| 假茄科雷尔氏菌菌株RSCM的全基因组测序及基因组比较分析 |
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| 引用本文： | 丁善文,马紫君,蓝国兵,汤亚飞,何自福,佘小漫. 假茄科雷尔氏菌菌株RSCM的全基因组测序及基因组比较分析[J]. 植物保护学报, 2023, 50(5): 1137-1149 |
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| 作者姓名： | 丁善文 马紫君 蓝国兵 汤亚飞 何自福 佘小漫 |
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| 作者单位： | 广东省农业科学院植物保护研究所, 广东省植物保护新技术重点实验室, 农业农村部华南果蔬绿色防控重点实验室, 广州 510640 |
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| 基金项目： | 广东省重点领域研发计划（2020B0202090002）,广东省现代农业产业共性关键技术研发创新团队建设（2023KJ113）,科技创新战略专项资金（高水平农科院建设）（R2022YJ-YB3019,R2023PY-JG011）,广东省农业科学院“十四五”学科团队建设项目（202105TD） |
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| 摘 要： | 为丰富假茄科雷尔氏菌Ralstonia pseudosolanacearum基因组数据库并探索其致病机理,以前期从南瓜上分离的菌株RSCM为研究对象,采用第二代Illumina平台与第三代PacBio平台相结合的测序技术对其进行全基因组测序,利用SMRT Link、Arrow和eggNOG等软件对测序得到的原始数据进行组装、拼接和注释,并通过比较基因组方法分析其与菌株GMI1000的差异。结果表明,菌株RSCM基因组大小约为6 000 712 bp,由3 788 542 bp的环形染色体和2 212 170 bp的环形宏质粒组成,含有5 047个编码基因,其中分别有3 579、4 240、3 171个基因获得GO、COG和KEGG数据库的注释;在菌株RSCM基因组中预测到58个tRNA、4个5S rRNA、4个16S rRNA、4个23S r RNA和4个ncRNA,含有5个前噬菌体序列和35个基因组岛。ANI分析发现研究对象与菌株GMI1000的亲缘性最近,ANI值为99.0%;基因组对比分析结果显示,与菌株GMI1000相比,菌株RSCM中存在易位、倒置、易位兼倒置的基因有571个...
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| 关 键 词： | 假茄科雷尔氏菌 全基因组测序 比较基因组分析 特异基因 |
| 收稿时间： | 2023-06-01 |
Comparative genomics analysis of Ralstonia pseudosolanacearum RSCM causing bacterial wilt of pumpkin Cucurbita maxima |
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| Ding Shanwen,Ma Zijun,Lan Guobing,Tang Yafei,He Zifu,She Xiaoman. Comparative genomics analysis of Ralstonia pseudosolanacearum RSCM causing bacterial wilt of pumpkin Cucurbita maxima[J]. Acta Phytophylacica Sinica, 2023, 50(5): 1137-1149 |
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| Authors: | Ding Shanwen Ma Zijun Lan Guobing Tang Yafei He Zifu She Xiaoman |
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| Affiliation: | Key Laboratory of Green Prevention and Control on Fruits and Vegetables in South China, Ministry of Agriculture and Rural Affairs;Guangdong Provincial Key Laboratory of High Technology for Plant Protection;Plant Protection Research Institute, Guangdong Academy of Agricultural Sciences, Guangzhou 510640, Guangdong Province, China |
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| Keywords: | Ralstonia pseudosolanacearum genome comparative genomic analysis specific genes |
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