基于转录组测序与定量PCR技术挖掘北沙柳株型相关候选基因 |
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引用本文: | 贺嵘,赵恺,贺玉娇,阿拉腾苏和,王爱君,宁静,韩若霜,孙贵荣,张国盛.基于转录组测序与定量PCR技术挖掘北沙柳株型相关候选基因[J].浙江农业学报,2023(10):2332-2345. |
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作者姓名: | 贺嵘 赵恺 贺玉娇 阿拉腾苏和 王爱君 宁静 韩若霜 孙贵荣 张国盛 |
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作者单位: | 1. 内蒙古农业大学林学院;2. 鄂尔多斯市造林总场;3. 内蒙古林业科学研究院 |
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基金项目: | 内蒙古自治区自然科学基金项目(2018MS03013); |
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摘 要: | 为构建北沙柳株型分子辅助育种体系实现高效定向育种,采用水培群体转录组测序与野外训练群体定量PCR分析相结合的方法,以RNA-Seq分析中的基因表达量(FPKM值)与冠高比(株型特征值)的相关系数作为预测值,探讨北沙柳株型相关候选基因挖掘技术。结果表明,北沙柳冠高比与FPKM值间存在相关性,在水培预测群体和野外训练群体中保持基本一致的趋势。文献中已报道的株型(或者分枝)相关基因(TAC2、LAZY1b、ZFP4、TB1、SPA2、ABF2和PYL1)的预测值在0~0.6,ATX1、RFK1和FHY1基因(未报道与株型相关)的预测值较高(0.6~1.0),按照“基因个数最少,相关系数最高”的原则,选择双基因组合ATX1+FHY1作为鉴别北沙柳株形的基因。将形态学、转录组学作为一个整体来挖掘株型性状相关基因是本研究特色,研究结果也可为其他植物、其他性状的分子辅助育种提供理论基础。
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关 键 词: | 冠高比 相关系数 转录组测序技术 定量PCR技术 基因挖掘 北沙柳 |
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