香蕉根系转录组SSR位点信息分析 |
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引用本文: | 王静毅,刘菊华,王卓,金志强,徐碧玉. 香蕉根系转录组SSR位点信息分析[J]. 中国农学通报, 2019, 35(28): 38-43. DOI: 10.11924/j.issn.1000-6850.casb18050026 |
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作者姓名: | 王静毅 刘菊华 王卓 金志强 徐碧玉 |
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作者单位: | 中国热带农业科学院热带生物技术研究所 |
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基金项目: | 海南省重点研发计划项目“香蕉新品种选育的分子标记技术研发与应用”(ZDYF2018097);国家现代农业产业技术体系项目“国家香蕉产 业技术体系”(CARS-31)。 |
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摘 要: | 分析香蕉根系转录组中的SSR位点信息,并设计SSR引物,为开发新的分子标记奠定基础。利用MISA工具对香蕉根系转录组unigene序列进行SSR检索。从25158条unigene中共发现4663个SSR,分布在3820条unigene序列中,出现频率为18.53%,平均每7.77 kb含有1个SSR位点,共有58种重复基元。香蕉根系转录组中,二、三核苷酸重复基元所占比例最大,分别为40.50%和40.63%;二者分别以AG/CT和AGG/CCT重复基元为主,分别占该重复基元的88.03%和30.83%。SSR重复次数以5~9次为主,基序长度主要分布于12~20 bp,平均长度为18.80 bp。香蕉根系转录组SSR位点频率、密度较高,类型多样,在香蕉遗传多样性研究及分子标记辅助育种中有较大应用潜能。
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关 键 词: | 车前属 车前属 车前 大车前 平车前 种子生物学 |
收稿时间: | 2018-05-08 |
Bioinformatic Analysis of Simple Sequence Repeat (SSR) Loci in Banana (Musa acuminata L.) Root Transcriptome |
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Abstract: | |
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Keywords: | |
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