| 猪CPB2基因可变剪接体的克隆及生物信息学研究 |
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| 引用本文： | 夏博策,张凯艺,苗佳坤,杨宇,彭焕祺,王彦芳,杨述林.猪CPB2基因可变剪接体的克隆及生物信息学研究[J].畜牧兽医学报,2022,53(10):3377-3390. |
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| 作者姓名： | 夏博策 张凯艺 苗佳坤 杨宇 彭焕祺 王彦芳 杨述林 |
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| 作者单位： | 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 动物营养学国家重点实验室, 北京 100193 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金（81770832；32070535）；中国农业科学院科技创新工程（ASTIP-IAS05） |
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| 摘 要： | 本研究旨在克隆猪CPB2基因的不同可变剪接体，预测对应蛋白的功能特性以及研究不同转录本表达特性。以健康状态和体重相同的3头12月龄巴马小型猪为试验动物，通过RT-PCR技术及基因平末端克隆技术扩增猪CPB2基因的CDS区及部分非编码区，利用生物信息学工具预测CPB2编码蛋白的基本生物学特征，利用RT-PCR技术检测CPB2基因在肝、心、肾、皮下脂肪、肠系膜脂肪、股二头肌和背最长肌中的表达特征。以实验室制备的代谢性疾病易感猪为试验动物，利用qRT-PCR技术检测CPB2基因在富营养饮食效应下肝中的表达特征。结果表明，本研究成功克隆出猪CPB2基因的3种可变剪接体（CPB2-1、CPB2-2和CPB2-3），其中CPB2-1与NCBI序列XM_001929146.4相同，CPB2-2和CPB2-3为新发现转录本。与CPB2-1相比，CPB2-2和CPB2-3发生了5'端可变剪接（alternative 5'splice site，A5SS）事件；CPB2-1编码423个氨基酸的酸性不稳定性蛋白，CPB2-2和CPB2-3编码同种281个氨基酸的碱性不稳定性蛋白；与CPB2-1相比，CPB2-2和CPB2-3缺少信号肽和激活肽，但具有相同羧肽酶活性结构域；CPB2基因3种转录本仅在肝和肾中表达，其他组织无表达；在富营养饮食诱导的代谢性疾病易感猪的肝中，CPB2-1（P<0.01）和CPB2-2（P<0.01）显著降低，CPB2-3未显著降低（P=0.14）。综上，本研究成功在肝中克隆了猪CPB2的3种可变剪接体，推测CPB2-1是行使纤溶与凝血等生理功能的正常转录本；新发现转录本CPB2-2和CPB2-3被留在肝和肾中可能具有羧肽酶活性和重要生理学功能；CPB2基因可能与代谢相关的慢性肝病存在一定联系。
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| 关 键 词： | 猪 CPB2 可变剪接 功能预测 表达特征 慢性肝病 |
| 收稿时间： | 2022-04-02 |
Cloning and Bioinformatics Study of Alternative Splicing Isoforms of Pig CPB2 Gene |
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| XIA Boce,ZHANG Kaiyi,MIAO Jiakun,YANG Yu,PENG Huanqi,WANG Yanfang,YANG Shulin.Cloning and Bioinformatics Study of Alternative Splicing Isoforms of Pig CPB2 Gene[J].Acta Veterinaria et Zootechnica Sinica,2022,53(10):3377-3390. |
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| Authors: | XIA Boce ZHANG Kaiyi MIAO Jiakun YANG Yu PENG Huanqi WANG Yanfang YANG Shulin |
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| Institution: | State Key Laboratory of Animal Nutrition, Institute of Animal Science, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing 100193, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | pig CPB2 alternative splicing function prediction expression characteristics chronic liver disease |
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