| 基于序列信息预测内含子保留型可变剪接 |
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| 引用本文： | 李敏,李瑞彬,邢永强,蔡禄. 基于序列信息预测内含子保留型可变剪接[J]. 湖北农业科学, 2016, 0(1): 208-213. DOI: 10.14088/j.cnki.issn0439-8114.2016.01.055 |
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| 作者姓名： | 李敏 李瑞彬 邢永强 蔡禄 |
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| 作者单位： | 内蒙古科技大学数理与生物工程学院,内蒙古包头,014010 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(61271448)，内蒙古自然科学基金项目(2014MS0312;2013MS0514)，内蒙古科技大学创新基金项目(2014QDL012) |
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| 摘 要： | 可变剪接是遗传信息传递与表达的重要环节,真核生物多外显子基因pre-m RNA的可变剪接现象非常普遍。可变剪接增加了蛋白质的多样性,影响诸如细胞组织特异性分化、个体发育、疾病发生等重要的生物学过程。基于内含子的k-mer(k=1…5)信息,利用多样性增量结合二次判别的方法,对保留型内含子和组成型内含子进行了区分。五折交叉检验显示的预测总精度、敏感性和特异性均大于70%。表明内含子的序列信息可能对保留型内含子的剪接有重要调控作用。
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| 关 键 词： | 可变剪接 内含子保留 多样性增量 二次判别函数 |
Prediction of Alternative Splicing Sites of Intron Retention Based on the Sequence Information |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | alternative splicing retained intron increment of diversity quadratically integrable function |
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