文冠果转录组SSR特征分析及EST-SSR标记开发 |
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引用本文: | 刘玉林,李 伟,董树斌,等.文冠果转录组SSR特征分析及EST-SSR标记开发[J].西北农林科技大学学报(社会科学版),2017,45(3):89-95. |
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作者姓名: | 刘玉林 李 伟 董树斌 等 |
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作者单位: | 西北农林科技大学 林学院;北京林业大学 生物科学与技术学院,北京林业大学 生物科学与技术学院,北京林业大学 自然保护区学院 |
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基金项目: | 国家“十二五”科技支撑计划项目(2011BAD22B08);国家林业公益性行业科研专项(201004001);西北农林科技大学博士科研启动基金项目(Z109021508) |
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摘 要: | 【目的】利用高通量测序技术分析文冠果转录组中SSR位点分布类型与特征,并设计开发EST-SSR标记,为文冠果的遗传多样性分析提供标记资源。【方法】利用MISA软件筛选文冠果51 867条unigenes中的SSR(2~6bp)位点,统计分析SSR位点的分布特征、发生频率和平均分布距离。利用Prime 3在线软件随机设计合成60对EST-SSR标记,用我国7个省份的16份文冠果材料对所设计的标记进行多态性筛选;用Popgene 32软件分析标记的等位基因数(NA)、观测杂合度(HO)、期望杂合度(HE)和多态性信息含量(PIC)等。【结果】从文冠果unigenes中筛选出6 707个SSR位点,其平均发生频率为12.93%,平均分布距离5.38kb,平均长度17.30bp,其中2、3核苷酸重复单元的发生频率分别为6.24%和4.93%。设计的60对标记中有47对能扩增出与目的片段长短相符的产物,其中14对多态性较高,共扩增到52个等位基因,HO和HE分别为0~0.813和0.353~0.762,PIC为0.283~0.701。【结论】文冠果转录组SSR重复单元以2、3核苷酸重复为主;新开发的14个EST-SSR标记可作为文冠果种质资源多样性分析的标记资源。
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关 键 词: | 文冠果 转录组 EST-SSR标记 多态性分析 |
收稿时间: | 2015/12/28 0:00:00 |
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