| 长牡蛎17个fosmid-SSR标记的开发与分析 |
| |
| 引用本文： | 李慧娟,亓海刚,李莉,闫喜武,张国范.长牡蛎17个fosmid-SSR标记的开发与分析[J].水产学报,2011,35(10):1463-1468. |
| |
| 作者姓名： | 李慧娟 亓海刚 李莉 闫喜武 张国范 |
| |
| 作者单位： | 1. 大连海洋大学生命科学与技术学院,辽宁大连,116023
2. 中国科学院海洋研究所,山东青岛,266071 |
| |
| 基金项目： | 国家“九七三”重点基础研究发展计划(2010CB126402);国家自然科学基金重点项目(40730845);国家公益性行业(农业)科研专项(3-53) |
| |
| 摘 要： | 研究所用序列由长牡蛎fosmid文库末端测序获得。首先用TRF程序扫描序列获得一批重复单元为2碱基的候选SSR位点,然后在部分SSR序列两侧的保守区设计50对引物,对取自山东青岛的一个长牡蛎野生群体进行基因型分析。结果显示,共有17个SSR位点显示多态性,等位基因数(Na)平均为4,有效等位基因数(Ne)平均为2.82,平均杂合度观测值(Ho)和期望值(He)分别为0.395 9 和0.628 8。其中,11个位点的多态信息含量(PIC)值均大于0.5,共有49个等位基因,适合对长牡蛎群体遗传结构的分析;6个位点 0.25<PIC<0.5,为中度多态位点。χ2检验估计Hardy-Weinberg平衡,经Sequential Bonferroni校正后,除DEC_1以外,其他位点仍偏离平衡。将SSR附近10 000 bp内基因组预测的编码蛋白通过与NCBI的nr库blastp分析,共有13条微卫星序列获得连锁的相关基因功能注释。
|
| 关 键 词： | 长牡蛎 简单重复序列 基因组 遗传多样性 |
| 收稿时间： | 2/12/2011 8:30:24 PM |
| 修稿时间： | 5/6/2011 2:34:01 PM |
Development and analysis of 17 SSR from Crassostrea gigas fosmid database |
| |
| LI Hui-juan,QI Hai-gang,LI Li,YAN Xi-wu and ZHANG Guo-fan.Development and analysis of 17 SSR from Crassostrea gigas fosmid database[J].Journal of Fisheries of China,2011,35(10):1463-1468. |
| |
| Authors: | LI Hui-juan QI Hai-gang LI Li YAN Xi-wu and ZHANG Guo-fan |
| |
| Institution: | Dalian Ocean University,Institute of Oceanology,Chinese Academy of Sciences,TsingTao,Institute of Oceanology,Chinese Academy of Sciences,TsingTao,Dalian Ocean University,Institute of Oceanology,Chinese Academy of Sciences,TsingTao |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | Crassostrea gigas simple sequence repeat(SSR) genome genetic diversity |
| 本文献已被 万方数据 等数据库收录！ |
| 点击此处可从《水产学报》浏览原始摘要信息 |
| 点击此处可从《水产学报》下载免费的PDF全文 |
|
