葡萄PLATZ家族基因鉴定及其在种子发育过程中的表达分析 |
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引用本文: | 向锐,孙艺萌,梁晨,师校欣,杜国强,王莉.葡萄PLATZ家族基因鉴定及其在种子发育过程中的表达分析[J].果树学报,2023(1):13-24. |
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作者姓名: | 向锐 孙艺萌 梁晨 师校欣 杜国强 王莉 |
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作者单位: | 河北农业大学园艺学院 |
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基金项目: | 河北省高等学校科学技术青年基金项目(QN2020232);;河北省现代农业产业技术体系项目(HBCT2018100204); |
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摘 要: | 【目的】鉴定葡萄PLATZ(Plant AT-rich sequence and zinc-binding protein)家族转录因子,并探究其在种子发育过程中与IAA处理下的表达模式变化。【方法】基于葡萄基因组数据,通过多种生物信息学方法对葡萄PLATZ家族成员进行鉴定和分析,利用qRT-PCR分析其在葡萄种子不同发育时期及IAA处理下的表达模式。【结果】葡萄全基因组范围内共鉴定到13个PLATZ成员,分布于9条染色体上。系统进化分析结果表明,葡萄PLATZ蛋白成员分为4组(A、B、C、D),无其他物种聚类的E组成员。蛋白保守基序分析表明葡萄PLATZ蛋白具有较强保守性,内含子-外显子分布表明葡萄PLATZ基因在进化上具有多样性。同线性分析发现,VvPLATZ7~VvPLATZ8和VvPLATZ5~VvPLATZ11存在并联重复。顺式作用元件分析发现该基因家族的启动子包含生长发育、光响应、激素响应及胁迫响应相关作用元件。qRT-PCR结果分析表明,VvPLATZ5在无核葡萄种子发育过程中表达水平显著高于有核葡萄,VvPLATZ2和VvPLATZ6在有核葡萄种子发育过程中表达水平显著...
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关 键 词: | 葡萄 PLATZ 生物信息学 种子发育 表达分析 |
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