| 6种鱼mtDNA D-loop及其邻近区段的序列比较分析 |
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| 引用本文： | 郝君,杨蔷,鲍迪,梁爱军,张兴华,董仕. 6种鱼mtDNA D-loop及其邻近区段的序列比较分析[J]. 大连水产学院学报, 2013, 28(2) |
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| 作者姓名： | 郝君 杨蔷 鲍迪 梁爱军 张兴华 董仕 |
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| 作者单位： | 天津师范大学生命科学学院天津市动植物抗性重点实验室,天津,300387 |
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| 基金项目： | 天津市动植物抗性重点实验室开放研究基金 |
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| 摘 要： | 采用PCR技术对乌克兰鳞鲤Cyprinus carpio、鲫Carassis auratus、鲢Hypophthalmichthys molitrix、鳙Aritichthys nobilis、草鱼Ctenopharyngodon idellus和乌苏里拟鲿Pseudobagrus ussuriensis共28个个体(分属于天津市动植物抗性重点实验室应用PCR-RFLP方法已检测出的不同单倍型)的mtDNA D-loop及其邻近区段进行扩增并测序,获得了大小为1 500～1 800 bp的扩增产物.用Clustal 1.83软件与GenBank中的鲤、金鱼、鲢、草鱼、长吻鮠5种鱼的mtDNA全序列进行排序比较,确定扩增产物包含完整的tRNAPm、Dloop、tRNAPhe序列以及12S rRNA长度约为400 bp的部分序列.将6种鱼共28个样本的序列提交GenBank后获得序列号为KC292921～ KC292948.运用Mega 4.0软件计算出6种鱼的碱基组成和碱基差异,基于Kimura双参数模型计算种间的遗传距离,并与GenBank中5种鱼的mtDNA序列一起构建NJ系统树.序列结构分析表明,在6种鱼序列的4个区段中,D-loop区段在种内、种间的差异性均高于另外3个区段.6种鱼NJ系统树的结果与传统分类方法一致,可为鱼类分类以及种类鉴定提供科学依据.另外,6种鱼各种单倍型均在所测得序列中找到相应的酶切位点,印证了RFLP实验结果,在酶切位点以外也发现了同种鱼的不同单倍型间存在碱基差异.
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| 关 键 词： | 乌克兰鳞鲤 鲫 鲢 鳙 草鱼 乌苏里拟鲿 D-loop NJ系统树 |
The sequence comparison of mtDNA D-loop and adjacent regions in six fish species |
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| HAO Jun , YANG Qiang , BAO Di , LIANG Ai-jun , ZHANG Xing-hua , DONG Shi. The sequence comparison of mtDNA D-loop and adjacent regions in six fish species[J]. Journal of Dalian Fisheries University, 2013, 28(2) |
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| Authors: | HAO Jun YANG Qiang BAO Di LIANG Ai-jun ZHANG Xing-hua DONG Shi |
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