| 多聚半乳糖醛酸酶基因家族的分子进化 |
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| 引用本文： | 张弿,曹家树. 多聚半乳糖醛酸酶基因家族的分子进化[J]. 农业生物技术学报, 2010, 18(1): 174-180. DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2010.01.026 |
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| 作者姓名： | 张弿 曹家树 |
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| 作者单位： | 1. 浙江大学蔬菜研究所细胞与分子生物学实验室,杭州,310029;青岛农业大学生命科学学院,青岛,266109
2. 浙江大学蔬菜研究所细胞与分子生物学实验室,杭州,310029 |
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| 摘 要： | 多聚半乳糖醛酸酶(polygalacturonase,PG)广泛存在于细菌、真菌和植物中,目前数据库中已积累了大量的序列资料.为了进一步了解PG基因家族的分子进化,以及其作为系统进化研究材料的可能性,本研究选取了88条来自不同物种包括细菌、真菌和植物的PG蛋白序列,用CLUSTALW程序对其氨基酸序列进行了联配,并用邻位相接法构建了系统进化树.结果表明,尽管不同来源的PG序列表现了很大的差异,但仍有4个保守性极强的结构域存在(~(175)NTD、~(197)DD、~(218)GHG和~(250)RIK);同时发现在PG序列中大多数的Cys 位点均具有较好的保守性,而且在细菌、真菌和植物的PG序列中各有自身保守的Cys位点,Cys的保守性体现了物种的分类关系;进一步构建分子进化树显示,PG基因基本上首先根据物种类型而聚类,明显地划分为细菌、真菌和植物三大类;其次,不同作用方式的内切PG(endo-PG)和外切PG(exo-PG)在各类群中也都处于完全独立的分支中.
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| 关 键 词： | 多聚半乳糖醛酸酶 序列联配 分子进化 |
Molecular Evolution of the Polygalacturonase Gene Family |
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| Zhang Tao , Cao Jiashu Laboratory of Cell , Molecular Biology. Molecular Evolution of the Polygalacturonase Gene Family[J]. Journal of Agricultural Biotechnology, 2010, 18(1): 174-180. DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2010.01.026 |
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| Authors: | Zhang Tao Cao Jiashu Laboratory of Cell & Molecular Biology |
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| Affiliation: | Zhang Tao 1,2 Cao Jiashu 1* 1 Laboratory of Cell & Molecular Biology,Institute of Vegetable Science,Zhejiang University,Hangzhou,310029,2 College of Life Science,Qingdao Agriculture University,Qingdao,266109 |
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| Abstract: | Polygalacturonase(PG) is widely distributed in bacteria,fungi and plants,and a number of PG sequences are now in the searchable databases.To further study the molecular evolution patterns of PGs and the feasibility of species phylogeny using PG gene,in this research,eghty-eight PG sequences of bacteria,fungi and plants were collected from GenBank,EMBL and DDBJ database.All sequence alignments were performed using the program Clustal W.The evolutionary tree was constructed by neighboring-joining(N-J) method.... |
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| Keywords: | Polygalacturonase Sequence alignments Molecular evolution |
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