| 基于柿雌雄花芽转录组测序的SSR和SNP多态性分析 |
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| 引用本文： | 杜改改,孙鹏,索玉静,韩卫娟,刁松锋,傅建敏,李芳东. 基于柿雌雄花芽转录组测序的SSR和SNP多态性分析[J]. 中国农业大学学报, 2017, 22(10): 45-55 |
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| 作者姓名： | 杜改改 孙鹏 索玉静 韩卫娟 刁松锋 傅建敏 李芳东 |
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| 作者单位： | 国家林业局泡桐研究开发中心, 郑州 450003;中国林业科学研究院经济林研究开发中心, 郑州 450003,国家林业局泡桐研究开发中心, 郑州 450003;中国林业科学研究院经济林研究开发中心, 郑州 450003,国家林业局泡桐研究开发中心, 郑州 450003;中国林业科学研究院经济林研究开发中心, 郑州 450003,国家林业局泡桐研究开发中心, 郑州 450003;中国林业科学研究院经济林研究开发中心, 郑州 450003,国家林业局泡桐研究开发中心, 郑州 450003;中国林业科学研究院经济林研究开发中心, 郑州 450003,国家林业局泡桐研究开发中心, 郑州 450003;中国林业科学研究院经济林研究开发中心, 郑州 450003,国家林业局泡桐研究开发中心, 郑州 450003;中国林业科学研究院经济林研究开发中心, 郑州 450003 |
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| 基金项目： | 青年科学基金项目（31500559）；中国林科院青年项目配套类（CAFYBB2016QB017）；河南省基础与前沿技术研究项目（152300410135） |
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| 摘 要： | 为深入开发柿SSR和SNP分子标记,进而推动柿品种鉴定和遗传多样性等研究,以‘禅寺丸’柿的雌雄花芽转录组序列为基础,对SSR和SNP位点进行发掘。结果表明:转录组测序获得了154 741条unigene,其中有38.49%unigene在数据库中得到注释。利用MISA软件进行SSR位点的搜索,共得到44 304个SSR,包含83种重复基元,其中以A/T类型为主的单核苷酸重复所占的比例最高(20 006个,占47.63%),其次是以AG/CT类型为主的二核苷酸重复(16 055个,占38.23%),再次是以AAG/CTT类型为主的三核苷酸重复(5 402个,占12.87%)和以AAAG/CTTT类型为主的四核苷酸重复(500个,占1.19%)。在转录组得到的unigene中共发现SNP 405 685个,发生频率为1/253bp。6种单核苷酸变异中,转换类型发生频率显著高于颠换类型,转换类型中的C/T(31.51%)和A/G(31.41%)发生频率最高,在颠换类型中A/T发生频率最高。柿SSR和SNP的位点是非常丰富的,可为柿遗传图谱构建、遗传多样性和亲缘关系研究提供丰富的基础数据信息。
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| 关 键 词： | 柿 转录组测序 SSR标记 重复基元 SNP |
| 收稿时间： | 2016-10-27 |
SSR and SNP polymorphism analysis based on persimmon (Diospyros kaki) transcriptome |
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| DU Gaigai,SUN Peng,SUO Yujing,HAN Weijuan,DIAO Songfeng,FU Jianmin and LI Fangdong. SSR and SNP polymorphism analysis based on persimmon (Diospyros kaki) transcriptome[J]. Journal of China Agricultural University, 2017, 22(10): 45-55 |
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| Authors: | DU Gaigai SUN Peng SUO Yujing HAN Weijuan DIAO Songfeng FU Jianmin LI Fangdong |
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| Affiliation: | China Paulownia Research Center, State Forestry Administration, Zhengzhou 450003, China;Non-Timber Forest Research and Development Center, Chinese Academy of Forestry, Zhengzhou 450003, China,China Paulownia Research Center, State Forestry Administration, Zhengzhou 450003, China;Non-Timber Forest Research and Development Center, Chinese Academy of Forestry, Zhengzhou 450003, China,China Paulownia Research Center, State Forestry Administration, Zhengzhou 450003, China;Non-Timber Forest Research and Development Center, Chinese Academy of Forestry, Zhengzhou 450003, China,China Paulownia Research Center, State Forestry Administration, Zhengzhou 450003, China;Non-Timber Forest Research and Development Center, Chinese Academy of Forestry, Zhengzhou 450003, China,China Paulownia Research Center, State Forestry Administration, Zhengzhou 450003, China;Non-Timber Forest Research and Development Center, Chinese Academy of Forestry, Zhengzhou 450003, China,China Paulownia Research Center, State Forestry Administration, Zhengzhou 450003, China;Non-Timber Forest Research and Development Center, Chinese Academy of Forestry, Zhengzhou 450003, China and China Paulownia Research Center, State Forestry Administration, Zhengzhou 450003, China;Non-Timber Forest Research and Development Center, Chinese Academy of Forestry, Zhengzhou 450003, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Diospyros kaki trancriptome sequeucing SSR marker frequent motif SNP |
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