基于InDel标记的谷子株高QTL定位

插入/缺失（InDel）标记在植物基因组中广泛分布，然而谷子中InDel标记的数量十分有限。为挖掘InDel位点和开发分子标记，本研究基于衡谷12号和长农35号的深度重测序结果，分析其单核苷酸多态性（SNP）、InDel和结构变异（SV）。利用JoinMap 4软件构建连锁遗传图谱，利用WinQTLCart 2.5软件定位株高数量性状位点（QTL），利用生物信息学、测序和实时荧光定量PCR(qRT-PCR)进行候选基因分析。研究表明，3种变异类型数量由多到少排序为SNP>InDel>SV；获得1 392个在衡谷12号和长农35号中具有多态性的InDel标记，多态性率为35.14%，这些标记在谷子9条染色体上分布不均；获得一张包含467个InDel标记的谷子遗传连锁图谱，该图谱总图距448.45 cM，平均图距0.96 cM；利用F2群体定位了4个株高QTL(qPH5-1、qPH5-2、qPH9-1和qPH9-2)，进一步利用重组自交系（RIL）群体对其中2个效应值较大的QTL(qPH5-1和qPH9-2)进行验证，结果重新检测到qPH9-2，似然比的自然对数（LOD）值为9...