| 基于转录组信息的叶用莴苣MADS-box转录因子家族分析 |
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| 引用本文： | 郝新迪,许梦男,董波波,陈丽,刘超杰,范双喜,韩莹琰. 基于转录组信息的叶用莴苣MADS-box转录因子家族分析[J]. 北京农学院学报, 2021, 36(4): 14-19. DOI: 10.13473/j.cnki.issn.1002-3186.2021.0403 |
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| 作者姓名： | 郝新迪 许梦男 董波波 陈丽 刘超杰 范双喜 韩莹琰 |
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| 作者单位： | 北京农学院植物科学技术学院/农业应用新技术北京市重点实验室,北京102206 |
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| 摘 要： | [目的]基于转录组数据鉴定分析叶用莴苣MADS-box基因家族,筛选高温促进叶用莴苣抽薹过程中MADS-box家族特异性表达的基因,以期为叶用莴苣高温诱导抽薹的分子机制鉴定提供理论依据.[方法]从叶用莴苣转录组数据中鉴定获得MADS-box家族转录因子并进行生物信息学分析,利用qRT-PCR技术分析叶用莴苣易抽薹品种'S39'在高温处理下MADS-box基因的表达模式.[结果]在叶用莴苣转录组中共鉴定到14个MADS-box转录因子,其编码的蛋白质含有212～253个氨基酸,蛋白质大小为24026.50～29380.16 Da,理论等电点范围为5.27～9.44,其中2个为稳定蛋白,12个属于不稳定蛋白,均为亲水性蛋白.亚细胞定位预测结果显示所有蛋白质均定位于细胞核.qRT-PCR结果表明,在高温处理下,LsMADS32表达量无显著规律;Ls-MADS16和LsMADS37表达总体呈下降趋势;LsMADS5,LsMADS14,LsMADS15,LsMADS29,LsMADS35,LsMADS39,LsMADS43,LsMADS45,LsMADS48,LsMADS54和LsMADS56表达趋势基本相同,呈先上升后下降趋势,LsMADS15在高温处理7d后达到峰值,其他基因在高温处理5d后达到峰值,其中LsMADS54在高温处理5d后骤升1000倍,LsMADS56在高温处理5d后骤升70倍.[结论]MADS-box家族中的部分成员可能与高温诱导抽薹密切相关,LsMADS54和LsMADS56是叶用莴苣响应高温诱导后抽薹开花调控网络中的潜在的重要转录因子.
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| 关 键 词： | 叶用莴苣 高温 胁迫 抽薹 MADS-box 生物信息学 分析 |
Analysis of MADS-box transcription factor family based on transcriptome sequencing in lettuce |
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| HAO Xindi,XU Mengnan,DONG Bobo,CHEN Li,LIU Chaojie,FAN Shuangxi,HAN Yingyan. Analysis of MADS-box transcription factor family based on transcriptome sequencing in lettuce[J]. Journal of Beijing Agricultural College, 2021, 36(4): 14-19. DOI: 10.13473/j.cnki.issn.1002-3186.2021.0403 |
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| Authors: | HAO Xindi XU Mengnan DONG Bobo CHEN Li LIU Chaojie FAN Shuangxi HAN Yingyan |
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