| 枫泾猪、梅山猪和沙乌头猪全基因组ROH检测及候选基因鉴定 |
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| 引用本文： | 赵旭庭,徐盼,马政,仲德,刘林雨,倪黎纲,吴井生.枫泾猪、梅山猪和沙乌头猪全基因组ROH检测及候选基因鉴定[J].江苏农业学报,2021,37(5):1234-1243. |
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| 作者姓名： | 赵旭庭 徐盼 马政 仲德 刘林雨 倪黎纲 吴井生 |
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| 作者单位： | 江苏农牧科技职业学院,江苏 泰州 225300;江苏农林职业技术学院,江苏 句容 212400 |
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| 摘 要： | 通过检测枫泾猪、梅山猪和沙乌头猪的长纯合片段(Runs of homozygosity,ROH),鉴定其与3个猪种经济性状相关的候选基因.利用全基因组单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNP)芯片数据对这3个猪群体进行全基因组ROH检测,统计ROH数量、长度及分布,计算基于ROH的近交系数(FROH),并在高频ROH区域鉴定候选功能基因.结果显示,从枫泾猪、梅山猪和沙乌头猪群体中分别检测到1588个、3314个和4419个ROH.枫泾猪的ROH平均长度为12.84 Mb,平均FROH为0.084;梅山猪的ROH平均长度为10.55 Mb,平均FROH为0.164;沙乌头猪的ROH平均长度为10.52 Mb,平均FROH为0.141.在高频ROH区域共鉴定到9个枫泾猪候选功能基因和8个梅山猪候选功能基因.研究结果为枫泾猪、梅山猪和沙乌头猪的资源保护和分子标记辅助选择奠定了基础.
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| 关 键 词： | 猪 长纯合片段 近交系数 候选基因 |
Genome-wide scan for run of homozygosity and identification of corre-sponding candidate genes in Fengjing pigs,Meishan pigs and Shawutou pigs |
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| ZHAO Xu-ting,XU Pan,MA Zheng,ZHONG De,LIU Lin-yu,NI Li-gang,WU Jing-sheng.Genome-wide scan for run of homozygosity and identification of corre-sponding candidate genes in Fengjing pigs,Meishan pigs and Shawutou pigs[J].Jiangsu Journal of Agricultural Sciences,2021,37(5):1234-1243. |
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| Authors: | ZHAO Xu-ting XU Pan MA Zheng ZHONG De LIU Lin-yu NI Li-gang WU Jing-sheng |
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