| 基于RNA-seq的番茄青枯病响应基因鉴定与表达分析 |
| |
| 引用本文： | 史建磊,熊自立,苏世闻,王克磊,宰文珊. 基于RNA-seq的番茄青枯病响应基因鉴定与表达分析[J]. 华北农学报, 2022, 37(2): 171-182. DOI: 10.7668/hbnxb.20192621 |
| |
| 作者姓名： | 史建磊 熊自立 苏世闻 王克磊 宰文珊 |
| |
| 作者单位： | 温州科技职业学院,浙江 温州 325006;福建农林大学 农学院,福建 福州 350002,温州科技职业学院,浙江 温州 325006 |
| |
| 基金项目： | 浙江省农业新品种选育重大科技专项子课题(2021C02065);;温州市基础性科研项目(N20180003); |
| |
| 摘 要： | 为了挖掘番茄青枯病抗性基因,对青枯菌侵染前后的不同番茄自交系进行转录组测序(RNA-seq)。结果发现,在12个样本中共获得75.02 Gb的高质量数据,以差异倍数(FC)≥2且错误发现率(FDR)<0.01为标准,在抗、感番茄中分别获得970,695个差异表达基因(DEGs),共计1 312个,占基因总数的3.71%。其中,上调基因数目分别为457,450个,共计693个;下调基因数目分别为513,245个,共计621个。这些DEGs中,有836个材料特异DEGs。通过GO和KEGG注释,这些DEGs主要分为代谢、调控、响应、结合和催化等47个功能组和DNA复制、次生物质合成、植物-病原物互作、信号转导等88个代谢通路,涉及4个NBS类抗病基因、6个植病互作基因、11个植物激素信号转导基因、22个防御反应基因、32个蛋白激酶、65个转录因子和多个其他重要功能基因,表明这些基因在响应Rs方面扮演着重要角色。启动子分析发现,这些基因含有多个防御与胁迫响应相关元件。选取50个代表基因进行RT-qPCR验证,发现超过1/2的基因表达变化趋势与RNA-seq结果一致。Solyc02g08...
|
| 关 键 词： | 番茄 青枯菌 转录组 差异表达基因 基因注释 定量表达 |
Identification and Expression Analysis of Bacterial Wilt Response Genes Based on RNA-seq in Tomato |
| |
| SHI Jianlei,XIONG Zili,SU Shiwen,WANG Kelei,ZAI Wenshan. Identification and Expression Analysis of Bacterial Wilt Response Genes Based on RNA-seq in Tomato[J]. Acta Agriculturae Boreali-Sinica, 2022, 37(2): 171-182. DOI: 10.7668/hbnxb.20192621 |
| |
| Authors: | SHI Jianlei XIONG Zili SU Shiwen WANG Kelei ZAI Wenshan |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | |
| 本文献已被 万方数据 等数据库收录！ |
|
