| 利用选择性清除方法鉴定牛繁殖性状相关的候选基因 |
| |
| 引用本文： | 吕世杰,陈付英,张子敬,王李辉,张松山,王二耀,徐照学,施巧婷.利用选择性清除方法鉴定牛繁殖性状相关的候选基因[J].河南农业科学,2020,49(7):133-138. |
| |
| 作者姓名： | 吕世杰 陈付英 张子敬 王李辉 张松山 王二耀 徐照学 施巧婷 |
| |
| 作者单位： | 河南省农业科学院 畜牧兽医研究所,河南 郑州 450002;河南省畜禽繁育与营养调控重点实验室,河南 郑州 450002;平顶山市动物疫病预防控制中心,河南 平顶山 467000;平顶山市畜产品质量安全监测中心,河南 平顶山 467000 |
| |
| 基金项目： | 国家肉牛牦牛产业技术体系项目;河南省肉牛产业技术体系项目;国家重点研发计划;河南省农业科学院科技创新创意项目 |
| |
| 摘 要： | 为探究与牛繁殖性状相关的候选基因组区域和候选基因,采集97头郏县红牛和32头中国荷斯坦奶牛母牛血样并提取基因组DNA,利用简化基因组测序(SLAF-seq)技术获得了其全基因组SNP标记及个体基因型。通过计算各SNP位点的遗传分化系数(Fst)和核苷酸多态性(πratio),利用选择性清除方法筛选2个品种间差异的基因组区域,并与动物QTL数据库中牛繁殖性状相关QTLs进行比对,将重合区域作为候选区域。在Animal Omics Database数据库中查看候选区域内基因在母牛繁殖相关组织中的表达情况,将表达量高(FPKM10)的基因优先作为候选基因。结果显示,根据Fst值和πratio值的99%分位数(Fst0.390,πratio1.49)筛选得到了42个品种间高度差异的基因组区域,其中11个基因组区域与繁殖性状QTL重合。其中,9个基因在卵巢、输卵管壶腹部或黄体中表达(FPKM1)。CFDP1、CFDP2和FAM204A基因在各组织中均高表达(FPKM10)。以上结果提示,CFDP1、CFDP2和FAM204A基因可优先作为牛繁殖性状相关候选基因。
|
| 关 键 词： | 郏县红牛 中国荷斯坦奶牛 繁殖性状 选择性清除 遗传分化系数 |
| 本文献已被 CNKI 万方数据 等数据库收录！ |
|
