| 鲤基因组中1个新Tcl类转座子的发现与鉴定 |
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| 引用本文： | 王全乐,冀培丰,徐鹏,孙效文. 鲤基因组中1个新Tcl类转座子的发现与鉴定[J]. 中国水产科学, 2011, 18(6). DOI: 10.3724/SP.J.1118.2011.01392 |
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| 作者姓名： | 王全乐 冀培丰 徐鹏 孙效文 |
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| 作者单位： | 1. 中国水产科学研究院生物技术研究中心,北京100141;上海海洋大学水产与生命学院,上海201306
2. 中国水产科学研究院生物技术研究中心,北京,100141 |
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| 基金项目： | 国家863计划项目，农业部公益性行业科研专项项目，中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金项目 |
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| 摘 要： | 在鲤(Cyprinus carpio)基因组中鉴别出一个新的具有潜在转座活性的Tcl类转座子,并命名为CCTN转座子(Cyprinus carpio Transposon,CCTN).CCTN转座子全长l 611 bp,由两端约214 bp的反向重复序列(Inverted Repeat,IR)和中间不间断的996 bp的转座酶开放阅读框(Open Reading Frame,ORF)组成.CCTN转座子推测的转座酶序列中存在完整的DD(34)E结构域,此结构域是Tel类转座酶作用的必需位点之一.采用实时荧光定量PCR评估CCTN转座子在鲤基因组中的拷贝数约为2.28×103,占全基因组的0.21％.分子系统学研究表明,CCTN转座子是一个新的鱼类Tcl类转座子,其与斑马鱼(Danio rerio)Tzf-28、大西洋鲑(Salmo salar)SALT1和鲽(Pleuronectes platessa)PPTN2等Tcl类转座子亲缘关系较近.
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| 关 键 词： | Tcl 转座子 鲤 拷贝数 重复序列 |
Identification and characterization of a novel Tcl-like transposon in the Cyprinus carpio genome |
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| WANG Quanle,JI Peifeng,XU Peng,SUN Xiaowen. Identification and characterization of a novel Tcl-like transposon in the Cyprinus carpio genome[J]. Journal of Fishery Sciences of China, 2011, 18(6). DOI: 10.3724/SP.J.1118.2011.01392 |
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| Authors: | WANG Quanle JI Peifeng XU Peng SUN Xiaowen |
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