基于转录组的芒果MYB家族基因的鉴定及分析 |
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引用本文: | 郑斌,武红霞,王松标,马小卫,许文天,罗纯,姚全胜.基于转录组的芒果MYB家族基因的鉴定及分析[J].热带作物学报,2017(7):1285-1294. |
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作者姓名: | 郑斌 武红霞 王松标 马小卫 许文天 罗纯 姚全胜 |
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作者单位: | 中国热带农业科学院南亚热带作物研究所 农业部热带果树生物学重点实验室 广东湛江 524091 |
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基金项目: | 农业行业科研专项子项目(201203092-3),广东省自然科学基金-粤西北创新人才专项(2016A030307006) |
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摘 要: | MYB家族作为植物中较大的转录因子家族之一,参与调控植物的多种生理活动。本研究基于芒果果实转录组测序结果,鉴定出71个MYB家族蛋白,其中包含1个4R-MYB蛋白、3个R1R2R3-MYB蛋白、60个R2R3-MYB蛋白和7个MYB相关蛋白。进化树及基序分析表明:除个别蛋白外,相同类型的MYB蛋白均聚在一起,且相近分支的MYB蛋白具有相同或相似的基序。60个全长MYB家族蛋白中,大部分为不稳定蛋白,且均为不含跨膜结构和信号肽的亲水性蛋白,亚细胞定位分析均定位于细胞核。进化树分析发现芒果R2R3-MYB蛋白与拟南芥有较高的保守性。R2R3-MYB蛋白保守域分析发现,R2和R3结构域均有多个氨基酸保守不变。GO分析发现芒果R2R3-MYB蛋白共注释到生物学过程、细胞组分和分子功能3大类功能的15个亚类。
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关 键 词: | 芒果 MYB家族基因 R2R3-MYB 生物信息学 |
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