| 传染性造血器官坏死病毒-Sn株基质蛋白基因克隆及生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 徐黎明,刘洪柏,卢彤岩.传染性造血器官坏死病毒-Sn株基质蛋白基因克隆及生物信息学分析[J].水产学报,2013,37(9):1409-1415. |
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| 作者姓名： | 徐黎明 刘洪柏 卢彤岩 |
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| 作者单位： | 中国水产科学研究院黑龙江水产研究所;中国水产科学研究院黑龙江水产研究所;中国水产科学研究院黑龙江水产研究所 |
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| 基金项目： | 国家科技支撑计划(2012BAD25B02);中央级公益性科研院所基本科研业务费专项(2012A0504);黑龙江省冷水性鱼类种质资源及增养殖重点开放实验室(201104) |
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| 摘 要： | 基质蛋白(matrix protein,M)是传染性造血器官坏死病毒(infectious haematopoietic necrosis virus,IHNV)主要结构蛋白之一,是病毒感染后造成细胞凋亡的主要作用蛋白。为分析IHNV M蛋白的序列及结构特征,研究利用敏感细胞(EPC)培养传染性造血器官坏死病毒-Sn分离株(IHNV-Sn),根据M蛋白基因开放阅读框(open reading frame,ORF)的序列设计引物,利用RT-PCR的方法克隆得到M蛋白全长ORF,并且构建至表达载体pET27b(+)中,构建出pET27-M重组质粒。生物信息学分析结果显示,M蛋白基因的序列长度为588 bp,编码195个氨基酸残基,推导分子量约为21.88 ku,等电点为9.35;氨基酸序列分析表明,M蛋白富含丝氨酸、苏氨酸以及碱性氨基酸,存在丰富的α-螺旋、β折叠和无规则卷曲;M蛋白不含有信号肽;疏水性大于亲水性;没有跨膜区存在;抗原表位预测显示抗原性良好;结构预测显示,不存在N-糖基化位点,存在7个潜在的O-糖基化位点和15个潜在的磷酸化位点。系统进化树分析显示,IHNV-Sn株与美国分离株同为一簇。
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| 关 键 词： | 传染性造血器官坏死病毒-Sn株 基质蛋白 生物信息学分析 |
| 收稿时间： | 1/3/2013 12:00:00 AM |
| 修稿时间： | 2013/3/13 0:00:00 |
Cloning and bioinformatics analysis of matrix protein from IHNV-Sn isolate |
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| XU Liming,LIU Hongbai and LU Tongyan.Cloning and bioinformatics analysis of matrix protein from IHNV-Sn isolate[J].Journal of Fisheries of China,2013,37(9):1409-1415. |
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| Authors: | XU Liming LIU Hongbai and LU Tongyan |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | infectious hematopoietic necrosis virus-Sn isolate matrix protein bioinformatics analysis |
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