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| 葡萄全基因组SSR分析和数据库构建 | |
| 引用本文： | 蔡斌,李成慧,姚泉洪,周军,陶建敏,章镇. 葡萄全基因组SSR分析和数据库构建[J]. 南京农业大学学报, 2009, 32(4) |
| 作者姓名： | 蔡斌 李成慧 姚泉洪 周军 陶建敏 章镇 |
| 作者单位： | 1. 南京农业大学园艺学院,江苏 南京 210095;上海市农业科学院生物技术研究所,上海 201106 2. 苏州农业职业技术学院,江苏 苏州,215008 3. 上海市农业科学院生物技术研究所,上海,201106 4. 南京农业大学园艺学院,江苏 南京,210095 |
| 基金项目： | 上海市科委基础研究重大项目，国家自然科学基金项目，国家863计划项目 |
| 摘 要： | 利用Perl语言开发了用于探寻基因组SSR的程序SSRFinder,并利用其从法国国家基因测序中心(Genoscope)公布的欧亚种葡萄(Vitis vinifera L.)黑比诺品系PN40024的基因组序列中检索到114 520个SSR.其中含单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复单元的SSR数目分别为37 648(329%)、30 123(263%)、18 705(163%)、14 566(127%)、3 492(30%)和9 986(87%)个.在各类SSR中,不同核苷酸组成的重复单元频率间存在较大的差异,其中富含A/T重复单元的SSR频率最高,而富含C/G重复单元的SSR频率最低.SSR在基因组上主要分布在基因间隔区,其次是基因的非翻译区,在编码区的分布密度最小.三核苷酸和六核苷酸SSR在翻译区的分布密度明显高于其他类型的SSR.利用这些SSR序列共设计出80 065(699%)对SSR引物.另外,本研究开发了一个基于Web界面的SSR数据库DGSSR,收录和注释全基因组与EST的SSR,并提供了查询界面,网址为http://wwwyaolabshcn/ssr. |
| 关 键 词： | 欧亚种葡萄 基因组 数据库 |
Analysis of SSRs in grape genome and development of SSR database |
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| CAI Bin,LI Cheng-hui,YAO Quan-hong,ZHOU Jun,TAO Jian-min,ZHANG Zhen. Analysis of SSRs in grape genome and development of SSR database[J]. Journal of Nanjing Agricultural University, 2009, 32(4) | |
| Authors: | CAI Bin LI Cheng-hui YAO Quan-hong ZHOU Jun TAO Jian-min ZHANG Zhen |
| Abstract: | |
| Keywords: | SSR |
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