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| 牦牛miR-101的靶基因预测及生物信息学分析 | |
| 引用本文： | 凌笑笑,吴晓云,梁春年,唐朋,王宏博,包鹏甲,郭宪,阎萍. 牦牛miR-101的靶基因预测及生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2017, 44(9): 2580-2586. DOI: 10.16431/j.cnki.1671-7236.2017.09.006 |
| 作者姓名： | 凌笑笑 吴晓云 梁春年 唐朋 王宏博 包鹏甲 郭宪 阎萍 |
| 作者单位： | 1. 中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所, 兰州 730050; 2. 甘肃省牦牛繁育重点实验室, 兰州 730050; 3. 甘肃农业大学, 兰州 730050 |
| 基金项目： | 现代肉牛牦牛产业技术体系（CARS-38）；中国农业科学院创新工程项目（CAAS-ASTIP-2014-LIHPS-01） |
| 摘 要： | 本研究利用相关生物信息学软件和数据库对牦牛miR-101进行了靶基因预测与生物信息学分析。通过高通量测序获取牦牛miR-101的序列，并分析其序列保守性；选取TargetScan、miRanda、PicTar预测结果的交集并结合miRTarbase中已证实的靶基因集合，取二者并集，采用BINGO和DAVID数据库获得靶基因集合的本体注释，进行GO功能富集及Pathway信号通路富集分析。结果显示，miR-101序列在各物种间高度保守，miR-101调控的靶基因GO功能富集主要包括多细胞生物体发育、发育过程、系统发育、解剖结构发育、器官发育等基本生物学过程和蛋白连接、转录因子活性等分子功能；靶基因存在于细胞各个组分中，包括细胞质、细胞核、细胞器中；信号转导通路显著富集于MAPK信号通路（MAPK signaling pathway）、黏着斑（focal adhesion）、ErbB信号通路（ErbB signaling pathway）、Wnt信号通路（Wnt signaling pathway）、TGF-beta信号通路（TGF-beta signaling pathway）和mTOR信号通路（mTOR signaling pathway）中（P<0.05）。通过对牦牛miR-101靶基因的生物信息学分析，为进一步研究miR-101在牦牛肌肉发育中的作用奠定基础。 |
| 关 键 词： | 牦牛 miR-101 靶基因 生物信息学 |
| 收稿时间： | 2017-04-07 |
Bioinformatic Analysis and Prediction of miRNA-101 Target Genes in Yak |
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| LING Xiao-xiao,WU Xiao-yun,LIANG Chun-nian,TANG Peng,WANG Hong-bo,BAO Peng-jia,GUO Xian,YAN Ping. Bioinformatic Analysis and Prediction of miRNA-101 Target Genes in Yak[J]. China Animal Husbandry & Veterinary Medicine, 2017, 44(9): 2580-2586. DOI: 10.16431/j.cnki.1671-7236.2017.09.006 | |
| Authors: | LING Xiao-xiao WU Xiao-yun LIANG Chun-nian TANG Peng WANG Hong-bo BAO Peng-jia GUO Xian YAN Ping |
| Affiliation: | 1. Lanzhou Institute of Husbandry and Pharmaceutical Sciences, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Lanzhou 730050, China; 2. Key Laboratory for Yak Breeding Engineering, Lanzhou 730050, China; 3. Gansu Agricultural University, Lanzhou 730050, China |
| Abstract: | |
| Keywords: | yak miR-101 target genes bioinformatics |
| 本文献已被 CNKI 等数据库收录！ | |
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