| 利用WGCNA鉴定甘蓝型油菜低温胁迫的基因共表达网络 |
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| 引用本文： | 秦梦凡,李浩东,左凯峰,郭娜,徐宇,黄镇,徐爱遐. 利用WGCNA鉴定甘蓝型油菜低温胁迫的基因共表达网络[J]. 中国油料作物学报, 2020, 42(4): 554. DOI: 10.19802/j.issn.1007-9084.2020152 |
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| 作者姓名： | 秦梦凡 李浩东 左凯峰 郭娜 徐宇 黄镇 徐爱遐 |
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| 作者单位： | 西北农林科技大学旱区作物逆境生物学国家重点实验室/农学院，陕西杨凌，712100 |
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| 基金项目： | “十三五”国家重点研发计划（2016YFD0101300、2018YFD0100600）；国家科技重大专项（2018ZX08020001-011） |
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| 摘 要： | 为了解甘蓝型油菜受低温胁迫时的共表达网络，运用加权基因共表达网络分析（weighted gene co-expres⁃sion network analysis, WGCNA）方法，利用2个抗冻响应有差别的甘蓝型油菜材料HX17和HX58不同低温处理的36个RNA-seq数据，通过过滤低表达基因，筛选表达水平变异最大的前15 000个基因用于WGCNA分析，共鉴定到16个基因共表达模块。结合转录因子预测、冷相关基因预测、模块基因的gene ontology（GO）富集及表达分析，确定了brown模块为响应冻害胁迫的共同模块、pink模块为HX17耐寒特异性模块，并构建了基因共表达网络，为油菜抗寒/抗冻机制研究提供新的依据。
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| 关 键 词： | 甘蓝型油菜 冷驯化 冷休克 加权基因共表达网络 |
Identification of co-expression networks responding to low-temperature stress by WGCNA in Brassica napus L. |
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| QIN Meng-fan,LI Hao-dong,ZUO Kai-feng,GUO Na,XU Yu,HUANG Zhen,XU Ai-xia. Identification of co-expression networks responding to low-temperature stress by WGCNA in Brassica napus L.[J]. Chinese Journal of Oil Crop Sciences, 2020, 42(4): 554. DOI: 10.19802/j.issn.1007-9084.2020152 |
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| Authors: | QIN Meng-fan LI Hao-dong ZUO Kai-feng GUO Na XU Yu HUANG Zhen XU Ai-xia |
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| Affiliation: | State Key Laboratory of Crop Stress Biology for Arid Areas and College of Agronomy, Northwest A&F University,Yangling 712100, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | rapeseed (Brassica napus L.) cold acclimation cold shock weighted gene co-expression net?work |
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