| 基于基因组结构变异构建萝卜种质资源分子身份证 |
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| 引用本文： | 严承欢,崔磊,任志勇,黄燕,矫振彪,朱凤娟,张振兴,甘彩霞,邓晓辉,邱正明.基于基因组结构变异构建萝卜种质资源分子身份证[J].中国蔬菜,2022(1):49-57. |
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| 作者姓名： | 严承欢 崔磊 任志勇 黄燕 矫振彪 朱凤娟 张振兴 甘彩霞 邓晓辉 邱正明 |
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| 作者单位： | 湖北省农业科学院经济作物研究所;华中农业大学园艺林学学院 |
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| 基金项目： | 国家重点研发计划项目(2021YFD1600303);国家大宗蔬菜产业技术体系项目(CARS-23-B06);国家自然科学基金项目(31902058);湖北省农业科学院青年科学基金项目(2020NKYJJ04)。 |
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| 摘 要： | 萝卜种质资源类型多样,难以通过表型评价判定其亲缘关系。本试验整合4份萝卜全基因组重测序数据和520份萝卜简化基因组测序数据进行生物信息学分析,鉴定了萝卜群体基因组水平的结构变异,开发了24个通用性的分子标记。使用上述标记对255份萝卜种质进行基因分型,构建了相应的萝卜分子身份证。聚类分析结果表明,在相关系数0.55处可将255份萝卜种质分为4个类群。基于基因组水平的大片段插入/缺失开发分子标记,具有通用性高、成本低、检测方便等优点,可以促进萝卜的种质纯度鉴定及分子育种工作。
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| 关 键 词： | 萝卜 结构变异 重测序 分子身份证 种质资源 |
Establishment of Molecular Identify Card for Radish Germplasm Resources Based on Genome Structural Variation |
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| YAN Chenghuan,CUI Lei,REN Zhiyong,HUANG Yan,JIAO Zhenbiao,ZHU Fengjuan,ZHANG Zhenxing,GAN Caixia,DENG Xiaohui,QIU Zhengming.Establishment of Molecular Identify Card for Radish Germplasm Resources Based on Genome Structural Variation[J].China Vegetables,2022(1):49-57. |
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| Authors: | YAN Chenghuan CUI Lei REN Zhiyong HUANG Yan JIAO Zhenbiao ZHU Fengjuan ZHANG Zhenxing GAN Caixia DENG Xiaohui QIU Zhengming |
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| Institution: | (Hubei Key Laboratory of Vegetable Germplasm Enhancement and Genetic Improvement,Institute of Economic Crops,Hubei Academy of Agricultural Sciences,Wuhan 430064,Hubei,China;College of Horticulture and Forestry Sciences,Huazhong Agricultural University,Wuhan 430070,Hubei,China) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | radish structural variation DNA re-sequencing molecular identify card germplasm resources |
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