| ssc-miR-486靶基因预测及生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 张秀秀,黄万龙,郭云涛,苗向阳. ssc-miR-486靶基因预测及生物信息学分析[J]. 华北农学报, 2016, 0(5): 62-70. DOI: 10.7668/hbnxb.2016.05.010 |
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| 作者姓名： | 张秀秀 黄万龙 郭云涛 苗向阳 |
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| 作者单位： | 中国农业科学院 北京畜牧兽医研究所,北京,100193 |
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| 基金项目： | 转基因生物新品种培育科技重大专项(2009ZX08008-004B；2008ZX08008-003)；国家“863”计划项目(2008AA10Z140)；国家自然科学基金项目(30571339)；中国农业科学院农业科技创新项目(ASTIP-IAS05)；国家重点基础研究发展计划(“973”计划项目)(2015 CB943100)；中国农业科学院创新基金项目(2004-院-1)；中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金项目(2013ywf-yb-5；2013ywf-zd-2) |
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| 摘 要： | 通过对ssc-miR-486进行靶基因预测及生物信息学分析,以探索其影响猪脂肪沉积的作用机制。首先利用实时荧光定量PCR技术对脂肪沉积能力相差较大的莱芜猪和大白猪皮下脂肪组织中ssc-miR-486表达情况进行比较研究,然后利用miRBase、Ensembl、NCBI等数据库及miRanda、PITA、RNAhybrid、Cytoscape、JASPAR、Promoter Scan等软件对ssc-miR-486进行生物信息学分析,包括保守性分析、转录因子结合位点预测、靶基因预测、GO富集分析和KEGG信号通路富集分析。结果表明,ssc-miR-486在脂肪沉积能力较强的莱芜猪皮下脂肪组织中发生显著上调。生物信息学分析结果发现,miR-486在各物种间非常保守,ssc-miR-486启动子区域有SREBP1、SREBP2等多个转录因子结合位点,获得的229个靶基因显著富集于脂质代谢、脂质生物合成、细胞代谢等生物学过程及类固醇生物合成、磷脂肌醇代谢、PPAR等信号转导通路中。结果表明,ssc-miR-486参与了猪脂肪沉积或脂肪代谢的调控,为今后研究脂肪沉积提供基础理论支撑。
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| 关 键 词： | ssc-miR-486 生物信息学 脂肪沉积 猪 |
Target Gene Prediction and Bioinformatics Analysis of ssc-miR-486 |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | ssc-miR-486 Bioinformatics Fat deposition Pig |
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