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基于EST序列的玫瑰EST-SNP位点发掘与分析
引用本文:梁芳,张继,吕平,龙凌云,黄惠芳,檀小辉,韦丽君. 基于EST序列的玫瑰EST-SNP位点发掘与分析[J]. 南方农业学报, 2016, 47(3): 325-331. DOI: 10.3969/j:issn.2095-1191.2016.03.325
作者姓名:梁芳  张继  吕平  龙凌云  黄惠芳  檀小辉  韦丽君
作者单位:玉林师范学院/广西高校桂东南珍稀经济物种保护利用重点实验室培育基地,广西玉林,537000广西亚热带作物研究所,南宁,530001
基金项目:玉林师范学院青年科研项目(2012YJQN07),广西亚热带作物研究所科研专项项目(桂热研201307;桂热研201401)
摘    要:[目的]发掘出一批玫瑰SNP候选位点,为进一步开发玫瑰EST-SNP标记及研究玫瑰遗传背景、相关性状的分子标记等打下基础.[方法]从美国国立生物技术信息中心(NCBI)的dbEST数据库下载27125条玫瑰EST序列,经生物信息学方法分析,发掘玫瑰EST-SNP位点,并对其所在核苷酸序列进行功能注释分析.[结果]对27125条EST进行拼接,共得到3544条重叠群(Contigs),其中有243个Contigs含有SNP候选位点.从中筛选出224个候选EST-SNP位点,其碱基突变类型中转换和颠换的数量分别占SNP候选位点总数的59.8%和27.2%.通过序列比对分析,发现有22个SNP位点来源于蔷薇科植物(与玫瑰同科),其中来源于野草莓的基因最多(8个),另有15个SNP位点所在的EST序列与某些软体动物门物种的基因具有较高同源性.[结论]NCBI中的玫瑰EST数据库数据庞大,足够发掘出大量的SNP标记,使得以EST-SNP对蔷薇科玫瑰等植物进行品种鉴定、分类、遗传多样性分析具有可行性.

关 键 词:玫瑰   EST序列   SNP位点   生物信息学   NCBI

Discovery and analysis of Rosa rugosa EST-SNP site based on EST sequences
LIANG Fang,ZHANG Ji,LYU Ping,LONG Ling-yun,HUANG Hui-fang,TAN Xiao-hui,WEI Li-jun. Discovery and analysis of Rosa rugosa EST-SNP site based on EST sequences[J]. Journal of Southern Agriculture, 2016, 47(3): 325-331. DOI: 10.3969/j:issn.2095-1191.2016.03.325
Authors:LIANG Fang  ZHANG Ji  LYU Ping  LONG Ling-yun  HUANG Hui-fang  TAN Xiao-hui  WEI Li-jun
Abstract:
Keywords:Rosa rugosa  EST sequence  SNP site  bioinformatics  NCBI
本文献已被 CNKI 万方数据 等数据库收录!
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