜津优一号和津绿一号为中度抗病;蒲瓜浙蒲六号和青蒲一号分别表现为低度感病和中度感病;瓠瓜圆瓠一号表现为低度感病。     

利用RT-PCR快速检测黄瓜绿斑驳花叶病毒

根据黄瓜绿斑驳花叶病毒（CGMMV）的外壳蛋白基因（CP基因）保守序列设计、合成引物,以感病西瓜、南瓜、玉米叶片组织总RNA为模板,进行cDNA合成和PCR扩增,并将扩增产物连接到pMD18-T载体上测序鉴定。核苷酸序列测定结果表明,此CP基因全长为654个核苷酸,与已报道的CGMMV的CP基因同源性为97%-100%。RT-PCR方法为检测CGMMV提供了操作更为简便、特异性更强的快速、准确的检测鉴定方法,是一种控制该潜在危险性有害生物蔓延的有效途径。     

瓜类褪绿黄化病毒在山东省的流行调查及西葫芦分离物全基因组扩增与序列分析

瓜类褪绿黄化病毒(cucurbit chlorotic yellows virus, CCYV)给我国葫芦科作物造成了严重的经济损失。2014—2019年持续调查山东葫芦科作物产区CCYV的发生情况。调查结果表明：CCYV可以自然侵染西瓜、甜瓜、南瓜、黄瓜和西葫芦,样品检出率由2014年的1.7%增加到2019年的29.1%,西葫芦地块发病严重有进一步蔓延的趋势。利用RT-PCR结合RACE技术扩增CCYV西葫芦分离物全基因组序列。结果表明：CCYV西葫芦分离株的基因组RNA1和RNA2与GenBank分离株的相似性均为99.6%～100%,基于CCYV全基因组的系统发育进化树均聚类在一个分支上,与各个蛋白的进化树和相似性分析结果一致,CCYV在传播的过程中与寄主无关但可能跟地理位置有关。本研究扩增分析了CCYV西葫芦分离物的基因组序列,对CCYV的变异现状和进化趋势研究具有一定的参考价值。     

黄瓜绿斑驳花叶病毒安徽分离物全基因组序列测定及分析

通过胶体金免疫层析试纸条和RT-PCR等手段对采自安徽和县的西瓜病株进行检测,确定其病原为黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)。为明确CGMMV安徽分离物CGMMV-Anhui的分类地位,进一步克隆了该病毒的全基因组序列,分析了其基因组结构特征。结果表明,CGMMV-Anhui基因组全长为6 423bp(GenBank登录号KT236095),与已报道的CGMMV的编码区的基因结构一致,仅5′和3′端非编码区核苷酸数目略有差异。将CGMMV-Anhui与已报道的分离物的全基因组序列和外壳蛋白基因序列进行系统发育分析,显示CGMMV不同分离物可分为亚洲和欧洲两个组,安徽分离物CGMMV-Anhui与亚洲分离物亲缘关系较近,可能具有共同的侵染源。     

黄瓜绿斑驳病毒河北分离物基因组克隆及序列分析

为揭示河北省黄瓜绿斑驳病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)分类地位及系统进化情况,通过分子克隆测定了来自河北省西瓜产区分离获得的分离物CGMMV-chb的近全基因组序列,分析其基因组结构特征;并依据近全基因组核苷酸序列及外壳蛋白氨基酸序列进行了系统进化关系分析。结果表明,CGMMV-chb近全基因组大小为6 383 nts,Gen Bank登录号为KJ658958,含4个开放阅读框,编码4种蛋白;与Gen Bank库中的其它12个CGMMV分离物的核苷酸相似性为92%~100%,氨基酸相似性为98%~100%。CGMMV-chb与韩国分离物CGMMV-KW基因序列相似性最高,为98%~100%,与以色列分离物CGMMV isolate Ec基因序列相似性最低,为92%~99%;系统进化关系中CGMMV-chb与其它中国分离物、日韩分离物亲缘关系较近,处于同一亚组的不同分支中,与以色列分离物亲缘关系相对较远。     

西瓜花叶病毒2号南瓜分离物的鉴定及其外壳蛋白基因序列分析

 利用电镜和酶联免疫吸附测定法(ELISA)在黑龙江省采集的南瓜病样中检测到西瓜花叶病毒2号(WMV-2)。再利用免疫PCR (IC-PCR)和反转录PCR (RT-PCR)方法,扩增获得其外壳蛋白(CP)基因片段,并克隆到pGEM-T载体中。核苷酸序列测定表明,该分离物CP基因全长为852个核苷酸,编码由284个氨基酸组成的31.8 kDa蛋白。与国外已报道的WMV-2 CP基因相比,其核苷酸序列同源性为92.2%~94.0%,由此推导的氨基酸序列同源性为94.5%~98.1%。与国内2个分离物相比,和山西分离物核苷酸和氨基酸的同源性都达到98.5%,和郑州分离物核苷酸和氨基酸的同源性分别为91.5%和95.0%。     

西瓜花叶病毒抗血清制备及其应用

 西瓜花叶病毒(Watermelon mosaic virus, WMV)是危害葫芦科作物的重要病毒。制备特异性强、效价高的抗血清对快速准确检测和鉴定WMV具有重要意义。本研究将WMV外壳蛋白(Coat protein,CP)基因克隆到原核表达载体pEHISTEV获得pEHISTEV-WMV-CP。将pEHISTEV-WMV-CP转化大肠杆菌Rosetta,经IPTG诱导,成功表达出分子量约为36 kDa的蛋白,与预期WMV CP大小一致。切胶回收WMV CP,与等体积弗氏不完全佐剂充分乳化后免疫健康新西兰大白兔。Western blotting结果表明,制备的抗血清与WMV CP有反应,与同属的番木瓜环斑病毒(Papaya ringspot virus,PRSV)、马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)、小西葫芦黄花叶病毒(Zucchini yellow mosaic virus, ZYMV)和烟草花叶病毒属的黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)均无反应。酶联免疫吸附测定(PTA-ELISA)结果表明,本研究制备的WMV抗血清效价为1∶8 192,并且能够检测稀释512倍的病毒汁液。利用该抗血清对田间采集的10个RT-PCR检测为阳性的样品进行检测,全部呈现阳性。本研究利用大肠杆菌表达的CP制备的WMV抗血清具有较高的特异性和灵敏度。研究结果为WMV的快速检测和鉴定奠定了基础。     

基于免核酸提取可视化RT-LAMP快速检测黄瓜绿斑驳花叶病毒

本文基于逆转录环介导恒温扩增(RT-LAMP)技术建立葫芦科作物中黄瓜绿斑驳花叶病毒(CGMMV)免核酸提取的可视化快速检测方法。根据CGMMV全基因组序列，筛选保守区域并设计特异性RT-LAMP检测引物。通过荧光扩增方法 (加SYTO-9)和可视化方法 (加钙黄绿素),开展RT-LMAP特异性、灵敏度和重现性试验分析。结果表明，优化筛选的引物组可以特异性地检测CGMMV,检测灵敏度达到4.21×10³ fg/μL,组内和组间变异系数均小于5%,重现性好。对瓜类作物田间种苗、植株叶片及市售种子等103份样品进行检测及一致性分析，表明该方法与基于RNA提取RT-LAMP、荧光RT-qPCR及免疫测试条检测结果之间的Kappa值均为1.0 (1～1, 95%置信区间),具有很好的一致性。基于免核酸提取的可视化RT-LAMP快检方法成为适合现场快速检测的理想选择，对于CGMMV危害葫芦科作物的田间监测以及疫情防控具有广泛的推广应用前景。     

基于全基因组序列的黄瓜绿斑驳花叶病毒重组和系统发育分析

 通过RT-PCR扩增了黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)济南分离物(CGMMV-JN)的基因组片段。序列测定结果表明CGMMV-JN基因组全长6 424核苷酸(nt),5′-和3′-UTR分别为60和176 nt,含有4个ORF,分别编码129 kDa和186 kDa复制酶相关蛋白、29 kDa移动蛋白及17.4 kDa外壳蛋白。CGMMV-JN与另外29个CGMMV分离物全基因组核苷酸序列一致率为90.0%~99.7%。重组分析发现韩国KOM(AF417243)、以色列EC(KF155231)、印度(DQ767631)和我国河北的CHB(KJ658958)4个分离物在RdRp编码区存在重组。系统发育分析结果表明,这些分离物可分成3个组。选择压力分析结果表明cp基因处于正选择,其它基因处于负选择。本文研究的结果为黄瓜绿斑驳花叶病毒的监测及防控提供了理论依据。     

侵染葫芦的黄瓜绿斑驳花叶病毒广西分离物分子鉴定

从广西南宁市郊温室大棚中的葫芦[Lagenaria siceraria(Molina)Stand.]上采集到一个表现脉绿、花叶症状的病毒样品,ELISA检测表明,该样品与黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)有密切的血清学关系,利用RT-PCR方法从样品中扩增获得约500bp的DNA片段,序列分析表明,该片段是CGMMV的外壳蛋白基因,暂将该病毒分离物定名为GX-BG。外壳蛋白基因核苷酸序列系统进化树分析表明,已报道的CGMMV主要分为3大群体,GX-BG与中国辽宁分离物(CGMMV-LN)分别属于不同的群体。     

Characterization of a potyvirus from eggplant (Solanum melongena) as a strain of potato virus Y by N-terminal serology and sequence relationships

A potyvirus (eggplant mottle virus, EMoV) causing mosaic mottling in eggplant ( Solanum melongena ) was characterized on the basis of biological, serological and partial nucleotide sequence properties. EMoV infected Chenopodium amaranticolor and members of the Solanaceae. Polyclonal antiserum against EMoV showed antigenic relationship with henbane mosaic potyvirus (HMV) and potato Y potyvirus (PVY). Virus-specific antibodies directed to the N-terminal region of EMoV cross-reacted only with PVY. Determination and comparison of nucleotide sequence of the coat protein (CP) and the 3'-untranslated region (UTR) of EMoV with other potyviruses showed that the level of homology was highest with PVY isolates. Comparative sequence analyses of the CP amino acid and 3'-UTR sequences with distinct PVY isolates placed EMoV within the PVY^O subgroup.     

实时荧光RT-PCR方法检测黄瓜绿斑驳花叶病毒

根据黄瓜绿斑驳花叶病毒不同分离物外壳蛋白基因(CP)的保守序列,设计合成引物和TaqMan荧光探针,建立了黄瓜绿斑驳花叶病毒的实时荧光RT-PCR(Real time RT-PCR)检测方法.该方法利用TaqMan探针水解产生的荧光信号实时监测目标基因的扩增,实现PCR扩增与检测同步进行.结果表明,实时荧光RT-PCR方法检测灵敏度比普通RT-PCR高约10倍,并且具有快速、简便、准确的优点,适合于CGMMV的快速、高效检测.     

Characterization and detection ofCucumber green mottle mosaic virus in Greece

The host range specificity of Greek isolates ofCucumber green mottle mosaic virus (CGMMV) was determined and the ability of the virus to retain its infectivity in naturally contaminated soil, after storage at 4°C for at least 10 months, was established. An immunocapture RT-PCR protocol was developed for the detection of the virus and proved to be 10⁵ times more sensitive than DAS-ELISA and 10² times more sensitive than F(ab’)₂-ELISA using F(ab’)₂ fragments that were prepared from an antiserum, which was raised against a local virus isolate. In order to clarify dissimilarities that were revelaed between the coat protein (CP) genes of the Greek isolates after restriction mapping of their respective PCR products, the CP genes of three isolates were sequenced and found to be very similar but not identical to the CP gene of CGMMV-SH. http://www.phytoparasitica.org posting Aug. 27, 2002.     

Biological and molecular characterization of a new cucurbit-infecting tobamovirus

ABSTRACT An uncharacterized virus was isolated from greenhouse-grown cucumber plants. Biological and serological data described in the present study indicated that the virus belonged in the genus Tobamovirus. The host range of the virus included several plant species within the family Cucurbitaceae. The virus designated Cucumber fruit mottle mosaic virus (CFMMV) causes severe mottling or mosaic on cucumber fruits, and its fast spread within greenhouses could lead to significant economic losses in cucumber crops. The genome of CFMMV has been completely sequenced and its genome organization was typical of a Tobamovirus. However, its sequence was distinct from other described viruses within the group of cucurbit-infecting Tobamoviruses. Comparisons of sequences and phylogenetic analysis suggested that the cucurbit-infecting Tobamoviruses be separated into two subgroups: subgroup I comprising the strains and isolates referred to in the literature as Cucumber green mottle mosaic virus (CGMMV) (CV3, CV4, CGMMV-W, CGMMV-SH, and CGMMV-Is) and subgroup II comprising CFMMV, Kyuri green mottle mosaic virus (KGMMV), and the Yodo strain of CGMMV, which is closely related to KGMMV and may be considered a strain of it.