地熊蜂基因组中具有潜在活性的转座子鉴定

转座因子(TEs)是真核生物基因组的主要序列成分,对真核生物基因组的结构、功能及进化具有重大影响。近年来,虽然有关昆虫转座子的研究在不断增加,并且科学家成功地应用转座子进行了功能基因的挖掘,但相关研究主要集中于双翅目的果蝇中。本研究利用生物信息学方法,基于de novo预测和结构预测两种策略,对地熊蜂参考基因组中的转座子进行了详细鉴定、分类和注释,并鉴定出潜在活跃的转座子。结果显示:虽然转座子序列仅占地熊蜂基因组全部序列的3.74%,但其超家族种类繁多,鉴定出的33282个转座子分属于22个超家族。本研究鉴定出2种具有潜在活性的MITE转座子,它们很可能正在地熊蜂基因组中发生转座。本研究为利用活跃的转座子创制地熊蜂的突变体库进而挖掘熊蜂的功能基因奠定了重要基础。